口腔鳞状细胞癌早期诊断标志物的研究进展

口腔鳞状细胞癌(OSCC)是额面部最常见的肿瘤,早期诊断标志物的研究有利于其诊断.通过对近期OSCC早期诊断物质相关的文献进行检索和回顾,总结了OSCC早期诊断标志物的研究进展.研究表明,SOX2和TERC基因的扩增,MMP-9以及microRNA的异常表达,编码TFPI-2的基因启动子甲基化,IL-2、IL-6、IL-8、TNF-α、Cyfra 21-1、ZNF510、白细胞介素受体拮抗剂、ATP6V1C1等蛋白质以及机体内的一些其他物质的异常表达与OSCC的发生发展密切相关.OSCC早期诊断标志物的研究对其治疗以及判断预后有着重要作用.

我国施万菌分布及其分子特征分析

目的探索中国施万菌的种群分布、分子流行病学特征及遗传进化关系,为施万菌的流行病学监测和进化研究提供依据。方法利用基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)联合gyrB基因测序进行施万菌种水平鉴定;利用7个管家基因(16SrRNA、gyrA、gyrB、infB、recN、rpoA和topA)进行多位点序列分型(MLST),利用BioNumerics7.1软件对各个序列类型(ST)构建最小生成树。结果本研究共收集全国201株施万菌,鉴定到10个不同的菌种,其中海藻施万菌所占数量最多。不同分离来源中的施万菌种分布有所差异,临床和食品来源的施万菌种分布相似。MLST将施万菌实验室分离株划分成136个ST型和15个克隆复合体(CCs),其中CC12为海藻施万菌优势克隆群。结论我国分布的施万菌病原谱丰富多样,提示这些菌株具有高度的遗传多样性。

基于16S rRNA和gyrB基因的施万菌种水平鉴定分析

目的构建基于16S rRNA和gyrB基因对施万菌(Shewanella)进行种水平鉴定的方法,比较2个基因的鉴定能力差异。方法利用DnaSP 6.0软件对施万菌16S rRNA和gyrB基因的信息位点数及其百分比、核苷酸多态性值、平均G+C含量、非同义突变率与同义突变率的比值(Ka/Ks)、Tajima检验进行基因多态性分析。用MEGA 6.06软件的邻接距离矩阵法对90株测试菌株和54株模式菌株构建16S rRNA和gyrB基因的进化树。用MEGA 6.06软件的Kimura’s 2-parameter模型,确定90株测试菌株的菌种后,计算16S rRNA和gyrB基因的遗传距离和序列相似性。比较两者对施万菌种水平鉴定能力差异。结果16S r RNA和gyr B基因序列相似性平均值分别为95.0%、80.8%。在16S r RNA基因进化树中,S.marinintestina和S.sairae、S.livingstonensis和S.vesiculosa的进化分支几乎完全相同,gyrB基因则能在种水平将所有菌株区分开。16S rRNA基因的种内和种间相似性范围小。结论与16S rRNA基因相比,gyrB基因能够更准确的用于施万菌的种水平鉴定。

麦氏弧菌多位点序列分型方法的建立与应用

目的建立针对麦氏弧菌的多位点序列分型(MLST)方法,评价该方法的分型效果,并对收集的麦氏弧菌进行MLST分析。方法筛选出7个管家基因(ftsZ、gapA、mreB、gyrB、purM、recA、ropA),设计特异引物,在17株麦氏弧菌中PCR扩增管家基因序列。用DnaSP 6.12.03软件和Split tree 4.0软件评价基因多态性、中性进化和基因重组情况;根据7个管家基因的序列差异获得对应的序列分型(ST)型别,用BioNumerics 7.1软件对不同ST型别构建最小生成树和聚类图,并用eBURST 3.0软件计算克隆复合体(CCs)。结果所选的管家基因具有足够多的等位基因位点、序列差异和足够高的分辨率;7个管家基因的Split tree对所有麦氏弧菌的聚类一致;中性试验结果显示,7个管家基因在进化过程中受遗传漂变的影响较小。MLST将17株麦氏弧菌分成14个ST型别,大多数菌株(64.70%)均单独形成一个ST型别,其中ST007形成了可能的优势克隆群。这些菌株之间存在相对较远的遗传距离,在垂直传播上呈现出潜在的地域聚集性。结论本研究建立的麦氏弧菌的MLST方法能分析麦氏弧菌的种群结构和遗传进化关系。