基于TCGA数据库筛选与三阴型乳腺癌预后相关的miRNAs及其基因网络

目的:筛选与三阴型乳腺癌(TNBC)预后相关的关键微小RNA(miRNAs)及其靶基因,探讨其参与调控的生物学功能和信号通路,为TNBC患者预后标志物的筛选提供理论依据。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,通过生存分析明确与患者预后相关的miRNAs。利用miRDB和miRWalk3.0在线数据库筛选miRNAs的靶基因,Cytoscape 3.8.2软件明确miRNA-信使核糖核酸(mRNA)调控网络,利用R软件limma数据包筛选TNBC患者与非TNBC患者差异表达miRNAs,利用R软件clusterProfiler包分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果:生存分析,miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b与TNBC患者的预后有关,且上述miRNAs表达量越低,TNBC患者预后越差。筛选出受这6种miRNAs调控的靶基因224个。基因本体论(GO)功能富集分析,靶基因主要参与乳腺腺泡的发育、DNA转录的正向调控以及血管生成等功能;京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,靶基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用以及胰岛素分泌信号等通路。网络分析,miR-9、miR-17、溶质载体家族24成员2(SLC24A2)、vav鸟苷酸交换因子3(VAV3)、三部结构域含有36(TRIM36)、突触标记素1(SYT1)、富勒林和Sec7结构域含有3(PSD3)、过氧化物酶体增殖物活化受体α(PPARA)、RNA聚合酶Ⅲ亚基G(POLR3G)、多形性腺瘤基因1(PLAG1)、泛素相关和SH3结构域含有B(UBASH3B)及SH3结构域和四重肽重复2(SH3TC2)是调控网络中的关键基因,其中miR-9-SYT1、miR-9-KIF13B、miR-9-KITLG、miR-17-SLC24A2、miR-31-SLC24A2、miR-146a-SYT1、miR-146a-KIF13B、miR-188-SLC24A2和miR-188-SLC24A2的miRNA-mRNA相互作用最为密切。结论:miR-9、miR-17、miR-31、miR-146a、miR-188和miR-190b及其靶基因参与乳腺腺泡发育和血管生成等生理过程,与TNBC患者的不良预后密切相关。

FOXO1基因多态性与2型糖尿病易感性的关联性分析

目的:探讨中国北方汉族人群叉头转录因子O1(FOXO1)基因多态性与2型糖尿病(T2DM)易感性的关系,阐明FOXO1基因与T2DM的关联性。方法:采用病例-对照研究设计,选取190例T2DM患者为病例组,193例健康人为对照组。应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术(MALDI-TOF-MS)检测FOXO1基因上rs2755213、rs2701880和rs10507486位点的多态性。结果:病例组和对照组rs2701880、rs2755213和rs10507486位点的等位基因和基因型频数分布差异均无统计学意义(P>0.05);3个位点组成的3种单倍型rs2755213-rs2701880、rs2701880-rs10507486、rs2755213-rs2701880-rs10507486在病例组和对照组中的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:未发现FOXO1基因rs2755213、rs2701880和rs10507486多态性与中国北方汉族人群T2DM的易感性存在关联。

类固醇受体辅激活因子1基因多态性与2型糖尿病的关联性分析

目的:探讨中国北方汉族人群类固醇受体辅激活因子1(SRC-1)3个标签单核苷酸多态性(SNPs)(TagSNPs)位点基因多态性与2型糖尿病(T2DM)的关系,阐明SRC-1基因是否为T2DM的易感基因。方法:选择190例T2DM患者(病例组)和193例正常对照者(对照组),应用PCR和基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术(MALI-TOF-MS)检测2组研究对象SRC-1基因上的rs3731628、rs4578807和rs11677500位点的基因型和等位基因频数分布;应用单倍型法分析3个位点形成的多位点的联合作用与T2DM的关系。结果:SRC-1基因的rs3731628和rs11677500位点在病例组和对照组中的基因型频数分布符合HardyWeinberg平衡定律(P>0.05),rs4578807位点基因型在病例组与对照组中的频数分布不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P<0.05)。病例组和对照组SRC-1基因的rs3731628、rs4578807和rs11677500位点的基因型和等位基因频数分布差异均无统计学意义(P>0.05),SRC-1基因上的3个位点组成的rs11677500-rs4578807、rs4578807-rs3731628和rs11677500-rs4578807-rs3731628 3个单倍体型系统在病例组和对照组中的分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:在中国北方汉族人群中SRC-1基因的rs3731628和rs11677500位点的SNPs可能与T2DM的发生无关联,SRC-1基因可能不是T2DM的易感基因。

PRPS2表达特点及其与乳腺癌预后关系的生物信息学分析

目的:研究磷酸核糖焦磷酸合成酶2(PRPS2)在不同亚型乳腺癌中的表达及其与乳腺癌预后关系。方法:采用GEPIA数据库研究泛乳腺癌和正常乳腺组织中PRPS2 mRNA表达水平;使用UALCAN数据库基于患者年龄、是否绝经、乳腺癌不同分子亚型、不同组织亚型、病理分级和是否存在淋巴结转移等层面分析PRPS2在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达;采用miRTarBase数据库预测与PRPS23'UTR结合的miRNAs。应用Kaplan-Meierplotter数据库研究与PRPS2和PRPS23'UTR结合的miRNAs与乳腺癌预后的关系。结果:与正常乳腺组织比较,在不同亚型乳腺癌组织中PRPS2 mRNA表达水平明显升高(P<0.05);PRPS2 mRNA表达水平越高,乳腺癌患者的生存期越短。与正常乳腺组织比较,在不同亚型乳腺癌中PRPS23'UTR结合的hsa-miR-215-5p和hsa-miR-26b-5p表达水平均明显降低(P<0.05),hsa-miR-215和hsa-miR-26b表达水平越低,乳腺癌患者的生存期越短。结论:PRPS2具有泛乳腺癌特征性基因表达特点,乳腺癌中可能存在miR-PRPS2-乳腺癌预后的调控轴。

FOXA1基因多态性与2型糖尿病的关联

目的探讨FOXA1基因多态性与2型糖尿病的关系。方法采用MALDI-TOF SNPs质谱分析技术,检测190名2型糖尿病患者和193名对照者FOXA1基因rs7144658位点基因型,利用SPSS 13.0软件进行统计分析。结果病例组与对照组在性别、年龄分布上差异均无统计学意义。对照组基因型频率分布符合HardyWeinberg平衡。病例组该位点TT基因型占76.5%,TC基因型占19.3%,CC基因型占4.3%;对照组TT基因型占78.1%,TC基因型占20.3%,CC基因型占1.6%。两组基因型频率分布差异无统计学意义(χ2=2.49,P=0.287)。病例组rs7144658位点各基因型与TC、TG、HDL-C和LDL-C均不相关。结论未发现FOXA1基因多态性与2型糖尿病的发生具有显著关联,未发现rs7144658位点基因突变对2型糖尿病患者的血脂水平有明显影响。