基于UniGene寻找山羊新的miRNA及其试验验证

根据miRNA进化的保守性,以已知动物的miRNA为搜索序列与山羊的UniGene进行BLAST比对,预测山羊新的miRNA,并通过RT-PCR和克隆测序进行验证。对新发现的山羊miRNA进行实时荧光定量,检测其在12个月皮肤及肌肉中的表达量;用基于UniGene的方法获得了5条山羊miRNA候选分子,通过RT-PCR和克隆测序验证,发现这5条miRNA分子在山羊的皮肤和肌肉中均有表达,其中由chi-miR-374b、chi-miR-421和chi-miR-421*构成了山羊miRNA基因簇,chi-miR-2284n是牛和山羊特异的。实时荧光定量结果显示,chi-miR-1839、chi-miR-374b和chi-miR-2284n在2月份皮肤中的表达量明显高于其他月份,chi-miR-421和chi-miR-421*在10月份皮肤中的表达量最高;发现了5条山羊新的miRNA(chi-miR-2284n、chi-miR-421*、chi-miR-421、chi-miR-1839和chi-miR-374b,登录号:JQ002550-JQ002554),补充了山羊miRNA数据库的不足。

Development of a panel of unigene-derived polymorphic EST–SSR markers in lentil using public database information

Lentil(Lens culinaris Medik.), a diploid(2n = 14) with a genome size greater than 4000 Mbp, is an important cool season food legume grown worldwide. The availability of genomic resources is limited in this crop species. The objective of this study was to develop polymorphic markers in lentil using publicly available curated expressed sequence tag information(ESTs). In this study, 9513 ESTs were downloaded from the National Center for Biotechnology Information(NCBI) database to develop unigene-based simple sequence repeat(SSR) markers. The ESTs were assembled into 4053 unigenes and then analyzed to identify 374 SSRs using the MISA microsatellite identification tool. Among the 374 SSRs, 26 compound SSRs were observed.Primer pairs for these SSRs were designed using Primer3 version 1.14. To classify the functional annotation of ESTs and EST–SSRs, BLASTx searches(using E-value 1 × 10-5) against the public UniP rot(http://www.uniprot.org/) and NCBI(http://www.ncbi.nlh.nih.gov/) databases were performed. Further functional annotation was performed using PLAZA(version3.0) comparative genomics and GO annotation was summarized using the Plant GO slim category. Among the synthesized 312 primers, 219 successfully amplified Lens DNA. A diverse panel of 24 Lens genotypes was used to identify polymorphic markers. A polymorphic set of 57 markers successfully discriminated the test genotypes. This set of polymorphic markers with functional annotation data could be used as molecular tools in lentil breeding.

杉木转录因子unigene中微卫星的分布

本研究以杉木转录组序列信息为基础,分析转录因子unigene中微卫星(transcription factor unigenederived microsatellites, TFUMs)的分布特征。结果表明,3 155个杉木转录因子(transcription factor, TFs) unigene中,存在527个TFUMs,25种基元。其中三、四核苷酸基元的类型最多,分别有10种和7种。由三、二核苷酸基元组成的TFUMs数目最多,分别为386和92个。AG/CT、AGC/CTG基元在TFUMs中分布最广,分别占二、三核苷酸重复TFUMs总数的53%和22%。根据基元的重复次数,杉木TFUMs主要可分为2个区间,重复5～8次的TFUMs分为第一区间,重复9～12次的分为第二区间。杉木TFUMs主要分布在第一区间,随着重复次数的增加,TFUMs数量呈现下降趋势。本研究首次运用卡方检验分析EST-SSRs在TFs及其余unigene中的分布差异,发现EST-SSRs特别是三核苷酸重复的EST-SSRs在TFs unigene中极显著富集。该研究为杉木TFUMs标记的开发与利用建立了基础。

