基于16S rRNA测序的观赏桃根系微生物多样性研究

观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Shannon多样性指数存在显著差异,“紫叶垂枝”(ZYCZ)显示出最高的多样性,而“中二乔”(ZEQ)和“烟云”(YY)等品种的多样性较低。此外,“紫叶垂枝”(ZYCZ)在特定分类群中的相对丰度较高,表现出明显的优势地位。研究还揭示了根际微生物群落之间的显著互作关系,如变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)之间的正相关关系,以及有益微生物与病原菌之间的负相关关系。本研究为观赏桃根际微生物群落的多样性和互作关系提供了新的见解,有助于优化观赏桃的种植和管理策略。未来将进一步研究微生物群落在根际环境中的具体功能、微生物-植物互作机制、环境因素的影响以及群落的长期动态变化,旨在提升观赏植物的健康生长和农业生产的可持续性。

16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎手术时机选择的研究

目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例患者为对照组。采用HiSeq测序平台,借助双端测序模式进行高通量二代测序,比较两组多样性指数、优势均属丰度及不同优势菌比值等;绘制受试者操作特征(ROC)曲线,分析16S-rRNA测序技术的指导价值。结果60例患者60份样本中共获得细菌84个,且两组样品均为副杆状菌属最高,其次为Ruminococcus、Blautia、Aeromonas和Fusobacterium;两组肠道菌群上述菌门丰度存在差异(P<0.05);从粪便标本中共获得有效序列7347481条,人均130857条,测序平均覆盖度为(92.15±5.61)%;观察组手术治疗的NEC患儿中香农-维纳(Shannon)及辛普森多样性(Simpson)指数低于对照组内科保守治疗患儿,差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线结果表明,16S-rRNA测序技术在NEC患儿手术时机选择中的指导AUC为0.846,指导灵敏度为87.51%,特异度为83.16%。结论NEC患儿常伴有肠道细菌基因组改变,且菌群结构的变化与患儿病情严重程度有关,通过16S-rRNA测序技术能指导NEC患儿手术治疗时机。

基于16S rRNA测序的1型和2型糖尿病大鼠肠道菌群差异

通过16S rRNA测序分析T1DM与T2DM大鼠肠道菌群的差异。Alpha多样性分析显示,T1DM组和T2DM组肠道菌群多样性和均匀度均高于对照组,Beta多样性分析显示不同组样本间存在差异且有很好的聚类。在门水平上,T1DM和T2DM大鼠肠道菌群以Firmicutes和Bacteroidetes为主,Firmicutes/Bacteroidetes(F/B)比例相比于对照组增加,且T2DM组高于T1DM组。与对照组相比,T1DM组Actinobacteria丰度显著增加,Anaerofustis丰度显著降低。在T2DM大鼠中,Proteobacteria、Oscillospira丰度显著增加。Oscillospira丰度在T2DM组增加,在T1DM组无明显差异。Rhodococcus为T1DM组的特有属,Coprobacillus和Roseburia为T2DM组的特有属。研究结果表明大鼠肠道菌群失调与T1DM和T2DM密切相关,可为T1DM和T2DM患者的个性化治疗提供科学依据。

基于16S rRNA测序分析高强度聚焦超声治疗子宫肌瘤前后患者阴道微生态的变化

目的:从菌群总体角度分析和比较高强度聚焦超声(HIFU)治疗子宫肌瘤前后患者阴道微生态的变化,探讨HIFU治疗子宫肌瘤对患者阴道微生态的影响。方法:选取10例因单发子宫肌瘤接受HIFU治疗的女性入院时的阴道分泌物为对照组,同时采集10例在HIFU治疗后1个月的阴道分泌物为实验组。提取菌群总基因组DNA,扩增16S rRNA V4区基因片段后测序,利用生物信息学分析技术分析20例样本的微生物组成及微生物菌群差异。结果:基于菌门级别分类,文库内所有序列分属10大门,厚壁菌门在两分组文库中的数量都是最多,其中乳酸杆菌为优势菌属,HIFU治疗前后阴道菌群结构未见显著差异,而以个体为特点区分聚类;α多样性分析表明HIFU治疗前后α多样性无显著差异(P>0.05);β多样性分析表明HIFU治疗前后两组生殖道细菌谱有广泛的相似性和重叠性;对照组与实验组之间物种总数及微生物多样性无显著差异(P>0.05);ANOSIM相似性分析展示组间无统计学差异(P>0.05)。结论:HIFU治疗子宫肌瘤不会破坏患者阴道微生态,具有较高的安全性及良好的预后,能有效改善患者生活质量降低并发症发生率,可成为子宫肌瘤新的重要治疗模式,值得临床推广与应用。

