ANKRD1在胃癌中的表达及临床预后意义

目的基于生物信息学方法筛选出胃癌关键生物标志物ANKRD1,并探究其在胃癌中的表达情况以及临床预后价值。方法从UCSC数据库筛选TCGA数据库中胃癌的差异表达基因,分析差异基因的GO以及KEGG富集分析结果,单因素COX分析获得显著的预后价值基因。利用UCSC数据库和RT-qPCR技术比较ANKRD1在胃癌组织和正常组织中的表达差异,GEPIA分析ANKRD1表达与临床分期和生存的关系,COX回归分析ANKRD1表达与胃癌临床预后的相关性,GSEA富集分析ANKRD1可能参与的信号通路,TIMER分析ANKRD1与免疫细胞浸润之间的关系。结果从TCGA数据库中获得1318个差异基因,单因素COX分析发现,ANKRD1在胃癌中具有独立预后的价值。ANKRD1的表达量在胃癌组织中明显上调(P<0.05);生存分析发现,ANKRD1的低表达组预后更佳(P<0.05);单因素和多因素COX分析发现,ANKRD1可作为胃癌的独立预后因素(P<0.05);富集分析表明,ANKRD1参与自噬调节等信号通路;免疫浸润分析显示,ANKRD1与巨噬细胞M0和M1相关(P<0.05)。结论ANKRD1在胃癌中高表达,可作为胃癌的独立预后标志物,且与免疫浸润相关。

新型冠状病毒ORF3a蛋白质的生物信息学分析

目的用生物信息学分析严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)基因ORF3a蛋白质。方法从UniProt数据库获取ORF3a蛋白质的氨基酸序列,应用ProtParam tool分析其理化性质,SOPMA、SWISS-MODEL预测二、三级结构,PortScale、Signal IP 4.0 Server、TMHMM Server 2.0分析ORF3a蛋白质亲疏水性、信号肽、跨膜区。应用ABCpred、SYFPEITHI和NetPhos 3.1 Server预测B、T细胞表面抗原表位及磷酸化位点,VaxiJenv 2.0、AlgPred server预测抗原性和过敏原性。结果ORF3a蛋白质含275个氨基酸,为稳定、疏水性蛋白质,有3个跨膜螺旋区、29个磷酸化位点,含多个T、B细胞抗原表位,具有抗原性和非过敏原性。结论ORF3a蛋白质结构稳定,含多个T、B细胞抗原表位,可为研究SARS-CoV-2多表位疫苗提供基础。

结核分枝杆菌Rv3529c蛋白的生信分析及原核表达

目的 通过生物信息学软件预测结核分枝杆菌Rv3529c基因编码蛋白的结构和功能,并对其进行原核表达。方法 利用UniproKB数据库、PredictProtein服务、AlphaFold系统、SWISS-MODEL服务、ProtParam蛋白分析工具、ProtScale、DeepTMHMM服务和SignalP-5.0服务、ProtCompB方法、IEDB数据库和STRING数据库等生物信息学预测软件对Rv3529c编码蛋白的二级和三级结构、理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位及免疫表位进行分析预测。利用分子克隆技术构建表达质粒载体pET-32a-Rv3529c并进行原核表达,运用UniprotKB数据库的Blast工具对氨基酸序列进行比对,采用MEGA 11软件构建进化树,进行系统进化分析,运用STRING数据库分析蛋白间相互作用。结果 Rv3529c基因全长1 155 bp,共编码384个氨基酸。Rv3529c基因编码蛋白分子量为43.35 kDa,等电点为6.04,二级结构以α-螺旋为主,该蛋白为稳定的亲水性蛋白,无跨膜区、无信号肽,预测该蛋白亚细胞定位在细胞质中或细胞膜上,存在多个抗原抗体表位,与多个蛋白质有相互作用。经克隆、表达、鉴定、纯化后获得浓度和纯度较高的Rv3529c蛋白。结论 成功克隆、表达、纯化结核分枝杆菌Rv3529c蛋白,并初步预测其结构及功能。

