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利用16S rDNA序列及tuf-RFLP鉴定蒙古国发酵乳中的乳酸菌 被引量:10
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作者 王宏梅 于洁 +3 位作者 包秋华 吕嫱 孟和毕力格 张和平 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2011年第7期4-7,共4页
运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳... 运用16S rDNA序列分析和tuf-RFLP技术对采于蒙古国扎布汗省的25份发酵乳样中分离出的110株乳酸菌进行鉴定。首先将分离的110株乳酸菌的16S rRNA基因进行扩增,测序并构建系统发育树,初步鉴定为41株嗜热链球菌,40株瑞士乳杆菌,11株德氏乳杆菌保加利亚亚种,2株发酵乳杆菌,1株乳明串珠菌,2株肠膜明串肠膜亚种,1株乳酸乳球乳酸亚种和12株属于干酪族的菌株。由于干酪乳杆菌族的16S rDNA序列差异很小,故采用tuf-RFLP技术对这12株进行了进一步的验证,通过分离菌株与模式菌株tuf-RFLP图谱的比较分析,结果表明这12株菌均为干酪乳杆菌。 展开更多
关键词 乳酸菌 16S rdna序列分析 系统发育树 tuf-RFLP
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3株果实采后葡萄孢属真菌ITS区rDNA序列与碳源代谢指纹图谱分析 被引量:11
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作者 姚婷 陈其葳 +3 位作者 张燕 张萌 何欣萌 王友升 《食品科学技术学报》 CAS 2017年第4期49-55,共7页
从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区r DNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#... 从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区r DNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#与366#在一个大的分支上,而菌株233#在一个分支上。菌株138#鉴定结果与Botrytis cinerea(KJ937044.1)在同一分支上亲缘性达100%,且与366#亲缘性达99%;菌株233#鉴定结果与Botrytis elliptica(EU519207.1)在同一分支上且亲缘性达100%。95种碳源代谢指纹图谱分析的结果表明,3株葡萄孢属病原菌对吐温80、N-乙酰-D-半乳糖胺、N-乙酰-D-葡萄糖胺和苦杏仁苷等67种碳源的代谢能力相同,包括56种最适碳源、1种可利用碳源和10种不可利用碳源,Biolog系统中鉴定出3株丝状真菌均与B.cinerea Pers.BGA相近,其中菌株233#与B.cinerea的代谢指纹图谱最为相近。 展开更多
关键词 果实 葡萄孢菌 ITS区rdna序列分析 碳源代谢指纹图谱
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由16S rDNA序列初步推断鳜类与低等鲈形目鱼类的系统关系 被引量:7
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作者 赵金良 李思发 +1 位作者 蔡完其 王伟伟 《上海水产大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第4期364-369,共6页
为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未... 为验证鳜类系统分类位置的各种假说,对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片段进行PCR扩增和测序,利用其与GenBank中科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列,初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明,鳜类为单系类群,但未与科聚合成单系群体,与目前假设的暖鲈科、狼鲈科、锯盖鱼群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群,系统演化上较晚发生,因而,支持将其独立为一科鳜科。本研究结果可为理解低等鲈形目鱼类的系统进化关系提供分析资料。 展开更多
关键词 鳜类 低等鲈形目 16S rdna序列 系统关系
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GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究 被引量:4
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作者 陈源源 沈微 +2 位作者 樊游 石贵阳 王正祥 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期28-31,共4页
rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列... rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列(19.3%)的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列(5.6%)存在错误命名或测序不准确问题;58条序列(65.9%)没有相关文章发表;62条序列(70.4%)无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。 展开更多
