基于16S rDNA测序分析中药复方石苦秦散对腹泻小鼠盲肠的影响

【目的】探明止泻中药复方石苦秦散对蓖麻油和番泻叶所致腹泻小鼠肠道微生物的影响,为研究石苦秦散止泻作用机制奠定基础。【方法】将70只小鼠分为正常对照组、阳性药物组、蓖麻油模型组、蓖麻油中药预防组、番泻叶模型组、番泻叶中药预防组和番泻叶中药治疗组,按试验设计进行灌胃处理后,观察各组小鼠腹泻情况,针对不同药物腹泻模型采集十二指肠、盲肠观察肠道病理变化,最后采集各组盲肠内容物进行16S rDNA测序。【结果】腹泻指数显示,灌胃1 h番泻叶中药预防组和中药治疗组均极显著(P<0.01)低于番泻叶模型组;蓖麻油模型灌胃2 h与正常对照组差异极显著。肠道病理变化主要为制造腹泻模型后黏膜下层有少量炎性细胞浸润,除正常对照组外其他组肌层和浆膜变薄。盲肠Alpha测序显示,蓖麻油造模后,中药预防组能显著提高盲肠菌群丰度和多样性;Beta多样性PCoA分析表明,蓖麻油模型组与其他组样本明显分开;物种分类显示,2种药物腹泻模型处理后中药预防组和治疗组均不同程度提高拟杆菌门(Bacteroidetes)、软壁菌门(Tenericutes)丰度,降低变形菌门(Proteobacteria)丰度;属水平在正常范围内,降低乳杆菌(Lactobacillus)和大肠杆菌(Escherichia)丰度,提高有益菌Mucispirillum和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)丰度。【结论】蓖麻油和番泻叶小鼠腹泻模型使用中药复方石苦秦散预防和治疗后,可明显改善肠道微生物丰度,特别是炎症反应相关的微生物,说明石苦秦散可通过调整肠道炎症修复发挥止泻作用。

基于16S rDNA测序技术分析益气活血方对脑缺血损伤大鼠肠道菌群多样性的影响

目的 基于16S rDNA测序技术研究益气活血方剂对脑缺血损伤大鼠肠道菌群多样性的影响,从“脑-肠”轴角度探讨该方剂抗脑缺血损伤的作用机制。方法 将SD雄性大鼠36只随机分为6组,每组6只,即假手术组、模型组、尼莫地平组、益气活血方高、中、低剂量组。连续灌胃14 d后,采用结扎双侧颈总动脉法建立急性脑缺血损伤模型,苏木精-伊红(HE)染色观察脑组织病理学变化,ELISA法检测大鼠血清中炎性因子IL-6和TNF-α的含量。收集各组大鼠结肠内容物,16S rDNA测序法检测粪便肠道菌群的变化。结果 HE染色观察结果显示益气活血方不同剂量组对脑缺血损伤程度有明显改善作用,且存在量效相关性。与假手术组比较,模型组大鼠血清中炎性因子 IL-6、TNF-α的含量明显升高(P<0.05);益气活血方高剂量组干预后降低(P<0.05,P<0.01)。16S rDNA测序结果显示,益气活血方可调节脑缺血损伤大鼠肠道菌群结构,增加大鼠Chao1、Observed OTUs、Simpson和Shannon指数,Beta多样性分析结果表明所有样本可明显分为三组,聚类良好。益气活血方可上调厚壁菌门(Firmicutes)、髌骨细菌门(Patescibacteria)的丰度(P<0.05),下调疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度(P<0.05);上调Lachnospiraceae_NK4A136_group、Firmicutes_unclassified、Alloprevotella的相对丰度(P<0.05),下调拟杆菌属(Bacteroides)、阿克曼氏菌(Akkermansia)、梭菌属(Clostridium_sensu_stricto_1)、Romboutsia、Veillonella、双歧杆菌属(Bifidobacterium)的丰度(P<0.05)。结论 益气活血方对脑缺血损伤大鼠脑组织具有保护作用,其作用机制可能与降低血清炎症,调节肠道菌群微生物组成、结构及群落丰度有关,进一步验证了“脑-肠”轴学说。

