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表皮葡萄球菌SrrAB生物信息分析及SrrA蛋白的原核表达
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作者 武有聪 王涛 +2 位作者 韩海燕 瞿涤 白丽 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期952-958,共7页
目的分析表皮葡萄球菌SrrAB生物信息,表达及纯化SrrA蛋白,为SrrA功能研究奠定基础。方法以表皮葡萄球菌SE1457基因组为模板,PCR扩增srrA基因,构建重组表达质粒pET28a-srrA,转入大肠杆菌BL21,利用纯化的重组蛋白SrrA免疫小鼠,制备SrrA多... 目的分析表皮葡萄球菌SrrAB生物信息,表达及纯化SrrA蛋白,为SrrA功能研究奠定基础。方法以表皮葡萄球菌SE1457基因组为模板,PCR扩增srrA基因,构建重组表达质粒pET28a-srrA,转入大肠杆菌BL21,利用纯化的重组蛋白SrrA免疫小鼠,制备SrrA多克隆抗体,并检测SrrA在表皮葡萄球菌不同生长时期的表达水平。序列比对利用Clustalw2软件,蛋白结构域分析用DNAMAN软件。结果表皮葡萄球菌SE1457SrrAB单独组成一个操作子,SrrA位于胞浆中,与金黄色葡萄球菌和枯草杆菌类似物的同源性分别为95%和65%,SrrB为跨膜蛋白,与上述细菌类似物的同源性分别为71%和33%;表皮葡萄球菌SrrA于对数生长中期表达量最高。结论成功表达并纯化了表皮葡萄球菌SrrA蛋白,为SrrAB下游调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 表皮葡萄球菌 SrrAB 生物信息 原核表达
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以质粒为基础的同源重组技术在葡萄球菌基因敲除中的应用 被引量:7
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作者 武有聪 孟媛媛 +3 位作者 丁百兴 韩海燕 瞿涤 白丽 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期581-586,共6页
葡萄球菌是医院内感染的重要病原菌,通过同源重组敲除葡萄球菌的靶基因是研究其功能的重要方法。以质粒为基础的重组系统是外源基因序列传递,发生同源重组的重要载体。近年来,葡萄球菌基因敲除所用的重组质粒的特性取得不断改进。结合... 葡萄球菌是医院内感染的重要病原菌,通过同源重组敲除葡萄球菌的靶基因是研究其功能的重要方法。以质粒为基础的重组系统是外源基因序列传递,发生同源重组的重要载体。近年来,葡萄球菌基因敲除所用的重组质粒的特性取得不断改进。结合本课题组工作,简要综述以质粒为基础的同源重组技术在葡萄球菌基因敲除中的应用及技巧,重点比较不同质粒的特点及使用条件,对于葡萄球菌致病机制研究具有借鉴意义。 展开更多
关键词 质粒 同源重组 基因敲除 葡萄球菌
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淋病奈瑟菌磷脂酶A的生物信息学分析及其原核表达与纯化
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作者 董凤 陈佳琪 +4 位作者 刘颖 张雷 张莉 李光华 忽胜和 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期974-979,共6页
目的:对淋病奈瑟菌磷脂酶A蛋白进行生物信息学分析并预测其免疫原性,用原核系统表达并纯化该蛋白。方法:利用生物信息学相关软件进行序列分析以及T细胞表位和B细胞表位预测。PCR扩增磷脂酶A基因,将目的基因连接到原核表达载体pET28a中,... 目的:对淋病奈瑟菌磷脂酶A蛋白进行生物信息学分析并预测其免疫原性,用原核系统表达并纯化该蛋白。方法:利用生物信息学相关软件进行序列分析以及T细胞表位和B细胞表位预测。PCR扩增磷脂酶A基因,将目的基因连接到原核表达载体pET28a中,并在宿主菌Rosetta(DE3)中IPTG诱导表达,SDS-PAGE及Western印迹检测表达情况,并用淋病奈瑟菌多克隆抗体检测其免疫反应性。结果:磷脂酶A蛋白中位于第12~26和236~250肽段是最佳优势T细胞表位,第281~296、331~346和354~369肽段是最佳的优势B细胞表位。成功构建了含有磷脂酶A基因的pET28a重组质粒,并在宿主菌中得到了表达和纯化,Western印迹的结果显示该重组蛋白与特异性免疫血清能具有良好的免疫反应性。结论:预测结果以及重组蛋白的成功制备,为其作为淋病奈瑟菌表位疫苗和分子诊断技术的开发研究提供了基础和参考。 展开更多
