DNATyper^(TM)21与Verifiler^(TM)Plus试剂盒对常规案件检材检验的比较

本文通过比较DNATyper^(TM)21与Verifi ler^(TM)Plus两种STR检测试剂盒对各类案件检材的检验能力,探讨DNATyper^(TM)21试剂盒在常规案件检验中应用的可靠性。取0.03125、0.0625、0.125、0.25、0.5、1.0 ng/μL基因组标准品对两种试剂盒进行灵敏度测试;应用DNATyper^(TM)21与Verifi ler^(TM)Plus试剂盒分别对1056例常规案件检材DNA进行检验;对同一样本等位基因进行一致性比较。结果表明,两种试剂盒均可以成功检测出模板浓度在0.0625 ng/μL以上的标准DNA。在检验的1056例样本中,DNATyper^(TM)21试剂盒共检出881例,检出率为83.4%;Verifi ler^(TM)Plus试剂盒检出892例,检出率为84.5%。统计学结果表明两种试剂盒检出率无统计学差异,且同一样本相同基因座得到的等位基因分型一致。综上,DNATyper^(TM)21试剂盒对各类常规检材具有良好的检验能力,可应用于日常案件检验。

X染色体遗传标记在法医遗传学中的研究和应用

X染色体遗传标记在法医遗传学中占有不可或缺的位置,目前已有50余个X-STR基因座应用于法医学实践。X-STR基因座具有伴性遗传的特征,具有其它遗传标记不可比拟的优势,因此,在一些特殊亲缘关系鉴定案件和重大灾难事故中发挥着越来越重要的作用。X-STR遗传标记未来的发展方向,还是应以实际应用为主,在建立使用指导的基础上,尽快确定XSTR核心基因座,通过联合检验常染色体STR和X-STR基因座,在实际案例中高效、准确地做出判断,为案件侦查提供线索和证据。随着二代测序的兴起,可以考虑在二代测序平台上同时检测X-STR、常染色体STR、Y-STR,这样可1次获得大量遗传学数据,在保证高灵敏度的同时,又便于综合分析判断,特别适合一些疑难检材和降解检材。本文就X染色体遗传标记在法医学中的研究及应用进行综述。

18个X-STR在中国北方汉族人群中的突变率研究（英文）

从484个北方汉族家系人员中提取获得模板DNA,并用TYPERX19扩增试剂盒检测分析,在5652次等位基因传递中,有6个基因座(DXS6810,DXS8378,DXS6797,DXS7423,DXS7424,DXS8377)共发生了8次突变,DXS6810和DXS8377的突变率为0.0064,DXS8378,DXS6797,DXS7423和DXS7424的突变率为0.0032,其他12个基因座未观察到突变,18个X-STR的平均突变率为0.0014,所有的突变都是一步突变,各基因座之间的突变率没有显著性差异(P>0.05),在所有突变中,增加突变和减少突变没有显著差异,X-STR基因座突变率和等位基因长度有关,等位基因重复次数越多越容易突变,大部分的突变来源于父亲。

检测藻类16SrDNA特异性片段在溺死诊断中的应用

目的建立藻类16Sr DNA特异性片段扩增方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法 35只实验兔随机分组:生前入水组(溺死组)15只,死后入水组(空气栓塞致死后入水)15只,对照组(空气栓塞死后不作处理)5只;微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过的20例水中尸体肝脏样本20份(硅藻阳性14份,阴性6份)。7种已知藻(直链藻、菱形藻、针杆藻、舟形藻,铜绿微囊藻,小环藻,小球藻)作为对照。提取组织样本及藻类DNA,扩增产物银染显带。结果生前入水组肺、肝、肾检出率分别为100%,86%,86%;死后入水组肺、肝、肾检出率分别为13%,0%,0%。对照组肺、肝、肾藻类未检出。生前入水组与死后入水组各种脏器中藻类检出率差异显著(P<0.05)。20份经微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测的水中尸体肝脏样本中,使用本方法15份样本结果为阳性(包括1份硅藻阴性样本)。7种藻类DNA扩增结果为阳性。结论本文所建立的PCR法检测藻类16Sr DNA灵敏度高,可对多种溺死藻类同时检测,有较好的应用前景。

多拷贝Y-STR基因座在法庭科学领域的研究

Y-STR技术现已成为法庭科学领域重要的检验鉴定方法。目前单拷贝Y-STR基因座广受瞩目,然而,多拷贝Y-STR基因座在Y染色体上有2~4个拷贝,多态性更高,可望作为Y-STR鉴定的重要补充。迄今为止,已报道的多拷贝基因座达几十种,其中包含多个快速突变的基因座。利用各地的人群样本,国内外陆续开展了针对少数多拷贝基因座的遗传多态性研究,其中,国内的此类研究多集中于河南汉族人群,全面的研究工作仍待推进。现有的Y-STR复合扩增体系多数只包含2~3个多拷贝基因座,将大量多拷贝Y-STR基因座纳入复合扩增体系将可能提升系统的检验效能。本文从多拷贝Y-STR基因座的结构特点、突变特点、遗传多态性及复合扩增研究等多方面进行了综合评述,并提出了未来多拷贝Y-STR基因座的研究方向,为Y-STR技术更好地应用于法庭科学领域进行了初步探索。