基于16S rDNA测序分析不同剩余采食量皖南黄兔盲肠中微生物菌落多样性

[目的]本研究旨在探究皖南黄兔个体间剩余采食量水平差异与盲肠菌群多样性的关系。[方法]选取体重、年龄相近的110只皖南黄兔仔兔进行60 d的饲养试验,试验结束后测定个体剩余采食量(residual feed intake, RFI),根据RFI值选出5只高RFI和5只低RFI皖南黄兔母兔,分别为H组(高RFI值)和L组(低RFI值)。利用16S rDNA扩增子测序技术对H组和L组母兔盲肠内容物进行比较分析。[结果]不同剩余采食量水平的家兔盲肠菌群组成丰富度无显著差异(P>0.05),而菌落多样性存在一定差异。L组黄兔盲肠微生物中纺锤链杆属(Fusicatenibacter)、经黏液真杆菌属(Blautia)、毛螺菌属(Lachnospira)、草酸杆菌属(Oxalobacter)、肠杆菌属(Intestinibacter)的相对丰度显著高于H组(P<0.05);Paludicola、Mailhella、螺杆菌属(Helicobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)的相对丰度显著低于H组(P<0.05)。[结论]不同RFI水平的皖南黄兔群体盲肠菌群多样性和结构组成存在一定差异,包括毛螺菌属、纺锤链杆菌属、结肠杆菌等与血脂代谢、血糖调节过程相关的菌群在两组间的丰度存在显著差异。调节肠道菌群的结构及丰度可能是改善家兔饲料利用效率的有效途径。

基于16S rDNA测序分析云南高原世居汉族高血压患者肠道菌群的差异

目的:采用16S rDNA测序技术分析云南高原世居汉族新诊断高血压患者与健康人群肠道菌群的差异。方法:基于中国多民族队列(CMEC)的基线调查数据,将云南丽江永胜县汉族新诊断高血压患者分为未用药组(H组)23例,高血压药物治疗组(HM组)13例,以健康人群26例作为对照(C组)。收集3组血液、粪便样本,用于血液生化指标检测及16S r DNA测序技术分析。结果:α多样性结果显示,与C组相比,H组肠道菌群物种丰富度下降(P=0.037);β多样性结果显示,3组比较差异具有统计学意义(R^(2)=0.047,P=0.043),其中HM组与C组差异最为显著(R^(2)=0.0552,P=0.005)。在属水平上,与C组比较,H组双歧杆菌、柯林斯杆菌属、苏黎世杆菌属等7个菌属丰度显著降低,而肠球菌属丰度显著增高(均P<0.05)。H组与C组Spearman相关性分析结果显示,双歧杆菌属和柯林斯杆菌属与收缩压(SBP)和舒张压(DBP)呈负相关关系(P<0.05)。受试者工作特征(ROC)曲线分析显示,双歧杆菌和柯林斯杆菌作为高血压疾病的微生物标志物的曲线下面积(AUC)为0.78。结论:云南高原世居汉族人群高血压疾病的发生、发展与肠道菌群紊乱相关,表现为有益菌减少,有害菌增加;双歧杆菌和柯林斯杆菌或可作为高原地区人群高血压的微生物标志物,补充有益菌和调整饮食结构可预防和改善高血压。

基于16S rDNA测序分析柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响

为探究柔嫩艾美耳球虫感染对鸡盲肠菌群的影响,采集对照组和球虫感染组雏鸡盲肠内容物,提取DNA,16S rDNA测序分析鸡盲肠菌群丰度、多样性的变化,采用粪菌移植验证正常鸡肠道菌群对柔嫩艾美耳球虫感染的保护作用。16S rDNA测序结果显示,柔嫩艾美耳球虫感染后盲肠内菌群丰度、多样性显著降低。在门水平上,感染前,两组雏鸡盲肠的优势菌门均为厚壁菌、变形菌、放线菌;感染后厚壁菌门丰度下降,变形菌门、放线菌门的丰度上升,差异显著(P<0.05),感染组出现了拟杆菌门。在属水平上,与对照组相比,感染组鸡盲肠微生物菌群中乳杆菌属、埃希菌-志贺菌属、拟杆菌属、罗姆布茨菌属、棒状杆菌属、肠球菌属、变形杆菌属丰度增加但差异不显著(P>0.05),毛螺菌科未定属、瘤胃球菌属、梭菌UCG-014、瘤胃球菌科未定属丰度显著下降(P<0.05),GCA-900066575丰度降低但差异不显著(P>0.05)。粪菌移植结果显示,与生理盐水移植组相比,盲肠内容物移植组和粪便菌移植组能显著减轻柔嫩艾美耳球虫感染后鸡增重降低的影响,减轻盲肠损伤,卵囊产量显著下降(P<0.05)。盲肠内容物移植组和粪便菌移植组的抗球虫指数分别为173.12和164.38,可以抵抗柔嫩艾美耳球虫的感染。以上结果表明,柔嫩艾美耳球虫感染破坏了原始肠道菌群,鸡盲肠的组成和结构被改变,促进了以埃希菌-志贺菌为代表的致病菌快速生长和定殖,而正常鸡肠道内存在益生菌,可保护机体对抗柔嫩艾美耳球虫感染。

