HIV整合位点的生物信息学分析

已有研究证明,HIV整合位点的选择,与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确。使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列进行分析和研究,挖掘HIV整合位点序列之间的关系,探索HIV整合位点的选择规律。通过实验和计算,从HIV整合位点集合中提取出了含有6个特征向量的向量集,该向量集与大部分整合位点的特征向量具有较高的相关性,从而提示了HIV整合位点选择中的规律性,即符合向量集的宿主DNA序列可为HIV的整合位点。研究结果为进一步揭示HIV整合位点的选择机制提供了可供参考的依据。

基于VB的毛细管电泳检测系统虚拟仪器

根据毛细管电泳信号的特点,研制了基于虚拟仪器技术的毛细管电泳检测系统,系统包含了以单片机为核心的数据采集器和装有处理软件的PC机。系统充分利用Visualbasic6.0在界面设计优势来设计虚拟面板,以及Matlab在数据处理方面的强大功能对数据进行处理和分析,根据Ac鄄tiveX技术实现他们之间的无缝连接。用户可以通过PC的虚拟面板对数据实时处理和分析。本系统摆脱了NI开发环境限制,具有更大的开放性和扩展空间。

基于小波包变换对脑电信号的分析和处理

本文提出从时变非平稳脑电信号中提取脑电动态节律的新方法。用小波包分解构造不同频率特性的时变滤波器,以提取各种时变的脑电节律来研究临床脑电信号瞬时变化。在此基础上测试并分析了不同节律波的能量关系,求得能量分布的动态曲线。实验结果表明,小波包分解可以有效提取脑电中不同节律的动态特性,此方法也适用于分析其他生物医学信号。

基于贝叶斯网络SP算法的改进研究

针对SP算法中利用优化组合处理稀疏候选集来评分得最优候选集,这样得到的每个节点的候选集为父节点集,从而容易导致最后的贝叶斯网络双向边较多,对双向边处理后还存在较多的反向边,从而提出了利用爬山算法处理稀疏候选集,得到新的算法SCHC,该算法减少了双向边的数量和提高了正确边的数量。

一种新的基因注释语义相似度计算方法

基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。

HIV感染动力学模型概述

自1981年美国首次发现艾滋病以来,艾滋病在世界范围内广泛传播,引起医学专家、生物学家、数学家和物理学家等的极大关注。近年来,HIV动力学模型成为HIV治疗领域的研究热点。HIV基本动力学模型的研究有助于实现对未来疾病发展状况的描述与预测,HIV感染控制模型的研究有助于改善HIV病毒患者的治疗方案,对控制模型的优化有利于发现对HIV患者的有效治疗策略。本文概述了几种基本的HIV感染动力学模型,分析比较了它们的性能差异和各自存在的优缺点,介绍了HIV控制模型及其优化控制模型的计算机Matlab/simulink模拟。

一种新的蛋白质结构字母序列优化算法

基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列。本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序列优化算法,全局贪婪算法。全局贪婪算法避免了基本贪婪算法过度依赖候选集大小,计算量过大、以及过早收缩于局部最小等缺点。经实验分析,全局贪婪算法在性能上优于基本贪婪算法和局部最优方法。。

氨基酸邻域对二级结构的影响程度研究

通过研究神经网络权值矩阵的算法,挖掘蛋白质二级结构与氨基酸序列间的内在规律,提高一级序列预测二级结构的准确度。神经网络方法在特征分类方面具有良好表现,经过学习训练后的神经元连接权值矩阵包含样本的内在特征和规律。研究使用神经网络权值矩阵打分预测;采用错位比对方法寻找敏感的氨基酸邻域;分析测试集在不同加窗长度下的共性表现。实验表明,在滑动窗口长度L=7时,预测性能变化显著;邻域位置P=4的氨基酸残基对预测性能有加强作用。该研究方法为基于局部序列特征的蛋白质二级结构预测提供了新的算法设计。

非小细胞肺癌组织SOX4基因突变分析

目的研究不同病理类型和病理分期的非小细胞肺癌组织中SOX4基因序列突变情况，探讨SOX4基因在肺癌发生过程中的作用。方法PCR扩增肺癌及癌旁组织SOX4基因HMG-box，并对经单链构象多态性分析有差异的20例病例进行测序。DNA及氨基酸序列比较利用Clustal和DNAStar软件。结果90例肺癌组织标本中，有18例发生碱基突变。其中，鳞癌有7例，腺癌5例，腺鳞癌混合型6例，对照的癌旁组织中未检测出突变。临床Ⅱ、Ⅲ期的突变率明显高于I期。结论SOX4基因突变与肺癌肿瘤的病理类型无关，但与其病理分期有很大关系，提示SOX4基因突变可能与肺癌的发展和转移有某种关系，为探索SOX基因突变与人类肿瘤发生之间的关系提供了分子依据。

肺癌发生相关基因的研究进展

肺癌是世界范围内发病率和死亡率增长最快、预后最差的恶性肿瘤之一。根据WHO最新统计,肺癌死亡率已跃居癌症死亡率之首。由此对于肺癌发生的相关基因的研究就有重要的意义。