关键词 微生物鉴定 GENBANK数据库 rdna序列 准确性
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16srDNA序列分析在腹泻粪便标本菌群分析应用 被引量:3
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作者 李振军 戎建荣 +6 位作者 张守印 金东 叶长芸 孙强正 张集 赵爱兰 徐建国 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期100-103,共4页
目的应用16s rDNA序列分析方法,对临床实验室没有分离到已知病原菌的腹泻病人粪便标本进行菌群分析,为腹泻病人的病原学诊断提供线索。方法根据细菌16s rDNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16s rDNA... 目的应用16s rDNA序列分析方法,对临床实验室没有分离到已知病原菌的腹泻病人粪便标本进行菌群分析,为腹泻病人的病原学诊断提供线索。方法根据细菌16s rDNA保守区序列设计通用引物,以腹泻病人粪便标本中的总DNA为模板,PCR扩增16s rDNA片段。将获得的片段克隆入T载体进行测序,与数据库中发表序列的进行比对,判断标本中细菌的种类和比例;PCR扩增常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因应用于排除诊断。结果在3份粪便标本中,大肠杆菌为优势菌群(所占比例分别为84%、65%和81%);其他种群细菌为拟杆菌属(Bacteroides)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)和普雷沃氏菌属(Prevotella)等;实验室常规培养方法没有分离到常见的五类致病性大肠杆菌;PCR扩增没有发现常见的五类致病性大肠杆菌的特征基因。结论引起三例病人腹泻的病原菌可能是一种新的大肠杆菌;16s rDNA序列分析方法可应用于腹泻粪便标本菌群分析,为常规的病原培养方法提供补充,对疾病的诊断提供线索。 展开更多
关键词 16s rdna序列 粪便标本 菌群分析
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16S rDNA序列在大批量细菌分离物分子鉴定中的应用研究 被引量:3
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作者 陈源源 沈微 +4 位作者 樊游 陈献忠 Suren Singh 石贵阳 王正祥 《工业微生物》 CAS CSCD 2013年第2期1-5,共5页
利用16S rDNA序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIMCU)的3 726株细菌分离物进行了分子鉴定。实验结果显示:其中3 073株细菌分离物可被成功鉴定至种一级水平,分属于210个种,45个属,占整个细菌分离物的82.5%;... 利用16S rDNA序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIMCU)的3 726株细菌分离物进行了分子鉴定。实验结果显示:其中3 073株细菌分离物可被成功鉴定至种一级水平,分属于210个种,45个属,占整个细菌分离物的82.5%;其余653株细菌分离物可鉴定到属一级,占整个细菌分离物的17.5%。研究中也发现,16S rDNA序列在芽孢杆菌属(Bacillus)和土芽孢杆菌属(Geobacillus)等少数菌属中的部分种间鉴定的敏感性不高。上述结果表明16S rDNA序列在大多数细菌种属鉴定中具有较高的特异性和敏感性,可以作为第一轮分子标识用于大批量细菌分离物的鉴定。 展开更多
关键词 细菌分离物 鉴定 16S rdna序列 分子标识
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产蓝色素放线菌细胞化学组分及16SrDNA序列分析 被引量:2
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作者 崔恒林 陆玲 +2 位作者 陈一楠 常青 戴传超 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期25-29,共5页
对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomycessp .进行了细胞化学组分及 1 6SrDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL DAP及甘氨酸 ,全细胞水解物含葡萄糖及核糖 ,全细胞脂肪酸组分主要为 ... 对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomycessp .进行了细胞化学组分及 1 6SrDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL DAP及甘氨酸 ,全细胞水解物含葡萄糖及核糖 ,全细胞脂肪酸组分主要为 1 4~ 1 7碳的脂肪酸 ,其中anteiso 1 5和iso 1 6为主要组分 ,应归入链霉菌属。基于 1 6SrDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成 9个分支 ,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支 ,即以S .coelicolor为代表的分支和以S .cyaneus为代表的分支 ,待定菌株与Streptomycesin digocolor的相似性为 99 4%,属于S.cyaneus分支。 展开更多
