水稻纹枯菌总DNA提取方法的比较

DNA的浓度,尤其是DNA的纯度严重影响后续基因组酶切等结果。为寻找一种高质量的水稻纹枯菌总DNA的提取方法,采用CTAB法、CTAB改良法、SDS法、蜗牛酶法、蛋白酶K法5种方法分别提取水稻纹枯菌总DNA。通过紫外吸光度测定DNA的纯度和浓度、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增、限制性内切酶酶切反应及Southern杂交评价DNA的质量,最终得出蛋白酶K法是获取高质量水稻纹枯菌基因组DNA的最佳方法。

立枯丝核菌不同融合群菌株GPD基因的克隆及序列特征分析

利用同源克隆的方法对11个立枯丝核菌标准融合群菌株的GPD基因进行了分离。分析发现不同融合群立枯丝核菌GPD基因在外显子数目、编码蛋白长度及内含子剪切方式等方面存在差异,如AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因的外显子个数为10个,其他融合群均为11个;AG-8融合群的GPD基因的编码蛋白长度为267个氨基酸,其余融合群的GPD基因的编码蛋白长度约为340个氨基酸。AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因在98、98、272氨基酸位点的内含子发生了缺失。基于蛋白序列的进化分析表明不同融合群之间GPD基因编码蛋白存在明显差异,可以有效地将不同融合群菌株区分开来;同时,不同物种之间GPD基因在进化上仍具有一定保守性,立枯丝核菌自身的GPD基因蛋白序列归为一类且与担子菌门同源性最高。这些结果表明进行保守基因序列差异分析是进行立枯丝核菌分类分群研究的新思路。