基于全长16S rRNA测序的电磁辐射环境人群口腔菌群特征研究

目的:描述和比较工作环境中存在电磁辐射人群与普通工作环境人群口腔菌群分布特征及差异,为电磁辐射损伤的早期防护提供潜在筛查方法及依据。方法:2023年10~12月期间随机抽取某两家单位工作人员共130人为研究对象,依据其工作环境分为电磁辐射工作环境组(JMS组,n=65)与普通工作环境组(BJ组,n=65),收集两组口腔唾液标本并提取DNA,通过高通量基因测序平台对其16S rRNA进行测序,研究并比较两组口腔菌群构成特征。结果:β多样性分析结果表明JMS组与BJ组口腔菌群结构存在统计学差异(P<0.01)。口腔菌群构成中,在门水平上,两组拟杆菌门、梭杆菌门的相对丰度存在统计学差异(P<0.05);在纲水平上,两组芽孢杆菌纲、梭杆菌纲、梭菌纲的相对丰度均有极显著差异(P<0.001),而放线菌纲、红蝽菌纲、蒂西耶氏菌纲和拟杆菌纲的相对丰度有显著差异(P<0.05)。LEfSe差异分析结果表明,JMS组具有独特的菌群结构,有11种菌显著富集,分别为梭菌纲、微黄奈瑟氏球菌A、管道杆菌属、诺曼管道杆菌、细小口腔杆菌、梭杆菌门、梭杆菌纲、梭杆菌目、不解糖口腔杆菌、龈沟产线菌、梭杆菌科。此外,菌群功能预测结果显示,JMS组口腔菌群在免疫系统途径、抗肿瘤药耐药性途径、能量代谢途径上的富集程度高于BJ组;BJ组在碳水化合物代谢途径、膜传输途径的富集程度高于JMS组。结论:普通工作环境和电磁辐射工作环境下人群具有不同的口腔微生物特征与菌群代谢特征,且表现在多个分类水平上,提示电磁辐射工作环境可能对人口腔菌群分布特征产生影响,未来仍需进一步证实和探索。

基于16S rRNA测序对2型糖尿病患者肠道菌群特征的分析

目的分析比较2型糖尿病患者(T2D)与正常人群肠道菌群结构、丰度及多样性的差异。方法收集30例临床粪便样本(健康样本15例为研究组,2型糖尿病病例样本15例为对照组),应用Illumina MiSeq高通量测序技术进行Alpha、Beta多样性分析,比较研究组和对照组肠道菌群丰富度和多样性以及两组间的肠道菌群差异。采用Tax4Fun软件进行差异菌群功能预测。结果研究组和对照组OTU共有1565个,其中两组共有OTU为767个。与对照组比较,研究组肠道菌群α多样性下降;Unweighted Unifrac距离显著降低,差异有统计学意义(P<0.05),β多样性存在差异。在门水平上,研究组中厚壁菌门(Fimicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)的相对丰度明显高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线杆菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)相对丰度低于对照组。在属水平上,研究组克雷伯氏菌(Klebsiella)、普拉梭菌(Faecalibacterium)的相对丰度明显高于对照组,狄氏副拟杆菌(Parabacteroides)、普雷沃菌(Prevotella)、艾克曼菌(Akkermansia)、双歧杆菌(Bifidobacterium)的相对丰度明显低于对照组。线性判别效应(LEfSe)分析发现糖尿病可选择克雷伯菌属作为关键的生物标志物,对照组可选择双歧杆菌属、艾克曼菌属、普雷沃氏菌属、狄氏副拟杆菌属作为关键的生物标志物。通过差异菌群进行KEGG代谢通路分析发现组间25条KEGG代谢通路存在显著差异,研究组的能量代谢和糖代谢等代谢途径均有上调。结论研究组和对照组肠道菌群丰度上具有显著差异,可作为2型糖尿病诊断和治疗靶标的候选标志菌群。

