油麦吊云杉叶绿体基因组特征及密码子偏性分析

【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC_(3)(49.39%)45的占86%,表明其密码子的偏性较弱;GC_(12)和GC_(3)的相关性不显著(r=0.1664,b=-0.1577);ENC频数比值分布在-0.05~0.05的基因频率占比57%,说明油麦吊云杉叶绿体基因组CUB受选择影响的同时也受到其他因素影响;油麦吊云杉cpDNA中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。

葡萄汁酵母NOT5基因生物信息学分析

目的:从转录组分析数据中得到葡萄汁酵母NOT5基因,并对其进行生物学信息分析,为后期研究该基因的作用打下基础。方法:使用在线分析工具COILS Server、SOPMA、Alpha Fold等分析预测NOT5基因编码蛋白质的一级结构、二级结构、三级结构及其结构域。结果:葡萄汁酵母NOT5基因核苷酸序列的开放阅读框为1446 bp,可编码481个氨基酸,位于XVI染色体690107~691789,在系统发育树中与真贝酵母(Saccharomyces eubayanus NOT5 like protein XP018219088.1)NOT5基因的亲缘关系最近;其编码的蛋白质是不稳定的亲水蛋白,分子式为CHNOS,分子质量为56311.02,不含信号肽,无跨膜区域,存在卷曲螺旋区域,亚细胞定位于细胞质中的线粒体上;蛋白质的二级结构以随机卷曲为主;预测存在Pfam Not3和Pfam NOT2_3_5结构域;以Yeast Not1-Not2-Not5 (4by6.1.C)为模板构建NOT5蛋白的三级结构,两者的序列一致性可以达到89.88%。结论:葡萄汁酵母NOT5基因编码的蛋白结构不稳定,可能在细胞中互连翻译和转录。

土壤中产高活性淀粉酶细菌的分离与纯化

[目的]从土壤中分离纯化产高活性淀粉酶细菌,并研究其产酶条件。[方法]利用淀粉水解圈平板筛选法,从都匀市23份不同地点的土样中分离并筛选到一株产胞外淀粉酶的菌株Z_3,其水解圈/菌落直径比达5.50;通过形态学、染色等方法,结合16S r DNA序列的比对鉴定该菌株为蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)。并对Z_3菌株产酶条件进行了研究。[结果]Z3菌株在1.0%淀粉的碳源、1.0%酵母膏+1.0%牛肉膏的氮源、0.2%的Ca Cl_2·2H_2O、30 m L装液量于250 m L摇瓶中的溶氧量,p H为7.0,培养温度为37℃的条件下,产酶能力最强。此外,Z3菌株所产淀粉酶的酶学分析显示,其最适酶反应p H为8.0,最适反应温度为39℃。[结论]该菌株是产淀粉酶较好的材料,具有一定的应用前景。

水中产胞外蛋白酶细菌的筛选及其酶学性质

为蛋白酶制剂的工业化生产提供新的候选菌株及进一步研发奠定理论基础,从都匀市附近不同水域的20个样品中,采用酪蛋白平板透明圈法筛选产胞外蛋白酶菌株,采用形态学观察结合16SrDNA序列比对酶活性较高的菌株进行鉴定,福林酚法测定其粗蛋白酶液的最佳酶活条件。结果表明:共分离纯化到可形成透明圈的产胞外蛋白酶菌株1 000余株,其中透明圈/菌落直径比(HC)均≥6.0,即蛋白酶活性均较高的菌株5株(S1~S5);经形态学观察结合16SrDNA序列的比对分析鉴定,S1和S3为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii),S2为粉虱肠杆菌(Enterobacter tabaci),S4为粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens),S5为福氏志贺氏菌(Shigella flexneri);粗蛋白酶液最佳酶活的最适温度,S1为50℃,S2、S3和S5为45℃,S4为40℃;最适pH,S2和S4为7.0,S3和S5为7.5,S1为8.0;最适温度和pH条件下S3酶活最高,达44.32U/mL,比市售产蛋白酶地衣芽孢杆菌酶活(37.26U/mL)高18.95%。

都匀市熏肉制品中亚硝酸盐含量的测定

亚硝酸盐,主要为亚硝酸钠,与蛋白质结合后能保持肉质的色香味,具有抗腐抑菌及让肉制品产生特殊风味。但人体吸收维生素A会受到亚硝酸盐的干扰,导致血脂降低、心跳过速等症状。都匀市市民喜爱食用腊肉等熏肉制品,因此,对都匀市内各大超市上架的熏肉制品进行亚硝酸盐检测,对都匀市市民选择食用熏肉制品有着很重要的意义。本研究采用分光光度法对都匀市富万家、宾隆、永辉三家超市上架的腊肉和腊肠中的亚硝酸盐进行了检测,结果显示都匀市上架的腊肉和腊肠亚硝酸盐含量在1.80—9.37mg/kg之间,均未超出国家标准30mg/kg,市民可放心选购。