基于16S rDNA测序探析早发性卵巢功能不全肾虚肝郁证患者肠道菌群的特征

目的:基于16S rDNA测序探讨早发性卵巢功能不全(POI)肾虚肝郁证患者肠道菌群的群落结构变化。方法:纳入POI肾虚肝郁证患者60例(POI组),招募健康志愿者30例(健康对照组)。通过16S rDNA高通量测序分析POI肾虚肝郁证患者及健康志愿者的肠道菌群特征,并进行对比分析。结果:与健康对照组比较,在门水平上POI组拟杆菌门等相对丰度升高,而厚壁菌门、放线菌门等相对丰度降低,在属水平上POI组普雷沃氏菌属、拟杆菌属和梭状芽胞杆菌属XIVa等相对丰度升高,而粪杆菌属等相对丰度降低。结论:POI患者与健康人群在肠道菌群上存在差异,肠道菌群之间的比例失调可能引起机体内环境紊乱,诱导POI发生。

基于16S rDNA测序分析酒精性脂肪肝病进展中小鼠肠道菌群变化

目的:采用16S rDNA测序技术分析酒精性脂肪肝病(AFLD)发展过程中小鼠肠道菌群的变化,并探讨小鼠AFLD进展的可能机制。方法:将60只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组(35只)和模型组(25只)。适应性喂养5 d后,对照组小鼠每天喂食Lieber-DeCarli对照流质饲料(TP4030C),模型组小鼠每天喂食含有4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料(TP4030B),连续30 d后,采用苏木精—伊红(HE)染色法观察肝脏病理变化;16S rDNA测序法分析肠道菌群组成结构。结果:与对照组相比,AFLD模型组小鼠肠道菌群的α多样性结果显示其物种丰富度降低(P<0.05)。Beta多样性结果表明两组小鼠肠道菌群结构组成和丰度存在显著差异(P<0.05)。与对照组相比,模型组粪杆菌属(Faecalibaculum)、杜博菌属(Dubosiella)、异杆菌属(Allobaculum)、瘤胃球菌属UCG-013(Ruminococcaceae UCG-013)等菌属相对丰度升高,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺菌属(Lachnospiraceae NK4A136 group)等菌属相对丰度降低。模型组小鼠肠道菌群在丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性显著增加(P<0.05)。结论:含4%乙醇的Lieber-DeCarli流质饲料成功构建了AFLD C57BL/6小鼠模型,AFLD小鼠肠道菌群的结构和组成均发生变化,酒精可能通过破坏肠道微生物稳态,增加丙氨酸转移酶、谷胱甘肽水解酶和组蛋白乙酰转移酶通路活性加快AFLD的进展。

16S rDNA测序快速鉴定废水生物处理系统目标细菌

在废水生物处理系统中建立分子生物学技术快速鉴定有关微生物,具有十分重要的意义.以发酵法生物制氢系统的活性污泥分离培养的厌氧发酵细菌为研究对象,采用16S rDNA碱基测序分子生物学技术,通过生物信息学数据库NCBI将DNA序列输入、比对,可以直接鉴定从废水生物处理系统中分离培养的细菌进行种属科的系统发育学地位的判定,从而简化了细菌鉴定程序.通过16S rDNA测序技术,进行了分离产氢细菌的分子生物学鉴定,发现生物制氢厌氧活性污泥中所分离的细菌可能存在的菌属有:Lactobacillus,Clostridium,Klebsiella,Propionibacter-ium和可能新发现的1个新属Biohydrogenbacterium等5个菌属的菌种,其中新属Biohydrogenbacterium的菌种都以利用碳水化合物生产氢气为其主要特征.16S rDNA测序技术为废水生物处理系统的细菌学研究提供了方便、准确和经济的技术基础.