关键词 淋病奈瑟菌 磷脂酶A蛋白 生物信息学分析 原核表达及纯化
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2007—2015年大理某地区乙型肝炎病毒感染状况分析
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作者 姚素华 资文婷 +1 位作者 王涛 武有聪 《大理大学学报》 CAS 2018年第2期78-81,共4页
目的:了解大理地区近9年乙型肝炎病毒(HBV)感染状况,分析乙肝疫苗纳入儿童计划免疫后的接种效果。方法:用ELISA法检测体检人员血清中HBV标记物,并用SPSS 18.0进行统计分析。结果:近9年共收集20 165份标本,检出HBsAg阳性者477份(总携带率... 目的:了解大理地区近9年乙型肝炎病毒(HBV)感染状况,分析乙肝疫苗纳入儿童计划免疫后的接种效果。方法:用ELISA法检测体检人员血清中HBV标记物,并用SPSS 18.0进行统计分析。结果:近9年共收集20 165份标本,检出HBsAg阳性者477份(总携带率为2.37%),其中男性233份(2.69%),女性244份(2.12%)(χ~2=6.979,P=0.009);2007年至2015年HBsAg携带率从4.14%逐年降至1.34%;≤13岁组、14~23岁组、≥24岁组人群HBsAg携带率分别为0.18%、1.61%和3.97%(P<0.001),上述3组人群HBV疫苗接种率分别为96.21%、75.43%和64.47%(P<0.001),接种疫苗后HBs Ab阳性率分别为50.83%、60.59%和58.39%,HBV血清标记物全阴性比例分别为42.21%、7.60%和6.05%。结论:计划免疫实施后该地区人群HBV感染率呈下降趋势,青少年及儿童组HBsAg携带率低于成人组,男性HBsAg携带率高于女性。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 变化趋势 大理地区
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云南松松塔粗提物体外抗拉沙病毒活性及机制的研究
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作者 刘贞麟 张曼琳 +1 位作者 刘奇 王聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期905-912,共8页
目的研究云南松松塔粗提物抗拉沙病毒(LASV)活性及机制。方法利用拉沙假病毒系统及拉沙细胞-细胞融合检测松塔粗提物抗LASV活性。其中,构建拉沙假病毒系统以慢病毒骨架质粒PNL-4-3.Luc.R-E.与含有拉沙包膜蛋白质粒转染于293T细胞,生成... 目的研究云南松松塔粗提物抗拉沙病毒(LASV)活性及机制。方法利用拉沙假病毒系统及拉沙细胞-细胞融合检测松塔粗提物抗LASV活性。其中,构建拉沙假病毒系统以慢病毒骨架质粒PNL-4-3.Luc.R-E.与含有拉沙包膜蛋白质粒转染于293T细胞,生成了一种含有荧光素酶报告基因的假性拉沙病毒。可以在BSL-2级生物安全实验室中检测松塔粗提物抗LASV活性的研究。其次,拉沙细胞-细胞融合模型的构建是通过对已有的质粒进行酶切,连接,鉴定,获得重组质粒,编码带有荧光报告基因及拉沙包膜蛋白的质粒(pAAV-EGFP-Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ)将其转染至293T细胞,获得表面表达有拉沙包膜蛋白的荧光细胞,与靶细胞Huh-7细胞混合铺于96孔板,在37℃,酸性件下发生膜融合,后续用膜融合系统来检测松塔粗提物抗LASV活性研究;对松塔粗提物作用于LASV假病毒感染的具体时期进行分析,通过time of addition及time of remove试验分析松塔粗提物抗病毒作用靶点;采用Western-blot方法检测p24蛋白量,判断松塔粗提物对病毒的裂解作用。