【目的】功能性保绿通常被认为是包括玉米在内的主要作物品种的理想性状。挖掘新的控制玉米保绿相关位点和候选基因,为玉米保绿遗传研究提供理论基础。【方法】以150份由许178和K12组配的重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体...【目的】功能性保绿通常被认为是包括玉米在内的主要作物品种的理想性状。挖掘新的控制玉米保绿相关位点和候选基因,为玉米保绿遗传研究提供理论基础。【方法】以150份由许178和K12组配的重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为材料,通过Windows QTL Cartographer V2.5的复合区间作图法(composite interval mapping,CIM)对3个保绿相关性状(保绿度(visual stay green,VSG)、吐丝期绿叶数(green leaf number at silking stage,GLNS)和成熟期绿叶数(green leaf number at mature stage,GLNM))进行QTL定位。同时,以139份自然材料组成的关联群体为材料,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM),结合50790个高质量SNP标记,对这3个性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。【结果】基于CIM,利用单环境下的表型值和最佳线性无偏估计值(best linear unbiased prediction,BLUP)对GLNM、GLNS和VSG进行定位,共检测到37个QTL,分布在除第10染色体以外的其他染色体上,LOD范围为2.58—11.36,表型贡献率为4.34%—22.40%。GLNM、GLNS和VSG性状分别检测到14、12和11个位点。其中,4个遗传稳定的QTL(qGLNS2-1、qVSG1-1、qVSG1-2和qVSG7-1),在3个及以上不同单环境中同时被检测到。利用MLM对保绿相关性状进行全基因组关联分析,共检测到44个超过阈值线的显著SNP,根据SNP标记在B73参考基因组的物理位置,发现共有15个位点落在连锁分析定位到的QTL区间内。【结论】通过QTL定位和全基因组关联分析共同检测到4个遗传稳定的共定位遗传区段(对应的B73参考基因组V4版物理位置区间为第1染色体6.2—8.2 Mb、第2染色体209.1—221.4 Mb、第6染色体96.8—102.1 Mb、第7染色体4.9—11.4 Mb),并挖掘到4个与光合作用和抗逆相关的候选基因(Zm00001d006119、Zm00001d018975、Zm00001d006535和Zm00001d036763)。展开更多
文摘【目的】功能性保绿通常被认为是包括玉米在内的主要作物品种的理想性状。挖掘新的控制玉米保绿相关位点和候选基因,为玉米保绿遗传研究提供理论基础。【方法】以150份由许178和K12组配的重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为材料,通过Windows QTL Cartographer V2.5的复合区间作图法(composite interval mapping,CIM)对3个保绿相关性状(保绿度(visual stay green,VSG)、吐丝期绿叶数(green leaf number at silking stage,GLNS)和成熟期绿叶数(green leaf number at mature stage,GLNM))进行QTL定位。同时,以139份自然材料组成的关联群体为材料,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM),结合50790个高质量SNP标记,对这3个性状进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。【结果】基于CIM,利用单环境下的表型值和最佳线性无偏估计值(best linear unbiased prediction,BLUP)对GLNM、GLNS和VSG进行定位,共检测到37个QTL,分布在除第10染色体以外的其他染色体上,LOD范围为2.58—11.36,表型贡献率为4.34%—22.40%。GLNM、GLNS和VSG性状分别检测到14、12和11个位点。其中,4个遗传稳定的QTL(qGLNS2-1、qVSG1-1、qVSG1-2和qVSG7-1),在3个及以上不同单环境中同时被检测到。利用MLM对保绿相关性状进行全基因组关联分析,共检测到44个超过阈值线的显著SNP,根据SNP标记在B73参考基因组的物理位置,发现共有15个位点落在连锁分析定位到的QTL区间内。【结论】通过QTL定位和全基因组关联分析共同检测到4个遗传稳定的共定位遗传区段(对应的B73参考基因组V4版物理位置区间为第1染色体6.2—8.2 Mb、第2染色体209.1—221.4 Mb、第6染色体96.8—102.1 Mb、第7染色体4.9—11.4 Mb),并挖掘到4个与光合作用和抗逆相关的候选基因(Zm00001d006119、Zm00001d018975、Zm00001d006535和Zm00001d036763)。