应用16S rRNA测序技术分析冷暖季节放牧牦牛瘤胃细菌区系特征的研究

试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、BT组(冷季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、DO组(暖季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)和DT组(冷季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)。结果表明,在门水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中拟杆菌门、软壁菌门丰度在冷季明显高于暖季,而厚壁菌门和互养菌门的丰度在暖季明显高于冷季。在属水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中产酸糖酵菌属、Papillibacter的菌属丰度在冷季明显高于暖季,而未分类-普雷沃氏菌属和欧氏菌属丰度明显降低。功能预测中显示,在冷季时期1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃微生物区系中的聚糖生物合成与代谢功能、酶家族和脂质代谢和运输和分解代谢功能等相关基因的表达量明显高于暖季,而翻译功能相关的基因表达量明显低于暖季。研究表明,暖季放牧牦牛瘤胃水解产物降解菌群在种类、数量、能量代谢等方面均高于冷季,表明暖季放牧更有利于牦牛瘤胃细菌区系的生长发育。

基于16S rRNA测序分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化

为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7 d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属。结果显示:冰鲜鸡腐败过程中微生物丰富度和均匀度均显著下降,保存5 d和7 d样本与保存1 d和3 d样本微生物组成存在显著差异,4 d可能为冰鲜鸡腐败变质的临界点;筛选到27个冰鲜鸡腐败相关的候选菌属,其中肉食杆菌属、沙雷氏菌属和发光杆菌属可能为引起冰鲜鸡腐败变质的优势菌属。研究结果有助于加深对冰鲜鸡腐败变质机理的理解。

AVMCD:基于16S rRNA测序的微生物群落多样性分析与可视化平台

传统的技术手段已逐渐难以适应现代生物技术的发展,随着以16S rRNA为代表的第二代高通量测序技术飞速发展,微生物群落多样性研究已进入分子时代,但要分析庞大的测序数据并从中找寻存在的关联还是给生物学家带来诸多现实困难.为帮助研究者更快更好地掌握微生物群落多样性的信息,开发了AVMCD(analysis and visualization of microbial community datasets)生物信息平台,提供基于16S rRNA测序的专业在线分析及可视化服务.AVMCD坚持友好快捷的交互方式,注册用户只需上传待分析的数据,根据提示简单设置参数,即可由平台自动展开专业的序列分析,并将结果以丰富的可视化形式呈现给用户.

基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P<0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P<0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P<0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P<0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。

基于16S rRNA测序技术对不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系的比较分析

试验旨在比较分析不同年龄放牧公牦牛肠道细菌区系特征,为牦牛肠道微生物功能调控规律提供理论基础。采集青海省玉树州歇武镇0.5(Ac组)、1.5(Bc组)、2.5(Cc组)、3.5岁(Dc组)放牧公牦牛直肠粪便,采用16S rRNA测序技术对不同年龄牦牛肠道细菌区系进行测序分析。使用Qiime软件进行Alpha多样性和Beta多样性分析,用R软件绘制PCoA图,使用Anosim函数进行组间差异显著性检验,利用Mothur方法与SILVA132的SSUrRNA数据库进行物种注释分析,并利用Tax4Fun对肠道细菌进行功能预测。结果表明,年龄对肠道细菌区系操作分类单元(OTUs)数目和Simpson指数有显著影响(P<0.05),Simpson指数在Cc组最低;Beta多样性分析结果显示,Cc分别与Ac、Dc组之间、Ac与Dc组之间有显著差异(P<0.05)。在门水平上,各组厚壁菌门所占丰度最高,拟杆菌门居于第二。Bc和Cc组厚壁菌门相对丰度显著高于Ac和Dc组(P<0.05),疣微菌门相对丰度在各年龄组之间有显著差异(P<0.05),且Cc组最高;在属水平上,随着年龄的增加,拟普雷沃菌属丰度逐渐增加(P<0.05),一些非优势菌属罗姆布茨菌属、颤杆菌属、艾克曼菌属和Mailhella在组间存在显著差异(P<0.05);功能预测结果表明,牦牛肠道细菌区系的代谢功能显示出最高的相对丰度,在各组中相对丰度均超过44%。Cc组氨基酸代谢、信号转导和细胞运动功能基因表达丰度显著高于Ac和Dc组(P<0.05),Ac、Bc和Dc组之间功能基因表达丰度无显著差异(P>0.05)。综上,随着年龄增长,放牧公牦牛肠道细菌区系多样性发生变化;2.5岁牦牛肠道细菌区系的变化提示此阶段牦牛的蛋白质消化代谢和免疫能力较高,为育肥饲养提供了良好的基础。