结果松塔粗提物可有效抑制LASV感染,用4个谱系的LASV假病毒(LASV lineagesⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ)感染靶细胞,测得IC 50值分别为:42.06μg/mL、22.26μg/mL、80.57μg/mL及19.32μg/mL,抑制LASV包膜蛋白(GPC)介导的细胞-细胞融合活性的检测,测得IC 50值分别为:122.9μg/mL、64.43μg/mL、90.05μg/mL及195.6μg/mL;松塔粗提物具有广谱抗病毒作用,可有效抑制沙粒病毒属:淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒、卢霍病毒及胡宁病毒假病毒感染,IC 50值分别为:2.72μg/mL、12.02μg/mL、29.95μg/mL;松塔粗提物作用于LASV假病毒感染早期,于感染后2 h内加入粗提物的抑制率明显高于4 h后加入药物,且以阻断LASV假病毒的吸附及融合为主;松塔粗提物对LASV假病毒无裂解作用,提取物处理组测得p24蛋白含量与未处理组无统计学差异。结论本研究证实云南松松塔粗提物在体外环境下可有效抑制LASV感染,且具有广谱抗病毒作用;经试验结果证实松塔粗提物主要作用于病毒感染早期,以阻断病毒的吸附及融合为主,为松塔提取物抗LASV的深入研究提供重要的参考依据。 展开更多
关键词 云南松松塔粗提物 拉沙病毒 抗病毒活性 抗病毒机制
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抗拉沙病毒药物的研究进展
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作者 刘贞麟 李志豪 +1 位作者 刘奇 王聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期578-582,589,共6页
拉沙病毒(LASV)属于沙粒病毒科,哺乳动物病毒属。拉沙病毒可引起严重的急性出血热疾病,即拉沙热。拉沙热总病死率为1%,住院患者的病死率为15%。拉沙热主要在西非流行。目前,尚无FDA批准的针对LASV的特异性药物及疫苗,治疗策略仅限于在... 拉沙病毒(LASV)属于沙粒病毒科,哺乳动物病毒属。拉沙病毒可引起严重的急性出血热疾病,即拉沙热。拉沙热总病死率为1%,住院患者的病死率为15%。拉沙热主要在西非流行。目前,尚无FDA批准的针对LASV的特异性药物及疫苗,治疗策略仅限于在疾病早期给予利巴韦林,近年来报道的一些新型抗拉沙病毒药物已经进入临床研究阶段。根据美国疾病预防控制中心的报道,LASV被认为是A类病原体,它的高死亡率和治疗的局限性,世界卫生组织已经将拉沙热确定为研究和开发特效疫苗和药物的重中之重。本文将对拉沙病毒抑制剂的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 拉沙病毒 抑制剂 包膜糖蛋白复合物 病毒靶标
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马尔堡病毒密码子偏爱性分析
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作者 李健晴 刘奇 +1 位作者 王聪 孟余 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期520-528,共9页
目的 分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法 使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphp... 目的 分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法 使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphpad Prism 9.5软件进行绘图。结果 MARV7种蛋白ENC均值分布在49.84~60.92之间,CAI值接近0.7。RSCU结果显示GCA、AGA、AAU、GAA、GGA、AUU、CCU、ACA是7种蛋白的共有高频密码子,其中具有偏爱性的密码子多以A/U结尾。中性分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明MARV密码子使用偏爱性是由突变压力、自然选择和其它多种因素共同作用形成的,其中自然选择占主导作用。将MARV密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和杆状病毒4种常见表达系统进行比较,发现MARV与大肠埃希菌密码子使用频率更为接近。结论 MARV密码子使用偏爱性由多种因素共同作用形成的,自然选择占主导作用。大肠埃希菌表达系统更适合作为马尔堡病毒蛋白的体外表达。 展开更多
关键词 马尔堡病毒 密码子偏爱性 自然选择
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利用免疫信息学方法设计基于表位的淋病奈瑟菌亚单位疫苗
