目的探讨卷曲螺旋结构域蛋白69(coiled-coil domain-containing protein 69,CCDC69)在乳腺癌组织中的表达情况及其与乳腺癌患者临床特征和预后之间的相关性,预测其影响乳腺癌进展的分子机制。方法从癌症基因组图集(the cancer genome at...目的探讨卷曲螺旋结构域蛋白69(coiled-coil domain-containing protein 69,CCDC69)在乳腺癌组织中的表达情况及其与乳腺癌患者临床特征和预后之间的相关性,预测其影响乳腺癌进展的分子机制。方法从癌症基因组图集(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌数据集,获得CCDC69基因表达谱和临床信息。分析CCDC69在乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达情况;分析CCDC69的表达量与乳腺癌患者临床特征及预后之间的相关性。采用基因富集分析(GSEA)预测CCDC69可能参与的相关信号通路。结果CCDC69在乳腺癌组织中表达量较正常乳腺组织低(P<0.001);CCDC69表达量与乳腺癌患者年龄(P=0.020)和肿瘤体积(P=0.027)相关。CCDC69低表达的患者总体生存期短于CCDC69高表达的患者(P=0.004),其低表达是影响乳腺癌患者预后的独立因素(P=0.010)。CCDC69与MYC信号通路、E2F信号通路、未折叠蛋白反应、糖酵解基因集负相关。结论CCDC69可能是乳腺癌发生发展过程中的抑癌基因,有望成为乳腺癌潜在的治疗靶点和预后指标。展开更多
文摘目的探讨卷曲螺旋结构域蛋白69(coiled-coil domain-containing protein 69,CCDC69)在乳腺癌组织中的表达情况及其与乳腺癌患者临床特征和预后之间的相关性,预测其影响乳腺癌进展的分子机制。方法从癌症基因组图集(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌数据集,获得CCDC69基因表达谱和临床信息。分析CCDC69在乳腺癌组织和正常乳腺组织中的表达情况;分析CCDC69的表达量与乳腺癌患者临床特征及预后之间的相关性。采用基因富集分析(GSEA)预测CCDC69可能参与的相关信号通路。结果CCDC69在乳腺癌组织中表达量较正常乳腺组织低(P<0.001);CCDC69表达量与乳腺癌患者年龄(P=0.020)和肿瘤体积(P=0.027)相关。CCDC69低表达的患者总体生存期短于CCDC69高表达的患者(P=0.004),其低表达是影响乳腺癌患者预后的独立因素(P=0.010)。CCDC69与MYC信号通路、E2F信号通路、未折叠蛋白反应、糖酵解基因集负相关。结论CCDC69可能是乳腺癌发生发展过程中的抑癌基因,有望成为乳腺癌潜在的治疗靶点和预后指标。
文摘【目的】应用生物信息学分析方法对子宫平滑肌肉瘤(uterine leiomyosarcoma,ULMS)基因表达谱芯片进行分析,从分子水平探究ULMS的发病机制。【方法】从GEO数据库下载ULMS基因芯片数据,利用在线分析工具iDEP.91筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析。通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用分析,利用Cytoscape及其插件cytoHubba寻找关键基因(Hub基因)。【结果】共筛选出209个DEGs,包括159个上调基因和50个下调基因。富集分析发现,DEGs主要涉及细胞周期、染色体分离、细胞分裂、DNA复制、P53信号通路等过程。通过String分析发现,包括AURKA、NCAPG、CCNB1、AURKB和CDCA8等在内的10个基因处于核心位置。【结论】AURKA、NCAPG、CCNB1、AURKB和CDCA8等基因可能在ULMS发生发展过程中起到关键作用,抑制这些基因的表达有可能成为疾病治疗的新思路。