不同临床型奶牛生殖道乳酸菌的筛选鉴定及菌群多样性分析

本研究对新疆南疆地区不同临床型奶牛生殖道分泌物中的乳酸菌进行了筛选鉴定,并对其菌群进行了多样性分析,评估了其微生态体系。将南疆地区3头健康与3头患子宫内膜炎的奶牛分为健康组和患病组,分别采集其生殖道分泌物。通过分离纯化、镜检、16S rRNA测序、高通量测序对奶牛生殖道分泌物菌群进行分析。结果表明:革兰染色后镜检观察到球状形态的菌体,分离镜检初步得到17株革兰阳性菌。高通量测序共获得652 901条有效序列,质量过滤、去噪共获得5 372个扩增子序列变体(ASV)。在属分类学水平以棒状杆菌属差异性最为显著,乳酸菌层次以链球菌属差异性最为显著。Alpha多样性分析显示,健康组奶牛生殖道样本群落丰富度和多样性均远高于患病组,且差异显著(P=0.05)。Beta多样性分析结果显示,层次聚类后6个样本分别按组聚集为2簇,表明2组样本组内差异较小,组间菌落相似性差异较大,说明不同临床型奶牛生殖道分泌物菌群在属分类学水平存在差异,健康型奶牛生殖道菌群丰富度和多样性均远高于患病组,其差异与子宫内膜炎的相关性有待进一步研究。