基于16S rRNA测序揭示杜洛克猪早期体重与肠道微生物的关系

本研究旨在探讨肠道微生物与杜洛克猪早期体重的关系。从91头80日龄杜洛克公猪中根据个体体重排序选择体重较轻(lighter body weight,LBW)的9头猪和体重较重(heavier body weight,HBW)的9头猪。通过对16S rRNA基因V3-V4区测序,分析了HBW和LBW组猪粪便中微生物多样性、组成和预测功能。结果显示,HBW和LBW组之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。杜洛克仔猪肠道微生物的核心菌门为厚壁菌门(HBW和LBW组分别为65.62%和66.57%)和拟杆菌门(HBW和LBW组分别为30.87%和29.80%),核心菌属为普雷沃菌属(HBW和LBW组分别为23.82%和20.84%)、乳杆菌属(HBW和LBW组分别为9.11%和16.55%)、未分类的瘤胃菌科(HBW和LBW组分别为10.32%和9.98%)和未分类的毛螺菌科(HBW和LBW组分别为6.33%和4.53%)。PCoA分析显示,肠道微生物在杜洛克仔猪个体之间差异较小,但两组间在微生物组成上存在一些显著差异的菌属。在属水平上,HBW组猪中北里孢菌属、g_norank_o_Tremblayales、未命名的丹毒丝菌属、未分类的普雷沃氏菌科和粪芽孢菌属的丰度显著高于LBW组(P<0.05),棒状杆菌属在LBW组中的丰度显著高于HBW组(P<0.05)。此外,KEGG通路差异分析发现,倍半萜类化合物生物合成、胰岛素信号通路、抗坏血酸和醛酸代谢及安沙霉素类合成的途径显著富集于HBW组(P<0.05),分泌系统途径显著富集于LBW组(P<0.05)。本研究结果有助于理解猪早期肠道微生物与宿主间的相互作用和猪的健康养殖。

正常和腹泻水貂肠道微生物16S rRNA测序差异性分析

为调查正常水貂和腹泻水貂肠道菌群差异及发病原因,本试验采集了正常和腹泻水貂的粪便进行16S rRNA测序,并展开微生物物种的分布和丰度聚类差异分析。结果显示,与正常水貂相比,腹泻水貂中厚壁菌门所占比例显著增多(P<0.05),变形菌门和丙型变形菌纲所占比例显著减少(P<0.05);梭菌纲、梭菌目、巴氏杆菌目、巴氏杆菌科、链球菌科、梭菌科、巴氏杆菌属、梭菌属、链球菌属、放线杆菌属所占比例均极显著增多(P<0.01),肠杆菌目、肠杆菌科、肠球菌科、沙雷氏菌属、肠球菌属所占比例均极显著减少(P<0.01)。由此可知,水貂肠道微生物中巴氏杆菌属、梭菌属、放线菌属、链球菌属等多种致病菌群占比及相对丰度显著增加是导致水貂腹泻的原因之一。本试验通过分析得出正常和腹泻水貂肠道内菌种的差异,对疾病的诊断和治疗有一定的意义,并对微生态制剂的发展提供了数据支持。

16S rRNA测序法鉴定致皮下软组织感染的毗邻颗粒链菌一例

颗粒链菌属（Granulicatella）为兼性厌氧的革兰阳性球菌,是人口咽部、泌尿生殖道和肠道的正常菌群,机体免疫力低下时可引起感染性心内膜炎、中耳炎和菌血症等。我们近期从1例无肌性皮肌炎患者右上肢皮疹溃疡中分离出1株毗邻颗粒链菌（Granulicatella adiacens）,现报道如下。

