葡萄染色体制片技术优化及14个葡萄品种rDNA分布特征分析

【目的】优化葡萄染色体制片技术并分析14个葡萄品种rDNA分布特征,为葡萄染色体鉴定、变异分析及葡萄品种间的细胞遗传学背景差异解析研究提供参考依据。【方法】以14个葡萄品种当年生半木质化枝条水培长出的根尖为试验材料,以冰水混合物处理根尖24 h后1 MPa笑气(N2O)处理30 min为对照,设0.2μmol/L的甲基氨草磷溶液(APM)浸泡根尖2 h后1 MPa N2O不同时长(0、30和60 min)处理,筛选染色体制片条件并计算各处理下形态良好的中期分裂相占比;比较酶解滴片法及火焰干燥法的染色体制片效果。以45S rDNA和5S rDNA为探针采用双色荧光原位杂交(FISH)技术分析rDNA在14个葡萄品种染色体上的分布特征。【结果】对照中葡萄根尖材料形态良好的中期分裂相占比仅为32.22%,FISH后易产生背景信号且信号模糊,采用APM处理2 h后1 MPa N2O处理30 min得到的染色体制片形态良好的中期分裂相占比最高,达80.00%,且染色体浓缩适当,FISH信号质量良好。采用火焰干燥法获得的制片细胞分散程度适中,中期分裂相多。45S rDNA和5S rDNA在葡萄染色体上始终呈连锁状态;5S rDNA信号与染色体组数目相关,在二、三、四倍体中的数量分别为2、3和4个。45S rDNA信号在二、三、四倍体中的数量分别为4、6和7个,在红香蕉葡萄中只有3个;5S rDNA信号位于17号染色体上,45S rDNA位于17和15号染色体。意大利和碧香无核葡萄例外,意大利葡萄2个未与5S rDNA连锁的45S rDNA位于15和16号染色体,碧香无核葡萄1个与55 rDNA连锁的45 rDNA位于15号染色体,1个未与55 rDNA连锁的45S rDNA位于17号染色体上。【结论】制作葡萄根尖中期染色体制片较优方法是APM预处理2 h后1 MPa N2O处理30 min,使用火焰干燥法制片。45S rDNA和5S rDNA在葡萄染色体上呈连锁排列,在二、三、四倍体中数量不同。14个葡萄品种的45S rDNA和5S rDNA在染色体上呈L形排列,5S rDNA位点数量比45S rDNA位点数量更稳定。

基于16S rDNA测序分析地榆七柏汤对溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的观察地榆七柏汤对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响,探讨其治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法取84只Wistar大鼠,随机选择9只作为空白组,其余大鼠采用高糖高脂饮食+葡聚糖硫酸钠法建立湿热型溃疡性结肠炎模型。将造模成功大鼠随机分为模型组、柳氮磺胺吡啶组及地榆七柏汤低、中、高剂量组,每组14只。柳氮磺胺吡啶组给予柳氮磺胺吡啶混悬液300 mg/kg灌肠,地榆七柏汤低、中、高剂量组分别给予含生药0.5 g/mL、1 g/mL、3 g/mL的地榆七柏汤保留灌肠,模型组和空白组给予等量生理盐水灌肠,均1次/d,连续干预14 d。观察大鼠一般状况,进行疾病活动度指数(DAI)评分,HE染色观察结肠组织病理形态,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群物种组成情况。结果与模型组比较,各药物组大鼠腹泻、便血等症状明显好转,DAI评分明显降低(P均<0.05),结肠组织病理损伤明显减轻。菌群构成方面,模型组大鼠毛螺菌属(Lachnospiraceae)、Mucispirillum属丰度均明显低于空白组(P均<0.05),各药物组均明显高于模型组(P均<0.05);模型组大鼠肠杆菌科(Enterobacteriaceae)丰度明显高于空白组(P<0.05),各药物组均明显低于模型组(P均<0.05)。结论地榆七柏汤可明显减轻湿热型溃疡性结肠炎大鼠疾病活动度和肠黏膜炎性损伤,其机制可能与调节肠道菌群、提升有益菌丰度、降低致病菌丰度相关。

