地方本科院校食品专业实验教学体系构建探讨——以龙岩学院为例

向应用型转变是地方本科高校体制改革的方向。实验教学水平是高校食品工程学科应用能力的重要体现。以龙岩学院为例,针对地方本科院校食品专业的实际情况,提出了实验教学体系构建措施:科学规划实验教学内容;改革实验教学方法;充分利用校内外资源改进实验教学的组织形式;科学合理地评测实验教学效果。

地方转型高校《食品工艺学》实验教学改革研究——以龙岩学院为例

《食品工艺学》是高校食品生物技术专业的一门重要专业课程,具有很强的实践性和应用性,因此,实验教学在整个课程教学中占有相当重要的地位。以地方本科转型高校龙岩学院的实验教学现状为例,根据闽西农副产品加工的特点和地方企业的人才需求,对实验教学进行改革探索以提高实验教学效果,并推进地方本科院校向应用技术类型高校的转型发展。

应用型本科院校服务地方畜牧业发展路径探索——以龙岩学院为例

在促进地方经济增长方式转变、产业结构转型升级过程中,应用型本科院校应充分发挥自身独有的优势,积极探索有效路径。福建省龙岩学院在服务地方畜牧业发展的实践中,探索了一条政、校、企一体化的路径。政、校、企三方开展多层次、多形式合作,搭建科研服务产业平台、攻克产业技术瓶颈、创新人才培养方式、开展新型农民培育,基本实现了应用型本科院校的社会服务职能。

新媒体时代大学生思想政治教育的现状与对策研究——以龙岩学院为例

如今大学生通过新媒体平台,随时获取各类信息与传递思想动态,表达对社会热点的看法,展现他们的兴趣爱好和喜怒哀乐。通过调查福建省龙岩学院在校大学生使用新媒体现状、对新媒体总体认知情况及思政工作者运用新媒体开展思政工作的情况,进一步分析新媒体时代给高校思想政治教育工作带来的影响,最后提出了运用新媒体提高大学生思想政治教育实效性的对策和建议。

“生命科学基础实验教学体系”教学改革实践与探索

本文通过"生命科学基础实验教学体系"的建立与创新,改善学生的实践研究能力和品质,提高学生分析和解决实际问题的能力,强化技能训练,探究研究型和创新型人才培养的新模式.

龙岩市部分规模化猪场猪粪便寄生虫检测与分析

目的:了解龙岩市5个区(市、县)的部分规模化猪场猪寄生虫感染情况,更好地保护猪群健康。方法:收集临床猪粪便样品,采用直接涂片法进行猪粪便寄生虫检测。结果:采集的229份粪便样品中,有101份检测出寄生虫,寄生虫感染率为44.11%(101/229),检测到3种猪寄生虫,分别为猪结肠小袋纤毛虫、猪球虫和猪蛔虫,其检出率分别为32.75%(75/229)、14.41%(33/229)和0.44%(1/229)。按采样季节分析寄生虫感染情况,发现春季的检出率为35.38%(23/65),夏季的检出率为51.06%(48/94),秋季的检出率为29.41%(5/17),冬季的检出率为47.17%(25/53)。结论:龙岩市部分规模化猪场存在寄生虫感染,且以土源性寄生虫感染为主,未发现生物源性寄生虫感染,本研究可为龙岩市猪寄生虫病防控提供参考依据。

