稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析

结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。

酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析

结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI predictor 和 TMHMM v2.0 对已公布的 6 700 个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae)基因的 N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和C-区,其余 116 个分泌蛋白的信号肽包含完整的 3 个区,即 N-区、H-区和 C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达?

粗糙脉孢菌基因组分泌蛋白的初步分析

利用信号肽预测软件SignalPv3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMMv2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件bigPIPredictor和亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetPv1.01对粗糙脉孢菌全基因组数据库中已公布的10082个氨基酸序列进行预测分析。结果表明,在粗糙脉孢菌中有437个蛋白为分泌蛋白,编码这些蛋白最小的可读框(openreadingframe,ORF)为252bp,最大为6604bp,平均1433bp,分泌蛋白信号肽长度介于15～59个氨基酸之间。在437个分泌蛋白中,205个具有功能描述,主要包括各种酶类、细胞能量生成、运转以及自身修复、防卫等多种功能。这些蛋白所参与的生化过程可能发生在膜外的周质空间或是菌体外的场所,为该物种营养的摄取,以及对环境做出响应服务。

稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析

利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。

灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

优质馒头小麦新品种“玉麦3号”

1 选育经过玉溪市农科所小麦研究室以中秆、大穗、抗白粉病的自育品系“81-2”为母本,以矮秆、优质、早熟的“8334”为父本,进行人工杂交,采用系谱法选择,到1996年种成株系。经系统观察鉴定,其中第107号株系(编号96-107)综合了双亲的优点,表现矮秆、大穗、抗三锈和白粉病,穗层整齐,熟期适中。经室内考种鉴定,其籽粒大而饱满,硬质,白粒,符合育种目标,

HPLC法直接测定三七药酒中补骨脂素与异补骨脂素的含量

目的:建立测定三七药酒中补骨脂素与异补骨脂素含量的方法。方法:采用高效液相色谱法。色谱柱为依利特Sino Chrom ODS-BP(4.6 mm×200 mm,5μm),流动相为水-甲醇-乙腈(60:37:3),流速为1.0 mL·min^(-1),柱温为25℃,检测波长为246 nm,进样量为10μL。结果:补骨脂素与异补骨脂素的检测质量浓度分别在2.392~191.329μg·mL^(-1)、2.534~202.720μg·mL^(-1)范围内与各自峰面积积分值呈良好的线性关系(r=0.999 9和0.999 9);精密度、稳定性、重复性试验的RSD≤0.47%;平均回收率分别为99.46%、100.42%,RSD分别为0.15%、0.25%(n=6)。结论:本方法简洁快速、灵敏度高、专属性强、结果稳定,可用于三七药酒中补骨脂素与异补骨脂素的含量测定。

定点集中模式为导向的智能化排班对血透护士工作压力的影响

目的探讨以定点集中模式为导向的智能化排班对血透室护士工作压力及满意度的影响。方法选取2019年1月—2020年12月昆明医科大学附属曲靖医院工作的54名护士作为研究对象,于2019年1—12月采用传统排班法(实施前),于2020年1—12月采用定点集中式排班,在薄弱时段增加护士数量,缓解工作压力(实施后)。比较实施前后护士工作压力情况、排班满意度。结果实施后护士工作压力情况、排班满意度与实施前比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论以定点集中模式为导向的智能化排班较传统排班合理,能减少因人力资源紧张导致的护士工作压力过大、工作懈怠,能提高护士对排班的满意度,有效便捷进行人力资源配置。

小麦新品种——玉麦1号

玉麦1号系云南省玉溪市农科所以自育中间材料兴矮白为母本,德国吨麦为父本,通过人工杂交选育的小麦品种.具有产量高、品质优、增产潜力大等特点.

HPLC法同时测定老蔻丸中8个成分的含量

目的:建立HPLC法同时测定老蔻丸(陈皮、肉桂、丁香等)中8个成分的含量。方法:药物的甲醇提取液的采用依利特SinoChrom ODS-BP C_(18)色谱柱(200 mm×4.6 mm,5μm);流动相为乙腈-水-甲醇,梯度洗脱;流速为1.0 mL·min^(-1),柱温为30℃,检测波长为280 nm,进样量为15μL。结果:柚皮苷、橙皮苷、新橙皮苷、桂皮醛、丁香酚、和厚朴酚、厚朴酚、大黄酚质量浓度分别在26.669～400.031、26.803～402.042、13.335～200.028、2.566～38.484、4.272～64.086、19.994～299.908、26.682～400.223、1.068～16.014范围内与各自峰面积积分值呈良好的线性关系,相关系数r值均大于0.999;平均加样回收率(n=6)分别为100.7%、99.9%、100.1%、100.9%、99.9%、99.9%、100.6%、100.4%,RSD分别为0.77%、0.65%、0.55%、1.3%、1.4%、0.70%、0.56%、1.3%,3批样品中柚皮苷、橙皮苷、新橙皮苷、桂皮醛、丁香酚、和厚朴酚、厚朴酚、大黄酚的含量分别为1 487.42～1 678.33、6 203.50～6 982.31、1 272.29～1 410.19、236.49～292.03、1 869.33～1 896.70、3 767.62～4 073.41、2 879.84～3 250.23、279.55～301.75μg·g^(-1)。结论:该方法灵敏度高,专属性好,可用于老蔻丸的质量控制。

柳州市局(公司)运用精益理念优化货源投放

柳州市烟草公司积极将精益管理理念运用于货源投放工作,从货源需求预测、货源分配流程、货源投放监测等三个方面着手,结合工作实际需求,不断创新工作思路与方法,实现货源投放的"精、准、全",进一步推动货源投放工作上新水平。一是深化信息分析应用,提高货源需求预测的准确性。坚持以市场为导向,通过加强信息采集工作,依托现代终端信息采集网络,提高对市场动态的实时监控,精细化后台数据分析应用,着重从各区域市场特点、品牌培育的不同侧重点。

HPLC法同时测定舒肝健胃丸7种成分的含量

建立HPLC波长切换法同时测定舒肝健胃丸中7种成分的含量。采用Hypersil ODS2 C18色谱柱,流动相为乙腈-水(梯度洗脱),检测波长为0~15min(230nm,芍药苷)、15~45min(294nm,芸香柚皮苷、柚皮苷、橙皮苷、新橙皮苷、和厚朴酚、厚朴酚)。这7种成分的浓度分别在6~60、5~50、18~180、36~360、6~60、2~20、5~50μg/ml范围内与各自峰面积积分值呈良好的线性关系;平均加样回收率(n=6)为99.3%~100.6%,RSD为0.5%~1.3%。