蔓柏生发方改善小鼠的雄激素性脱发可能与肠道菌群相关:基于16S rDNA分析

目的基于16S rDNA技术探索蔓柏生发方对雄激素性脱发(AGA)小鼠的肠道菌群影响。方法将36只C57BL/6小鼠随机分成6组:空白对照组、模型对照组、阳性药物组以及蔓柏生发方高、中、低组,每组6只。剔除所有小鼠脊背部2 cm×3 cm面积的毛发,除空白对照组外,其他组使用丙酸睾酮稀释液在小鼠背部脱毛区域进行皮下多点注射制备AGA模型,每只总剂量为0.1 mg/d。空白对照组和模型对照组在小鼠剃毛处外涂生理盐水,每只1.0 mL/d;阳性药物组涂5%米诺地尔酊,每只1.0 mL/d;蔓柏生发方高、中、低组分别灌胃不同浓度的蔓柏生发方(5.0 g/kg、2.5 g/kg、1.25 g/kg),连续给药30 d。30 d后留取脱毛区皮肤进行病理学观察,收集小鼠粪便进行16S rDNA分析。结果与模型组相比,蔓柏生发方组毛囊数量均明显增多,其中高剂量组可见毛囊呈现生长期样形态,接近空白组毛囊形态。多样性分析结果显示,与空白组比较,模型组肠道菌群丰富度、多样性明显下降,而蔓柏生发方对模型小鼠的肠道菌群丰富度有良好的上调作用,同时其作用具有浓度依赖性,高剂量组对菌群的调控作用最为显著。肠道菌群的α多样性指数在模型组与蔓柏生发方组之间存在显著差异(P<0.05)。结论蔓柏生发方能显著提高AGA小鼠肠道菌群的丰富度和多样性,其对AGA模型小鼠脱毛的治疗作用可能与其调节肠道微生物多样性有关。

基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。

基于16S rDNA测序技术的膝骨关节炎湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者肠道菌群差异性研究

目的比较膝骨关节炎(KOA)湿热痹阻证、寒湿痹阻证患者与健康人群肠道菌群构成及多样性特征的差异,探讨2种中医证型KOA患者的肠道菌群特征。方法根据纳入及排除标准,选取湿热痹阻证组、寒湿痹阻证组、健康对照组各10例,收集粪便标本,利用16S rDNA测序技术,通过Alpha及Beta多样性分析等方法,对比组间肠道菌群差异。结果3组肠道菌群的物种丰富度无明显差异,但寒湿痹阻证组与湿热痹阻证组、健康对照组之间物种多样性差异有统计学意义(P<0.05)。3组肠道菌群构成差异有统计学意义(P=0.001)。门水平上拟杆菌门和厚壁菌门占明显优势,属水平上湿热痹阻证组和寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属丰度增加。湿热痹阻证组肠杆菌科、毛螺菌属、克雷伯氏菌属等丰度较大,寒湿痹阻证组普雷沃氏菌属、假单胞菌属等丰度较大。结论KOA湿热痹阻证与寒湿痹阻证患者肠道菌群结构存在一定差异。

基于16S rDNA分析饲喂唾液乳杆菌XP132对白羽肉种鸡肠道菌群的影响

旨在评估1株替抗专利菌株唾液乳杆菌XP132对健康白羽肉种鸡肠道菌群的影响。选取12只6月龄白羽肉种鸡,随机平均分为试验组和对照组,每组6只。试验组白羽肉种鸡每日饲喂活菌数为1×10^(9)CFU的唾液乳杆菌XP132发酵液,对照组饲喂PBS,连续饲喂4周后,基于16S rDNA测序方法,比较两组鸡肠道菌群发生的相对改变。结果表明,在饲喂唾液乳杆菌XP132后,通过α多样性分析物种丰富度,试验组菌群丰富程度高于对照组。在菌群组成的属水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132的肉种鸡肠道菌群中,螺旋体科NK4A136属、梭状芽胞杆菌属、副拟杆菌属、罗氏菌属等有益物种丰度增加;在种水平上,饲喂唾液乳杆菌XP132组的肉种鸡肠道菌群中乳杆菌、拟杆菌、鼠李糖乳杆菌类等有益物种丰度增加。结果提示,本试验条件下,饲喂唾液乳杆菌XP132改变了白羽肉种鸡肠道菌群的丰富度,增加了有益菌菌群的物种丰度。