甜菊自交不亲和及自交亲和无性系自花授粉柱头的荧光显微观察和转录组分析

为了探究甜菊(Stevia rebaudiana Bertoni)自交不亲和的生理和分子机制,以甜菊自交不亲和无性系‘B4’及自交亲和无性系‘Z8-42’为研究对象,对2个无性系的自花授粉柱头进行荧光显微观察和转录组分析。荧光显微观察结果显示:‘B4’自花授粉柱头无花粉附着,而‘Z8-42’自花授粉柱头有花粉附着。2个无性系自花授粉柱头转录组整体测序质量较高,共获得43.84 Gb clean data。在组装的51819个unigene中,表达unigene有49214个;注释到NR数据库的表达unigene最多(29523);并且,在NR数据库中,注释到向日葵(Helianthus annuus Linn.)同源序列的unigene最多(20117)。在2个无性系中共筛选到7560个差异表达unigene;以‘B4’为对照,‘Z8-42’自花授粉柱头中表达量上调的差异表达unigene有3122个,表达量下调的差异表达unigene有4438个。GO功能注释和富集分析结果表明:甜菊差异表达unigene的功能包括生物过程、细胞组分和分子功能3个大类47个小类,其中,生物过程大类中富集到信号转导的差异表达unigene最多(225),细胞组分大类中富集到膜部分、膜固有成分和膜组成成分的差异表达unigene非常多(分别为1700、1665和1664),分子功能大类中富集到离子结合的差异表达unigene最多(1650)。共有1605个差异表达unigene被注释到KEGG代谢通路的6个大类中,其中,注释到代谢大类的差异表达unigene最多(882),占比为55.0%,分布在10个二级分类的91条代谢通路中。单个代谢通路中,植物-病原体互作通路的差异表达unigene最多(81)。综合上述研究结果,初步判定甜菊自交不亲和可能发生在柱头与花粉互作的起始阶段,如识别、黏附过程;差异表达unigene引起的柱头细胞信号转导、膜成分、离子结合等功能和结构改变可能是导致供试的2个无性系自交亲和性不同的原因,并且植物-病原体互作通路可能参与柱头和花粉的识别过程,与自交不亲和性密切相关。

独脚金转录组特征分析

【目的】获取独脚金[Striga asiatica(L.)O. Kuntze.]的转录组信息特征。【方法】提取独脚金叶片和茎的总RNA、建库、测序、组装,以注释和比对等生物信息分析技术得到独脚金转录组的遗传信息。【结果】共获得38 096 466个高质量Reads,通过de novo组装获得41 918条Unigenes,N50长度为1 754 bp,平均长度1 029 bp。共有27 375条Unigenes(占65.31%)在CDD、PFAM、KEGG、KOG、GO、NR、NT等数据库中得到注释。其中NR数据库注释到27 187条Unigenes,在KEGG中注释到5 331条Unigenes,涉及284条代谢通路。在独脚金中共鉴定到30条Unigenes涉及黄酮类生物合成,同时还鉴定到778个转录因子(TFs)。采用微卫星识别软件(MISA)对组装的1 000 bp以上的Unigenes分析发现,13 107条Unigenes包含17 036个简单重复序列(SSR)位点。【结论】利用转录组数据分析为独脚金的重要功能基因鉴定和次生代谢通路的挖掘奠定了研究基础。

