目的基于公共数据库探究亚洲人群肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)与细胞自噬的特征关系。方法从PubMed上文献检索收集232个自噬相关基因(autuphagy-related genes,ARGs)。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和国...目的基于公共数据库探究亚洲人群肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)与细胞自噬的特征关系。方法从PubMed上文献检索收集232个自噬相关基因(autuphagy-related genes,ARGs)。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库分别纳入148例亚洲人种HCC样本(TCGA队列)和228例HCC样本(ICGC队列)。采用Kaplan-Meier法在TCGA队列中分析得到24个对HCC患者具有预后价值的ARGs。对TCGA队列采用聚类分析鉴定ARGs分子亚型。对TCGA队列应用LASSO-Cox回归方法建立基于ARGs的风险评分模型,采用ICGC队列作验证。采用单因素和多因素Cox回归分析筛选出具有统计学意义(P<0.01)的指标,用以构建包含ARGs风险评分和临床因素的列线图预测HCC患者的生存预后。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估分析列线图的预测性能。分别采用WebGestalt数据库、TIMER数据库和相应R语言包在ARGs风险评分亚组中分析免疫浸润、富集途径和基因组改变状态。结果基于ARGs的HCC分子亚型[聚类A(Cluster-A)和聚类B(Cluster-B)]患者的总生存期比较,差异具有统计学意义(P<0.01)。使用LASSO-Cox回归方法筛选出特征性的5个预后相关ARGs[5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase/inosine monophosphate cyclohydrolase(ATIC)、eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha(EIF2S1)、histone deacetylase 1(HDAC1)、Rac family small GTPase 1(RAC1)和autophagy related 3(ATG3)]构建的风险评分模型将TCGA队列患者分为高风险组和低风险组。两组HCC患者总生存期比较,差异具有统计学意义(P<0.01)。单因素和多因素Cox分析显示,ARGs风险评分和TNM肿瘤分期与HCC患者总生存期相关(均P<0.01)。纳入ARGs风险评分和TNM肿瘤分期的列线图用于预测HCC患者1、3和5年总生存状态具有优秀的预测能力。免疫浸润分析显示,与低风险组比较,高风险组在多数固有免疫细胞和适应免疫细胞浸润水平更高(均P<0.05)。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析显示,高风险组上调基因主要富集于白细胞迁移、细胞运动和分化等多种通路和途径(均P<0.05)。基因组改变差异分析显示,高风险组患者tumor protein p53(TP53)突变频率更高(P=0.003),低风险组患者lysine methyltransferase 2D(KMT2D)突变率更高(P=0.031)。结论本研究建立并验证了基于ARGs的风险评分模型,为预测亚洲人种HCC患者的预后状态提供了一项有效的参考指标。展开更多
文摘目的基于公共数据库探究亚洲人群肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)与细胞自噬的特征关系。方法从PubMed上文献检索收集232个自噬相关基因(autuphagy-related genes,ARGs)。从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际癌症基因组联盟(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库分别纳入148例亚洲人种HCC样本(TCGA队列)和228例HCC样本(ICGC队列)。采用Kaplan-Meier法在TCGA队列中分析得到24个对HCC患者具有预后价值的ARGs。对TCGA队列采用聚类分析鉴定ARGs分子亚型。对TCGA队列应用LASSO-Cox回归方法建立基于ARGs的风险评分模型,采用ICGC队列作验证。采用单因素和多因素Cox回归分析筛选出具有统计学意义(P<0.01)的指标,用以构建包含ARGs风险评分和临床因素的列线图预测HCC患者的生存预后。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估分析列线图的预测性能。分别采用WebGestalt数据库、TIMER数据库和相应R语言包在ARGs风险评分亚组中分析免疫浸润、富集途径和基因组改变状态。结果基于ARGs的HCC分子亚型[聚类A(Cluster-A)和聚类B(Cluster-B)]患者的总生存期比较,差异具有统计学意义(P<0.01)。使用LASSO-Cox回归方法筛选出特征性的5个预后相关ARGs[5-aminoimidazole-4-carboxamide ribonucleotide formyltransferase/inosine monophosphate cyclohydrolase(ATIC)、eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha(EIF2S1)、histone deacetylase 1(HDAC1)、Rac family small GTPase 1(RAC1)和autophagy related 3(ATG3)]构建的风险评分模型将TCGA队列患者分为高风险组和低风险组。两组HCC患者总生存期比较,差异具有统计学意义(P<0.01)。单因素和多因素Cox分析显示,ARGs风险评分和TNM肿瘤分期与HCC患者总生存期相关(均P<0.01)。纳入ARGs风险评分和TNM肿瘤分期的列线图用于预测HCC患者1、3和5年总生存状态具有优秀的预测能力。免疫浸润分析显示,与低风险组比较,高风险组在多数固有免疫细胞和适应免疫细胞浸润水平更高(均P<0.05)。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析显示,高风险组上调基因主要富集于白细胞迁移、细胞运动和分化等多种通路和途径(均P<0.05)。基因组改变差异分析显示,高风险组患者tumor protein p53(TP53)突变频率更高(P=0.003),低风险组患者lysine methyltransferase 2D(KMT2D)突变率更高(P=0.031)。结论本研究建立并验证了基于ARGs的风险评分模型,为预测亚洲人种HCC患者的预后状态提供了一项有效的参考指标。