肝细胞肝癌NTS的表达与炎症微环境形成和肿瘤上皮间质转化及预后的相关性研究

目的:利用免疫组织化学染色法(IHC)检测肝细胞肝癌(HCC)中神经降压素(NTS)的表达,并探讨HCC中NTS/IL-8通路的激活与炎性微环境形成和肿瘤上皮间质转化(EMT)及临床预后的关系。方法:收集本院2007年11月至2009年7月期间进行部分肝切除术后确诊为肝细胞癌(HCC)、随访资料完整的肝癌患者64例。采用IHC法检测肝癌及相应癌旁正常组织中NTS,多种炎症因子和EMT相关蛋白的表达情况,包括IL-8、VEGF、MMP-9、CD68、E-cadherin,β-Catenin和Vimentin的表达水平,并比较不同NTS表达对HCC患者总生存时间(OS)的影响。结果:NTS在HCC中表达率为17.19%(11/64),NTS阳性HCC标本中IL-8阳性率较NTS阴性标本明显增加(90.91%vs.41.17%),二者表达呈正相关(R2=0.298,P=0.006)。NTS和IL-8双阳性(NTS+IL-8+)HCC标本中,VEGF和MMP-9表达显著增加。同时,NTS+IL-8+HCC细胞EMT特征明显,表现为E-Cadherin表达降低和Vi mentin表达升高。在肿瘤中NTS和IL-8共表达与患者的临床疗效呈正相关,术后NTS+IL-8+HCC患者的死亡率比非NTS和IL-8共表达的患者高2.5倍(P=0.022)。NTS+IL-8+HCC患者的OS显著缩短[(24.65±4.45)个月vs.(75.79±16.32)个月,P=0.013)],而死亡风险明显升高,其预期危险比(HR)为3.457。结论:在部分HCC中存在NTS/IL-8炎症通路的异常活化,NTS的高表达与炎症微环境形成和肿瘤EMT与肝癌患者预后较差密切相关。

上皮间充质转化与肿瘤干细胞的研究进展

上皮细胞间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)在胚胎发育和肿瘤发生中具有重要作用,EMT可使上皮性肿瘤细胞获得间充质细胞表型,在增强肿瘤细胞的侵袭和转移能力的同时,也使得肿瘤细胞具有自我更新能力等干细胞样特性。多种转录因子、信号转导通路、microRNAs及细胞微环境等因素共同调控此过程。EMT与肿瘤干细胞之间有密不可分的联系,EMT可以促进肿瘤细胞获得干细胞特征,具有干细胞特征的肿瘤细胞高表达EMT标记分子,microRNA可同时调控EMT和细胞干性。阐明EMT与肿瘤干细胞的相互关系及其调控机制,有望为肿瘤转移与复发的靶向治疗开辟新思路。

生物信息学一致性相关系数法预测非小细胞肺癌的NP化疗方案药物敏感性基因

目的用生物信息学一致性相关系数(CCC)法预测非小细胞肺癌一线化疗方案NP方案(长春瑞滨+顺铂)药物敏感性基因。方法使用5种统计学方法:Pearson相关分析、Spearman相关分析、Welch's t-test、ANCOVA和rank-based ANCOVA,从NCI 60数据库筛选药物敏感性基因,通过CCC筛选非小细胞肺癌患者化疗药物敏感性基因。利用在线数据库DAVID进行KEGG通路富集分析。结果筛选出可能应用于预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性基因:顺铂的药物敏感性基因主要富集在蛋白聚糖、细菌侵袭上皮细胞通路中;长春瑞滨的药物敏感性基因主要与癌症信号通路、蛋白聚糖有关。结论生物信息学CCC法可应用于筛选出预测非小细胞肺癌化疗药物敏感性的基因,可能为将来构建NP方案精准化疗模型提供研究基础。