基于平均核苷酸相似度和16S rDNA技术对全球沙门氏菌的鉴定比对分析

目的评估平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)和16S rDNA技术对沙门氏菌的鉴定能力。方法从GenBank数据库批量下载全球沙门氏菌基因组和相应血清型,以沙门氏菌典型菌株的基因组作为分型菌株。利用fastANI软件,根据默认参数进行ANI分析。使用在线软件SpeciesFinder针对细菌的16S rDNA进行物种和血清型鉴定。结果在下载的2306个基因组中,1767株沙门氏菌存在178种血清型,以鼠伤寒沙门菌323株(18.3%)和肠炎沙门菌300株(17.0%)最为常见。ANI分析显示,以95%为界值时,仅有30株(1.3%)沙门氏菌被分配到1个特定的亚种,其余2276株(98.7%)沙门氏菌均可分配到2~5个亚种;以97%为界值时,2306株(100%)沙门氏菌均可被鉴定到唯一的亚种。基于16S rDNA的分析仅鉴定出1072株(46.5%)沙门氏菌,其中95.2%(1021/1072)的沙门氏菌鉴定的亚种结果与ANI(≥97%)分析鉴定的结果完全一致;与已知的血清型相比,仅有2.4%(19/784)的沙门氏菌与已知的血清型结果一致。结论ANI更适合沙门氏菌的种及亚种鉴定,ANI≥97%可作为沙门氏菌亚种的鉴定标准。16S rDNA技术对于沙门氏菌鉴定的敏感性尚有待提高。

应用16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍患儿肠道菌群的变化

目的 基于16S rDNA高通量测序分析孤独症谱系障碍(ASD)患儿肠道菌群的变化。方法 收集25例ASD患儿(ASD组)和22例健康儿童(对照组)的新鲜粪便样本,提取两组样本DNA,通过16S rDNA高通量测序和生物信息分析评估两组研究对象肠道菌群的变化情况。结果 在门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、脱硫菌门;在属水平上,ASD组的优势菌属为拟杆菌属、双歧杆菌属、志贺-大肠杆菌属、普氏菌属、链球菌属、克雷伯氏菌属、副拟杆菌属、肠杆菌属、小杆菌属、考拉杆菌属。两组研究对象肠道菌群的α多样性及β多样性无明显差异。ASD组中疣微菌门、疣微菌纲、疣微菌目、阿克曼菌科、阿克曼菌属显著富集。ASD组的婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌的相对丰度低于对照组(P<0.05)。结论 与正常儿童相比,ASD患儿存在肠道菌群失调,疣微菌门、阿克曼菌属相对丰度增加,婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌相对丰度减少,但目前对于ASD患儿肠道菌群的改变未有统一结论,仍需进一步深入研究。

基于16S rDNA测序的慢性牙髓炎及根尖周炎感染根管内菌群多样性研究

目的采用16S rDNA测序技术比较慢性牙髓炎和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落的构成差异,了解微生物与牙髓疾病的关系。方法临床采集需要进行根管治疗的慢性牙髓炎患牙和慢性根尖周炎患牙根管内微生物群落样本。提取样本中的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA片段上的V3-V4高变区基因片段,经NovaSeq测序后进行统计分析和生物信息学分析,包括种系发育分析、多样性分析及组间差异分析。结果总计收集到慢性牙髓炎患牙6颗,慢性根尖周炎7颗,经高通量测序后共得到8510个操作分类单元(OTU),菌群多样性分析显示慢性牙髓炎和慢性根尖周炎在菌群构成的差异有统计学意义(P<0.05)。其中,变形菌门、酸杆菌门及放线菌门在慢性牙髓炎患牙根内相对丰度显著高于慢性根尖周炎。拟杆菌门和互养菌门的相对丰度在慢性根尖周炎患牙根管中显著增加。结论牙髓疾病患牙根管中感染微生物存在复杂多样性。慢性牙髓炎和慢性根尖周炎感染根管内的微生物群落构成上具有一定差异,根管内微生物组成的变化可能与牙髓疾病发生发展相关。

基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性

[目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。[结果]不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。[结论]不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结构组成存在一定差异,包括毛螺菌属、纺锤链杆菌属、结肠杆菌等与血脂代谢、血糖调节过程相关的菌群在两组间的丰度存在显著差异。调节肠道菌群的结构及丰度可能是改善家兔饲料利用效率的有效途径。