蒙脱石复配物对龙岩山麻鸭高产系产蛋性能、蛋品质、生殖器官指数、血清抗氧化和肠道通透性指标及蛋壳超微结构的影响

本试验旨在研究蒙脱石复配物对龙岩山麻鸭高产系产蛋性能、蛋品质、生殖器官指数、血清抗氧化和肠道通透性指标及蛋壳超微结构的影响。选用420日龄龙岩山麻鸭高产系475只,随机分为5组,每组5个重复,每个重复19只。基础饲粮组(BD组)饲喂基础饲粮,霉变饲粮组(MD组)饲喂霉变饲粮,试验组在霉变饲粮中分别添加0.02 g/kg葡萄糖氧化酶(GOD组)、1.50 g/kg蒙脱石(MT组)和1.50 g/kg蒙脱石复配物(MC组)。预试期7 d,正试期35 d。结果表明:1)与BD组相比,MD组日产蛋重、输卵管重量指数和输卵管长度指数显著降低(P<0.05),料蛋比及血清二胺氧化酶(DAO)活性和丙二醛(MDA)、内毒素(ET)、D-乳酸(D-Lac)含量均显著升高(P<0.05)。2)与MD组相比,MC组日产蛋重、蛋壳重、蛋壳强度、蛋壳厚度、输卵管重量指数和输卵管长度指数显著提高(P<0.05),料蛋比显著降低(P<0.05);MT组蛋壳重和输卵管重量指数显著提高(P<0.05);GOD组平均日采食量、蛋壳重和输卵管重量指数显著增加(P<0.05)。3)与MD组相比,MC组和GOD组血清MDA含量显著降低(P<0.05),血清过氧化氢酶活性显著提高(P<0.05);MT组和MC组血清ET含量显著降低,GOD组血清ET含量和DAO活性显著降低(P<0.05)。4)蛋壳超微结构显示,MC组总厚度和有效层厚度显著高于其他各组(P<0.05)。各组之间乳突层厚度、有效层比例、乳突层比例和乳突宽度差异不显著(P>0.05)。综上所述,霉变饲粮中添加1.50 g/kg的由蒙脱石和葡萄糖氧化酶组成的蒙脱石复配物,可通过提高机体抗氧化能力和增强肠道屏障功能,提高龙岩山麻鸭高产系产蛋性能、生殖器官指数、蛋壳强度和蛋壳厚度,对蛋壳超微结构具有改善作用,效果优于蒙脱石或葡萄糖氧化酶单独添加。

龙岩山麻鸭胚胎成纤维细胞的培养和鉴定

为培养龙岩山麻鸭鸭胚成纤维细胞。本研究选择龙岩山麻鸭10日龄鸭胚组织,采用组织块法和酶消化法进行成纤维细胞培养,利用免疫荧光法对培养的成纤维细胞进行鉴定。结果表明,培养的鸭胚成纤维细胞12h后呈典型的长梭形,48h后,细胞轮廓清晰,核仁明显,传至第3代的成纤维细胞经DAPI和绿色荧光标记染色后均呈阳性,具有成纤维细胞的特征。本研究成功从龙岩山麻鸭鸭胚组织中分离培养出成纤维细胞,为后期龙岩山麻鸭开展分子生物学和细胞生物学等研究提供良好的基础。

龙岩山麻鸭胚胎肝间充质干细胞的分离、培养和鉴定

为探索龙岩山麻鸭体外细胞保存方式,本研究建立了胚胎肝间充质干细胞的体外培养体系,从而达到利用细胞保护优异物种资源的目的。选用18~20日龄健康龙岩山麻鸭鸭胚通过胰蛋白酶消化分离出肝间充质干细胞(LMSCs),进行体外培养,细胞形态观察。通过免疫荧光检测CD29和CD44表面标记物,并进行阳性率分析。龙岩山麻鸭胚胎LMSCs体外增殖能力良好。LMSCs阳性表达了CD29和CD44,阳性表达率分别为95.20%和93.46%。体外分离培养出龙岩山麻鸭胚胎LMSCs,可为水禽干细胞研究提供研究思路,并为龙岩山麻鸭种质资源保护和利用提供参考。