协同致死效应在肿瘤研究中的现状

包括导致基因功能缺失在内的大部分致癌突变均不是传统的小分子抑制剂的直接作用靶点。尽管对致癌相关突变的了解越来越多,但目前肿瘤的靶向治疗依然存在问题,协同致死效应(synthetic lethality effects)的应用有望成为肿瘤靶向治疗中的新突破。因此,寻找能够产生协同致死效应的基因突变组合对于肿瘤靶向治疗有着重大的作用,本文就协同致死效应概念的提出与演变、相互作用形式、相关筛选技术以及临床治疗策略、意义和挑战等方面进行综述。

Pentraxin 3在肿瘤中作用的研究进展

五聚蛋白3(Pentraxin 3,PTX3)是一种存在于体液中的以环状多聚体结构为特征的炎症因子,可以参与伤口愈合、组织重塑、天然免疫、炎症等过程。近年的研究发现,PTX3参与多种肿瘤的进展,是肺癌、宫颈癌、结直肠癌、原发性骨髓纤维化等肿瘤的独立预后因子。PTX3可以被C-Jun氨基末端激酶(JNK)-Jun、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、核因子κB(NF-κB)、Wnt信号通路调控在肿瘤细胞中高表达,通过调控上皮-间质转分化(EMT)相关蛋白、基质金属蛋白酶(MMPs)、破骨细胞分化因子(RANKL)等而促进肿瘤细胞迁移侵袭及转移,通过参与Hedgehog和Hippo-YAP信号通路促进肿瘤细胞干性,从而促进肿瘤恶性进展;其也可以通过抑制成纤维细胞生长因子(FGFs)家族与受体的结合,抑制肿瘤中血管生成及肿瘤的恶性进展。

基于3D细胞培养系统的肺癌类干细胞的分离和鉴定

目的:本研究建立三维细胞培养方法(3D)以分离和鉴定肺癌类干细胞,并与二维细胞培养方法(2D)比较,初步探讨该方法在评价肺癌体外增殖、凋亡、侵袭和药物反应性方面的应用。方法:将人肺腺癌细胞系A549以1×104个/孔的细胞与RPMI1640和伊格尔基础培养基(basal medium of eagle,BME)制成细胞悬液,培养7 d,收集细胞采用流式细胞仪进行类干细胞表型检测,以及体外成球、耐药性、体内成瘤等干细胞功能鉴定,并将3D与2D细胞培养的A549细胞进行比较。结果:细胞表型检测证明3D系统培养的A549细胞中CD44和CD326阳性比例升高,CD24阳性比例下降,细胞体外成球率显著升高(28.50%±1.17%vs.8.67%±0.80%,P<0.01)对顺铂耐药性显著提高。加药后48 h为58.17%±2.19%vs.33.27%±5.76%(P<0.01),加药后72 h为41.70%±5.81%vs.27.30%±4.25%(P<0.01),体内成瘤时间显著缩短[(20.75±0.85)d vs.(60.25±1.49)d,P<0.01]。结论:3D培养的肺癌细胞中获得更高比例的类干细胞样细胞,具有体内成瘤快、体外成克隆团率高、耐药性提高的特征。

ITSN1-S的SH3功能域对恶性胶质瘤细胞U87增殖能力的影响

目的:观察ITSN1-S的SH3功能域对恶性胶质瘤细胞U87增殖能力的影响,并探讨其相关分子机制。方法:构建标记mGFP荧光的慢病毒表达质粒PCDH-CMV-MCS-EF1-Puro。将ITSN1-S的不同片段的PCR产物:EH1-EH2、EH1-EH2-CC、ITSN1-S,分别连接到慢病毒表达质粒载体中。用HEK-293T细胞分别包装上述四种质粒的慢病毒后感染U87细胞,嘌呤霉素(puro)筛选出稳定表达的细胞,分别命名为vector/U87、EH1-EH2/U87、EH1-EH2-CC/U87、ITSN1-S/U87。Western blot检测目的蛋白的表达,增殖实验和软琼脂克隆形成实验检测各组胶质瘤细胞的增殖能力。结果:增殖实验和软琼脂克隆形成实验显示与vector/U87、EH1-EH2/U87、EH1-EH2-CC/U87细胞相比较,ITSN1-S/U87细胞的增殖能力显著增强(P<0.05),但vector/U87、EH1-EH2/U87、EH1-EH2-CC/U87三组细胞之间的增殖能力差异无统计学意义(P>0.05)。增殖实验结果显示第6天时,ITSN1-S/U87、EH1-EH2-CC/U87、EH1-EH2/U87、vector/U87细胞数分别为(29.16±1.19)×104、(22.82±0.94)×104、(22.17±0.90)×104、(21.93±1.15)×104个;软琼脂克隆形成实验表明第21d时,ITSN1-S/U87克隆形成数高达(6.37±0.41)×103个,而EH1-EH2-CC/U87、EH1-EH2/U87和vector/U87克隆形成数分别为(2.65±0.34)×103、(2.23±0.31)×103和(2.1±0.29)×103个。结论:过表达ITSN1-S能显著提高胶质瘤细胞U87的增殖能力,这种促进细胞增殖的作用可能是通过SH3功能域来实现的。

