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古菌脂质的前处理方法比较及超高效液相色谱-高分辨质谱分析
被引量:
2
1
作者
王小雪
何祉安
+4 位作者
李欣
宋庆浩
邹欣薇
宋雪瑶
冯蕾
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期914-922,共9页
古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性...
古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性。该文基于超高效液相色谱-高分辨质谱联用(ultra-performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry,UPLC-HRMS)技术,以嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii为模式生物,采用Bligh-Dyer加酸法、Folch法、甲基叔丁基醚(methyl tert-butyl ether,MTBE)法及固相萃取(SPE)法提取脂质成分,从提取效率、重复性、歧视性等角度进行方法评价,并最终确定SPE法和MTBE法的提取重复性和提取效率最好,适合高通量古菌全脂质提取。利用SPE提取、高分辨质谱分析对P.yayanosii的常规脂质进行了全面分析,共鉴定到了1402种脂质。本研究旨在为古菌和其他极端微生物的非靶向脂质组学分析和脂质代谢研究提供方法参考。
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关键词
脂质组学
提取
质谱
裂解规律
嗜热嗜压菌
古菌
下载PDF
职称材料
基于超高效液相色谱-高分辨质谱和渗透压校正样本浓度变异性的尿液代谢组学分析
被引量:
1
2
作者
何祉安
林厚维
+4 位作者
桂娟
朱伟超
何建华
汪航
冯蕾
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期391-398,共8页
尿液是代谢组学研究中主要关注的体液样本之一。尿液样本中的代谢物浓度受饮食、疾病等因素影响变异较大,这极大阻碍了高质量组学数据的获取和可靠生物标志物的鉴定。研究为克服尿液样本的浓度变异性,在原始数据采集前,根据样本渗透压...
尿液是代谢组学研究中主要关注的体液样本之一。尿液样本中的代谢物浓度受饮食、疾病等因素影响变异较大,这极大阻碍了高质量组学数据的获取和可靠生物标志物的鉴定。研究为克服尿液样本的浓度变异性,在原始数据采集前,根据样本渗透压的大小,针对性地调整进样量或者稀释样本,从而确保代谢组学分析样本的渗透压与进样量的乘积相当,再经超高效液相色谱-高分辨质谱技术(UPLC-HRMS)分析,采用总离子丰度或总有用峰面积(MSTUS)对数据集进行归一化处理。研究利用临床样本及其梯度稀释的溶液,对该方法与现有研究普遍使用的方法进行了比较,随后通过先天性肾积水患者及健康志愿者的尿液样本做了进一步的方法学验证。数据集经校正后,峰面积RSD<30%的提取峰数量增加,主成分分析结果较校正前有更高的组内聚集和组间分群效应,正交偏最小二乘判别分析的统计模型更不易过拟合。与肌酐比较,渗透压值与质谱信号间呈现了更好的线性关系。以上结果表明,数据采集前通过样本渗透压进行校正,能有效消除因样本本身代谢物浓度变化引起的组内差异,提高方法的重复性和统计模型的可靠度。以渗透压为基准的校正策略,比肌酐校正法适用范围更广,结果也更准确。研究可对后续各类来源的尿液代谢组学研究提供数据归一化的指导和参考。
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关键词
超高效液相色谱-高分辨质谱
代谢组学
渗透压
归一化
尿液
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职称材料
题名
古菌脂质的前处理方法比较及超高效液相色谱-高分辨质谱分析
被引量:
2
1
作者
王小雪
何祉安
李欣
宋庆浩
邹欣薇
宋雪瑶
冯蕾
机构
上海交通大学药学院
上海交通大学分析测试中心
上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室
上海交通大学农业与生物学院
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期914-922,共9页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(21106082)
国家自然科学基金面上项目(41676121)。
文摘
古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性。该文基于超高效液相色谱-高分辨质谱联用(ultra-performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry,UPLC-HRMS)技术,以嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii为模式生物,采用Bligh-Dyer加酸法、Folch法、甲基叔丁基醚(methyl tert-butyl ether,MTBE)法及固相萃取(SPE)法提取脂质成分,从提取效率、重复性、歧视性等角度进行方法评价,并最终确定SPE法和MTBE法的提取重复性和提取效率最好,适合高通量古菌全脂质提取。利用SPE提取、高分辨质谱分析对P.yayanosii的常规脂质进行了全面分析,共鉴定到了1402种脂质。本研究旨在为古菌和其他极端微生物的非靶向脂质组学分析和脂质代谢研究提供方法参考。
关键词
脂质组学
提取
质谱
裂解规律
嗜热嗜压菌
古菌
Keywords
lipidomics
extraction
mass spectrometry(MS)
fragmentation pathway
hyperthermophiles
archaea
分类号
O658 [理学—分析化学]
下载PDF
职称材料
题名
基于超高效液相色谱-高分辨质谱和渗透压校正样本浓度变异性的尿液代谢组学分析
被引量:
1
2
作者
何祉安
林厚维
桂娟
朱伟超
何建华
汪航
冯蕾
机构
上海交通大学药学院
上海交通大学分析测试中心
上海交通大学医学院附属新华医院小儿泌尿外科
嘉兴学院附属嘉兴市妇幼保健院小儿外科
宁波大学医学院附属医院小儿外科
出处
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期391-398,共8页
基金
上海市自然科学基金(18ZR1424700)
上海交通大学医工交叉项目(YG2017QN65).
文摘
尿液是代谢组学研究中主要关注的体液样本之一。尿液样本中的代谢物浓度受饮食、疾病等因素影响变异较大,这极大阻碍了高质量组学数据的获取和可靠生物标志物的鉴定。研究为克服尿液样本的浓度变异性,在原始数据采集前,根据样本渗透压的大小,针对性地调整进样量或者稀释样本,从而确保代谢组学分析样本的渗透压与进样量的乘积相当,再经超高效液相色谱-高分辨质谱技术(UPLC-HRMS)分析,采用总离子丰度或总有用峰面积(MSTUS)对数据集进行归一化处理。研究利用临床样本及其梯度稀释的溶液,对该方法与现有研究普遍使用的方法进行了比较,随后通过先天性肾积水患者及健康志愿者的尿液样本做了进一步的方法学验证。数据集经校正后,峰面积RSD<30%的提取峰数量增加,主成分分析结果较校正前有更高的组内聚集和组间分群效应,正交偏最小二乘判别分析的统计模型更不易过拟合。与肌酐比较,渗透压值与质谱信号间呈现了更好的线性关系。以上结果表明,数据采集前通过样本渗透压进行校正,能有效消除因样本本身代谢物浓度变化引起的组内差异,提高方法的重复性和统计模型的可靠度。以渗透压为基准的校正策略,比肌酐校正法适用范围更广,结果也更准确。研究可对后续各类来源的尿液代谢组学研究提供数据归一化的指导和参考。
关键词
超高效液相色谱-高分辨质谱
代谢组学
渗透压
归一化
尿液
Keywords
ultra performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry(UPLC-HRMS)
metabolomics
osmolality
normalization
urine
分类号
O658 [理学—分析化学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
古菌脂质的前处理方法比较及超高效液相色谱-高分辨质谱分析
王小雪
何祉安
李欣
宋庆浩
邹欣薇
宋雪瑶
冯蕾
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
下载PDF
职称材料
2
基于超高效液相色谱-高分辨质谱和渗透压校正样本浓度变异性的尿液代谢组学分析
何祉安
林厚维
桂娟
朱伟超
何建华
汪航
冯蕾
《色谱》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
下载PDF
职称材料
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