关键词 链霉菌属 天然蓝色素 16S rdna序列 系统发育树 细胞化学组分
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鞘氨醇单胞菌N1菌株的16S rDNA序列分析和溴氨酸降解的动力学 被引量:4
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作者 李莹 庄源益 蔡宝立 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期62-66,共5页
对降解蒽醌染料中间体溴氨酸的N1菌株进行了16S rDNA序列分析和溴氨酸生物降解的动力学研究.N1菌株经过16S rDNA序列测定和同源性分析,被鉴定为鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.,以前曾称为Pseudomonas sp.).在高浓度溴氨酸时N1... 对降解蒽醌染料中间体溴氨酸的N1菌株进行了16S rDNA序列分析和溴氨酸生物降解的动力学研究.N1菌株经过16S rDNA序列测定和同源性分析,被鉴定为鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.,以前曾称为Pseudomonas sp.).在高浓度溴氨酸时N1菌株的降解过程存在底物抑制现象,其行为符合Andrews提出的描述微生物菌体生长的非竞争性底物抑制模型.本文对此方程进行了非线性回归,确定了模型参数,实验数据对该动力学方程能很好拟合.此外,从模型中得出,溴氨酸浓度为520~580mg/L时,μ与q均达到较高值,这一实验结果为溴氨酸废水的生物处理工艺提供了重要参考条件。 展开更多
关键词 鞘氨醇单胞菌N1 16S rdna序列 溴氨酸降解动力学
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26S rDNA序列分析法鉴定开菲尔发酵液中的酵母菌 被引量:7
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作者 范佳 武伟伟 李艳 《酿酒科技》 北大核心 2014年第11期14-17,共4页
利用26S r DNA D1/D2区序列分析法鉴定了内蒙古牧区传统开菲尔发酵液中的酵母菌,为筛选可发酵特色乳酒的酵母菌奠定基础。对所分离纯化得的酵母菌进行菌落特征和细胞显微形态区分,在形态鉴定基础上,选择代表菌进行26S r DNA D1/D2区序... 利用26S r DNA D1/D2区序列分析法鉴定了内蒙古牧区传统开菲尔发酵液中的酵母菌,为筛选可发酵特色乳酒的酵母菌奠定基础。对所分离纯化得的酵母菌进行菌落特征和细胞显微形态区分,在形态鉴定基础上,选择代表菌进行26S r DNA D1/D2区序列分子鉴定。结果表明,共分离到36株酵母菌,形态聚类为5类,经DNA提取、26S r DNA D1/D2区PCR扩增、酶切、基因序列分析和同源性比对,鉴定为5种分子类型的酵母菌,分别为胶红酵母菌(Rhodotorula mucilaginosa)、诞沫假丝酵母菌(Candida zeylanoides)、发酵毕赤酵母菌(Pichia fermentans)、酿酒酵母菌(Saccharomyces cerevisiae)、有孢圆酵母菌(Torulaspora delbrueckii)。传统开菲尔发酵液中分离到的酿酒酵母,具有可发酵特色乳酒的潜质。 展开更多
关键词 微生物 开菲尔 酵母菌 26S rdna序列分析 鉴定 乳酒
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尖峰岭抗逆性根瘤菌的筛选及其16S rDNA序列的测定 被引量:3
10
作者 彭玉红 焦如珍 牟新涛 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2010年第4期530-536,共7页
为了探讨木本豆科植物根瘤菌对不良环境的抵抗能力,对分离自海南尖峰岭国家自然保护区的9株根瘤菌进行了初步研究。结果发现:9株根瘤菌最适生长pH值均为7,最适NaCl含量均为10.0 g.kg-1;菌株CAF224的最适生长温度为37℃,菌株CAF416、CAF... 为了探讨木本豆科植物根瘤菌对不良环境的抵抗能力,对分离自海南尖峰岭国家自然保护区的9株根瘤菌进行了初步研究。结果发现:9株根瘤菌最适生长pH值均为7,最适NaCl含量均为10.0 g.kg-1;菌株CAF224的最适生长温度为37℃,菌株CAF416、CAF438和CAF279的最适温度为20-28℃,其余5株为28℃。9株根瘤菌均可在pH值4-11、NaCl 20.0 g.kg-1、37℃条件下生长,其中CAF224和CAF276菌株耐受pH值3;CAF226可以在40.0 g.kg-1NaCl培养基中生长;CAF276可耐受20 min 50℃、10 min 60℃高温。不同宿主、不同生态条件下的根瘤菌株具有不同的抗逆性,通过综合分析,筛选出4株高抗菌株(CAF226、CAF276、CAF224、CAF414)。16S rDNA序列系统发育分析表明:9菌株在系统进化树上与GenBank中序列号为EF054889的Rhizobium tropiciClone H12(热带根瘤菌)聚为一族,相似度为99.4%,初步确定9株根瘤菌为热带根瘤菌。 展开更多
关键词 尖峰岭 耐盐性试验 pH范围 抗逆性 16S rdna序列 热带根瘤菌
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从18SrDNA序列初探散胞盘菌亚科属间亲缘关系(英文) 被引量:9
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作者 庄文颖 余知和 +2 位作者 吴文平 C. Langue N. Fouret 《菌物系统》 CSCD 北大核心 2000年第4期478-484,共7页