miR-448通过抑制上皮间质转化抑制肺癌细胞增殖和运动能力

探讨mi R-448对肺癌细胞增殖和运动的影响及其分子机制。采用实时荧光定量PCR(polymerase chain reaction)检测原发肺癌组织和癌旁正常组织mi R-448表达水平。转染mi R-448 mimic和inhibitor至肺癌A549细胞系,通过MTT(3-(4,5-dimethyl-2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2-H-tetrazoliumbromide)、平板克隆形成和Transwell实验观察mi R-448表达对A549增殖和运动能力的影响;利用Western blot检测EMT(epithelial-mesenchymal transition)标志物蛋白表达水平,通过实时荧光定量PCR检测EMT相关转录因子m RNA表达水平。实时荧光定量PCR显示较癌旁正常组织相比,mi R-448在原发肺癌组织中表达降低。MTT和平板克隆形成实验显示,过表达mi R-448抑制A549细胞增殖和运动能力;降表达mi R-448增强A549细胞增殖和运动能力。Western blot显示降表达mi R-448能下调上皮标志物E-cadherin,上调间质标志物Vimentin表达水平。实时荧光定量PCR显示降表达mi R-448能上调EMT相关转录因子Twist1和ZEB1 m RNA表达水平。mi R-448可通过抑制EMT抑制肺癌进展。

基于生物信息学分析PTX3基因在乳腺癌中的表达及临床意义

目的:通过分析生物信息数据库相关资料,探究五聚蛋白3(PTX3)基因在乳腺癌中的表达和临床意义。方法:利用TIMER数据库和GEPIA2.0数据库对PTX3 mRNA在正常乳腺组织和乳腺癌组织中的表达进行分析;利用UALCAN数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析PTX3与乳腺癌临床特征和预后的关系;利用STRING数据库构建PTX3蛋白相互作用网络;利用CancerSEA数据库分析PTX3基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性。结果:TIMER和GEPIA2.0在线平台分析结果显示,与正常乳腺组织相比,PTX3 mRNA在乳腺癌组织中低表达。UALCAN数据库分析结果显示,PTX3 mRNA表达与年龄、TNM分期、淋巴结转移数、TP53突变有关。Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示,PTX3 mRNA高表达的乳腺癌患者的总体生存期(HR=0.8,95%CI:0.65-0.97,P=0.026)和无进展生存期(HR=0.89,95%CI:0.8-0.99,P=0.032)更长。在Luminal A型、基底样型乳腺癌患者中,PTX3 mRNA高表达的人群总生存期更长。同时,在Luminal A型、基底样型以及Luminal B型乳腺癌患者中,PTX3 mRNA高表达的人群无进展生存期更长;STRING蛋白相互作用网络分析显示,PTX3蛋白相互作用网络包括FGF2、FCN1、CFH、FCN2、TNFAIP6、SELP、MBL2、C1QA、CFHR1主要参与免疫调节作用以及炎症,部分蛋白可调节细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移。CancerSEA数据库分析结果显示,PTX3基因的表达与炎症反应呈显著正相关(P<0.001),与转移、干细胞特性、组织缺氧呈显著负相关(均P<0.001)。结论:PTX3在乳腺癌组织中低表达,与年龄、肿瘤分级、淋巴结转移数、TP53突变相关,且PTX3 mRNA高表达乳腺癌患者生存预后较好,主要参与免疫调节作用以及炎症、调节细胞存活、细胞分裂、血管生成、细胞分化和细胞迁移等。