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作者 黄钰 胡欣 +1 位作者 李紫玥 张雷 《生命科学研究》 CAS 2024年第4期348-358,共11页
在淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae,NG)6种保守外膜蛋白中筛选优势表位,设计淋病奈瑟菌多表位亚单位疫苗并模拟其免疫效果。首先,通过C-ImmSim在线服务器对6种外膜蛋白进行计算机免疫模拟,并分别从细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocy... 在淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae,NG)6种保守外膜蛋白中筛选优势表位,设计淋病奈瑟菌多表位亚单位疫苗并模拟其免疫效果。首先,通过C-ImmSim在线服务器对6种外膜蛋白进行计算机免疫模拟,并分别从细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)、辅助性T细胞(helper T cell,Th cell)及B细胞免疫反应强的外膜蛋白中筛选用于构建多表位亚单位疫苗的优势CTL表位、Th细胞表位和B细胞表位。其次,在对各优势表位进行抗原性、致敏性和毒性分析后,将不同排列组合的优势表位与抗菌肽及PADRE序列连接起来,设计出多表位亚单位疫苗。再次,对所设计的各种多表位亚单位疫苗进行计算机免疫模拟,以评价其体液免疫和细胞免疫的效果。最后,对筛选出的免疫效果较好的候选亚单位疫苗进行抗原性、致敏性、理化性质、溶解性评估以及二级结构分析,以确保候选亚单位疫苗符合疫苗设计标准。结果显示,筛选出符合要求的优势候选CTL表位8个、Th细胞表位10个和B细胞表位14个;共设计出64种多表位亚单位疫苗,其中3种亚单位疫苗的免疫模拟结果最佳,均满足抗原性强、对人体无致敏性及无细胞毒性的要求,且均为亲水性、耐热性较好的稳定蛋白质,同时能在大肠杆菌中实现可溶性的过表达,与抗体的亲和性也较强,符合疫苗设计的标准。研究结果表明,以C-ImmSim为主的生物信息学预测方法在多表位亚单位疫苗的反向设计及其免疫效果的高通量初步筛选方面具有良好的应用前景。本研究为淋病奈瑟菌疫苗研发提供了一种新的有效途径。 展开更多
关键词 淋病奈瑟菌(NG) 外膜蛋白 免疫信息学 表位 亚单位疫苗 免疫模拟
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云南省布鲁氏菌病流行状况 被引量:23
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作者 乾莲 孟媛媛 +1 位作者 孙海龙 武有聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期138-145,共8页
布鲁氏菌病(布病)是我国流行较为严重的一种人兽共患传染病,危害人体健康,造成畜牧业巨大的经济损失。云南省属于边疆农牧大省,历史上曾有过布病的流行,近年来有关布病的报道越来越多,但目前云南省布病总体流行状况仍不清楚。本文通过C... 布鲁氏菌病(布病)是我国流行较为严重的一种人兽共患传染病,危害人体健康,造成畜牧业巨大的经济损失。云南省属于边疆农牧大省,历史上曾有过布病的流行,近年来有关布病的报道越来越多,但目前云南省布病总体流行状况仍不清楚。本文通过CNKI和万方数据库检索整理了1990-2017年云南省布病疫情的相关文献,对云南省布病的流行病学特点及人畜间布病的流行情况做一综述,在此基础上分析病原学特征与宿主种类、易感群体与感染途径、布病流行的时间和空间分布状况以及影响因素,为云南布病的防控提供依据。 展开更多
关键词 布鲁氏菌病 流行状况 云南
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云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒密码子偏性及其聚类分析 被引量:7
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作者 田明明 魏雪玲 +3 位作者 杨兴 宋秀锋 李光华 刘奇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期1079-1086,共8页
