橙皮精油提取及抑菌效果的研究

目的探讨橙皮精油的体外抑菌效果。方法通过改进的水蒸气蒸馏法提取橙皮精油,并采用滤纸片扩散法和平板涂布法测定橙皮精油对6种受试菌的抑菌效果。结果橙皮精油对细菌和真菌均有抑菌作用,其中对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的抑菌作用最强。结论橙皮精油可作为天然抑菌剂用于医药、食品等领域。

基于全基因组测序的弯曲菌食物中毒事件的病原学研究

目的对深圳地区一起疑似弯曲菌引起的食物中毒事件进行病原菌全基因组测序分析,了解本地区引起食物中毒的弯曲菌的病原特征。方法采集食物中毒病例肛拭子样本和可疑食品样本,用双孔增强过滤法进行弯曲菌分离,用微生物质谱系统进行鉴定,对分离到的弯曲菌用琼脂稀释法进行抗生素敏感性分析。用illumina二代测序方法进行菌株的全基因组测序,将菌株序列与Resfinder、CARD、MLST和VFDB数据库比对,分别获得耐药基因、ST型和毒力因子。用K-mer tree方法绘制系统发育树。结果共分离到17株弯曲菌,其中12株空肠弯曲菌,5株结肠弯曲菌,均来源于病人。17株菌均携带flaA、cadF、cdtA、cdtB、cdtC等毒力基因。药敏结果显示空肠弯曲菌耐药率最高的是四环素(100%),其次是萘啶酸(91.67%)、环丙沙星(83.34%)和庆大霉素(58.33%)。58.33%(7/12)的空肠弯曲菌中具有多重耐药。80%(4/5)的结肠弯曲菌对除了氯霉素类、林克酰胺类外的其它抗生素均耐药,100%的结肠弯曲菌存在多重耐药。100%的弯曲菌携带四环素类、β-内酰胺类耐药基因和gyrA基因点突变,76.47%(13/17)的弯曲菌携带氨基糖苷类耐药基因。MLST结果显示空肠弯曲菌分为6个ST型,ST-12294(6/12)、ST-12295(1/12)、ST-12296(1/12)是新发现的ST型,其中ST-12294与2021年克罗地亚地区的人源分离株、2018年深圳地区的鸡源分离株高度相关。结肠弯曲菌均为ST-828型,归属ST-828 complex,与2018年深圳蛇口市场鸡源分离株高度相关。结论本次是一起ST-12294型空肠弯曲菌和ST-828型结肠弯曲菌混合感染引起的食物中毒事件。弯曲菌多重耐药率高,需要引起重视。

深圳市408份不同来源样本弯曲菌的检测及耐药特征分析

目的分析深圳市不同来源样本弯曲菌的流行和抗生素敏感特征,与往年菌株的耐药特征进行比对,获得深圳地区弯曲菌的流行现状及耐药变化。方法采用增强过滤法分离弯曲菌并应用琼脂稀释法进行抗生素敏感性分析。结果408份不同来源样本中,鸡盲肠的弯曲菌阳性率最高,达72.0%(36/50),鸡肉的分离率次之,为49.3%(34/69)。腹泻病人弯曲菌分离率为10.7%(17/159)。牛肉、猪肉中弯曲菌分离率低,海鲜中分离到1株空肠弯曲菌,生菜未分离到弯曲菌。53株腹泻病人来源和鸡源空肠弯曲菌耐药率最高的是萘啶酸(94.3%)和环丙沙星(94.3%),其次是四环素(92.4%)、氟苯尼考(75.5%)。32株腹泻病人来源和鸡源结肠弯曲菌耐药率最高为萘啶酸、环丙沙星、四环素(100%)。73.6%(39/53)的空肠弯曲菌和100%(32/32)的结肠弯曲菌存在多重耐药性。与往年相比,鸡源空肠弯曲菌对大环内酯类抗生素的耐药增强,腹泻病人来源空肠弯曲菌对萘啶酸-环丙沙星-四环素-氟苯尼考多重耐药性增强。结论本地区首次在腹泻患者中分离到简明弯曲菌,其病原特征有待于进一步分析。深圳地区腹泻病人来源及鸡源空肠弯曲菌有耐药增强现象,应引起重视。

2010年广东省深圳市首例手足口病死亡病例的病原学研究

目的对广东省深圳市2010年首例临床诊断为手足口病死亡患儿的粪便和咽拭子标本进行病原体型别鉴定,从而追踪其病原的可能来源。方法先用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(rRT-PCR)方法检测病毒核酸,再用细胞培养方法从粪便和咽拭子标本中分离病毒,并将分离到的毒株提取核酸后,用普通RT-PCR方法分别扩增肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)的VP1区全长基因并进行序列测定,序列测定结果与不同国家和地区的肠道病毒株A、B、C基因型代表株进行同源性比较和进化树分析。结果该病例的2份标本均为EV71核酸阳性,Cox A16核酸阴性;毒株基因经过核苷酸和氨基酸同源性分析,确定该病例病原体为EV71 C4亚型。结论 2010年深圳市首例手足口病死亡病例的病原体为EV71的C4亚型。