影像组学在免疫治疗方面的应用现状

影像组学在医学图像中挖掘信息,对癌症的诊断、预后和治疗疗效预测具有极为重要的地位。当前,免疫治疗成为癌症治疗的热点,极大地推动了肿瘤学领域的发展。影像组学特征具备无创、可重复、常规获取以及量化肿瘤异质性等优点,因此可作为免疫治疗疗效的生物标志物。本文将阐述影像组学的特征提取及其数据分析,将其作为生物标志物在免疫治疗中的研究进展,包括预测治疗反应和不良事件,为影像组学在个体化治疗中的应用提供了新的见解。

空间转录组学的发展及其应用进展

空间转录组学是一项颠覆性的生物学技术,融合了分子生物学和空间成像技术,旨在揭示组织或细胞中基因表达的空间分布。其通过对转录组数据进行分析,可以全面理解基因在组织或细胞水平上的空间表达规律,从而深入揭示生物系统中基因调控的时空特征及其在生物学过程中的功能和意义。该技术为发育生物学、免疫学、医学以及农业等领域的研究提供了前所未有的帮助,为理解细胞分化、农作物发育等关键过程提供了支撑。详细介绍了空间转录组技术的发展进程、数据分析及其在医学以及农业领域中的主要应用,提出了该领域所存在的问题并对未来发展趋势进行展望。

不同固定剂及渗透方法对免疫荧光技术中EGFR内吞转运观察效果的影响

目的:探索适合表皮生长因子受体(EGFR)内吞转运免疫荧光观察的固定和渗透方法。方法:采用OLYMPUS BX61荧光显微镜及成像系统,对不同固定剂(4%多聚甲醛,甲醇,4%多聚甲醛+甲醇,丙酮,丙酮与甲醇体积比1∶1的混合液)配合不同渗透方法(0.04%saponin,0.1%Triton X-100)得到的EGF刺激后0 min和15 min两个时间点的EGFR免疫荧光图像进行对比分析。结果:0 min时EGFR主要定位于细胞质膜,4%多聚甲醛+甲醇的固定方法,配合使用0.04%saponin,可以观察到细胞膜上明显、清晰、连续的EGFR信号。针对EGF刺激15 min后内吞进入细胞的EGFR,不同固定方法对观察效果没有明显影响。但与配合使用0.04%saponin相比,0.1%Triton X-100进行渗透能充分暴露EGFR在细胞核内的信号。结论:温和的固定和渗透方法可获得较好的EGFR膜定位信号。针对内吞转运中的EGFR需要较强的渗透剂,以确定EGFR在细胞内准确的定位。

Aquaporin1在胶质瘤中的表达及其临床意义

目的:探讨水通道蛋白1(aquaporin1,AQP1)在胶质瘤中的表达情况及其与临床病理参数、预后的关系,观察AQP1对恶性胶质瘤细胞增殖、侵袭的影响。方法:采用免疫组织化学染色法检测135例肿瘤组织中AQP1的表达情况,分析AQP1与胶质瘤临床病理特征的关系,使用临床资料完整的103例胶质瘤标本分析AQP1与生存的关系。将AQP1连接至慢病毒表达质粒载体后感染恶性胶质瘤LN229细胞,Western blot检测目的蛋白的表达;MTT实验和Transwell小室实验分别检测胶质瘤细胞的增殖和侵袭能力。结果:AQP1的表达水平与胶质瘤的病理分级呈正相关,AQP1高表达与患者预后差相关(P<0.05)。过表达AQP1可增强胶质瘤细胞的增殖、侵袭能力(P<0.05)。结论:AQP1表达与胶质瘤进展密切相关,其表达上调可显著增强胶质瘤细胞的增殖和侵袭能力,有望为胶质瘤的临床检测及治疗提供新思路。