目的探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系。方法运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋... 目的探索云南新现蝙蝠SARS样冠状病毒(SARSr-CoV)密码子偏性及其与SARS冠状病毒(SARS-CoV)及其他地区SARSr-CoV密码子偏性的进化关系。方法运用Lasergene、EMBOSS、CodonW等生物信息软件,以SARS-CoV为对照,对云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白的编码序列进行密码子偏性分析,并基于此与不同时期报道的SARSr-CoV及SARS-CoV进行聚类分析。结果 11株云南新现蝙蝠SARSr-CoV各蛋白有效密码子数目均接近61,密码子偏性较弱;各蛋白偏性的密码子有差异,但均以A、U结尾的密码子为主。ENC-Plot、中性绘图分析与PR2规则分析均提示新现蝙蝠SARSrCoV在进化过程中主要受到自然选择因素的影响。基于密码子偏性的聚类分析发现,部分云南蝙蝠SARSr-CoV与SARSCoV关系极为密切。同时,其他云南SARSr-CoV分散聚类于其他地区的SARSr-CoV中。结论新报道的蝙蝠SARSr-CoV的密码子偏性与SARS-CoV相似度较高,在进化过程中主要受到自然选择因素的影响,跨种传播至人的风险较高。 展开更多
关键词 冠状病毒 密码子 偏性分析 聚类分析
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狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎的研究进展 被引量:6
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作者 陈晓婷 乾莲 +1 位作者 孙士正 武有聪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期331-340,共10页
狒狒巴拉姆希阿米巴是一种在世界上部分国家流行的机会致病性营自由生活的阿米巴,严重危害人体健康,致死率高于95%,多以皮肤损害为首发症状,引起亚急性或慢性中枢神经系统感染的肉芽肿性阿米巴脑炎,致病机制尚未十分明确,可借助活检、... 狒狒巴拉姆希阿米巴是一种在世界上部分国家流行的机会致病性营自由生活的阿米巴,严重危害人体健康,致死率高于95%,多以皮肤损害为首发症状,引起亚急性或慢性中枢神经系统感染的肉芽肿性阿米巴脑炎,致病机制尚未十分明确,可借助活检、血清学检查、组织培养、基因测序及分子诊断技术等多种方法辅助诊断。本文从狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎的病原学、流行病学、临床表现、诊断与治疗、预防措施等几方面进行综述,为狒狒巴拉姆希阿米巴脑炎的防治提供理论依据。 展开更多
关键词 狒狒巴拉姆希阿米巴 脑膜脑炎 临床表现 诊断 防治
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抗新型冠状病毒2019-nCoV新药的研发 被引量:5
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作者 刘奇 夏帅 姜世勃 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2020年第3期241-245,共5页
2019年底,湖北武汉暴发了2019新型冠状病毒感染疾病(COVID-19),并快速在全国蔓延,且在多个国家发现病例。其感染病例和死亡病例在短时间内快速超过重症急性呼吸综合征(SARS),给中国带来了不可估量的损失。中国科研人员在短时间内,快速... 2019年底,湖北武汉暴发了2019新型冠状病毒感染疾病(COVID-19),并快速在全国蔓延,且在多个国家发现病例。其感染病例和死亡病例在短时间内快速超过重症急性呼吸综合征(SARS),给中国带来了不可估量的损失。中国科研人员在短时间内,快速锁定病原体为2019-nCoV(或hCoV-19或SARS-CoV-2),并且在不同层面开展了相关抗病毒药物的研发工作。本文介绍了抗2019-nCoV新药研发的现状。同时,鉴于突发病原体的药物研发过程相对迟缓,我们建议对于潜在流行可能性的病原体,其药物研发要具有前瞻性,国家层面要推进广谱药物的研发和临床试验,以应对可能出现的疫情风险。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 2019-nCoV hCoV-19 SARS-CoV-2 药物研发 广谱
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新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的密码子偏爱性分析 被引量:4