16S rDNA鉴定腐败椰果罐头中的微生物

以腐败椰果罐头为试材,选用4种培养基分离纯化腐败椰果罐头中的细菌,扩增细菌16S rDNA,对16S rDNA序列进行同源比对,并构建系统进化树,鉴定细菌种属。结果显示,从腐败椰果罐头中分离得到38株分离菌,经16S rDNA分子生物学方法鉴定为Paenibacillus humicus、Staphylococcus warneri、Sphingomonas sp.和Liquorilactobacillus satsumensis。

16S rDNA文库构建技术辅助诊断长病程患者血流感染病原菌方面的应用

目的探讨16S rDNA文库构建技术在长病程患者细菌血流感染病原学诊断中的应用价值。方法随机收集2023年脓毒血症患者的血浆以及静脉血样本各20例。利用血培养、16S rDNA文库构建技术与16S rDNA高通量测序技术同时检测样本中的病原菌,比较三种方法检测结果的一致性和性能指标。进一步比较疑似混合感染组(SMIG)和单一感染组(SIG)患者的预后情况。结果通过一致性评价和临床性能指标分析后发现,16S rDNA文库构建技术的结果一致率为80.00%,灵敏度为88.24%,特异性为33.3%。16S rDNA高通量测序技术的结果一致率为70.00%,灵敏度为82.35%。通过K⁃M生存曲线分析显示,疑似混合感染组患者的住院时长以及PCT恢复正常时长明显高于单一感染组且差异有统计学意义(P<0.05)。结论疑似混合细菌血流感染患者的住院时长与病程长于单一细菌血流感染患者,且利用16S rDNA文库构建技术能够有效辅助血培养技术诊断长病程血流感染病原菌,辅助临床医生针对长病程血流感染患者制定更加精准的诊疗方案。

基于16S rDNA测序分析酒精性脂肪肝病进展中小鼠肠道菌群变化

目的:采用16S rDNA测序技术分析酒精性脂肪肝病(AFLD)发展过程中小鼠肠道菌群的变化,并探讨小鼠AFLD进展的可能机制。方法:将60只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组(35只)和模型组(25只)。适应性喂养5 d后,对照组小鼠每天喂食Lieber-DeCarli对照流质饲料(TP4030C),模型组小鼠每天喂食含有4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料(TP4030B),连续30 d后,采用苏木精—伊红(HE)染色法观察肝脏病理变化;16S rDNA测序法分析肠道菌群组成结构。结果:与对照组相比,AFLD模型组小鼠肠道菌群的α多样性结果显示其物种丰富度降低(P<0.05)。Beta多样性结果表明两组小鼠肠道菌群结构组成和丰度存在显著差异(P<0.05)。与对照组相比,模型组粪杆菌属(Faecalibaculum)、杜博菌属(Dubosiella)、异杆菌属(Allobaculum)、瘤胃球菌属UCG-013(Ruminococcaceae UCG-013)等菌属相对丰度升高,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺菌属(Lachnospiraceae NK4A136 group)等菌属相对丰度降低。模型组小鼠肠道菌群在丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性显著增加(P<0.05)。结论:含4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料成功构建了AFLD C57BL/6小鼠模型,AFLD小鼠肠道菌群的结构和组成均发生变化,酒精可能通过破坏肠道微生物稳态,增加丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性加快AFLD的进展。

基于16S rDNA测序技术探讨地骨皮对自发性高血压大鼠肠道菌群的影响

目的探讨地骨皮对自发性高血压大鼠的降压作用及对肠道微生物组成的影响。方法通过16S rDNA测序技术探讨自发性高血压大鼠经地骨皮水提液干预后肠道微生物结构的变化。结果给药后大鼠血压下降,通过测序结果发现拟杆菌门、厚壁菌门等12个生物标志物。结论地骨皮提取物可能通过调节SHR大鼠肠道内菌群的丰度和比值,起到降低血压的效果。

