剑麻茎腐病菌基因组SSR标记开发

下载 Aspergillus niger ATCC 1015菌株全基因组序列，利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT（Simple Sequence Repeat Identification Tool），并按含有2～10个碱基重复、碱基数在18bp以上的SSR基元为标准进行SSR鉴定。结果从A．niger ATCC1015全基因组中．共发现4000个2～10碱基SSR．其中含9个碱基重复基元类型最多．共有1433个．占所鉴定SSR总数的35．8％。其次为6个碱基重复基元类型，共有753个，占SSR总数的18．8％；接着为3个碱基重复类型，共有547个，占13．6％。从鉴定出来的SSR中，选择含有SSR的合适区段．从中设计了36对引物．对剑麻茎腐病菌17个菌株的基因组DNA进行了PCR检测，发现这些引物都能从剑麻茎腐病菌基因组DNA中有效扩增。由此表明．黑曲霉ATCC1015菌株基因组SSR在剑麻茎腐病菌基因组中具有通用性。这为研究剑麻茎腐病菌群体遗传变异、多样性和进化，定位和克隆功能基因等提供了分子标记．