基于16S rDNA测序分析启脾益肺方对艰难梭菌相关性腹泻小鼠肠道菌群的影响

目的通过16S rDNA测序探讨启脾益肺方对艰难梭菌相关性腹泻(Clostridium difficile associated diarrhea, CDAD)小鼠肠道菌群的影响。方法用艰难梭菌菌株VPI10463感染C57BL/6小鼠,建立CDAD小鼠模型,随机分为CDAD模型组和启脾益肺中药组,另设正常对照组。正常对照组予以常规处理,CDAD模型组造模后不予治疗,启脾益肺中药组造模后予以中药启脾益肺方治疗,治疗结束后,取小鼠粪便通过16S rDNA测序行各组小鼠肠道群落多样性和菌落组成结构分析。结果与CDAD模型组相比,启脾益肺组小鼠的生存率较高(P<0.01),肠道菌群多态性分析提示启脾益肺组和正常对照组比CDAD模型组有更丰富的物种多样性。物种组成分析提示启脾益肺组小鼠与正常对照组都比CDAD组含有更多的拟杆菌、乳酸杆菌和丹毒丝菌。肠道菌落物种LefSe分析显示启脾益肺组小鼠比CDAD组含有更多的拟杆菌、红椿菌和丹毒丝菌。结论启脾益肺中药可以提高肠道菌落物种多样性,增加CDAD小鼠肠道拟杆菌、乳酸杆菌、红椿菌和丹毒丝菌的含量,修复CDAD小鼠肠道菌群紊乱。

ε-多聚赖氨酸产生菌的筛选及16SrDNA测序鉴定

利用ε-多聚赖氨酸(ε-PL)与亚甲基蓝在静电排斥的作用下能够形成透明圈的性质,初步筛选出10株产ε-PL的菌。然后摇瓶发酵复筛,根据发酵上清液与DR(dragendorff)试剂反应和纸层析两者均成阳性反应,以及参照Itzhaki方法计算发酵产物中ε-PL产量,从而筛选出编号为4#、8#、Y#的三株产量较高的菌株,其ε-PL产量分别达到0.757、0.751、0.808g/L。再采用基于16S rDNA序列分析和系统发育分析的方法,对4#、8#、Y#三株菌进行分子生物学鉴定,最终确定4#可能是Delftia acidovorans,8#可能是Stenotrophomonas maltophilias,Y#可能是Streptomyces griseolus。

基于微生物16S rDNA测序技术研究高脂血症豚鼠肠道菌群的变化

目的利用微生物16S rDNA测序技术研究高脂血症豚鼠肠道菌群的变化情况。方法豚鼠随机分为对照组和模型组,每组10只。高脂喂养8周复制高脂血症模型。第8周末测定豚鼠血清总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDLC)和高密度脂蛋白胆固醇(HDLC)水平;剖取肝脏、主动脉和结肠,HE染色观察肝脏、主动脉和结肠组织形态学变化; 16S rDNA测序检测豚鼠肠道内容物微生物组成和比例的变化情况。结果与对照组相比,模型组豚鼠血清TC、TG、LDLC和HDLC水平均显著升高(P<0.01);组织形态学显示,模型组豚鼠均出现重度脂肪肝病变,但仅1只模型组豚鼠出现少量泡沫细胞聚集。16S rDNA基因序列分析显示,与对照组相比,在门分类学水平上,模型组豚鼠肠道互养菌门细菌比例显著增加(P<0.05);在属分类学水平上,模型组豚鼠肠道毛螺旋菌NK4A136、瘤胃球菌、幽门螺杆菌、Odoribacter、Allobaculum和Caldicoprobacter细菌比例显著降低(P<0.05),依赖杆菌、毛螺旋菌XPB1014、锥形杆菌和Enterorhabdus细菌比例明显升高(P<0.05)。结论高脂血症豚鼠肠道菌群的组成及比例发生了明显变化。该实验结果为基于肠道菌群研究高脂血症作用机制奠定了理论基础。

三株益生芽孢杆菌的16S rDNA测序鉴定

饲用微生物添加剂为一种活菌制剂，具有改善宿主微生态平衡而发挥有益作用，提高动物健康水平和健康状态、促进动物生长发育、提高动物生产性能。微生态制剂的菌种选择是动物微生态制剂技术成败的关键之一，1989年美国食品与药品管理局与美国饲料协会发布了可以直接饲喂动物的微生物种类有42种，