龙岩山麻鸭蛋品质性状的全基因组关联研究

【目的】通过全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)技术筛选和鉴定鸭蛋品质性状的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点及候选基因,为龙岩山麻鸭蛋品质性状分子育种提供参考。【方法】试验测定产蛋后期235只龙岩山麻鸭母鸭蛋品质性状,包括蛋重(egg weight,EW)、蛋形指数(egg shaped index,ESI)、蛋壳厚(eggshell thickness,EST)、蛋壳强度(eggshell strength,ESS)、蛋壳颜色L^(*)、a^(*)、b^(*)值(eggshell colour L^(*),a^(*),b^(*),ESCL、ESCA和ESCB)、蛋白高度(albumin height,AH)、哈氏单位(Haugh unit,HU)、蛋黄颜色(egg yolk colour,EYC)、蛋黄重(egg yolk weight,EYW)和蛋黄比例(egg yolk percentage relative to egg weight,EYP)。使用ASReml-R 4.1软件多性状动物模型对蛋品质性状进行遗传参数估计。使用简化基因组测序技术对鸭血液基因组DNA进行SNP分型,分型后进行蛋品质性状与这些SNPs间的GWAS研究。【结果】龙岩山麻鸭蛋品质性状中,EW、ESI、EST、ESL、ESA和AU具有中高等的遗传力,遗传力在0.21—0.70之间。EW与AU存在较强的正遗传相关(rg=0.91±0.37)。ESI与EYC存在较强的遗传负相关(rg=-0.98±1.03)。EST与ESS具有表型正相关(rp=0.41±0.06),与ESA具有遗传和表型负相关(rg=-0.86±0.25和rp=-0.15±0.07),与ESB具有遗传和表型正相关(rg=0.96±0.37和rp=0.18±0.07)。ESA与ESB具有遗传和表型负相关(rg=-0.64±0.28和rp=-0.31±0.06)。GWAS研究结果表明,7个SNPs位点与ESI、EST和EYC达到5%基因组水平显著关联(P<4.74×10^(-6)),涉及6个候选基因。与ESI关联的SNP(chr20:11135563:G:C)位点位于20号染色体含有75A富含亮氨酸重复序列(leucine rich repeat containing 75A)基因内。与EST关联的2个SNPs(chr13:5766560:A:G和chrZ:968819:C:T)位点分别位于13号LOC106014427下游6.86 kb处和Z染色体转录因子4(transcription factor 4)基因内。与EYC关联的4个SNPs位点,其中1个(chr2:38155965:G:A)位于2号染色体钾电压门控通道亚家族H成员8(potassium voltage-gated channel subfamily H member 8)基因内;3个SNPs位于9号染色体上的位点,2个(chr9:22623156:G:A和chr9:22623155:T:C)位于胰岛素受体底物1(insulin receptor substrate 1)内、1个(chr9:22490158:A:T)位于LOC106018641内。同时发现81个SNPs位点与蛋品质性状达到基因组水平潜在关联(P<9.48×10^(-5))。13个与EYC关联的SNPs位点集中在9号染色体0.84 Mb(22.16—23.00 Mb)区域内。【结论】估计了龙岩山麻鸭蛋品质性状的遗传参数,通过蛋品质性状GWAS研究鉴定了影响ESI、EST和EYC性状的7个显著的SNPs位点、6个候选基因和1个候选基因区域,这些结果为龙岩山麻鸭蛋品质性状分子育种提供参考信息。