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作者 尚方建 石哲芳 +1 位作者 王聪 刘奇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期15-21,38,共8页
目的分析SARS-CoV-2密码子使用的偏爱性及不同国家和地区流行株的密码子之间的聚类关系。方法使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0、SPSS 22.0等软件分析SARS-CoV-2的密码子偏爱性及其影响因素,在此基础上对不同国家毒株的密码子偏爱性... 目的分析SARS-CoV-2密码子使用的偏爱性及不同国家和地区流行株的密码子之间的聚类关系。方法使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0、SPSS 22.0等软件分析SARS-CoV-2的密码子偏爱性及其影响因素,在此基础上对不同国家毒株的密码子偏爱性进行聚类分析。结果SARS-CoV-2的各蛋白ENC值在26.60~57.81之间;密码子以A/U结尾(RSCU>1),约占84.98%。ACA、ACU、AGA、AUU、CCU、CUU、GCU、GGU、GUU、UCA、UCU、UUA为多数基因共有的高频密码子,ORF10基因没有偏爱密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示,SARS-CoV-2的各蛋白密码子使用偏爱性受不同因素影响,但是主要因素是自然选择,突变次之。基于密码子偏性的聚类分析发现,来源全球20多个国家和地区的SARS-CoV-2密码子偏爱性有明显差异。部分蛋白的密码子偏爱性聚类分析显示,西班牙、法国、韩国、美国和越南等国家单独聚类。S和ORF1ab的聚类分析显示,中国SARS-CoV-2流行株与美国的流行株的密码子使用偏性分属不同聚类。结论SARS-CoV-2的密码子使用偏性在发生变化,目前主要受环境选择影响。这种改变可能是病毒的跨物种传播造成的,需对其加强动态监控,并对其密码子偏爱性改变的意义进行深入研究。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 密码子偏爱性 聚类分析
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新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析 被引量:2
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作者 李亚飞 罗春雨 +1 位作者 石哲芳 刘奇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期559-565,576,共8页
目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组... 目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列,使用EMBOSS子程序CUSP、MEGA 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算,通过SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件进行数据统计分析并绘图。结果Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱。相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近。基于密码子使用偏性的聚类分析结果显示,Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大。结论新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱,密码子使用模式较Wuhan-Hu-1更接近人类基因,可能是其感染效率增加的原因。 展开更多
关键词 SARS-CoV-2 Omicron变异株 聚类分析 系统发育 密码子偏爱性
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HIV NL4-3病毒株非感染性细胞-细胞融合模型的构建 被引量:2
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作者 石哲芳 罗春雨 +1 位作者 李亚飞 刘奇 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期496-501,共6页
