肝细胞癌和动脉粥样硬化共表达基因的筛选和验证

目的 通过生物信息学分析鉴定肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)与动脉粥样硬化(Atherosclerosis, AS)的共表达基因。方法 下载基因表达数据库(Gene expression omnibus, GEO)中肝细胞癌(GSE84402,GSE25097)和动脉粥样硬化(GSE28829,GSE100927)的数据集。使用R软件加权基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression networkanalysis, WGCNA)分析GSE84402和GSE28829数据集中共表达基因,Limma鉴定GSE25097和GSE100927数据集中差异表达基因(Differential gene express, DEGs),使用Venny识别WGCNA与差异基因的共表达基因并使用clusterProfiler进行、基因本体(Gene ontology, GO)分析和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析。对WGCNA和差异基因的共表达基因进行qPCR,免疫组织化学技术(Immunohistochemistry, IHC),免疫荧光共定位(Immunofluorescence, IF)等实验验证。结果 WGCNA分析共识别227个共表达基因,差异基因表达分析共识别5个共表达基因,鉴定HIF1A、CASP8、 LEF1、BCAT1、LPL为HCC与AS共表达基因,KEGG分析显示这些基因主要富集在细胞周期和MAPK信号通路,在HCC和AS中qPCR、 IHC、免疫荧光共定位(Immunofluorescence, IF)均显示,共表达基因在病灶组织中的表达均高于对照组织(P<0.05)。结论 HIF1A、CASP8、 LEF1、BCAT1、LPL 5个共表达基因可能是HCC与AS的潜在生物学标志物。同时,MAPK信号通路及细胞周期通路在HCC和AS的发生发展中起到关键作用。

CFH基因在特发性肺纤维化中的新角色:验证与功能研究

目的:探讨特发性肺纤维化(IPF)治疗的新途径。方法:通过生物信息学算法来探索与IPF进展相关的共同表达基因和生物途径。应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别两组数据集重叠的共表达基因模块。随后,利用GEO公共数据集公布的基因表达数据(GSE24206和GSE53845)识别常见差异表达基因(DEGs)和相关功能。然后采用实验对富集到的基因进行验证。结果:通过生物信息学算法,利用WGCNA在两组数据集中鉴定出与IPF进展相关的核心基因模块。结合GSE24206和GSE53845中的基因表达数据识别出25个核心基因,其中包括补体因子H(CFH)、COL14A1、CXCL12、FNDC1、POSTN 5个关键候选基因。通过基因本体和通路分析,揭示了这些基因与IPF生物过程、分子功能和细胞组分的关联。通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,确认了CFH在IPF中的重要性。收集IPF患者的临床标本及正常标本验证,包括实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、免疫组化和免疫印迹法进一步证实了CFH与IPF进程密切相关。结论:CFH在IPF患者中显著升高,为CFH成为治疗IPF疾病的靶点提供了依据,为IPF提供了新的治疗方式。

ICU患者气管插管非计划性拔管原因分析及对策

气管插管机械通气,是ICU抢救治疗危重患者的技术手段,但由于ICU患者病情危重,护士工作量大,非计划性拔管(UEE)问题很可能发生,一旦发生,可直接增加患者疼痛、感染的发生率,还可以造成患者延长住院天数,增加医疗费用,病死率的发生,并带来不必要的医疗纠纷的隐患。

TREM2通过调控巨噬细胞极化在肺结核病中的作用及分子机制研究

目的探讨肺结核患者肺病灶组织中髓系细胞触发受体2(TREM2)的表达水平,以及与巨噬细胞极化相关标志物的相关性。方法通过苏木素-伊红(H&E)染色评估病理炎症表现,采用免疫组织化学方法检测肺组织中CD68+巨噬细胞和M1/M2巨噬细胞特异性分子及TREM2的表达定位情况,采用酶联免疫吸附试验(ELISA)和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测外周血中M1/M2巨噬细胞相关细胞因子IL-10和IL-12的表达水平,并进一步分析TREM2与M1/M2巨噬细胞特征细胞因子的相关性。结果肺结核患者病灶组织中有明显的朗汉斯巨细胞和结核性肉芽肿。TREM2和巨噬细胞极化相关标志物在肉芽肿周围的表达均显著增加,且TREM2和M2巨噬细胞标志物CD163的表达定位一致。肺结核患者外周血中TREM2、IL-10和IL-12的mRNA表达水平以及IL-10、IL-12的表达量显著高于对照组。相关性分析表明TREM2与M2巨噬细胞相关细胞因子IL-10呈显著正相关。结论TREM2与M2巨噬细胞特异性细胞因子呈正相关,提示TREM2可能介导巨噬细胞向M2极化在肺结核的发生发展过程中发挥关键作用。