蛋白质组学研究中的质谱鉴定与生物信息学分析

以陆地棉TM-1开花后6d的胚珠为对照,比较开花后6、10、14、18、22d纤维的蛋白质组双向电泳图谱,从中选取了编号为37的差异表达的蛋白质点。胶内胰蛋白酶酶切的多肽,用AB 4700蛋白质组学分析仪进行MALDI-TOF/TOF分析,获得了该点内蛋白质的高品质肽质量指纹图谱(PMF),从中挑出质量为1517.9的肽离子进行串联质谱分析,获得碰撞后断裂片段离子的串联质谱(FFP)。将获得的PMF分别用MASCOT、ProFound、Aldente和MS-Fit等常用软件对NCBInr和UniProt数据库中的绿色植物蛋白质数据库进行搜索,并用MASCOT搜索本地棉属EST数据库。将获得的FFP用MASCOT软件的离子搜索模式和序列查询模式搜索数据库结合手工质谱解析推断序列,最后确认该蛋白质是羟甲基转移酶。本文着重讨论了蛋白质组学研究中质谱分析和生物信息学软件的应用,评价常用蛋白质组学PMF检索工具及其检索结果。

二十二碳六烯酸促进无葡萄糖条件下乳腺癌细胞MDA-MB-231死亡

为了探究二十二碳六烯酸(docosahexaenoic acid,DHA)抗乳腺癌的机制,采用流式细胞术分析细胞死亡率,H2DCFDA探针流式细胞术测定细胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)水平,Western blotting方法检测细胞内剪切型Caspase-3的变化。结果发现在无葡萄糖条件下,DHA以浓度依赖性方式促进乳腺癌细胞MDA-MB-231死亡。在这个过程中,DHA促使细胞内ROS水平明显升高,然而,当DHA和抗氧化剂N-乙酰-半胱氨酸(N-acetyl-L-cystein,NAC)共处理细胞时,细胞死亡率和细胞内ROS水平均明显降低。Western blotting检测结果表明DHA可以引起Caspase-3的切割,同时,这种变化可以被NAC抑制。结果表明在无葡萄糖条件下,DHA可以通过增加细胞内ROS的水平,激活Caspase凋亡通路,进而促进乳腺癌细胞MDA-MB-231死亡。

用于异种移植的新型基因改造猪的培育

目的培育用于异种移植的新型基因改造猪,在α-Gal基因敲除以及膜辅蛋白CD46、血栓调节蛋白(TM)基因转入的基础上,进一步将Ⅱ类反式激活因子基因N端缺失显性负向(CⅡTA-DN)基因转入猪胎儿成纤维细胞,以抑制猪白细胞抗原(SLA)Ⅱ类分子的表达。方法设计合成博来霉素(Zeocin)抗性基因片段,并将其与含有CⅡTA-DN基因的pST205载体连接,构建置于人Tie2增强子和CMVβ-actin启动子下游的pNMU105/CⅡTA-DN表达载体,将线性化的pNMU105通过脂质体转染法转入已经敲除了α-Gal并转入CD46、TM基因的猪胎儿成纤维细胞181B(DKO/CD46/TM)。Zeocin抗性筛选转染pNMU105质粒的181B细胞,PCR方法检测CⅡTA-DN基因在181B细胞中的转入,获得阳性单克隆并进行核移植,得到DKO/CD46/TM/CⅡTA-DN转基因猪。取仔猪的耳缘组织裂解后进行基因鉴定。结果成功设计Zeocin抗性基因片段并构建pNMU105/CⅡTA-DN表达载体,经过质粒转染和Zeocin抗性药物筛选获得多株阳性单克隆,顺利通过核移植得到转基因猪。仔猪耳缘组织经PCR鉴定,在592 bp位置检测到预期条带,证明均为CⅡTA-DN转基因阳性。结论通过新型基因改造猪的培育,在抑制超急性排斥反应和补体反应、降低凝血和人CD4+T细胞免疫反应的理论基础上进行了转基因模型猪的构建,为异种移植中更加有效地减少免疫损伤、提高移植器官的存活做出了新的尝试。