基于16S rRNA测序探讨银屑病1号方对银屑病患者皮肤微生态的影响

[目的]采用16S rRNA基因测序技术,观察银屑病1号方对银屑病患者治疗前后皮肤微生态的影响。[方法]选取在杭州市第三人民医院接受治疗的30例寻常型银屑病患者,口服银屑病1号方治疗后,取治疗前后皮肤样本,同时选取健康对照组30例,采用16S rRNA基因测序技术,分析治疗前后菌群多样性及菌群分布差异。[结果]银屑病1号方治疗后患者组操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数目较治疗前患者组显著减少(P<0.05)。在门水平上,治疗后患者厚壁菌门、放线菌门增加,变形菌门、拟杆菌门含量减少;在属水平上,治疗后患者痤疮丙酸杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌属丰度增加,链球菌属丰度下降。秩和检验显示,治疗前患者组中相对丰度较高(>1%)的差异物种有厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、葡萄球菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属。功能预测分析,患者组的皮肤微生态功能与糖代谢、辅因子及维生素代谢和氨基酸生物合成的相关基因通路与健康对照组比较差异有统计学意义(P<0.01)。[结论]银屑病1号方可通过改善皮肤微生态治疗银屑病。

基于16S rRNA测序比较探讨气虚证患者与健康人的肠道菌群的结构特征

目的采用16S rRNA测序技术,检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象,以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA,对V3-V4区进行PCR扩增,再进行文库构建和Illumina MiSeq测序。最后对数据进行生物信息学分析,探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征。结果本研究共得到534个OTU。物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足。HG和QD两组alpha指数不存在明显差异(P>0.05)。通过beta多样性分析可见,HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异。此外,QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高。相较于HG,g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_Streptophyta在QD中显著富集(P<0.05)。结论气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异。在气虚证的发生发展中,肠道菌群的改变可能起到了重要作用。

基于16S rRNA测序分析巴马小型猪性别与肠道微生物的关系

为了研究性别对巴马小型猪粪便微生物组成及丰度的影响,试验以10头雄性和10头雌性试验用巴马小型猪作为试验对象,收集新鲜粪便,采用16S rRNA测序技术和生物信息学分析方法,分析微生物多样性、组成并对预测的代谢通路进行了差异分析。结果表明:雄性巴马小型猪和雌性巴马小型猪之间微生物的Alpha多样性无显著差异(P>0.05)。在门水平上雄性和雌性巴马小型猪的核心菌群均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);在属水平上雄性的核心菌群为志贺氏杆菌属(Shigella,5.81%)、颤螺菌属(Oscillospira,4.62%)、密螺旋体属(Treponema,4.14%)、梭菌属(Clostridiaceae_Clostridium,2.73%)及拟杆菌属(Bacteroides,2.58%),雌性为颤螺菌属(5.23%)、密螺旋体属(4.94%)、链球菌属(Streptococcus,3.74%)、SMB53(2.35%)及梭菌属(2.12%)。在门水平上,雌性疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度显著高于雄性(P<0.05);在属水平上,雄性链霉菌属(Streptomyces)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)及拟杆菌属的丰度显著高于雌性(P<0.05),雌性链球菌属、多尔氏菌属(Dorea)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、L7A_E11及p_75_a5的丰度显著高于雄性(P<0.05)。此外,未发现雌性和雄性之间有显著差异的代谢通路。说明雄性和雌性巴马小型猪粪便微生物的Alpha多样性无显著差异,但在门和属水平上部分菌群的丰度存在显著差异。

良恶性胆道梗阻患者胆汁16S rRNA测序及菌群差异分析

目的了解良性胆道梗阻(包括胆总管结石、胆总管狭窄等)初发与复发及恶性胆道梗阻胆汁菌群的分布情况、丰度及多样性,为良恶性胆道梗阻的形成及发展提供依据。方法连续选取36例南京医科大学第二附属医院2017年3月至2018年11月因胆道梗阻行ERCP手术的患者,在其行ERCP术注入造影剂前抽取胆汁6~7 mL,通过lllumina平台对样品16S rRNA进行Paired-end测序,利用PCA分析、PLS-DA分析、α多样性分析、β多样性分析等,来对比分析良恶性胆道梗阻患者胆汁菌群组间及组内差异。结果恶性胆道梗阻的患者胆汁微生物区系丰度增加,而首次ERCP和梗阻复发的ERCP良性患者胆汁菌群多样性差异不显著。良恶性胆管梗阻的患者胆汁细菌组成成分无显著差异。三组差异最大的分别为氏菌属、互养菌门和链球菌属。结论胆道梗阻患者ERCP后胆道菌群的变化不一定与复发性胆道梗阻相关,但对恶性胆道梗阻的形成有一定的影响。

