云南省输入性间日疟原虫多药抗性蛋白1基因突变多态性分析

目的分析云南省输入性间日疟原虫的多药抗性蛋白1基因(Pvmdr1)突变多态性。方法对云南省2020年和2021年诊断为间日疟原虫感染的病例血样进行Pvmdr1全基因扩增及测序,以间日疟原虫Sal‑Ⅰ分离株的序列(GenBank登录号:NC_009915.1)为模板设计PCR反应引物,用MEGA 5.04软件与编码区参比序列(GenBank登录号:XM_001613678.1)进行比对,用DnaSP 6.11.01软件分析单倍型和单核苷酸多态(SNP)位点及其突变类型,并计算核酸多样性指数π、单倍型期望杂合度(He)等,用Network 10.0软件构建中介网络进化图。结果共收集276份输入性间日疟患者血样,其中自缅甸感染病例占99.3%(274/276),自非洲、巴基斯坦感染各占0.4%(1/276)。259份血样扩增获得4392 bp的Pvmdr1全基因序列,提交GenBank获得的登录号为OP559204~OP559462。259条DNA序列π、Ka/Ks比值分别为0.00076和3.6006,共检出22个SNP,包括13个非同义突变和9个同义突变。仅c.4074C>T位点突变在2020、2021年的检出率[15.0%(21/140)、5.9%(7/119)]差异有统计学意义(χ^(2)=5.546,P<0.05)。次等位位点为c.1587A>G(97.9%,253/259),新检出SNP包括c.2499G>T(2.3%,6/259)、c.3358C>T(0.4%,1/259)、c.3832C>T(0.4%,1/259)。c.3064C>T、c.4065A>G、c.3358C>T和c.3832C>T突变位点仅在2021年的患者血样中检出,其中前2个SNP从非洲感染的分离株中检出,后2个SNP从缅甸感染的分离株中检出。259条Pvmdr1完整编码区与参比序列(单倍型Hap_1)比对,识别出26种单倍型(Hap_2~Hap_27),均为参比序列(单倍型Hap_1)的突变型,He为0.8907。其中,Hap_8的检出率最高(18.5%,48/259),非洲感染分离株中仅检出Hap_19。2020、2021年的患者血样中检出的单倍型种类分别有15和22种,当年独有的单倍型分别为4和10种。Hap_10在2020、2021年患者血样中的检出率分别为15.0%(21/140)和3.4%(4/119),差异有统计学意义(χ2=22.264,P<0.05)。不同单倍型的多重突变识别结果显示,4重、5重、6重、7重、9重、10重突变在26种单倍型中的占比分别为0.4%(1/26)、19.2%(5/26)、38.5%(10/26)、30.8%(8/26)、0.4%(1/26)、0.4%(1/26)。中介网络图显示,26种单倍型以单倍型Hap_1为起始,经4重突变(Hap_24),向5重、6重、7重、9重和10重突变逐级进化并远离起始点。结论云南省输入性间日原虫Pvmdr1基因突变存在高度多态性。