鸡松果体昼夜节律基因表达的RNA测序分析

本次研究旨在探索白莱航鸡松果体基因在昼夜节律调控中的表达特征及其生物学意义。研究选取了在12 h光照/12 h黑暗周期中饲养的白莱航鸡,并在第10 d 24 h黑暗的情况下每隔4 h取样一次,获得其松果体基因表达的时间序列数据。利用R语言筛选周期性表达的基因,随后应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)来识别表达模式相似的基因群体,并进行性状关联分析和功能富集分析,进一步用Cytoscape筛选与昼夜节律相关的枢纽基因。结果 rain算法筛选出周期性表达的基因,并利用WGCNA分析揭示了多种节律基因(AANAT、PER2、ROR1、ARNTL、CLOCK、PER3、CRY2、CRY1)等在松果体细胞中的表达模式,这些基因聚类到不同颜色的模块中,而且不同模块基因的表达模式存在显著差异,关联热图与富集分析也表明不同的生物学过程在一天中的不同时间被有序激活,揭示了它们在昼夜节律调控中的重要角色。此外利用Cytoscape的CytoHubba插件识别出的枢纽基因,进一步支持了这些发现。研究结果表明,松果体细胞在响应和调节昼夜节律方面具有高度的复杂性和动态性。

基于全基因组重测序分析坝上长尾鸡遗传多样性与保种效果

本研究旨在通过全基因组重测序技术分析坝上长尾鸡群体遗传多样性,评估其保种效果,以更好地保护和利用该遗传资源。研究采用基因组全测序技术检测37只坝上长尾鸡和40只巴布考克B380的基因组变异,通过群体遗传多样性、连续纯合子片段(Runs of Homozygosity,ROH)分布特征及连续不平衡衰减分析,对坝上长尾鸡保种效果进行综合评估。结果显示,37只坝上长尾鸡个体共检测到11 382 746个高质量SNPs位点,平均观察杂合度为0.410±0.208,平均期望杂合度为0.344±0.130,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体基因组内连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)程度较低且遗传多样性较为丰富(P<0.001)。坝上长尾鸡群体平均状态同源(Identity by State,IBS)遗传距离为0.755,亲缘关系G矩阵结果与IBS距离矩阵结果一致,均显示坝上长尾鸡部分个体间亲缘关系较近(P<0.001);与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡个体间平均遗传距离较大(P<0.001)。37只坝上长尾鸡个体共检测到7 002个基因组ROH,ROH平均长度为0.47 Mb,基于ROH的平均近交系数为0.458,表明坝上长尾鸡个体间存在一定程度的近交积累。本研究表明,与巴布考克B380相比,坝上长尾鸡群体遗传多样性较为丰富,但个体间存在近交风险,应加强选配以确保坝上长尾鸡品种资源的可持续性发展。