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基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征
被引量:
4
1
作者
刘建奎
徐叶
+8 位作者
刘辰
于慧
杨圆
何乐
李佳睿
但惠娟
戴爱玲
杨小燕
魏春华
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期1579-1589,共11页
通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建...
通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清,进行病毒分离鉴定,采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增,应用DNAstar 7.0软件进行序列分析,使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析,并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14938~15439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%~99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%~99%和59.8%~60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗传进化树对32株PRRSV进行分型,结果显示福建省呈现多种谱系毒株并存,两种分型结果符合率为75%(24/32)。PRRSV基因组中Nsp2和ORF5的变异程度最大,Nsp2蛋白存在不同程度的氨基酸(1~155aa)缺失,GP5蛋白主要中和表位发生广泛的变异。32株PRRSV存在较高的重组概率(27/32)且重组模式复杂多样,重组模式有9种:L1+L8、L1+L3、L8+L5、L8+L3、L1(Sublineage1.8+Sublineage1.5)+L8、L1+L5+L8、L1+L3+L8、L1+L3+L5、L1+L3+L5+L8,其中19株以NADC30-like PRRSV为主要亲本,重组方式主要为L1+L8和L1+L8+L3,重组热点主要分布在Nsp1、Nsp2、Nsp9和ORF3基因。综上,福建省主要流行毒株为以NADC30-like PRRSV为主要亲本的重组毒株,对PRRSV进行分型应当以全基因组结果为准。
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关键词
猪繁殖与呼吸综合征病毒
病毒分离鉴定
全基因组
遗传变异
基因重组
下载PDF
职称材料
1株G26P[23]型猪A群轮状病毒的基因组特征
被引量:
1
2
作者
魏春华
李佳睿
+6 位作者
杨圆
但惠娟
陈昊宇
祝冰清
戴爱玲
杨小燕
刘建奎
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期426-432,共7页
目的分析2021年从福建省发生腹泻的猪场分离到的1株G26P[23]新基因型猪轮状病毒RVA/pig/CHN/FJSH01/2021/G26P[23](简称FJSH01)的分子特征。方法利用MARC-145细胞进行RV分离,采用RT-PCR方法对分离株FJSH01的全基因组进行了测定,利用在...
目的分析2021年从福建省发生腹泻的猪场分离到的1株G26P[23]新基因型猪轮状病毒RVA/pig/CHN/FJSH01/2021/G26P[23](简称FJSH01)的分子特征。方法利用MARC-145细胞进行RV分离,采用RT-PCR方法对分离株FJSH01的全基因组进行了测定,利用在线分型工具RotaC v2.0对其基因型进行鉴定,并对其分子遗传特征进行了分析。结果分离株FJSH01的基因型图谱为G26-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1,即G26P[23]型。分离株FJSH01的VP3、NSP1、NSP3和NSP5基因分别与人源轮状病毒RVA/Human_wt/VNM/30378/2009/G26P[19]、RVA/Human-wt/VNM/NT0077/2007/G4P[6]、Human/LL4260/China/T1和RVA/Human/Ryukyu-1120的核苷酸同源性最高,为96.01%~98.65%,其余7个片段与猪源轮状病毒(PoRV)的核苷酸同源性最高,为95.12%~97.99%,表明分离株FJSH01可能为人源轮状病毒和猪源轮状病毒重配后的病毒株。结论G26P[23]型PoRV为国内首次鉴定,研究结果丰富了PoRV分子流行病学资料,为PoRV预防控制提供理论参考。
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关键词
猪A群轮状病毒
型
病毒分离
遗传进化分析
下载PDF
职称材料
指导学生课外阅读的做法
3
作者
但惠娟
《云南教育(小学教师)》
1990年第3期11-11,共1页
课外阅读是课内阅读的继续和发展,因此,不能放任自流,必须加强指导。1、围绕训练重点,选择阅读内容。我把课外阅读纳入教学计划,围绕单元训练重点,选择一些书目,让学生课外阅读,做到课内课外紧密结合。如配合“记叙要素”这一单元的学习,
关键词
学生课外阅读
训练重点
阅读内容
课内阅读
格林童话选
教学计划
讲读
单元的
阅读质量
图书角
原文传递
题名
基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征
被引量:
4
1
作者
刘建奎
徐叶
刘辰
于慧
杨圆
何乐
李佳睿
但惠娟
戴爱玲
杨小燕
魏春华
机构
龙岩学院生命科学学院
福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室
福建农林大学动物科技学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第4期1579-1589,共11页
基金
中央引导地方科技发展专项(2021L3028)
福建省科技重大专项(2019NZ09005)
+1 种基金
福建省科技厅引导项目(2021N0032)
奇迈基金项目(2019SHQM06,2020SHQM07)。
文摘