基于转录组分析金属离子对绿绒蒿属3种植物花瓣呈色的影响

为探究金属离子对绿绒蒿属(Meconopsis Vig.)3种植物花瓣呈色的影响,测定了盛开期全缘叶绿绒蒿(M.integrifolia(Maxim.)Franch.)、红花绿绒蒿(M.punicea Maxim.)和川滇绿绒蒿(M.wilsonii Grey-Wilson)花瓣中7种金属离子(包括Fe^(3+)、Mg^(2+)、Ca^(2+)、K^(+)、Mn^(2+)、Cu^(2+)和Zn^(2+))含量,对3个花期花瓣进行转录组分析。结果表明:盛开期,全缘叶绿绒蒿花瓣中7种金属离子含量显著(P<0.05)高于红花绿绒蒿和川滇绿绒蒿;红花绿绒蒿花瓣中Fe^(3+)、Mg^(2+)、K^(+)、Mn^(2+)和Zn^(2+)含量显著低于川滇绿绒蒿,Cu^(2+)和Ca^(2+)含量显著高于川滇绿绒蒿。全缘叶绿绒蒿花瓣中,Fe^(3+)、Fe^(2+)和Cu^(2+)相关GO富集条目以及镁螯合酶活性、钾离子稳态和对锌离子的反应条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中总体最多,锌离子结合和锰离子结合条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中最少,螯合钙离子释放到细胞溶质条目中仅全缘叶绿绒蒿花瓣的差异unigene明显表达。红花绿绒蒿花瓣中,亚铁结合、镁离子结合、钙离子结合、钾离子结合、钾离子转运条目和锌离子结合条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中最多,仅三价铁结合条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中最少。川滇绿绒蒿花瓣中,细胞钙离子稳态和锰离子结合条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中最多,Mg^(2+)、K^(+)和Cu^(2+)相关GO富集条目以及亚铁结合、铁离子的细胞内螯合、对锌离子的反应、钙离子结合条目存在明显表达的差异unigene数量在供试绿绒蒿属3种植物中总体最少。综上所述,推测Cu^(2+)和Ca^(2+)影响全缘叶绿绒蒿花瓣呈色,Fe^(2+)、Mg^(2+)、Mn^(2+)、K^(+)和Cu^(2+)影响红花绿绒蒿花瓣呈色,Fe^(3+)、Mg^(2+)、Mn^(2+)和Cu^(2+)影响川滇绿绒蒿花瓣呈色。

西藏山溪鲵转录组组装与分析

目前有关小鲵属物种的基因组信息和转录组序列报道尚少。本研究利用Illumina HiSeq高通量测序技术对西藏山溪鲵(Batrachuperus tibetanus)进行了转录组测序与数据分析,再经拼接和组装,最终获得了36252条unigenes,序列的平均长度为937 bp,N50为1549 bp。此外,对unigenes进行GC含量、长度分布和基因表达量等分析,结果显示测序数据质量较好。使用Swiss-prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO数据库注释西藏山溪鲵转录组unigenes,分别有16465、18749、13983、10607、15704和14242条unigenes获得注释。根据注释结果,共检测出17472条CDS,鉴定出2779个SSR标记和3100个SNP位点。KEGG通路分析结果表明:获得注释的10607条unigenes又被划分到257个代谢通路中,其中涉及信号转导通路的unigenes比例最大。本研究通过对西藏山溪鲵进行转录组测序,得到的大量转录本信息,为进一步了解西藏山溪鲵遗传多样性分析、分子标记开发、种群资源评价与保护和功能基因的克隆等研究提供了丰富的数据资源。

干旱胁迫下棉花SSH文库构建及其抗旱相关基因分析

以耐旱自交系邯郸177为材料,利用抑制性差减杂交技术(SSH),构建棉花苗期叶片的正向差减文库。挑取300个阳性克隆进行PCR验证,并对验证后的单克隆进行测序和分析,共获得284个有效序列。聚类后得到202条uniESTs序列,其中174条singlets,28条contigs。经过BlastN分析,156个unigene可以在GenBank中找到同源序列,46个unigene未能找到同源匹配。经BlastX分析,40个unigene与未知功能蛋白或假定蛋白有较高相似性,116条unigene与已知功能蛋白有较高同源性。用KOBAS系统将33个unigene定位到55个Pathways中,其中P值小于0.5的Pathway有23条。初步分析发现,丙酮酸盐代谢(pyruvate metabolism)途径、乙醛酸和二羧酸代谢(glyoxylate and dicarboxylate metabolism)途径与棉花抗旱相关性较大。这些unigene基因涉及信号传导、能量代谢、蛋白质代谢、核酸代谢、光合作用及膜运输等代谢过程。发现了苹果酸合成酶基因(Ms1,001_B03;Ms2,003_E04)、苹果酸脱氢酶基因(Md1,001_C12;Md2,002_F01);NAC(001_C08)、锌指蛋白(zfp,003_C06)、BZR1/BES1(003_G04)等转录调节因子,以及翻译控制肿瘤蛋白基因(TCTP,002_C04)等耐旱相关基因。