基于16S rRNA测序分析CRE定植对ICU患者肠道微生物的影响

目的 采用16S rRNA测序方法分析耐碳青霉烯类肠杆菌(CRE)定植对重症监护病房(ICU)患者肠道微生物的影响。方法 收集ICU患者新鲜粪便或肛拭子标本,接种于含有2μg/mL厄他培南的MacConkey平板上培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对菌株进行鉴定,纸片扩散法对菌株进行药敏分析,采用聚合酶链式反应(PCR)对初步筛查出的CRE菌株进行16S rDNA片段扩增,采用微量肉汤稀释法进一步确定CRE。最后,分别提取CRE定植组与非定植组患者的粪便或肛拭子标本基因组DNA在HiSeq平台进行16S rRNA测序分析。结果 共收集ICU患者粪便或肛拭子标本241份,其中CRE阳性标本17份。16S扩增子V3~V4区测序共分离到726 OTUs, CRE未定植组有631 OTUs, CRE定植组有480 OTUs,两组间共有385 OTUs。这些共有OTUs绝大多数属于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门及放线菌门。在纲水平上,CRE定植前后γ-变形菌纲(W=193.000,P<0.001,FDR=0.004)和互营养菌(W=37.500,P=0.001,FDR=0.018)相对丰度差异有统计学意义。在种水平上,两组间肺炎克雷伯菌(W=195.000,P<0.001)、解糖肠球菌(W=153.000,P=0.038)及弯曲杆菌(W=63.500,P=0.050)比较差异有统计学意义。未发现肠道CRE定植对ICU患者肠道微生物KEGG功能通路有显著影响。结论 CRE定植会降低ICU患者肠道微生物的多样性,CRE定植组在肺炎克雷伯菌、解糖肠球菌及弯曲杆菌的丰度上与非定植组存在显著差异。

基于16S rRNA测序分析PRRSV感染仔猪肺和肠道中微生物菌群的变化

本试验旨在探究猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)感染对仔猪肺、肠道中的菌群影响以及肺和肠道的组织学变化。试验选取35日龄断奶健康仔猪14头,适应性饲养7 d,随机分为感染组(n=7)和对照组(n=7),感染组仔猪接种2 mL 1×10^(5) TCID 50·mL^(-1) PRRSV-JTS毒株病毒液,对照组仔猪接种2 mL DMEM培养基。感染组3头仔猪分别于10、12和19 d死亡,将存活的感染组与对照组仔猪于21 d后处死,并取肺、不同肠段组织样品以及肠道内容物。采用免疫组化染色和HE染色观察肺和肠道组织病理学变化,并基于16S rRNA基因的高通量测序分析仔猪肺和各肠段菌群结构。结果表明,感染组仔猪肺部和肠道均有病毒分布;与对照组仔猪相比,感染组仔猪肺部和肠道均存在明显的炎症反应。微生物组成结构及多样性分析显示,感染组仔猪Chao1、ACE指数在肺中上升,在仔猪各肠段中下降,Shannon、Simpon指数在肺中升高,在大多数肠道中下降。在门水平上,感染仔猪肠道变形菌门等有害微生物比例增加,而厚壁菌门等有益微生物比例下降;在科水平上,感染组肺、空肠中巴斯德菌科,十二指肠乳杆菌科,回肠肠杆菌科,盲肠、结肠、直肠中的瘤胃菌科相对比例有明显的下降,假单胞菌科在肺和十二指肠中的比例明显上升;在属水平上,感染组有益菌属乳酸菌属水平显著下降,β多样性证明小肠与大肠聚类效果具有一致性。综上,PRRSV致仔猪肺部病变和肠道炎症,影响肺部和肠道菌群组成、丰度和功能。