基于16S rDNA测序技术分析实验用猫的肠道菌群特征

目的通过16S rDNA高通量测序研究不同品种和不同性别实验用猫肠道菌群的变化特征。方法选取实验用猫21只,根据实验用猫的品种和性别进行分组,按品种分组(普通组=12只、品种组=9只),按性别分组(雄性组=9只、雌性组=12只)。采取猫的粪便样本,提取DNA,PCR扩增,利用通过16S rDNA高通量测序进行菌群结构及多样性的差异分析。结果实验用猫门水平的优势菌为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门(相对丰度之和大于96%)。属水平相对丰度水平较高的菌群为链球菌属、肠球菌属、欧鲁森氏菌属、普雷沃氏菌属、双歧杆菌属和柯林斯菌属。性别可对实验用猫肠道菌群的构成产生影响,且雄性猫和雌性猫之间存在丰度有统计学差异的菌种。相较于雌性猫,普雷沃氏菌属、柔嫩梭菌属和土孢杆菌属在雄性猫的肠道中的相对丰度增加(t检验,P<0.05)。结论利用16S rDNA高通量测序分析了实验用猫的肠道菌群的组成、丰度等基本特点,并阐述了性别及品种对实验用猫肠道菌群物种组成的影响。

基于16S rDNA测序的巢湖流域水体粪便污染溯源

排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题,快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术(Community-based microbial source tracking)以及高通量DNA测序技术(Nextgeneration sequencing,NGS),对污染源中微生物和环境样本中的微生物群落进行比较分析,进而对水体中粪便污染来源进行预测。本文利用16S rDNA测序,系统分析与比较了巢湖流域水体、沉积物样本与广泛的潜在污染源(包括村庄与养猪场污水,野生水鸟粪便,人类与家禽、家畜粪便)的细菌群落组成,同时,利用基于机器学习的溯源软件FEAST与Sourcetracker,对水体、沉积物样本的潜在污染源进行了预测。结果表明:水体与沉积物样本的微生物多样性显著高于粪便样本,其中巢湖水体与河流沉积物样本具有最高的物种多样性,同时样本中也存在大量未分类物种。变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes)广泛分布于所有样本中。溯源分析结果表明,村庄排污口与污水处理厂排污口样本是河水样本最主要的污染来源,沉积物与湖水样本则预测存在猪场排污水与野生水鸟粪便的污染,所有样本未检测到来自人粪与鸡粪的污染。

基于16S rDNA测序探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群特征

背景食管癌是我国的高发肿瘤之一,其发病与死亡人数均为世界平均水平的2倍以上。在我国大多数食管癌发现时已是中晚期,预后较差,所以迫切需要早期诊断及干预治疗,目前肠道菌群在食管癌诊断及治疗中的作用备受关注。目的探索食管鳞状细胞癌患者肠道菌群基本特征。方法纳入2022年4—8月就诊于河北医科大学第四医院未经任何抗肿瘤治疗的食管鳞状细胞癌患者35例作为食管癌组,健康志愿者35例作为对照组。收集两组人群粪便标本,应用16S rDNA技术检测肠道菌群,根据检测结果物种注释情况分析两组人群肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性〔主坐标分析(PCoA)〕及菌群物种差异性〔线性判别分析及影响因子(LEfSe)分析〕。结果两组人群肠道菌群Alpha多样性香农(Shannon)、辛普森(Simpson)、Chao1、ACE及Goods_coverage指数比较均无明显差异(P>0.05);而PCoA图显示两组样本整体上相距较远,群落结构存在差异(t=10.837,P<0.001)。两组人群肠道菌群T-test检验结果在属水平共有16类菌属的丰度存在明显差异,相对丰度较高的前8位菌属中,食管癌组栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罗斯氏菌属(Roseburia)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)丰度低于对照组,乳杆菌属(Lactobacillus)、罗姆布茨菌属(Romboutsia)、瘤胃球菌属组(Ruminococcus_torques_group)、肠杆菌属(Intestinibacter)、土杆菌属(Turicibacter)丰度高于对照组(P<0.05)。LEfSe分析结果显示14种肠菌丰度存在差异,在属及种水平上与对照组相比,食管癌组Faeculibacterium及普拉梭菌(Faecalibacterium-prausnitzii)丰度降低,Romboutsia及Rombutsia-ilealis丰度升高(P<0.05)。结论食管鳞状细胞癌患者具有显著性差异肠菌,其中Faecalibacterium、Faecalibacterium-prausnitzii、Romboutsia及Rombutsia-ilealis可能是食管癌特异性改变物种,与食管癌发生密切相关。