2009—2019年深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌基因组特征分析

目的分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌(Lm)基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序(PE-150,100×),运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果46个Lm基因组组装后均满足分析条件(contigs N50>20 kb),平均GC含量为38.3%、预测基因数为5960个、基因组大小为2952608 bp;南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇,总体遗传距离较大,其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3,Lineage 1以ST87为主,其余为ST3、ST59、ST224和ST429,Lineage 2以ST8和ST9为主,其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321,Lineage 3只见ST299;发现本地区Lm携带fosX(17株)、tetM(6株)、dfrG(4株)、catB3(1株)和mefA(1株)5种耐药基因,均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB九种毒力基因,同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性,携带耐药基因情况较为严重,特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株,且功能明确的毒力基因丰富齐全。

海鲜产品中空肠弯曲菌2种检测标准的比较

目的 利用GB 4789.9—2014《食品安全国家标准食品微生物学检验空肠弯曲菌检验》(以下简称GB4789.9法)与T/CPMA 006—2019《空肠弯曲菌、结肠弯曲菌检验方法》(以下简称T/CPMA 006法)2种标准方法检测贝类样品中空肠弯曲菌的阳性率,并用模拟样本以2种检测标准对空肠弯曲菌的最低检出浓度及检出率差别开展讨论。方法 2020年11—12月采集深圳市某市场39份贝类海鲜样品,分别用GB4789.9和T/CPMA 006的2种标准方法进行空肠弯曲菌检测,对于检测阴性的标本,实验室掺入终浓度分别为100、101、102、103、104、105CFU/g的活菌进行模拟实验,每个浓度模拟3个样品,分析比较2种标准方法的最低检出浓度。根据最低检出浓度,实验室掺入终浓度分别为103和104CFU/g的空肠弯曲菌活菌,每个浓度各10份样品,比较2种标准方法的检出率差异。利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF)和荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)作为菌落验证和辅助检测。结果 39份原始样品中T/CPMA 006检测标准的空肠弯曲菌阳性率为2.6%(1/39),而GB 4789.9标准方法均未检出。模拟样本的结果显示,GB 4789.9和T/CPMA 006的最低检出浓度分别是103和101CFU/g,T/CPMA 006比GB 4789.9的最低检出浓度低2个数量级。当样品中空肠弯曲菌终浓度为103和104CFU/g时,GB 4789.9的检出率分别为10%(1/10)和20%(2/10),过滤培养法的检出率皆为100%(10/10)。结论 海鲜中也存在空肠弯曲菌的污染,此前国内未见报道。与GB 4789.9标准方法相比,T/CPMA 006标准可显著提高海鲜样品中空肠弯曲菌的检出率,并将最低检出浓度降低2个数量级。

基于聚合酶区和衣壳区测序的诺如病毒暴发疫情溯源

目的分析一起厨工相关诺如病毒暴发的病原学特征,为诺如病毒感染的溯源提供证据。方法利用Filmarray病原体检测系统初筛,根据感染性腹泻诊断标准WS 271-2007进行细菌分离,同时进行诺如病毒荧光PCR检测,对诺如病毒阳性核酸进行聚合酶区和衣壳区序列扩增,测序比对,利用Mega软件分析同源性。结果 49份患者标本中,诺如GⅡ型阳性率为48.98%(24/49),GⅠ型阳性率为2.04%(1/49),GⅠ、GⅡ混合阳性率为2.04%(1/49);115份厨工及餐饮工作人员标本中,GⅡ型阳性率为13.04%(15/115),GⅠ型阳性率为0.87%(1/115)。38份环境涂抹样中,GⅡ型阳性率为2.63%(1/38)。有17份标本诺如病毒聚合酶区和衣壳区测序成功,其中患者GⅡ型14份,GⅠ型1份,厨工GⅡ型2份。比对结果显示1份GⅠ亚型为GⅠ.P4-GⅠ.5,16份GⅡ亚型均为GⅡ.P7-GⅡ.6。两份厨工和14份患者标本的诺如病毒核酸序列同源性达99%。49份患者标本中,致泻性大肠埃希菌毒力基因阳性率为34.69%(17/49),患者标本中合并诺如病毒核酸阳性和致泻性大肠埃希菌毒力基因阳性的有5份,阳性率为10.20%(5/49)。16份诺如病毒核酸阳性的厨工标本中,均未检出致泻性大肠埃希菌毒力基因,其余样本未进行致泻性大肠埃希菌检测。结论该起疫情是由诺如病毒GⅡ.P7-GⅡ.6亚型引起,患者和厨工极有可能来自同一传染源,同时合并致泻性大肠埃希菌感染,应加强厨工及餐饮服务人员的体检和培训。