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基于DAP-Seq方法鉴定玉米胚乳特异表达转录因子O2在全基因组水平上的结合位点
被引量:
1
1
作者
宁丽华
王建晖
+3 位作者
时丕彪
伍楚善
董志诚
赵涵
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第24期2537-2548,共12页
Opaque2(O2)是一个调控玉米胚乳发育的重要转录因子.为了揭示O2的转录调控网络,利用DAP-Seq技术挖掘其在全基因组范围上结合位点共检测到11385个位点.通过结合已报道RNA-Seq数据,本研究DAP-Seq共检测到317个O2直接结合并调控的靶基因,...
Opaque2(O2)是一个调控玉米胚乳发育的重要转录因子.为了揭示O2的转录调控网络,利用DAP-Seq技术挖掘其在全基因组范围上结合位点共检测到11385个位点.通过结合已报道RNA-Seq数据,本研究DAP-Seq共检测到317个O2直接结合并调控的靶基因,其中包括97个已报道ChIP-Seq检测靶基因以及220个DAP-Seq特异检测的靶基因.而基序(motif)富集分析显示, DAP-Seq检测O2结合317靶标基因与220个特异结合靶标基因所富集的基序均与已报道O2结合motif相同.另外, GO富集分析显示,与ChIP-Seq一致的O2靶基因主要参与zein蛋白合成及氨基酸代谢途径,而特异检测的O2靶标基因,除参与上述途径外,还主要参与糖代谢途径以及多个胁迫响应相关途径.本研究利用DAP-Seq技术进一步揭示了O2在胚乳发育过程发挥调控作用,该结果是对前人研究结果的验证和补充.
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关键词
Opaque2
转录因子
DAP-Seq
转录因子结合位点
调控网络
原文传递
题名
基于DAP-Seq方法鉴定玉米胚乳特异表达转录因子O2在全基因组水平上的结合位点
被引量:
1
1
作者
宁丽华
王建晖
时丕彪
伍楚善
董志诚
赵涵
机构
江苏省农业生物学重点实验室
广州大学生命科学学院广州高等教育中心
江苏省盐城市新洋农业试验站
盐城师范学院海洋与生物工程学院
出处
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第24期2537-2548,共12页
基金
国家重点研究发展计划(2016YFD0101002)
国家自然科学基金(31701453)
江苏省重点研究开发项目(BE2017365)资助
文摘
Opaque2(O2)是一个调控玉米胚乳发育的重要转录因子.为了揭示O2的转录调控网络,利用DAP-Seq技术挖掘其在全基因组范围上结合位点共检测到11385个位点.通过结合已报道RNA-Seq数据,本研究DAP-Seq共检测到317个O2直接结合并调控的靶基因,其中包括97个已报道ChIP-Seq检测靶基因以及220个DAP-Seq特异检测的靶基因.而基序(motif)富集分析显示, DAP-Seq检测O2结合317靶标基因与220个特异结合靶标基因所富集的基序均与已报道O2结合motif相同.另外, GO富集分析显示,与ChIP-Seq一致的O2靶基因主要参与zein蛋白合成及氨基酸代谢途径,而特异检测的O2靶标基因,除参与上述途径外,还主要参与糖代谢途径以及多个胁迫响应相关途径.本研究利用DAP-Seq技术进一步揭示了O2在胚乳发育过程发挥调控作用,该结果是对前人研究结果的验证和补充.
关键词
Opaque2
转录因子
DAP-Seq
转录因子结合位点
调控网络
Keywords
Opaque2
transcription factor
DAP-Seq
TF binding site
regulatory network
分类号
S513 [农业科学—作物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于DAP-Seq方法鉴定玉米胚乳特异表达转录因子O2在全基因组水平上的结合位点
宁丽华
王建晖
时丕彪
伍楚善
董志诚
赵涵
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
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