散胞盘菌亚科Encoelioideae建于1932年,为盘菌纲Discomycetes锤舌菌目Leotiales锤舌菌科(广义)Leotiaceae的成员,它包括腐生、植物寄生、真菌上生的盘状子囊菌,现含18属,其中若干为单种属。传统分类从形态学角度将外囊盘表层细胞... 散胞盘菌亚科Encoelioideae建于1932年,为盘菌纲Discomycetes锤舌菌目Leotiales锤舌菌科(广义)Leotiaceae的成员,它包括腐生、植物寄生、真菌上生的盘状子囊菌,现含18属,其中若干为单种属。传统分类从形态学角度将外囊盘表层细胞松散结合或者表面覆盖短的菌丝延伸物视为此亚科的主要特征,宏观上,其成员的共性表现为外囊盘被表面糠皮状、鳞屑状或霜状。迄今,学者们从未对散孢盘菌亚科这一性状是否反映属间亲缘关系进行过任何探讨,国际基因库中亦无此亚科的可利用序列。为了探明此性状在系统演化过程中的作用以及散胞盘菌亚科的属间亲缘关系,我们对此亚科中绿散胞盘菌Chlorencoelia、复柄盘菌属Cordierites、散胞盘菌属Encoelia、霍氏盘菌属Holwaya、拟爪毛盘菌属Unguiculariopsis、 以及丝绒盘菌属Velutarina代表种的18S rDNA片段进行了序列测定,受实验材料所限,每属只获得了一个种的18S rDNA序列。为了分析和比较,还对同一科内锤舌菌亚科Leotioideae中绿杯菌属Chlorociboria一个种的相关序列进行了测定。在构建系统树的过程中,核盘菌科的核盘菌Sclerotinia sclerotiorum被选为外群;从基因库中调入属于同一个目的地舌菌科和锤舌菌亚科几个属的代表即胶鼓菌属Bulgaria、锤舌菌属Leotia、? 展开更多
关键词 锤舌菌科 系统学 绿散胞盘菌 rdna序列 亲缘关系
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从核rDNA序列探讨隙蛛亚科Coelotinae的分类地位 被引量:1
12
作者 毕可然 周开亚 宋大祥 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第3期521-525,共5页
The phylogenetic position of the subfamily Coelotinae, which belongs to Amaurobiidae currently but Agelenidae formerly, has remained controversial. The sequences of 28S and 18S rDNA fragments were obtained from six sp... The phylogenetic position of the subfamily Coelotinae, which belongs to Amaurobiidae currently but Agelenidae formerly, has remained controversial. The sequences of 28S and 18S rDNA fragments were obtained from six species of spiders representing Ageleninae, Amaurobiinae, Coelotinae and Clubionidae. Neighbor-joining (NJ), maximum parsimony (MP), maximum-likelihood (ML) and Bayesian (BI) analyses generated identical tree topologies. All trees from the 28S rDNA data derived from neighbor-joining, maximum parsimony, maximum-likelihood and Bayesian analyses support the Coelotinae as the sister group of the Ageleninae, and strongly support the Coelotinae + Ageleninae are the sister group of the Amaurobiinae. The topology in the trees inferred from 18S data is similar to those of 28S rDNA but with lower boostrap support. The results indicate that Coelotinae is probably a subfamily of the family Agelenidae. In addition, the close relationship between Asiacoelotes and Draconarius of the subfamily Coelotinae, Agelena and Alloagelena of the subfamily Ageleninae is strongly supported by the results of analyses of the 28S rDNA sequences. This indicates that the sequence could be used as a molecular marker in the study of phylogenetic relationships among the genera of spiders. 展开更多
关键词 rdna序列 分类地位 group 亚科 FAMILY the data and The 28S with 18S All are is to as in
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拮抗链霉菌F-1013的种类鉴定及其16S rDNA序列分析 被引量:2