湖北紫荆染色体核型特征及rDNA分布分析

试验以45S和5S rDNA重复序列为探针,采用荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)技术,对湖北紫荆染色体rDNA分布进行物理定位和分析。结果表明,染色体形态观察表明湖北紫荆染色体组中含有3对随体染色体,核型公式为2n=2x=14=14 m,染色体组为1A核型,核型不对称系数为51.10%,染色体长度介于2.37~4.23μm,其长度多为中等染色体(M1和M2类型),长度组成公式为:2L+4M2+8M1。FISH结果表明,有3对(第1、2、3对)染色体携带45S rDNA基因信号位点,2对荧光信号分布在染色体短臂末端,1对荧光信号分布在染色体长臂中端;1对染色体(第6对染色体)携带有5S rDNA基因信号位点,其分布在染色体短臂端部,且45S rDNA和5S rDNA的信号位点不重合。试验结果对湖北紫荆染色体rDNA位点的定位研究,将为该物种的遗传多样性分析和基因组结构解析提供更多关键信息。

基于rDNA测序的连作大豆土壤微生物群落变化规律研究

为寻找连作障碍与土壤微生物群落之间的联系,从土壤微生物群落生态的角度研究大豆连作障碍的机理,以大豆正茬、连作4,6,8和10年的大豆盛花期土体和根际土壤为研究对象,采用16S/18S rDNA PCR-DGGE方法,对比连作不同年份土壤中细菌和真菌种群结构的变化规律,并对差异性电泳条带进行测序比对。结果显示:聚类分析表明,连作不同年份的土体土聚在一簇,根际土聚在另一簇,土体土细菌和真菌群落结构明显不同于根际土壤;16S rDNA的DGGE图谱表明,土体细菌群落没有发现明显的条带变化,根际细菌种群出现了明显的变化,变化较大的细菌种群经序列比对表明多为Proteobacterium,是一种固氮菌;18S rDNA的DGGE图谱表明,各处理间真菌结构存在一定差异和变化,不同处理间一些条带出现或消失,变化较大的真菌种群经序列比对表明多为Trichosporon pullulans、Temellomycete、Phoma sp.、Cladosporium cladosporioides、Trichosporon pullulans和Cyathus striatus。结果说明细菌和真菌的根际效应很明显,连作大豆细菌种群变化不大,对真菌种群结构影响较大,研究结果可为大豆连作障碍机理研究提供科学依据。

三江源地区熊蜂16S rDNA序列变异及遗传距离分析

本研究基于16S rDNA序列对三江源地区不同熊蜂的遗传变异和系统发育关系进行了系统分析,对于深入研究三江源地区熊蜂的适应与进化及生物多样性保护具有重要意义。研究共测序获得三江源地区9个亚属17种熊蜂的21个单倍型,序列全长496 bp。碱基组成分析表明:颠换值高于转换值,变异位点(V)共159个,单倍型间存在较大的变异。结合Genbank下载的该9亚属其他39种熊蜂的16S rDNA序列,对该9个亚属的56种熊蜂进行了遗传距离和系统发育分析,结果表明:三江源地区17种熊蜂间遗传距离为0.029~0.128;亚属内平均遗传距离为0.023~0.075,亚属间遗传距离为0.057~0.102,亚属内遗传距离明显小于亚属间;通过邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)建立系统发育树,两树拓扑结构大致相同,三江源地区的17种熊蜂均与同亚属其他物种的亲缘关系最近。

基于16S rDNA测序分析毛滴虫对猕猴肠道菌群结构的影响

【目的】通过16S rDNA测序技术分析毛滴虫感染对猕猴肠道菌群结构的影响,为临床研究利用微生物替代抗生素治疗毛滴虫病提供参考依据。【方法】分别收集毛滴虫阳性和阴性的猕猴新鲜粪便样本各6份,通过宏基因组测序进行肠道菌群和功能基因预测分析。【结果】与健康猕猴相比,感染毛滴虫的猕猴肠道菌群的多样性降低,菌群组成发生显著变化,拟杆菌和纤维杆菌显著减少(P<0.05),而弯曲菌和脱硫杆菌显著增加(P<0.05);肠道微生物中乳酸杆菌目(Lactobacillales)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、弯曲杆菌科(Campylobacteraceae)等在感染毛滴虫的猕猴中显著富集,而普雷沃菌9菌(Prevotella_9)、拟杆菌目(Bacteroidales)、拟杆菌门(Bacteroidota)等在健康猕猴中更丰富;Brachyspira_hampsonii、Prevotellaceae_bacterium_Marseille_P2831是猕猴毛滴虫感染的生物标记物;肠道菌群功能基因预测显示,与氨基酸的生物合成和抗生素的生物合成途径相关的微生物基因功能在毛滴虫感染的猕猴中显著降低(P<0.05)。【结论】毛滴虫感染猕猴可降低肠道菌群的多样性,改变了肠道微生物群的结构,降低肠道菌群的生物合成功能。