中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定

【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx(E-value<10-5)比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库,对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物,通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads,de novo组装得到43 557个unigenes,平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示,11 442条unigenes分布于25个基因家族,其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多,达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达4 201个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为4 935和2 900个。4 517个unigenes可注释到KEGG数据库中的216个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达385个。利用MISA软件,可在7 763个unigenes搜索到13 448个SSR位点,随机选取20对SSR引物对国内3个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的SSR位点进行扩增,有6对引物可鉴定出SSR分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学研究提供重要的参考信息,也可用于补充、丰富和检验东方蜜蜂的参考基因组,基于此转录组数据开发出6个中蜂的SSR分子标记,可应用于中蜂的基因图谱构建、基因多样性分析、基因定位等研究,也说明利用转录组数据开发非模式生物SSRs的方法可行。

普通油茶种子4个发育时期的转录组分析

我国油茶产业迅速发展,种苗繁育及栽培技术不断进步,但油茶分子基础研究薄弱,决定油茶产量、茶油质量、抗性等指标的重要经济、生长性状的分子机理研究甚少,这必将阻碍油茶产业的可持续发展。本项目首次采用高通量测序技术solexa技术对普通油茶"长林4号"无性系种子发育的4个时期转录组进行测序,经组装分析获得80 310条unigene,其中确定编码蛋白功能的有21 789条,分为24大类,占All-unigene的27.13%。通过与KEGG库比对,对42 638个unigene进行了Pathway注释,涉及的pathway有265个,主要包括新陈代谢、遗传信息加工、细胞代谢等相关pathway。这些相关研究为分析基因表达的数量及调控模式,分析基因表达调控元件的变化规律,揭示不同发育期基因表达差异等研究打下了良好基础,将为定向育种提供有力的理论指导和技术支持。

紫花苜蓿响应低温胁迫转录因子的鉴定及表达分析

研究证明,转录因子广泛参与植物的生长发育过程并响应多种生物/非生物胁迫信号途径。低温胁迫可导致紫花苜蓿(Medicao sativa)减产、越冬率降低以及生产年限缩短。利用新一代高通量转录组测序技术,本研究对4℃低温胁迫下紫花苜蓿中响应低温胁迫的转录因子基因进行了鉴定,并对其表达情况进行分析,结果表明,转录组测序共获得78 925条Unigene序列和3 448个差异表达基因。其中,从3 448个差异表达基因中共鉴定出43个转录因子家族,共251个基因被显著地诱导表达。不同转录因子家族基因受低温胁迫诱导表达不同。本研究有助于在整体水平加深了解紫花苜蓿转录因子表达特性,为进一步研究这些响应低温胁迫的转录因子的功能提供参考。

基于RNA-Seq高通量测序技术的大口黑鲈转录组分析

文章以大口黑鲈(Micropterus salmoides)组织作为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录本测序和数据分析,经拼接组装,最终获得35 659条unigenes,序列平均长度738 bp,序列长度中位数(N50)为1 052 bp。另外从长度分布与GC含量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量好、可信度高。使用6大数据库(KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot、GO和KEGG)注释大口黑鲈转录组unigenes,分别对应有15 832、21 279、14 524、16 973、15 024和11 185条unigenes获得注释。其中,5 617条unigenes在以上所有数据库中同时注释成功,17 253条unigenes至少被一个数据库注释。KEGG分析结果显示,获得注释的11 185条unigenes被划分到267个代谢通路中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,共有1 349条(12.06%)。另外还检测到4 030个微卫星(SSR)位点。通过对大口黑鲈转录组测序,获得了大量的转录组信息,为大口黑鲈的功能基因克隆、基因组学、遗传多样性分析、分子标记开发及遗传改良等研究奠定了基础。