44株HIV/MAV双重感染者MAV基因分型和药敏结果分析

目的 了解云南省西南地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/鸟结核分枝杆菌(MAV)双重感染者MAV的基因型和耐药情况。方法 选取12个可变数目串联重复序列(VNTR)特异性位点,采用分枝杆菌串联重复序列(MATR-VNTR)基因分型法对MAV进行基因分型;采用聚合酶链反应(PCR)扩增菌株DNA后进行琼脂糖凝胶电泳,获得MAV的DNA指纹图谱,再应用Quantity One和BioNumerics 6.7软件对电泳图进行数字化处理并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。采用比例法测试44株MAV对10种不同抗菌药物的敏感性。结果 各位点VNTR基因分型的Hunter-Gaston指数(HGDI)存在差异,其中MATR-5最高,为0.68,MATR-1、2、3、4、6、7、9、13、15位点的HGDI值均≥0.5;通过聚类分析,44株MAV分为6个集群。药敏试验结果显示,利福布丁对MAV的体外抗菌活性最好(耐药率为0),其次是乙胺丁醇(耐药率86.4%,38/44),所有菌株对其余8种药物均耐药。结论 选取的12个位点VNTR基因分型法在云南省西南地区具有较高分辨率,来自云南省不同地区的MAV分离株耐药情况严峻。

分枝杆菌感染性肺病患者细胞因子和急性蛋白检测的临床意义分析

目的:研究分枝杆菌感染性肺病患者血清中细胞因子和急性蛋白检测的临床意义。方法:采用酶联免疫吸附测定法和免疫比浊法检测目标人群血清中白细胞介素(IL)-1、白细胞介素-2受体(IL-2R)、IL-6、IL-8、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、α2-巨球蛋白(AMG)、补体C1q和B因子的含量。结果:与健康体检者(对照组)相比,肺结核患者(MTB组)和非结核分枝杆菌肺病患者(NTM组)血清中的IL-2R、TNF-α含量显著升高,AMG含量显著下降、C1q和B因子含量显著升高,差异均有统计学意义(P<0.05);但MTB组与NTM组之间细胞因子和急性蛋白含量差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:在MTB组和NTM组患者血清中,TNF-α含量显著升高,可用于了解这两种肺病的发病机制;IL-2R含量显著升高,与疾病活动程度有关;AMG含量显著降低,可作为免疫系统紊乱的生物标志物。

外泌体的抗感染作用研究进展

外泌体是由多种细胞分泌的纳米囊泡,能够传递蛋白质、脂质和核酸等生物活性大分子,在细胞间信息传递中起着重要作用。越来越多的研究表明,某些类型细胞如间充质干细胞、NK细胞和中性粒细胞等细胞来源的外泌体具有治疗潜力,参与调节免疫系统,能够增强免疫细胞的杀伤能力;另外从感染细胞释放的外泌体也能促进抗原提呈和免疫细胞活化,激活多种细胞免疫因子,介导细胞免疫反应。本文就外泌体在抗病毒感染、细菌感染和真菌感染中的直接或间接作用进行了综述,为临床应用提供依据。

鸟分枝杆菌MAV_2927基因编码蛋白质的生物信息学分析

目的:用生物信息学分析鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium,MAV)致病基因MAV_2927编码的蛋白质。方法:从NCBI数据库获取MAV_2927基因编码蛋白质的基因、氨基酸序列;ProtParam tool、SOPMA、SWISS-MODEL软件分析蛋白质的理化性质及二、三级结构;PortScale、SignalP 4.0 Server、TMHMM Server 2.0软件分析蛋白质的亲疏水性、信号肽、跨膜区。结果:MAV_2927基因编码蛋白质含43个氨基酸,相对分子量4.213 kDa,等电点4.72,分子式C_(183)H_(284)N_(48)O_(62)S_(2)。结论:MAV_2927编码蛋白质含多个T细胞、B细胞抗原表位,表明其可能是感染过程中与宿主相互作用有关的潜在致病因子,可为研究MAC的致病性和临床治疗提供基础。