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作者 林梅 陈彩华 张绍升 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2006年第5期471-474,共4页
对分离自海洋虾壳的一株拮抗链霉菌菌株F-1013进行了形态学、培养特征及生理生化分析,鉴定结果表明,链霉菌F-1013的上述特征与玫瑰黄链霉菌(Streptomyces roseoflavus)的高度一致.聚类分析表明,二者的16S rDNA序列的相似性达到了99.93%... 对分离自海洋虾壳的一株拮抗链霉菌菌株F-1013进行了形态学、培养特征及生理生化分析,鉴定结果表明,链霉菌F-1013的上述特征与玫瑰黄链霉菌(Streptomyces roseoflavus)的高度一致.聚类分析表明,二者的16S rDNA序列的相似性达到了99.93%,且二者于该序列中的120 bp-γ可变区序列完全相同.因此,可将链霉菌F-1013定名为玫瑰黄链霉菌F-1013(Streptomyces roseoflavusF-1013). 展开更多
关键词 链霉菌 生物学特性 16S rdna序列 同源树
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基于18S rDNA序列研究腺介虫亚目系统5发育关系 被引量:1
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作者 禹娜 赵梅英 +1 位作者 陈立侨 李恺 《华东师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期78-86,共9页
基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp.和 Cytherelloidea.munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明:1)现生腺介虫亚目... 基于1720 bp 的18S rRNA 基因序列以 Darwinula sp.和 Cytherelloidea.munechikai 为外群,采用最大简约法(MP 法)和邻接法(NJ 法)对腺介虫亚目(Cypridocopina)3总科5科9种动物的系统发育关系进行了分析.结果表明:1)现生腺介虫亚目动物为单系群;2)两种营海水生活的介形类—海介虫总科(Pontocypridoidea)和大介虫总科(Macrocypridoidea)间的亲缘关系较近;3)现生腺介虫总科(Cypridoidea)也为单系群,但该总科内各科间关系较复杂,主要分为两支,其中腺介虫科的 Dolerocypris sp.与萤光介虫科的 Candona holzkanpfi 聚成一支;而萤光介虫科的 Cypria crenulata 和泥介虫科的 Ilyocypris.angulata 同时与腺介虫科其它动物聚为一支. 展开更多
关键词 介形类 腺介虫亚目 18S rdna序列 系统发育
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棉花枯萎病菌异核体的三个不同核型分离子DNA碱基组成及18S rDNA序列 被引量:1
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作者 李颖 关国华 +1 位作者 蒋永申 李秀玉 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期6-9,共4页
从棉花枯萎病菌 (Fusariumoxysporumf.sp .vasinfectum)异核体菌株Ag1 49的菌落角变处分离得到 3个培养特征和致病性差异明显的单孢分离子。分别测定了这 3个分离子的总DNA和核DNA的碱基组成 ,以及它们的 1 8SrDNA的部分序列 ( 1 477个... 从棉花枯萎病菌 (Fusariumoxysporumf.sp .vasinfectum)异核体菌株Ag1 49的菌落角变处分离得到 3个培养特征和致病性差异明显的单孢分离子。分别测定了这 3个分离子的总DNA和核DNA的碱基组成 ,以及它们的 1 8SrDNA的部分序列 ( 1 477个碱基对 )。它们的总DNA (G +C)mol%差异在 0 1 %~ 0 4%之间 ;核DNA (G +C)mol%的差异在0 4%~ 0 8%范围内 ;而 1 展开更多
关键词 棉花枯萎病菌 DNA碱基组成 18S rdna序列 核型分离子 异核体
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应用16S rDNA序列同源性分析鉴定放射线照射后的口腔链球菌 被引量:2
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作者 佟卉春 东秀珠 高学军 《现代口腔医学杂志》 CAS CSCD 2004年第2期101-103,共3页
目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结... 目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结果 应用 16SrDNA序列同源性分析方法可对因受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论 在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时 。 展开更多
关键词 16S rdna序列同源性分析 鉴定 放射线照射 口腔链球菌 放射治疗 鼻咽癌
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16S rDNA序列分析法对香蕉根部内生细菌种群多样性初析 被引量:1