乳化植物甾醇对福建白兔生长性能、肠道形态及盲肠菌群与代谢物的影响

本试验旨在研究乳化植物甾醇对福建白兔生长性能、肠道形态及盲肠菌群与代谢物的影响。选取健康、体重相近的40日龄福建白兔150只,随机分为5组,每组30只(公母各占/1/2),单笼饲养。对照组饲喂基础饲粮,试验组A在基础饲粮中添加20 mg/kg的普通植物甾醇,试验组B、C、D在基础饲粮中分别添加10、20和40 mg/kg的乳化植物甾醇,试验期为60 d。饲养试验结束后采样,测定各组的生长性能和肠道形态、盲肠菌群组成与代谢物组成及相对含量。结果显示:1)与对照组和试验组A相比,试验组B、C、D福建白兔的腹泻率和死亡率明显下降,平均日采食量、平均日增重、料重比等各项生长性能指标均有一定程度的改善,其中试验组C的平均日增重、料重比与其他各组的差异达到显著水平(P<0.05)。2)与对照组相比,试验组C的十二指肠绒毛长度与试验组B、C的空肠绒毛长度显著提高(P<0.05),试验组A、B、C、D十二指肠的隐窝深度与试验组B、C、D空肠的隐窝深度显著降低(P<0.05),试验组A、B、C、D十二指肠和空肠的绒毛长度与隐窝深度比值(V/C值)与试验组B、C、D回肠的V/C值显著增加(P<0.05);试验组A空肠、回肠的V/C值显著低于试验组B、C、D(P<0.05);试验组C十二指肠的绒毛长度、试验组C、D十二指肠的V/C值显著高于其他各组(P<0.05)。3)试验组B、C、D盲肠菌群组成与对照组和试验组A相差较大,试验组B、C、D在门水平上以厚壁菌门(Firmi-cutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主,厚壁菌门/拟杆菌门随着乳化植物甾醇添加剂量的增加呈现先增加后略微下降的趋势;在属水平上,Muribaculaceae、瘤胃球菌科NK4A214组(Ruminococ-caceae_NK4A214_group)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)、梭菌纲UCG014(Clostridia_UCG-014)、梭菌纲vadinBB60组(Clostridia_vadinBB60_group)为各组优势菌属。4)添加植物甾醇的各试验组盲肠中糖和醇、有机酸、氨基酸等代谢物的相对含量比对照组增加,部分脂类和类脂类的相对含量下降,类激素物质的相对含量增加。Spearman相关性分析表明,这些代谢物与产粪甾醇真杆菌属(Eubacterium_coprostanoligenes)和瘤胃球菌科V9D2013组(Ruminococcaceae_V9D2013_group)密切相关。综上所述,饲粮中添加乳化植物甾醇可降低福建白兔的腹泻率和死亡率,提高平均日采食量和平均日增重,降低料重比,有利于改善肠道形态和盲肠菌群组成,增加盲肠中代谢物的相对含量,特别是短链脂肪酸;乳化植物甾醇添加剂量为20 mg/kg时对福建白兔生长性能和肠道黏膜形态完整性的改善效果最好,此剂量为福建白兔饲粮中的乳化植物甾醇的最佳添加剂量。

DNA条形码技术在蛇类鉴别中的应用

从NCBI中GenBank数据库下载蛇类细胞色素b基因(Cytb)序列7329条,以MT765098.1序列为标准进行对比和修剪,获得蛇类Cytb序列4665条。对蛇类Cytb序列进行核苷酸饱和度、遗传多样性、种内和种间遗传距离计算,构建系统发育树。结果表明,基于Kimura–2–Parameter模型,蛇类平均种内遗传距离为3.3%,普遍小于6.7%,而平均种间遗传距离为19.96%,普遍高于9.3%,说明蛇类物种间遗传距离存在较大差异。根据蛇类物种间遗传距离,识别出蛇类23个物种的亚种,Pareas和Hydrophis属物种含有复合体,Atractus dunni、A.iridescen和A.occidentali互为姐妹物种。

2018—2020年福建地区猪瘟病毒E0基因遗传变异分析

为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用RT-nPCR的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%~99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%~95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代表毒株在重要的Rnase活性位点高度保守,其中2株2.1亚型毒株与HCLV毒株相比,其在第35位非关键氨基酸残基上发生由G→E的突变。结果表明福建地区CSFV流行情况趋向多样化,提示仍需加强对CSFV流行及遗传变异的持续监测,为猪瘟的诊断及有效防控奠定基础。

百香果果壳提取物对热应激小鼠的保护作用

为研究百香果果壳提取物对热应激小鼠的保护作用,本试验选取健康清洁级ICR雄性小鼠40只,随机分为对照组、热应激组、低剂量组和高剂量组共4个组,每组10只。所有小鼠饲喂基础颗粒饲料,正常饮水。低剂量组和高剂量组分别按100和200 mg/(kg·bw·d)剂量灌胃百香果果壳提取物,对照组和热应激组小鼠每天灌胃等量生理盐水。持续灌胃14 d后,除对照组外,其余3个组小鼠每天热处理2 h,连续7 d,期间持续给药。试验结束时,空腹称量小鼠体重;分析小鼠体重变化;采集血液检测血清中谷氨酸氨基转移酶(ALT)、天门冬氨酸氨基转移酶(AST)、肌酐(Cr)、尿素氮(BUN)和热休克蛋白70(HSP70)生化指标,以及肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白介素6(IL-6)、白介素2(IL-2)和γ干扰素(IFN-γ)细胞因子含量;收集小鼠肝脏和肾脏,观察其组织病理学变化。结果显示,热应激结束后,4个组小鼠体重无显著差异(P>0.05),但热应激组减重最多;与对照组比较,热应激组血清生化和细胞因子各指标均显著升高(P<0.05);与热应激组相比,低剂量组和高剂量组小鼠血清生化和细胞因子各指标均显著降低(P<0.05),小鼠肝脏和肾脏组织损伤有所减轻,且高剂量组优于低剂量组。结果表明,百香果果壳提取物对热应激小鼠具有一定的保护作用。

