为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Met...为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Method)克隆获得CDS区序列,并对序列进行生物信息学分析,预测其可能编码的蛋白质结构和功能;利用实时荧光定量PCR检测VPS26A基因在小尾寒羊和新吉细毛羊不同组织的表达差异。结果显示:VPS26A基因CDS序列全长为981 bp,编码327个氨基酸。绵羊VPS26A氨基酸序列与羚羊相似性最高,同源性为100%,与人的相似性最低,为99.4%;系统进化树结果显示,绵羊VPS26A与山羊和羚羊亲缘关系最近,与人和驴亲缘关系最远。VPS26A蛋白无跨膜结构域和信号肽,存在27个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,主要分布在细胞质和核内体上。VPS26A蛋白二级结构预测结果显示,无规则卷曲、延伸链、α螺旋和β转角分别占45.87%、30.28%、18.35%和5.50%,与三级结构预测一致。实时荧光定量PCR结果显示,VPS26A基因在小尾寒羊肺脏中表达量最高,其次是皮肤,而在新吉细毛羊皮肤的表达量均最高,均显著高于其他组织。本研究为进一步阐述VPS26A基因功能奠定了基础。展开更多
文摘为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Method)克隆获得CDS区序列,并对序列进行生物信息学分析,预测其可能编码的蛋白质结构和功能;利用实时荧光定量PCR检测VPS26A基因在小尾寒羊和新吉细毛羊不同组织的表达差异。结果显示:VPS26A基因CDS序列全长为981 bp,编码327个氨基酸。绵羊VPS26A氨基酸序列与羚羊相似性最高,同源性为100%,与人的相似性最低,为99.4%;系统进化树结果显示,绵羊VPS26A与山羊和羚羊亲缘关系最近,与人和驴亲缘关系最远。VPS26A蛋白无跨膜结构域和信号肽,存在27个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,主要分布在细胞质和核内体上。VPS26A蛋白二级结构预测结果显示,无规则卷曲、延伸链、α螺旋和β转角分别占45.87%、30.28%、18.35%和5.50%,与三级结构预测一致。实时荧光定量PCR结果显示,VPS26A基因在小尾寒羊肺脏中表达量最高,其次是皮肤,而在新吉细毛羊皮肤的表达量均最高,均显著高于其他组织。本研究为进一步阐述VPS26A基因功能奠定了基础。
文摘本试验旨在探寻吉林地方鸡(吉林芦花鸡、吉林矮小芦花鸡和吉林黑鸡)及其杂交群体RB1基因多态性及特定SNP位点与屠宰、肉质性状的相关性。首先通过基因组PCR直接测序方法检测RB1基因多态性,特定SNP位点利用高分辨率溶解曲线法(High Resolution Melting,HRM)对其在不同群体间的遗传多样性进行分析,最后结合屠宰与肉质数据对不同群体内各基因型个体间进行差异显著性分析。PCR产物测序结果发现,RB1基因多态位点较为丰富,共发现6处单碱基突变和一处8碱基插入突变,但上述突变均位于内含子区。以g.28256G>A位点为目标,HRM检测发现3个亲本和6个正反杂交群体除黑鸡与矮小鸡杂交群体外其他群体中GG基因型均为优势基因型;Hardy-Weinberg检验显示除了矮小鸡群体外,其他群体均处于不平衡状态;各群体该位点均处于中度多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)水平。差异性分析结果发现该位点不同基因型个体屠宰及肉质性状多个指标差异显著,但在不同群体间差异不显著。其中值得关注的是腹脂率指标,除矮小鸡群体外,各群体均表现为显著差异。地方鸡RB1基因多态性的发现及屠宰、肉质性状相关性鉴定为利用该基因进行地方鸡选育奠定了基础。
