基于RNA-seq数据的密斑刺鲀SSR分子标记开发及鉴定

以密斑刺鲀(Diodon hystrix)为研究对象,利用RNA-seq技术进行转录组测序及序列组装,最终获得221762条Unigene序列,N50为2240 nt,GC含量为46.20%。利用MISA软件从该转录组数据中搜索到106221个符合条件的SSR位点,分布于62451条Unigene中,发生频率为28.16%。优势重复单元为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为48.99%、32.57%和14.72%,其中单核苷酸重复单元中以A/T为主,占总SSR位点数的46.21%,二和三核苷酸重复单元分别以AC/GT和AGG/CCT为主,占比分别为21.90%和2.70%。选取SSR长度大于等于20 bp的位点设计了17563个位点的引物,随机挑选160对位点引物进行扩增鉴定,筛选到95对有效扩增引物,占比为59.38%。通过多态性验证,最终获得30对稳定、可重复的多态性引物(占有效扩增引物的31.58%),其中15对引物表现出高多态性(PIC>0.5),这些高多态性引物具有评估密斑刺鲀群体多样性的潜力。结果表明,密斑刺鲀转录组数据可作为开发稳定的SSR标记的有效来源,该实验所开发的多态性SSR位点为进一步研究密斑刺鲀的遗传图谱和遗传多样性奠定了基础。

一株海洋发光细菌的分离、鉴定及发光特性

从三亚近海海水中分离出一株海洋发光细菌,命名为L2,并对其进行了生化及分子鉴定,初步确定该菌株为发光杆菌属(Photobacterium)的鳆鱼发光杆菌(P.leiognathi).发光特性分析结果表明:该菌在20~35℃的温度范围内均能发光,其中,25~30℃发光强度较高;该菌株具有较广的耐受盐能力,可以在1%~7%的氯化钠浓度范围发光,其中,在4%的氯化钠浓度下发光能力最高;此外,该菌还具有较强的pH适应范围,可在pH值为5~10的范围内发光,pH低于5或高于10,发光特性迅速消失.本研究结果为发光细菌L2应用于潟湖、海洋、盐碱地等环境进行污染物检测提供了一定的理论依据.