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作者 潘羡心 刘先宝 +3 位作者 时涛 林春花 蔡吉苗 黄贵修 《热带作物学报》 CSCD 2010年第5期772-776,共5页
采用16S rDNA序列分析法对香蕉根部内生细菌种群多样性进行初步研究,随机选择12个阳性克隆测序。结果表明,该序列与未培养及可培养的芽孢杆菌、雷尔氏菌、伯克氏菌、戴尔福特菌、肠杆菌等细菌的序列同源性在97%~100%之间,说明香蕉根部... 采用16S rDNA序列分析法对香蕉根部内生细菌种群多样性进行初步研究,随机选择12个阳性克隆测序。结果表明,该序列与未培养及可培养的芽孢杆菌、雷尔氏菌、伯克氏菌、戴尔福特菌、肠杆菌等细菌的序列同源性在97%~100%之间,说明香蕉根部存在大量未培养及可培养的内生细菌。 展开更多
关键词 香蕉 16S rdna序列分析法 内生细菌
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马源肠道芽孢杆菌的16S rDNA序列测定及系统进化分析 被引量:1
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作者 向双云 周珍辉 《饲料研究》 CAS 北大核心 2022年第22期102-105,共4页
研究旨在对马源肠道芽孢杆菌进行16S rDNA测序和系统进化分析。采集5匹成年马的新鲜粪便,经划线分离、纯化镜检、生化鉴定后获得5株菌,分别命名为QM、BM、Y1M、Y2M、Z2M,采用16S rDNA扩增通用引物,进行序列测定,测序结果与GenBank DNA... 研究旨在对马源肠道芽孢杆菌进行16S rDNA测序和系统进化分析。采集5匹成年马的新鲜粪便,经划线分离、纯化镜检、生化鉴定后获得5株菌,分别命名为QM、BM、Y1M、Y2M、Z2M,采用16S rDNA扩增通用引物,进行序列测定,测序结果与GenBank DNA数据库的序列比对,并构建进化树。结果显示:QM、BM、Y1M均为蜡样芽孢杆菌,Y2M为解淀粉芽孢杆菌,Z2M为赖氨酸芽孢杆菌。研究表明,马肠道内含有丰富的芽孢杆菌,可为马源益生菌提供天然菌种,促进马属动物肠道健康。 展开更多
关键词 马源肠道 芽孢杆菌 分离 纯化 生化鉴定 16S rdna序列测定
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新疆达坂城盐湖中度嗜盐菌的16S rDNA序列研究 被引量:7
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作者 刘会强 吕建江 《新疆师范大学学报(自然科学版)》 2008年第4期46-50,共5页
中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16S rDNA序列的测定。其表型特征和16S rDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Hal... 中度嗜盐菌作为一类微生物资源,已经在很多方面应用。从新疆达坂城盐湖样品中分离得到17株中度嗜盐菌。其中11株为革兰氏阳性,6株为革兰氏阴性,并完成表型和16S rDNA序列的测定。其表型特征和16S rDNA序列分析结果表明这些菌分别属于Halomonas、Bacillus、Salinicoccus、Halobacillus、Marinococcus、Thalassobacillus、Nesterenkonia属,其中大部分属于Halomonas属。 展开更多
关键词 中度嗜盐菌 16S rdna序列 生物多样性
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16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的价值研究 被引量:22
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作者 李路茜 张媛媛 +3 位作者 刘海灿 谭晓罗 李振军 楼永良 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1017-1022,共6页
目的 评价16SrDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法 对13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16SrDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及... 目的 评价16SrDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值。方法 对13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16SrDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Corynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16SrDNA序列。对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树。结果 在81条受试诺卡菌16SrDNA序列中,16SrDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离。诺卡菌16SrDNA种内及亚种内相似性为99.1%~100%;种间相似性在95.7%~98.8%之间。结论 16SrDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平。 展开更多
关键词 诺卡菌 16S rdna序列 鉴定
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