目的构建一种基于HIV实验室株NL4-3包膜蛋白env的非感染性、可视化细胞-细胞融合模型,用于检测HIV-1进入抑制剂的抑制活性。方法构建可同时表达HIV NL4-3 env及GFP的真核表达质粒pAAV-IRES-GFP-NL4-3,瞬时转染293T细胞,使293T细胞同时表... 目的构建一种基于HIV实验室株NL4-3包膜蛋白env的非感染性、可视化细胞-细胞融合模型,用于检测HIV-1进入抑制剂的抑制活性。方法构建可同时表达HIV NL4-3 env及GFP的真核表达质粒pAAV-IRES-GFP-NL4-3,瞬时转染293T细胞,使293T细胞同时表达2种蛋白(293T/NL4-3/GFP)后,与靶细胞TZM-b1细胞共同培养,观察细胞融合情况及合胞体的形成。同时,在该模型上测试HIV进入抑制剂C34和T1144的抑制活性。结果293T/NL4-3/GFP和TZM-b1细胞混合2h后,可在荧光显微镜下发生明显融合;24h后可形成大面积融合。HIV-1进入抑制剂C34、T1144能够抑制细胞融合,其半抑制浓度(IC50)分别为(72±6.24)nmol/L和(15±6.94)nmol/L。结论成功构建了一种可在普通实验室完成的,可视化且无感染性的HIV-1进入抑制剂药物检测筛选模型。 展开更多
关键词 HIV-1 ENV 进入抑制剂 细胞-细胞融合 高内涵药物筛选
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微RNA在胃癌中的相关机制及诊断治疗的研究进展 被引量:5
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作者 张弛 张雷 《医学综述》 2019年第1期55-59,共5页
胃癌的发生和发展是一个复杂的过程,具有高发病率和高病死率的特点。由于缺乏早期的生物学标志物及筛选或检测胃癌的有效手段,胃癌常至晚期才被确诊。降低胃癌患者对化疗药物的多药耐药性,对于提高患者的生存率至关重要。微RNA(miRNA)... 胃癌的发生和发展是一个复杂的过程,具有高发病率和高病死率的特点。由于缺乏早期的生物学标志物及筛选或检测胃癌的有效手段,胃癌常至晚期才被确诊。降低胃癌患者对化疗药物的多药耐药性,对于提高患者的生存率至关重要。微RNA(miRNA)在肿瘤发生中起重要作用,可通过改变癌基因和抑癌基因的表达来参与胃癌的发生发展。miRNA在组织、血清、血浆和其他体液中的呈现稳定性表达,同时近年来许多异常表达的miRNA已被鉴定并用于胃癌的临床诊断和治疗。因此,miRNA可作为一个新型靶点,对胃癌的各阶段进行严密监控,为临床医师提供更为全面的判断,改善患者生存状态。 展开更多
关键词 胃癌 微RNA 幽门螺杆菌
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NF-κB信号通路与胃癌的研究进展 被引量:6
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作者 杨舒 张雷 《医学研究与教育》 CAS 2017年第1期33-38,共6页
胃癌是全球常见的一种癌症,具有较高的发病率和病死率,目前关于胃癌发病机制的研究很多,但其确切机制迄今仍不清楚。核转录因子κB(nuclear factor kappa B,NF-κB)广泛存在于细胞中,并与肿瘤细胞分化、增殖、凋亡、免疫应答等应激反应... 胃癌是全球常见的一种癌症,具有较高的发病率和病死率,目前关于胃癌发病机制的研究很多,但其确切机制迄今仍不清楚。核转录因子κB(nuclear factor kappa B,NF-κB)广泛存在于细胞中,并与肿瘤细胞分化、增殖、凋亡、免疫应答等应激反应息息相关,而胃癌的发生发展、浸润转移、治疗预后都涉及NF-κB信号通路的紊乱。本文就近年来NF-κB信号通路在胃癌发病机制中的研究进展作一综述。 展开更多
关键词 核转录因子ΚB 胃癌 信号通路
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胃癌相关基因与幽门螺旋杆菌感染关系的研究进展 被引量:4
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作者 李晓楠 张雷 《医学研究与教育》 CAS 2017年第3期48-55,共8页
胃癌的发生、发展过程和很多原癌基因和抑癌基因密切相关,其中一些基因的表达和幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori,Hp)的感染有关。概述了胃癌相关基因表达的改变与Hp感染的关系,对Hp引起胃癌的致病机制进行了阐述,为Hp相关胃癌的诊断... 胃癌的发生、发展过程和很多原癌基因和抑癌基因密切相关,其中一些基因的表达和幽门螺旋杆菌(Helicobacter pylori,Hp)的感染有关。概述了胃癌相关基因表达的改变与Hp感染的关系,对Hp引起胃癌的致病机制进行了阐述,为Hp相关胃癌的诊断以及对胃癌靶向治疗目的基因的筛选提供参考。 展开更多