基于16S rDNA高通量测序技术分析限制基础饲粮补饲水培大麦苗对籽鹅肠道菌群的影响

【目的】本试验旨在通过16S rDNA高通量测序技术分析限制基础饲粮补饲水培大麦苗对籽鹅肠道菌群的影响。【方法】试验选取28日龄籽鹅160只,随机分为4组,每组4个重复,每个重复10只鹅。A组籽鹅自由采食基础饲粮,B、C和D组籽鹅分别以A组采食量的85%、72.5%和60%饲喂基础饲粮,自由采食水培大麦苗。试验期42 d。70日龄时,每个重复抽取2只籽鹅屠宰后取空肠和回肠混合内容物及盲肠内容物,通过Illumina MiSeq测序平台进行高通量测序及生物信息学分析。【结果】①籽鹅肠道微生物Alpha多样性指数和Beta多样性分析结果在各组间均无显著性差异(P>0.05)。②4组籽鹅肠道微生物共有4个优势菌门(相对丰度>1%):厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和放线菌门;共有7个优势菌属:肠球菌属、假单胞菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、颤螺菌属、栖粪杆菌属和螺杆菌属。D组放线菌门的相对丰度显著低于A组(P<0.05);B、C和D组螺旋体门、梭杆菌门、棒杆菌属、葡萄球菌属和气球菌属的相对丰度均显著低于A组,肠球菌属的相对丰度显著高于A组(P<0.05)。③经LEfSe分析发现,A组籽鹅肠道微生物有标志物种4个:放线菌门、栖水菌属、乳杆菌属和乳杆菌科;B组有标志物种3个:叶绿体纲、链形植物目和间孢囊菌科;C组有标志物种11个:黄色单胞菌科、黄色单胞菌目、慢生根瘤菌科、草酸杆菌科、伯克氏菌目、劳尔氏菌属、β-变形菌纲、TM7菌门、TM7_3菌纲、Rs_045菌科和I025菌目;D组籽鹅肠道未发现标志物种。【结论】在本试验条件下,限制基础饲粮采食补饲水培大麦苗对籽鹅肠道微生物菌群多样性影响较小,但会影响菌群相对丰度,并能抑制部分致病菌生长、改善肠道健康状态;但基础饲粮供给比例过低可能引起菌群失衡。

基于16S rDNA测序对中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落结构分析

目的:运用16S rDNA测序比较分析中重度牙周炎伴脑梗死患者的龈下菌斑微生物群落结构特征及多样性,并初步探讨中重度牙周炎与脑梗死的相关性。方法:根据纳入和排除标准,采集中重度牙周炎患者10例(PD组)、中重度牙周炎伴脑梗死患者10例(CI-PD组)和健康人群10例(CK组)的龈下菌斑,通过Illumnia NovaSeq 6000测序平台对16S rDNA V3-V4区进行测序,运用Qiime、R、mothur及SPSS等软件进行生物信息学分析。结果:PD和CI-PD组龈下菌群结构较为相似,但两组龈下菌群多样性较健康组有显著差异(P<0.05)。在菌门和菌属水平上,PD与CI-PD组最多的物种是拟杆菌门和梭杆菌属,而CK组是放线菌门和梭杆菌属。PD和CI-PD组龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属和TG5较CK组增加(P<0.05);CI-PD组龈下菌斑微生物群落中的奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属、心杆菌属显著低于PD组(P<0.05)。结论:CK、PD和CI-PD 3组龈下菌斑微生物群落结构存在差异性,初步提示中重度牙周炎伴脑梗死患者龈下菌斑微生物群落中卟啉单胞菌属、普雷沃氏菌属、密螺旋体属、产丝菌属及TG5的增加和奈瑟菌属、劳特罗普氏菌属、二氧化碳嗜纤维菌属、罗氏菌属、嗜血杆菌属及心杆菌属的减少可能与脑梗死相关。