基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析

为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 092个Unigenes,平均长度、N_(50)、Q_(20)、Q_(30)以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%,其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对,分别有39 876(NR:53.82%)、38 065(NT:51.38%)、27 384(Swissprot:36.96%)、16 099(COG:21.73%)、30 401(KEGG:41.03%)、17 518(GO:23.64%)以及29 676(Interpro:40.05%)条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类,其中执行生物学过程的基因最多,占41.53%;与COG数据库比对,根据其功能大致可分为25类;以KEGG数据库为参考,可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径,并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes,包括内分泌及代谢疾病(167条)和抗药性(9条)。根据注释结果共检测出39 418个CDS,未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时,预出到1 488个编码TF的Unigenes,以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。

化学诱导后白木香转录组文库的构建与测序

采用改良异硫氰酸胍-CTAB法对5年生白木香树干经化学诱导后1年的各部分组织进行总RNA提取,提取到的总RNA经富集mRNA、打断、构建测序用cDNA文库后用于转录组测序,测序质量较高,Q20高达97.45%,共获得54 685 634条Clean reads,总测序长度达4 921 707 060 nt,经初步组装,获得190 109条Contigs序列,进一步组装,获得83 467条Unigenes序列,总长度为58 569 625 nt,平均长度为702 nt,N50值高达1 120,大于等于3 000 nt的Unigenes有1 691条,占总Unigenes的2.03%,组装质量较高,使白木香的转录组信息得到较好的保存,为进行白木香结香相关的表达谱分析奠定基础。

电子基因表达谱分析平台的建立及其应用

建立了利用美国国立生物技术信息中心(NCBI)序列表达标签(EST)数据库(dbEST)电子EST构建特定组织电子基因表达谱的生物信息学分析平台,并利用该平台构建了人正常结直肠组织电子基因表达谱.从dbEST获取人正常结直肠电子EST 20 370条,利用自行开发的GetUni程序包,与下载于本地的人类同一基因转录子(UniGene)数据库匹配,获得了含有4 196个非冗余基因的正常结直肠组织电子基因表达谱.经在线基因组分析工具(Webgestalt)证实,表达谱中97%的基因在结直肠组织中表达,除涉及细胞生长、发育、分化、凋亡等基因外,还包括人正常结直肠功能特异性基因;3%未得到Webgestalt证实的基因经手工回溯查找,确证其EST均来自人正常结直肠.GetUni程序包是一个高效准确的高通量电子EST数据分析平台,构建的人正常结直肠组织基因表达谱将为结直肠特异性标志物的筛选提供大量数据.

白蜡虫雄虫真蛹转录组分析

[目的]蛹期对于白蜡虫雄虫发育和交配具有重要意义,但目前缺乏对于白蜡虫真蛹基因转录情况的分析,本研究旨在获得白蜡虫真蛹转录组数据,了解其转录组特征。[方法]采用Illumina Hi Seq 2000进行高通量测序,并进行生物信息学分析;采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测3个热激蛋白基因(hsp)在不同虫态中的表达动态。[结果]共获得63 957条unigene、63 272个开放阅读框(ORF)、9 561个SSR分子标记,unigene平均长度674 bp,共有14 327条unigene获得了注释,Gene Ontology(GO)注释和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)注释分析表明,很多基因参与的功能与白蜡虫蛹期的生理特征吻合。[结论]该转录组数据为白蜡虫基因功能鉴定和蛋白组学分析研究奠定了数据基础。