关键词 胃癌 原癌基因 抑癌基因 幽门螺旋杆菌
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表皮葡萄球菌vraSR-srrAB突变株的构建及生物学表型
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作者 陈晓婷 乾莲 +4 位作者 陈卫国 孙士正 白宗凯 赵纯静 武有聪 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期3562-3574,共13页
【背景】形成生物被膜是表皮葡萄球菌的主要致病方式,双组分系统(two-component regulatory system,TCS)VraSR和SrrAB与细菌的生长、生物被膜形成等多种生物学表型密切相关。敲除表皮葡萄球菌SE1457 vraSR后细胞壁变薄,生物被膜形成量降... 【背景】形成生物被膜是表皮葡萄球菌的主要致病方式,双组分系统(two-component regulatory system,TCS)VraSR和SrrAB与细菌的生长、生物被膜形成等多种生物学表型密切相关。敲除表皮葡萄球菌SE1457 vraSR后细胞壁变薄,生物被膜形成量降低,而敲除srrAB后生长进入稳定期的时间延长,生物被膜形成量也降低,且TCS-VraSR和SrrAB均通过ica途径调控表皮葡萄球菌生物被膜的形成。ica操作子是表皮葡萄球菌生物被膜形成的重要调节元件,由icaADBC这4个开放阅读框(openreadingframe,ORF)和1个转录方向相反的icaR组成,IcaR是icaADBC的抑制子。【目的】探索TCS-VraSR和SrrAB协同调控表皮葡萄球菌生长及生物被膜形成中的作用,为防控表皮葡萄球菌引起的持续性感染奠定基础。【方法】构建pKOR1-ΔvraSR重组质粒,经大肠杆菌DC10B修饰后转入ΔsrrAB,通过同源重组在ΔsrrAB突变株的基础上进一步敲除vraSR基因,疑似ΔvraSR-srrAB突变株经PCR、RT-PCR和测序验证。检测ΔvraSR-srrAB突变株的生长、生物被膜形成及药物敏感性。【结果】成功构建表皮葡萄球菌ΔvraSR-srrAB突变株。与表皮葡萄球菌SE1457野生株、ΔvraSR和ΔsrrAB突变株相比,ΔvraSR-srrAB突变株生长更为迟缓,药物敏感性增强,几乎不能形成生物被膜;RT-qPCR显示,ΔvraSR和ΔsrrAB突变株中icaA转录水平较SE1457下调约13%-17%,icaR转录水平上调约5-9倍,而ΔvraSR-srrAB突变株中icaA转录水平较SE1457下调约6%,icaR转录水平上调约14倍。【结论】VraSR-SrrAB可能通过ica途径协同调控表皮葡萄球菌生物被膜形成,对压力应激胁迫作用还需进一步研究。 展开更多
关键词 VraSR SrrAB 双组分信号转导系统 生物被膜 表皮葡萄球菌
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抗埃博拉病毒药物开发研究进展
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作者 何振 刘奇 孟余 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期575-582,共8页
埃博拉病毒(Ebola virus)感染引起烈性传染病,即埃博拉出血热,病死率在25%~90%。埃博拉疫情暴发主要集中在非洲地区,目前没有有效的治疗和预防措施,因此急需有效的抗埃博拉药物应用到临床治疗。目前,多家研究机构利用多种药物开发策略... 埃博拉病毒(Ebola virus)感染引起烈性传染病,即埃博拉出血热,病死率在25%~90%。埃博拉疫情暴发主要集中在非洲地区,目前没有有效的治疗和预防措施,因此急需有效的抗埃博拉药物应用到临床治疗。目前,多家研究机构利用多种药物开发策略筛选抗埃博拉病毒感染的候选药物。已有一部分抗埃博拉药物进入了临床实验研究阶段,但大部分的药物研究仍处在普通细胞实验或动物实验水平。本文从埃博拉分子结构、病毒进入细胞感染方式、抗埃博拉药物研究模型和抗埃博拉药物等方面进行综述,以期望为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 埃博拉病毒 抗埃博拉药物 研究模型
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