新一代测序技术在抗癌药物精准治疗中的研究现状

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如今,它已经成为了生物学家进行科学研究不可或缺的工具,并在抗癌药物精准治疗领域做出了重要贡献。该文将针对不同测序方法在抗癌药物精准治疗中的作用进行阐述,探讨新一代测序技术在其中的指导意义。

基因表达谱芯片及核酸测序技术在癌症研究中的应用现状

基因表达谱芯片和核酸序列数据在癌症研究中占有很重要的地位。基因表达谱芯片被广泛的应用在医学研究中,它的主要优势在于灵敏快速成本低,缺点只能对现有基因进行研究,无法进行新基因发现以及变异等方面的研究;而核酸序列数据在这方面则具有很大优势。总体来说,二者在癌症研究中都发挥着巨大的作用。随着精准医学的不断发展,对这些高通量数据的深入研究可以有助于人们进一步了解癌症的分子机制,从而加速个体化治疗的进程。

ITSN1 mRNA预测乳腺癌预后的价值

目的:通过数据库对ITSN1 mRNA的表达水平分析,以期能够预测乳腺癌患者的预后。方法:利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析ITSN1 mRNA表达水平与乳腺癌患者预后的关系,GEPIA数据库分析基因ITSN1和HER2在乳腺癌中的表达。结果:ITSN1 mRNA高表达的乳腺癌总人群有更好的预后。ITSN1 mRNA的高表达预示luminal A、luminal B、HER2阴性、淋巴结阳性乳腺癌患者更长的无复发生存,以及淋巴结阴性乳腺癌患者更好的总生存。ITSN1 mRNA低表达的Her-2扩增型/阳性乳腺癌患者有更好的预后。ITSN1基因在乳腺癌中的表达低于正常乳腺组织,HER2基因在乳腺癌中的表达高于正常乳腺组织。结论:ITSN1 mRNA高表达的乳腺癌患者预后更好,ITSN1在乳腺癌中可能发挥抑癌的功能。

Pentraxin 3蛋白在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的:探究炎症因子五聚蛋白3(Pentraxin3,PTX3)在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:选取2004—2012年的309例乳腺浸润性导管癌(IDC)患者乳腺癌组织以及33例癌旁组织石蜡标本,通过免疫组织化学染色分析PTX3蛋白在乳腺癌中的表达。结果:PTX3蛋白在乳腺癌组织中较癌旁表达更高(χ^(2)=35.3,P<0.001),其表达水平与肿瘤的组织学级别呈正相关(r=0.139,P<0.05);Kaplan-Meier生存分析表明,PTX3蛋白是乳腺癌患者总生存(χ^(2)=5.708,P<0.05)及无进展生存(χ^(2)=4.958,P<0.05)的独立预后因素,PTX3高表达的乳腺癌患者预后更差。结论:PTX3蛋白在乳腺癌中高表达,且与乳腺癌的组织学级别呈正相关,PTX3高表达的患者预后差,PTX3可以作为乳腺癌精准治疗的潜在靶标。