鸟结核分枝杆菌MAV-5183蛋白的生物信息学分析

目的预测鸟结核分枝杆菌致病基因MAV-5183编码蛋白的结构和功能。方法从NCBI数据库下载MAV-5183基因编码蛋白的基因序列和氨基酸序列;采用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点、相对分子质量,以及氨基酸的组成比例、分子式、分子组成、脂肪指数;利用Phyr、SWISS-MODEL在线预测软件进行二级结构和三级结构模型预测;使用TMHMM Server2.0进行跨膜区预测;使用PortScale进行疏水性预测分析;采用SignlP5.0进行信号肽预测分析;采用IEDB在线软件进行B细胞表位以及CD4免疫原性预测分析;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线软件进行蛋白质相互作用分析。结果 MAV-5183基因编码355个氨基酸,编码蛋白为Antigen 85-C,相对分子质量为38.052 79×10^(3),等电点6.74,分子式为C_(1705)H_(2570)N_(462)_O_(504)S_(14),为不稳定的疏水性蛋白;含有跨膜区与信号肽、25个磷酸化位点(其中丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸分别有14、6、5个),三级结构较为稳定,有多种蛋白与之相互作用。结论 MAV-5183含有多个磷酸化位点和B细胞优势表位,可为MAC临床血清学诊断和疫苗研发提供理论基础。

分枝杆菌诱导宿主免疫细胞凋亡机制的研究进展

鸟结核分枝杆菌(Mycobacterium avium tuberculosis,MAV)是引起严重机会性肺病的重要病原体之一。对于免疫功能低下的患者,例如合并HIV感染者,MAV是严重的晚期并发症。目前,MAV与免疫细胞间作用机制尚不清楚。MAV主要寄生于巨噬细胞中,因此了解其对巨噬凋亡的诱导机制极其上游调控基因对未来寻找有效的治疗手段尤为重要。本文将对MAV诱导巨噬细胞及其他免疫细胞凋亡的机制进行综述。

鸟结核分枝杆菌MAV-2753和结核分枝杆菌38ku蛋白的生物信息学分析

目的通过生物信息学在线分析软件对鸟结核分枝杆菌(Mycobacterium avium tuberculosis,MAV)MAV-2753蛋白和结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)38ku蛋白进行预测分析。方法从BLAST获取MAV-2753和38ku蛋白的氨基酸序列;利用Protparam tool分析蛋白的氨基酸数量、等电点和相对分子质量,氨基酸组成及比例,分子式及脂肪指数;利用SPOMA、SWISS-MODEL在线预测软件预测蛋白的二、三级结构;使用TMHMM Server2.0预测跨膜区;使用PortScale进行疏水性预测分析;使用SignlP5.0进行信号肽预测分析;应用ISoftBerry在线分析网址进行亚细胞定位;采用NetPHos3.1Server进行磷酸化位点分析;运用String在线分析软件进行蛋白质相互作用分析;运用NetNGIyc 1.0 Server、NetGlycate 1.0 Server进行糖基化、赖氨酸化分析预测;通过IEDB在线预测软件进行B细胞抗原表位的预测分析。结果MAV-2753基因编码蛋白为Catalase-peroxidase,分子质量单位为81ku;由748个氨基酸组成,相对等电点为4.9;正电荷残基(ArG+Lys)为73,负电荷残基(Asp+Gly)为107;脂肪系数为72.59,总平均亲水性为-0.455,预测为疏水蛋白;无跨膜区;有60个磷酸化位点。亚细胞定位于胞外。38ku蛋白由pstS1基因编码,由374个氨基酸组成,相对等电点为5.14,分子质量单位为38ku;正电荷残基(ArG+Lys)为17,负电荷残基(Asp+Gly)为26;不稳定系数为25.56,脂肪系数为86.79,总平均亲水性为0.066,预测为亲水性蛋白。该蛋白无跨膜区,有60个磷酸化位点,亚细胞定位于胞外。结论MAV-2753、38ku蛋白有着多个磷酸化、糖基化位点,表明与其他细胞间存在信号传递,蛋白空间结构稳定,有多个B细胞优势表位,可为MAC肺病与肺结核的血清学诊断、疫苗开发奠定基础。