发酵金针菇渣对湖羊生长性能、屠宰性能、肉品质及血清激素指标的影响

为了探究在湖羊日粮中用发酵金针菇渣代替花生秧对湖羊生长性能、屠宰性能、肉品质及血清激素指标的影响,试验将32只5月龄的健康公湖羊随机分为4个组,每组4个重复,每个重复2只。对照组饲喂以花生秧为粗饲料(占比60%)的全价日粮,试验Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ组湖羊在日粮中用发酵金针菇渣代替花生秧,使其在全价日粮中的占比分别为10.00%、20.00%、30.00%,预试期为5 d,正试期为60 d,试验结束后测定生长性能、屠宰性能、肉品质和血清激素指标。结果表明:与对照组比较,试验Ⅲ组的平均总增重、平均日增重、平均日采食量、宰前活重、胴体重、屠宰率、眼肌面积、熟肉率、胃泌素和生长激素浓度及胰岛素活性均显著升高(P<0.05);剪切力、滴水损失率、失水率和瘦素浓度显著降低(P<0.05)。试验Ⅰ、Ⅱ组生长性能、屠宰性能(除试验Ⅱ组屠宰率外)、肉品质指标及胰岛素活性与对照组均差异不显著(P>0.05);瘦素浓度均显著低于对照组(P<0.05),但高于试验Ⅲ组(P>0.05),胃泌素和生长激素浓度均显著高于对照组(P<0.05),但显著低于试验Ⅲ组(P<0.05)。说明用发酵金针菇渣代替花生秧能提高湖羊的生长性能、屠宰性能和肉品质,对血清激素指标有积极影响,其中用30%发酵金针菇渣代替花生秧的效果最好。

楮头红水提物抗氧化活性及改善小鼠肝损伤的研究

目的:研究楮头红水提物抗氧化活性及对急性酒精肝损伤小鼠的保护作用.方法:制备楮头红水提物,采用羟自由基和DPPH方法评价其体外抗氧化性;将体重均衡的昆明雄鼠,随机分成六组:空白组,酒精组,阳性组(联苯双酯),楮头红水提物低、中、高剂量组.建立急性酒精肝损伤模型后,制作切片进行HE染色观察肝组织病理变化,检测血清中AST、ALT活性,测定肝组织GSH含量、GSH-PX活性、SOD活性、MDA含量.结果:楮头红水提物对羟自由基和DPPH具有清除作用;病理检查显示水提物组的肝组织脂肪变性程度随着剂量的增加不断减小,被酒精损伤所致的症状明显改善;楮头红水提物能够显著改善被酒精诱导变化的一些抗氧化生化指标,即显著降低了小鼠体内AST和ALT活性,提高了肝组织的GSH、GSH-PX、SOD的水平,降低了MDA含量.结论:楮头红水提物可以通过提高肝脏抗氧化水平改善小鼠急性酒精性肝损伤.

