牦牛NRAMP1基因3′UTR克隆及其miRNA生物信息学分析

为了解牦牛天然抗性相关巨噬细胞蛋白1(natural resistance associated macrophage protein 1,NRAMP1)基因3′UTR序列多态性及可能具有靶向关系的miRNAs,试验选取5个地区总计325头牦牛的血液样本,构建5个DNA混合池,对牦牛NRAMP1基因3′UTR进行PCR扩增,利用反向测序方法对扩增产物进行测序,使用DNAMAN 8.0软件将扩增序列与野牦牛、瘤牛、家牛和水牛NRAMP1基因3′UTR序列进行对比分析,并运用TargetScan和miRWalk数据库对靶向牦牛NRAMP1基因3′UTR的miRNAs进行预测。结果表明:成功扩增出牦牛NRAMP1基因3′UTR,扩增片段含有多个短串联重复序列,并检测出3个突变碱基;其与野牦牛、瘤牛/家牛和水牛的NRAMP1基因3′UTR同源性分别为100%、99%、99%、98%;牦牛NRAMP1基因3′UTR的可能靶向miRNAs基因共有11个。