RasGRF1在乳腺癌中的表达及其临床意义

目的:通过对大样本乳腺癌临床病例的研究,探讨鸟甘酸交换因子1(RasGRF1)在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:通过免疫组织化学染色的方法明确RasGRF1在乳腺癌组织中的表达方式,利用TIMER、DriverDBv3、bc-GenExMiner和LinkedOmics临床数据资源分析RasGRF1在乳腺癌组织中的表达趋势及其与乳腺癌患者预后的关系。在此基础上,探讨RasGRF1在不同分型的乳腺癌组织中的表达及其与不同分型的乳腺癌患者预后的关系,并且在ER-/PR-型的乳腺癌患者中深入研究调控RasGRF1的microRNA。结果:免疫组织化学染色结果显示,RasGRF1蛋白主要在乳腺癌组织的胞浆和胞膜中表达,在细胞核中几乎没有表达。与正常乳腺组织相比,RasGRF1蛋白在乳腺癌组织中高表达并且与患者的预后呈负相关。总生存(HR=2.04,P=0.00067)、无病生存(HR=1.77,P=0.0235)、无进展生存(HR=1.85,P=0.00136)和疾病特异性生存(HR=2.83,P=3.23e-05)是乳腺癌预后的独立预后因子。与无淋巴结转移的患者相比,RasGRF1在有淋巴结转移的患者中高表达,并且其在淋巴结转移的乳腺癌患者中的表达与预后呈负相关(HR=1.86,95%CI:1.34~2.57,P=0.0002)。与其他3种乳腺癌类型(ER+/PR+、ER+/PR-、ER-/PR+)相比,RasGRF1在ER-/PR-类型的乳腺癌组织中高表达并且与患者预后呈负相关(HR=2.05,95%CI:1.01~4.19,P=0.0484)。在ER-/PR-类型的乳腺癌中RasGRF1的表达可能受hsa-mir-769的调控。结论:RasGRF1蛋白能够促进乳腺癌的进展,RasGRF1可作为乳腺癌预后的生物标志物及治疗靶点。

PTBP1在胶质瘤进展中的作用研究

目的:探讨多聚嘧啶区结合蛋白1(PTBP1)在胶质瘤进展中的作用。方法:利用多个数据库分析PTBP1在胶质瘤组织和正常脑组织中的表达水平及其与胶质瘤的组织学级别和患者预后的关系。构建稳定敲低PTBP1的LN229细胞系,通过Western印迹和RT-qPCR技术验证细胞中PTBP1的敲低效率。通过EdU实验检测细胞的增殖能力。利用Transwell实验检测细胞的迁移和侵袭能力。结果:PTBP1在胶质瘤组织中较正常脑组织表达更高(P<0.0001),其表达水平随组织学级别的升高而升高(P<0.0001);PTBP1高表达的胶质瘤患者总生存期(OS)明显缩短(P<0.0001);稳定敲低PTBP1的LN229细胞系,细胞的增殖速度变慢(t=3.579,P=0.0373),迁移(t=13.16,P<0.0001)和侵袭能力(t=3.111,P=0.0358)显著下降。结论:PTBP1在胶质瘤中高表达且与胶质瘤的组织学级别和患者不良预后呈正相关;PTBP1促进胶质瘤细胞的增殖、迁移、侵袭。

ITSN1基因与卵巢癌化疗敏感性和预后的关系

目的:探究交叉蛋白1(ITSN1)基因在卵巢癌化疗敏感性中的作用和临床意义。方法:利用GEO、Kaplan-Meier数据库分析ITSN1在卵巢癌化疗敏感组和耐药组中的表达差异以及与化疗患者预后的关系。在此基础上,进一步分析ITSN1表达水平与信号通路的关系,构建ITSN1蛋白相互作用网络。结果:在GSE51373(t=3.691,P=0.001)和GSE148003(t=16.67,P=0.0000)数据集中化疗敏感组的ITSN1表达水平显著高于耐药组。生存分析结果显示,ITSN1高表达的卵巢癌铂类化疗患者的总生存期(OS,HR=0.85,95%CI:0.72~0.99,P=0.04)和无进展生存期(PFS,HR=0.85,95%CI:0.74~0.99,P=0.031)显著提高。在多西他赛化疗的卵巢癌患者中,ITSN1高表达患者的生存率明显改善。在不同组织学类型和组织病理学级别的铂类基础化疗卵巢癌患者中,ITSN1 mRNA高表达患者的预后更好。进一步分析ITSN1表达水平与信号通路的关系发现,ITSN1可能参与DNA修复通路,并且与DNA修复呈负相关(均P<0.05)。ITSN1的相互作用蛋白包括RAD18等。结论:ITSN1在卵巢癌铂类化疗敏感组中显著高表达且与铂类基础化疗患者预后呈显著正相关,并可能通过与RAD18相互作用参与调控DNA修复通路,进而提高铂类化疗敏感性。