猪细小病毒7型荧光定量PCR检测方法的建立与应用

猪细小病毒7型(PPV7)是近年来新发现的一种新型PPV。目前,缺乏更为高效的针对PPV7的检测方法,为了建立能够快速检测PPV7的方法,本研究根据PPV7 NS1基因的保守区序列,设计1对特异性引物及TaqMan探针。经过各反应条件的优化,初步建立了一种便捷、灵敏、能够快速准确检测PPV7的荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、稳定性以及与SYBR GreenⅠqPCR检测方法的符合率进行检测与对比。结果显示,该方法除对PPV7的基因组DNA有特异性扩增,对猪伪狂犬病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、日本乙型脑炎病毒及PPV1核酸均无交叉反应,特异性较强。该方法对重组质粒标准品检测限为1.76拷贝/μL,而常规PCR方法检测限为1.76×10^(2)拷贝/μL,表明本研究建立的方法敏感性较高。该方法对不同浓度质粒标准品的组内和组间重复性试验变异系数均小于1.7%,重复性较好。利用本研究建立的qPCR方法和SYBR GreenⅠqPCR方法对采自福建地区的150份样品进行检测,结果显示,两种检测方法的阳性率分别为24.67%(37/150)和6.67%(10/150),二者的总符合率为80.67%(121/150)。表明本研究建立的qPCR方法可以用于临床样品的检测。本研究建立的qPCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性稳定性好,为PPV7的流行病学调查及检测提供了新的技术支撑。

海鲜菇菌糠微生物发酵及其在肉羊瘤胃降解特性研究

【目的】探究不同微生物菌剂对海鲜菇菌糠发酵效果的影响,并研究其在肉羊瘤胃内降解特性。【方法】以海鲜菇菌糠为主要原料,分别添加0.1%植物乳杆菌、0.1%活菌多复合发酵菌剂、0.1%活菌多复合发酵菌剂+3%糖蜜以及3%糖蜜,以不添加菌剂和糖蜜的处理为对照组。每处理3个重复,室温厌氧发酵45 d后,取样测定其营养成分(干物质(DM)、粗蛋白(CP)、中性洗涤纤维(NDF)和酸性洗涤纤维(ADF)含量)及发酵品质(pH及乳酸、乙酸、丙酸和丁酸含量)。取发酵效果最佳处理的发酵菌糠和菌糠原料进行瘤胃降解试验,测定发酵前后海鲜菇菌糠DM、CP、NDF和ADF不同发酵时间点(4,8,12,24,48及72 h)的瘤胃降解率,并计算降解参数及有效降解率。【结果】与对照组相比,各试验组CP含量均升高,NDF含量均降低,其中0.1%活菌多复合发酵菌剂+3%糖蜜处理发酵效果最佳,其CP含量提高了9.69%(P<0.05),NDF、ADF和半纤维素含量分别下降了9.12%(P<0.05),2.66%和28.71%。各试验组pH较对照组均显著降低(P<0.05),乳酸含量均升高,其中0.1%活菌多复合发酵菌剂+3%糖蜜处理组pH值最低,为3.29,乳酸含量最高(7.84%),较对照组提高了33.11%(P<0.05)。0.1%活菌多复合发酵菌剂+3%糖蜜处理组菌糠DM、CP、NDF和ADF的72 h瘤胃降解率较发酵前分别提高了8.61%,8.58%,14.75%和8.93%(P<0.05),有效降解率较发酵前分别提高了7.66%,11.75%,20.74%和3.39%(P>0.05)。【结论】在海鲜菇菌糠中添加0.1%活菌多复合发酵菌剂+3%糖蜜能明显提高其营养价值、发酵品质及其在肉羊瘤胃中的降解率。

2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析

为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。

微小扇头蜱microRNA文库建立及miR-275靶蛋白Vg-2的生物信息学分析

【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库,鉴定所含microRNA的种类,分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构,检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点,预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象,通过高通量测序技术建立其microRNA文库,利用软件miRDP及检索miRBase数据库,鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类;运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质,推断其二、三级结构;运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点;利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个,其中67个为已被鉴定和注释的microRNA,316个为新发现的microRNA;微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp,共编码1679个氨基酸;Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白,分子大小为189.89 kDa,理论等电点(pI)为6.08,其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分,而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分;Vg-2蛋白存在268个磷酸位点,20个糖基化位点,无信号肽和跨膜结构域,拥有58个B细胞优势抗原表位和8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA,受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白,具有良好的抗原性与免疫源性。