通过对福建地区规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)进行病毒分离及全基因组序列分析,从而了解PRRSV流行情况及基因组特征,为猪场防控PRRS提供理论基础。2017—2021年从福建地区规模化猪场采集疑似感染PRRSV的组织病料和血清,进行病毒分离鉴定,采用RT-PCR方法对PRRSV分离株进行全基因组序列扩增,应用DNAstar 7.0软件进行序列分析,使用MEGA 7.0软件邻近法进行遗传演化分析,并利用生物软件SimPlot 3.51和RDP4.10对PRRSV基因组序列进行重组分析。成功分离得到32株PRRSV-2,其全基因组大小为14938~15439 bp(不包括ployA),32株PRRSV之间基因组核苷酸相似性为82.4%~99.4%,与PRRSV-2代表毒株(VR-2332、JXA1、NADC30、QYYZ)和PRRSV-1代表毒株(LV)之间核苷酸相似性分别为81.4%~99%和59.8%~60.6%。分别基于PRRSV全基因组与ORF5基因构建的遗传进化树对32株PRRSV进行分型,结果显示福建省呈现多种谱系毒株并存,两种分型结果符合率为75%(24/32)。PRRSV基因组中Nsp2和ORF5的变异程度最大,Nsp2蛋白存在不同程度的氨基酸(1~155aa)缺失,GP5蛋白主要中和表位发生广泛的变异。32株PRRSV存在较高的重组概率(27/32)且重组模式复杂多样,重组模式有9种:L1+L8、L1+L3、L8+L5、L8+L3、L1(Sublineage1.8+Sublineage1.5)+L8、L1+L5+L8、L1+L3+L8、L1+L3+L5、L1+L3+L5+L8,其中19株以NADC30-like PRRSV为主要亲本,重组方式主要为L1+L8和L1+L8+L3,重组热点主要分布在Nsp1、Nsp2、Nsp9和ORF3基因。综上,福建省主要流行毒株为以NADC30-like PRRSV为主要亲本的重组毒株,对PRRSV进行分型应当以全基因组结果为准。
关键词
猪繁殖与呼吸综合征病毒
病毒分离鉴定
全基因组
遗传变异
基因重组
Keywords
porcine reproductive and respiratory syndrome virus(PRRSV)
virus isolation and identification
full-length genome
genetic diversity
recombination
分类号
S852.659.6 [农业科学—基础兽医学]
下载PDF
职称材料
题名
1株G26P[23]型猪A群轮状病毒的基因组特征
被引量:
1
2
作者
魏春华
李佳睿
杨圆
但惠娟
陈昊宇
祝冰清
戴爱玲
杨小燕
刘建奎
机构
龙岩学院生命科学学院
福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室
动物源性人兽共患病防控福建省高校工程研究中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期426-432,共7页
基金
中央引导地方科技发展专项(No.2021L3028)
上杭奇迈基金项目(No.2020SHQM07)
+1 种基金
动物源性人兽共患病防控福建省高校工程中心开放基金(No.2021ZN003)
国家级大学生创新创业项目(No.202211312011)联合资助。
文摘
目的分析2021年从福建省发生腹泻的猪场分离到的1株G26P[23]新基因型猪轮状病毒RVA/pig/CHN/FJSH01/2021/G26P[23](简称FJSH01)的分子特征。方法利用MARC-145细胞进行RV分离,采用RT-PCR方法对分离株FJSH01的全基因组进行了测定,利用在线分型工具RotaC v2.0对其基因型进行鉴定,并对其分子遗传特征进行了分析。结果分离株FJSH01的基因型图谱为G26-P[23]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1,即G26P[23]型。分离株FJSH01的VP3、NSP1、NSP3和NSP5基因分别与人源轮状病毒RVA/Human_wt/VNM/30378/2009/G26P[19]、RVA/Human-wt/VNM/NT0077/2007/G4P[6]、Human/LL4260/China/T1和RVA/Human/Ryukyu-1120的核苷酸同源性最高,为96.01%~98.65%,其余7个片段与猪源轮状病毒(PoRV)的核苷酸同源性最高,为95.12%~97.99%,表明分离株FJSH01可能为人源轮状病毒和猪源轮状病毒重配后的病毒株。结论G26P[23]型PoRV为国内首次鉴定,研究结果丰富了PoRV分子流行病学资料,为PoRV预防控制提供理论参考。
关键词
猪A群轮状病毒
型
病毒分离
遗传进化分析
Keywords
porcine group A rotavirus
G26P[23]genotype
virus isolation
genetic evolution analysis
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
下载PDF
职称材料
题名
指导学生课外阅读的做法
3
作者
但惠娟
机构
昆明市螺峰小学
出处
《云南教育(小学教师)》
1990年第3期11-11,共1页
文摘
课外阅读是课内阅读的继续和发展,因此,不能放任自流,必须加强指导。1、围绕训练重点,选择阅读内容。我把课外阅读纳入教学计划,围绕单元训练重点,选择一些书目,让学生课外阅读,做到课内课外紧密结合。如配合“记叙要素”这一单元的学习,
关键词
学生课外阅读
训练重点
阅读内容
课内阅读
格林童话选
教学计划
讲读
单元的
阅读质量
图书角
分类号
G527.74 [文化科学—教育技术学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于全基因组分析2017-2021年福建省猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组特征
刘建奎
徐叶
刘辰
于慧
杨圆
何乐
李佳睿
但惠娟
戴爱玲
杨小燕
魏春华
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
4
下载PDF
职称材料
2
1株G26P[23]型猪A群轮状病毒的基因组特征
魏春华
李佳睿
杨圆
但惠娟
陈昊宇
祝冰清
戴爱玲
杨小燕
刘建奎
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
下载PDF
职称材料
3
指导学生课外阅读的做法
但惠娟
《云南教育(小学教师)》
1990
0
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