非结核分枝杆菌的致病机制研究进展

非结核分枝杆菌(Nontuberculous mycobacteria,NTM)是除麻风分枝杆菌、结核杆菌复合群以外的分枝杆菌。近年来,NTM的感染人数逐年增多,而且NTM对治疗结核杆菌的药物大部分耐药,导致NTM病防治困难,因此NTM感染致病机制的研究备受关注。本文主要从生物膜的形成、感染宿主细胞和其在HIV合并感染中的致病作用等方面的致病机制做一综述,为该病的临床防治提供依据。

鸟分枝杆菌MAV_2043基因编码蛋白的生物信息学分析

目的预测鸟分枝杆菌MAV_2043基因编码蛋白的结构和功能。方法利用UniproKB数据库、PredictProtein服务、SWISS-MODEL服务、ProtParam蛋白分析工具、Protcale、TMHMM-2.0服务和SignalP-5.0服务、ProtCompB方法和IEDB数据库等生物信息学预测软件对MAV_2043编码蛋白的二级和三级结构、理化性质、疏水性分析、信号肽、跨膜区、亚细胞定位及免疫表位进行分析预测;运用UniprotKB数据库的Blast工具对氨基酸序列进行比对,采用MEGA11软件构建进化树,进行系统进化分析。结果MAV_2043基因全长618 bp,共编码205个氨基酸。MAV_2043基因编码蛋白与鸟分枝杆菌亚种起源相同,该蛋白与结核分枝杆菌的[Cu-Zn]超氧化物歧化酶同源性较高。该蛋白为稳定的亲水性蛋白,无跨膜区、有信号肽;预测该蛋白亚细胞定位在细胞膜上,二级结构以β折叠为主;三级结构模型显示该蛋白可形成同源二聚体,有两个Cu~+配体的结合空间位置。结论生物信息学预测鸟分枝杆菌MAV_2043基因编码蛋白可能为[Cu-Zn]超氧化物歧化酶,是鸟分枝杆菌中的重要毒力因子,可为鸟分枝杆菌靶向治疗提供新思路。

鸟分枝杆菌MAV-4563蛋白的生物信息学分析

目的应用生物信息学方法预测分析鸟结核分枝杆菌MAV-dalidaxue4563基因编码蛋白的结构功能和生物学特性。方法采用Protparam、ProtScaleon Expasy,TMHMM Server v 2.0,SignalP4.1,PSORT,NetPhos 3.1,BLAST,SOPMA,Phyre2,ABCpred,SYFPEITHI等生物信息学软件分析MAV4563蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点、保守域、二结构及三级结构同源建模、B细胞和T细胞表位等生物学特征。结果MAV4563基因全长756 bp,编码251个氨基酸的蛋白。该蛋白分子质量为28 ku,等电点为9.23,分子式(formula)为C_(1264)H_(2013)N_(385)O_(353)S_(7),为不稳定的疏水性蛋白。该蛋白无跨膜区,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中,有13个磷酸化位点;蛋白二级结构中无规则卷曲占41.83%;预测该蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中MHC-I型和MHC-II型表位集中在蛋白C端的后90个氨基酸区域。结论预测MAV-4563蛋白含多个B细胞和T细胞表位,其中B细胞表位和MHC-I型表位集中在C端的后90个氨基酸区域,该区域可激活NTM特异性CTL和Th免疫应答,可作为非结核病的靶向疫苗抗原,为进一步研究该蛋白的治疗性T细胞疫苗奠定了基础。