目的应用生物信息学方法研究非梗阻性无精子症(NOA)的关键微小RNA(microRNAs,miRNAs)和差异表达基因,为非梗阻性无精子症的病因分析提供新的思路。方法在PubMed、Embase和Web of Science中筛选、提取并整合文献报道的NOA相关的miRNAs,...目的应用生物信息学方法研究非梗阻性无精子症(NOA)的关键微小RNA(microRNAs,miRNAs)和差异表达基因,为非梗阻性无精子症的病因分析提供新的思路。方法在PubMed、Embase和Web of Science中筛选、提取并整合文献报道的NOA相关的miRNAs,并利用联川生物云平台预测靶基因。检索NCBIGEO数据库中的非梗阻性无精子症基因芯片数据,获得GSE145467和GSE108886数据集并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因,并与预测的靶基因取交集获得最终的差异表达基因。运用DAVID对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,应用STRING构建差异表达基因相关的蛋白质互作网络。结果共检索到5条差异表达miRNAs,其中上调表达1条为miR-10b-5p,下调表达4条分别为miR-34b-5p、miR-34b-3p、miR-34c-5p和miR-449a。共得出最终差异表达基因868个,其中上调基因776个,下调基因92个。GO富集结果显示,差异基因参与的生物过程(BP)主要包括纤毛组装、精子轴丝组装、纤毛依赖性细胞运动、顶体组装、精子发生、细胞蛋白质代谢过程等;细胞组成(CC)主要包括活动纤毛、轴丝、精子鞭毛、中心粒等;分子功能(MF)主要包括蛋白质结合、纤毛蛋白轻链的结合和蛋白质稳定化等。KEGG相关通路涉及卵巢类固醇激素生成、多个物种长寿调控途径、扩张型心肌病、内分泌抵抗、孕酮介导的卵母细胞成熟等。通过cytoscape分析前20位的hub基因分别为TEKT3、EFHC1、DYNLL2、DNAH2、CETN1、SPATA7、ASRGL1、CCDC146、PLCZ1、SPAG16、DNAL1、EFCAB11、SPA4L、LIN7A、TEKT1、FXR1、RPGRIP1、DPY19L2、DDX25、ZC3H14。结论本研究鉴定的miRNAs、hub基因和相关通路,在精子发生过程中发挥着重要的作用,可为后续拓展研究NOA的病因机制提供参考靶点。展开更多
文摘目的应用生物信息学方法研究非梗阻性无精子症(NOA)的关键微小RNA(microRNAs,miRNAs)和差异表达基因,为非梗阻性无精子症的病因分析提供新的思路。方法在PubMed、Embase和Web of Science中筛选、提取并整合文献报道的NOA相关的miRNAs,并利用联川生物云平台预测靶基因。检索NCBIGEO数据库中的非梗阻性无精子症基因芯片数据,获得GSE145467和GSE108886数据集并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因,并与预测的靶基因取交集获得最终的差异表达基因。运用DAVID对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析,应用STRING构建差异表达基因相关的蛋白质互作网络。结果共检索到5条差异表达miRNAs,其中上调表达1条为miR-10b-5p,下调表达4条分别为miR-34b-5p、miR-34b-3p、miR-34c-5p和miR-449a。共得出最终差异表达基因868个,其中上调基因776个,下调基因92个。GO富集结果显示,差异基因参与的生物过程(BP)主要包括纤毛组装、精子轴丝组装、纤毛依赖性细胞运动、顶体组装、精子发生、细胞蛋白质代谢过程等;细胞组成(CC)主要包括活动纤毛、轴丝、精子鞭毛、中心粒等;分子功能(MF)主要包括蛋白质结合、纤毛蛋白轻链的结合和蛋白质稳定化等。KEGG相关通路涉及卵巢类固醇激素生成、多个物种长寿调控途径、扩张型心肌病、内分泌抵抗、孕酮介导的卵母细胞成熟等。通过cytoscape分析前20位的hub基因分别为TEKT3、EFHC1、DYNLL2、DNAH2、CETN1、SPATA7、ASRGL1、CCDC146、PLCZ1、SPAG16、DNAL1、EFCAB11、SPA4L、LIN7A、TEKT1、FXR1、RPGRIP1、DPY19L2、DDX25、ZC3H14。结论本研究鉴定的miRNAs、hub基因和相关通路,在精子发生过程中发挥着重要的作用,可为后续拓展研究NOA的病因机制提供参考靶点。