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藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析
被引量:
2
1
作者
王丽瑄
周群
+5 位作者
付能胜
曹慧
何欣怡
方鹏飞
胡承哲
张斌
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期185-194,共10页
旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus, PTV)的流行及分子特征和遗传演化。用RT-PCR法对2017—2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型。PCR检测结果表...
旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus, PTV)的流行及分子特征和遗传演化。用RT-PCR法对2017—2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型。PCR检测结果表明,PTV核酸阳性率为20.8%(20/96,95%CI=13.2%~30.3%),14个规模藏猪场中PTV猪场阳性率为57.1%(8/14,95%CI=28.9%~82.3%),并从2份阳性样本中获得了2条近似全长的PTV全基因组序列,分别命名为SWU-E5-2018和SWU-ZG2-2018,核苷酸序列相似性为83.1%。通过VP1序列分析发现2条序列的血清型分别为3型和6型。通过基因重组分析发现SWU-E5-2018存在重组现象,重组区域位于衣壳蛋白基因P1的552—3 082 nt处。为了进一步研究2条PTV序列的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,SWU-E5-2018的分歧时间约为2010年,SWU-ZG2-2018的分歧时间约为2011年。本研究首次对藏猪源PTV进行了初步调查,结果表明藏猪中存在一定程度的PTV感染,为深入研究藏猪源PTV遗传变异及其生物学特性提供了参考依据。
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关键词
藏猪
捷申病毒
基因组
重组分析
分子钟
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职称材料
题名
藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析
被引量:
2
1
作者
王丽瑄
周群
付能胜
曹慧
何欣怡
方鹏飞
胡承哲
张斌
机构
西南民族大学畜牧兽医学院
华派生物工程集团有限公司
青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部/四川省重点实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第1期185-194,共10页
基金
四川应用基础研究计划(2020YJ0247)
国家自然科学基金(31772766)
西南民族大学研究生创新科研项目(CX2020SZ67)。
文摘
旨在调查四川地区藏猪捷申病毒(porcine teschovirus, PTV)的流行及分子特征和遗传演化。用RT-PCR法对2017—2018年采自四川省甘孜藏族自治州康定市14个藏猪场96份粪便样品进行检测,并对全基因组进行序列分析和基因分型。PCR检测结果表明,PTV核酸阳性率为20.8%(20/96,95%CI=13.2%~30.3%),14个规模藏猪场中PTV猪场阳性率为57.1%(8/14,95%CI=28.9%~82.3%),并从2份阳性样本中获得了2条近似全长的PTV全基因组序列,分别命名为SWU-E5-2018和SWU-ZG2-2018,核苷酸序列相似性为83.1%。通过VP1序列分析发现2条序列的血清型分别为3型和6型。通过基因重组分析发现SWU-E5-2018存在重组现象,重组区域位于衣壳蛋白基因P1的552—3 082 nt处。为了进一步研究2条PTV序列的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,SWU-E5-2018的分歧时间约为2010年,SWU-ZG2-2018的分歧时间约为2011年。本研究首次对藏猪源PTV进行了初步调查,结果表明藏猪中存在一定程度的PTV感染,为深入研究藏猪源PTV遗传变异及其生物学特性提供了参考依据。
关键词
藏猪
捷申病毒
基因组
重组分析
分子钟
Keywords
Tibetan pig
porcine teschovirus
genome
recombination analysis
molecular clock
分类号
S852.659.6 [农业科学—基础兽医学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
藏猪源捷申病毒的检测和遗传演化分析
王丽瑄
周群
付能胜
曹慧
何欣怡
方鹏飞
胡承哲
张斌
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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