基于16S rDNA测序分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群结构

旨在通过16S rDNA测序技术分析腹腔注射苦参碱的昆明小鼠肠道菌群的结构。本研究将20只昆明小鼠随机分为2组,分别是苦参碱组(MT组)和阴性对照组(NC组),连续腹腔给药5 d,每天给药2次,收集各组粪便和各肠段组织,进行β多样性、Lefse及Metastats分析,qPCR检测差异菌种在各肠段的mRNA表达量,通过KEGG分析肠道菌群变化导致的代谢途径差异。稀释曲线结果显示,所测样本数据足以反映样品中物种多样性;β多样性分析结果显示,苦参碱可以调节肠道菌群的结构,Lefse及Metastats分析结果均显示,苦参碱显著增加了拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌目(Bacteroidales)、Muribaculaceae、益生菌嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)的丰度,而显著减少了厚壁菌门(Firmicutes)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和脱硫弧菌属(Desulfovibrio)的丰度。与Lefse及Metastats分析结果一致,qPCR结果显示苦参碱组小鼠粪便中嗜酸乳杆菌含量增加。同时,苦参碱可以增强嗜酸乳杆菌在各肠段的定植。通过KEGG分析发现,NC与MT组之间在聚糖的生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径存在显著差异。本研究结果表明,腹腔注射苦参碱可以显著改变昆明小鼠肠道菌群的结构,增加有益菌嗜酸乳杆菌在肠道中的定植,并造成了聚糖生物合成与代谢、运输与分解代谢等代谢途径的差异,为进一步揭示苦参碱发挥药效作用的机理奠定了基础。

基于16S rDNA测序技术探索白头翁汤灌肠对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的采用不同剂量白头翁汤对比美沙拉嗪干预治疗湿热型溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)大鼠,观察肠道菌群是否参与了UC的发病过程及药物治疗前后肠道菌群的变化情况。方法随机将62只SD健康雄性大鼠分为正常组,模型组,白头翁汤低、中、高剂量组和美沙拉嗪组,其中正常组12只,其余各组10只。采用三硝基苯磺酸/乙醇复合法复制UC大鼠模型。模型复制成功后,白头翁汤低、中、高剂量组分别以白头翁汤每日2.15、4.31、8.62 g/kg灌肠,美沙拉嗪组予以美沙拉嗪灌肠液每日0.35 g/kg灌肠,正常组和模型组予以生理盐水灌肠,连续给药14 d。治疗结束后观察各组大鼠一般情况和疾病活动指数,光镜下观察结肠病理变化,并收集大鼠结肠新鲜的粪便,提取粪便微生物DNA,测序及分析PCR扩增基因组DNA,采用Miseq平台测序。结果①与模型组相比,白头翁汤各剂量组和美沙拉嗪组体质量逐渐回升,便血及腹泻次数减少。②与模型组比较,白头翁汤各剂量组、美沙拉嗪组疾病活动指数评分明显降低,差异均有统计学意义(P<0.05)。③模型组大鼠菌群丰度、多样性均降低,白头翁汤及美沙拉嗪治疗后菌群丰度及多样性均有提升。④模型组大鼠厚壁菌门与拟杆菌门比值较正常组升高,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后二者比值回调。⑤在菌群构成方面,UC大鼠较正常大鼠具有较低的普氏菌属、乳杆菌属生物丰度,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后可回调普氏菌属、乳杆菌属益生菌丰度。结论肠道菌群参与了UC的发病过程,白头翁汤和美沙拉嗪可能通过调节肠道益生菌而起到对于疾病的治疗作用。