云南干热河谷地区余甘子转录组分析

[目的]对云南干热河谷地区余甘子转录组特征进行描述,旨在为余甘子微卫星标记的开发和功能基因的挖掘提供较全面的背景信息。[方法]采用Illumina Hiseq 4000测序平台对余甘子叶片进行转录组测序,对原始数据进行过滤、de novo组装及聚类去冗余等处理后,再与公共数据库进行比对,对Unigenes进行基本功能注释、CDS预测、TF编码能力预测及R-Gene预测等分析。[结果]本研究共获得10. 52 Gb的Clean reads,Q20、Q30分别为98. 47%、95. 28%。组装并去冗余后获得76 881条Unigenes,平均长度、N50分别为713、1 257 nt。通过与NR、COG、KEGG和Swiss Prot数据库进行比对,44 768条Unigenes获得功能注释。余甘子转录组Unigenes根据COG功能注释信息大致分为25类;按GO功能注释信息划分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类47亚类;参考KEGG注释信息,可归为6大代谢通路、21类代谢途径,其中约3/5为代谢相关通路。根据以上注释结果共检测出42 953个CDS,其余未比对上的Unigenes用ESTScan预测后得到2 058个CDS。同时,预测到56个TF家族以及18种RGene。[结论]本研究获得的余甘子转录组Unigenes序列的组装质量较高、完整性较好、基因丰富、功能多样,极大地扩充了余甘子基因信息库,为今后余甘子乃至叶下珠属植物功能基因挖掘、抗性机理分析、分子标记开发、分子辅助育种等研究提供了重要的基础数据。

溪黄草转录组测序及生物信息学分析

【目的】利用高通量测序技术获得溪黄草的转录组信息。【方法】溪黄草叶片总RNA经过提取、建库、测序,从头测序(de nove)组装,获得非冗余通用基因(unigene)序列,再进行注释和比对,得到溪黄草转录组的遗传信息。【结果】共获得37 418条unigene,平均长度为1 054.1 bp,N50为1 840 bp。共有23 978条(64.08%)unigene在至少1个数据库中获得功能注释,其中2 429条(6.49%)unigene在所有数据库中均能获得注释。在真核生物蛋白质同源簇数据库/蛋白相邻的聚类(KOG/COG)数据库中注释到信号转导机制的unigene数目(1 974条,15.35%)最多。20 222条unigene在基因本体论(GO)数据库中获得注释,主要包括65个功能分类。在京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库中共有3 674条unigene得到注释,涉及289个代谢通路。还鉴定到大量unigene涉及信号转导、黄酮类物质合成、萜类物质合成和苯丙素生物合成。此外,采用微卫星识别工具(MISA)对组装的unigene进行简单重复序列(SSR)检测,共鉴定到9 489个SSR位点,并使用Primer 3.0设计引物。【结论】这些转录组数据为进一步了解溪黄草的生物学过程、生长发育、次生代谢通路提供了相关资源信息,也为下一步功能基因组分析、分子标记开发和遗传图谱构建提供了基础数据。

结肠腺瘤-正常文库的生物信息学分析

为进一步分析腺瘤相对正常SSH文库(A-N)的差异表达候选基因的表达谱,结合通用的生物信息学软件,自行开发、搭建包括核酸自动分析平台及GetUni软件包的生物信息学平台,实现了将A-N文库109个差异克隆序列与本地下载的非冗余核酸数据库、人UniGene数据库比对、聚类,至获取差异表达候选基因的自动化分析。对这些基因进行GOTM(GOTree Machine)初步生物信息学分析及RT-PCR验证。结果共发现62个候选基因,包括6个核糖体蛋白成员,6个免疫相关基因。Reg4和FAM46A两个基因出现频次最高,分别为13次和4次,半定量RT-PCR显示这两个基因分别在10/10和9/10例腺瘤相对正常黏膜表达上调。对于这些差异表达候选基因的进一步分析和研究将有助于揭示结肠腺瘤发生的分子机制。