应用16S rDNA测序分析肝、肾脓肿的病原菌特点

目的比较16S rDNA测序及传统培养在肝、肾脓肿病原菌检测中的价值,分析肝、肾脓肿病原菌特点和组成差异。方法收集2019年12月—2020年12月某院接受经皮穿刺引流治疗的32例患者(肝脓肿24例,肾脓肿8例)的脓肿引流液,采用传统培养和16S rDNA测序进行病原菌的鉴定,对比分析16S rDNA测序结果中肝、肾脓肿的菌群特点。结果脓肿引流液的传统培养结果为26例(81.25%)阳性,6例(18.75%)阴性(其中肝脓肿3例,肾脓肿3例),16S rDNA测序阳性率为100%。肝、肾脓肿组微生物菌群丰度相近,堆叠柱状图及主成分分析提示两组病原菌构成存在显著差异。线性判别式分析图提示肝脓肿组菌群以变形菌纲、肠杆菌目、肠杆菌科、克雷伯菌属为主要特征差异细菌菌类;肾脓肿组菌群以丛毛单胞菌科、分枝杆菌科、变形杆菌属、短芽孢杆菌属、解纤维素根瘤菌属、毛螺菌属、纤毛菌属、嗜糖假单胞菌属、分枝杆菌属、Thermicanus菌属,以及Saccharimonadaceae菌属为主要特征差异细菌菌类。结论16S rDNA测序对于肝、肾脓肿的病原菌检测能力优于传统培养,肝、肾脓肿组病原菌组成存在差异,16S rDNA测序是深入了解肝、肾脓肿病原菌特点的有效方法。

16S rDNA测序检测海南地区腹泻型肠易激综合征患者肠道菌群的变化

目的观察海南地区腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome-diarrhea,IBS-D)患者肠道菌群变化。方法收集2020年10月至2021年10月在海南医学院第一附属医院消化内科就诊,符合罗马Ⅳ标准确诊为IBS-D患者30例作为IBS-D组,招募30名健康体检者作为健康对照组。比较两组一般资料、症状严重程度量表(IBS-SSS)评分、宗氏焦虑自评量表(Z-SAS)评分及宗氏抑郁自评量表(Z-SDS)评分,粪便细菌涂片检查球杆比例,应用16S rDNA测序对比IBS-D患者与健康对照组肠道菌群差异。结果两组一般资料比较,差异无统计学意义(P>0.05);两组IBS-SSS评分、焦虑/抑郁自评量表评分、粪便细菌涂片检查球杆比例比较,差异有统计学意义(P<0.05)。应用16S rDNA测序检测肠道菌属水平,瘤胃球菌(Ruminococcus_gnavus)丰度增加,普氏栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)、直肠无杆菌属(Agathobacter)、毛螺杆菌科(Lachnospiraceae)、丹毒丝菌属(Erysipelotrichaceae)、罗斯氏菌属(Roseburia)、粪球菌属(Coprococcus)丰度减少,差异有统计学意义(P<0.05)。结论海南地区IBS-D患者菌群优势菌减少,条件致病菌增加。

基于16S rDNA测序分析生态养殖对猪粪细菌群落的影响

【目的】现代生态猪场养殖技术与传统技术大不相同,通过对转换养殖模式的猪群粪便细菌组成进行分析,并关注物种多样性和群落结构的变化特点,从而探究现代生态猪场养殖技术对猪肠道菌群结构的影响。【方法】从传统猪场选取8头体重相近的育肥猪转移至生态猪场蓄养,每隔10 d取其粪便样本,直至达出栏月龄。对每个时期的粪便混合样本进行16S rDNA高通量测序,通过生物信息软件分析测序数据,以微生物16S rDNA基因序列分类单元(operational taxonomic units,OTUs)对其进行分类学物种注释,从而分析其物种多样性、群落结构的情况与变化规律。【结果】从传统猪场转移至生态猪场后猪粪细菌群落结构产生变化,且在培育时段内其多样性和丰富度均有所提高,以变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等为优势菌门;优势菌属为不可培养细菌、沉积物漠河杆菌(Moheibacter)等。在出栏前粪便中常见致病菌如伊丽莎白金菌(Elizabethkingia)、志贺氏埃希氏菌(Escherichia-Shigella)、棒状杆菌(Corynebacterium)等丰度均降至较低,但益于肠道消化的细菌如乳酸杆菌(Lactobacillus)、密螺旋体(Treponema)、梭菌(Clostridium)等丰度均有所提升。【结论】该猪群在现代生态猪场养殖技术培育下菌群结构发生较大改变,并形成与其他普通猪场不同的优势菌群。