甘孜藏族自治州彝族人群18个STR基因座的遗传多态性研究

目的研究18个STR基因座(D5S818、D8S1179、D7S820、CSF1PO、D2S1338、D3S1358、vWA、D21S11、D16S539、D12S391、PentaE、FGA、TPOX、TH01、D6S1043、D19S433、D18S51、D13S317)在四川甘孜藏族自治州(以下简称:甘孜州)彝族人群中的遗传多态性。方法应用荧光标记复合扩增技术,结合毛细管电泳技术对甘孜州538名彝族无关个体的18个STR基因座进行遗传学分析研究。结果 538名甘孜州彝族个体在18个STR基因座上,共检出204种等位基因,788种基因型,其分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),等位基因频率在0.0001~0.5158之间。18个基因座的杂合度(H)在0.6301~0.8866之间,匹配概率(Pm)在0.0198~0.1855之间,个体识别概率(DP)在0.8145~0.9802之间,多态信息含量(PIC)在0.5810~0.8950之间,累积个体识别率(TDP)大于0.999999999999999999999,累积三联体非父排除概率(CPEtri)为0.999999861,累积二联体非父排除率(CPEduo)为0.99997664。结论 18个STR基因座在甘孜州彝族人群中具有较好识别能力。

周口地区汉族人群26个Y-STR基因座的遗传多态性

为探讨26个Y-STR基因座在河南周口地区汉族人群中的法医学应用价值,本研究采用DNATyper Y26荧光标记复合扩增试剂盒,对来自河南周口地区不同区县的802名无关个体血样进行复合扩增、检测及分析,统计等位基因数量,并计算各法医学参数。802份血样共检出180个等位基因,等位基因频率分布为0.001~0.854,Y-STR基因座的基因多样性(GD)值分布为0.261~0.965,研究检出777种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.9999,试剂盒的系统分辨能力(DC)高达0.969。此外,在周口四个不同区县(商水、沈丘、西华、项城)分别统计得5、5、10、7个私有等位基因。综上,26个Y-STR基因座在河南周口人群中具有良好的遗传多态性,体现了DNATyper Y26试剂盒在群体遗传学及法医学研究方面广阔的应用前景。此外,本文提出的私有等位基因分析可在推断人员来源地域方面提供重要线索,未来有待深入研究。

甘肃地区东乡族人群18个STR基因座的遗传多态性

目的研究D5S818、D8S1179、D7S820、CSF1PO、D2S1338、D3S1358、vWA、D21S11、D16S539、PentaE、TPOX、TH01、D19S433、D18S51、FGA、D6S1043、D13S317、D12S391等18个短串联重复序列（short tandem repeats,STR）基因座在甘肃地区东乡族人群的遗传多态性。方法采用PCR扩增及毛细管电泳技术对615名甘肃地区东乡族个体18个STR基因座进行分析。结果 615名甘肃地区东乡族个体在18个STR基因座上,共检出213种等位基因,850种基因型,其分布均符合Hardy-Weinberg平衡（P〉0.05）,18个基因座的杂合度（H）在0.633～0.928之间,匹配概率（Pm）在0.013～0.205之间,个体识别概率（DP）在0.795～0.987之间,多态信息含量（PIC）在0.560～0.920之间,非父排除概率（PE）值在0.332～0.854之间。结论实验研究了甘肃地区东乡族人群18个STR基因座的遗传多态性,为人类群体遗传学及法医学后续研究提供详实可靠的基础数据。

稳定表达EGFRvIII的U87MG细胞株的建立与鉴定

目的:构建稳定表达表皮生长因子受体Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)的U87MG细胞株。方法:采用电转染方法将pcD-NA4/TO-EGFRvⅢ质粒导入U87MG细胞,加入zeocin筛选,进一步将细胞有限稀释并克隆化培养以建立稳定的转染细胞株。应用RT-PCR、Western blot及细胞免疫荧光染色方法鉴定稳定表达EGFRvⅢ基因的细胞株。结果:经RT-PCR鉴定发现V6号和V24号单克隆细胞株EGFRvⅢ基因mRNA水平高表达,进一步Western blot及细胞免疫荧光染色方法鉴定发现V6号细胞株EGFRvⅢ蛋白水平高表达。结论:成功建立了稳定表达EGFRvⅢ的U87MG细胞株,为进一步的抗肿瘤治疗及其机制研究提供基础。

DNA数据库批量检验样本录入的质控措施

规模化录入DNA数据库检验样本是公安机关DNA数据库维持与发展的重要技术支撑,有关检验过程具有批量化、标准化等特点,与物证DNA实验室中仅一或几件案件检材的小规模常规检验有所不同。本文结合检验DNA数据库大批量样本长期累积的经验,借鉴流水线生产的概念思路,总结了针对批量录入检验样本各相关步骤的质量控制措施,以期为数据库的质量保证以及检验标准和流程的确定与系统化提供参考。

DNATyper^(TM) 30六色荧光STR复合扩增冻干试剂的验证

本研究旨在测试DNATyper^(TM) 30冻干试剂的技术性能指标,评估其在法医学案件检验中的应用能力。制定测试方案,设置不同的存储条件和时间范围,通过检测标准DNA 9947A对冻干试剂的检出率、灵敏度、稳定性等方面进行测试,并使用案件样本对冻干试剂进行检测,同时将液体试剂和冻干试剂性能进行平行比对。结果显示,DNATyper^(TM) 30冻干试剂分型结果准确,可重复性好,具有较高的灵敏度(0.125 ng),对微量陈旧检材有很好的适应性,可常温状态下保存1个月以上。本研究表明DNATyper^(TM) 30冻干试剂可显著增加上样模板量、可延长试剂在常温下的保存时间、操作简单、灵敏度高,可满足微量DNA检测、试剂长途运输和常温携带的需要。

长春地区汉族人群24个Y-STR基因座的遗传多态性

目的调查吉林长春地区汉族24个Y-STR基因座的遗传多态性。方法用DNATyper^TMY24试剂盒对长春地区350个健康无关男性个体的唾液卡样本进行扩增及检测,该试剂盒包括24个Y-STR基因座(DYS389I/II,DYS390,DYS19,DYS385a/b,DYS391,DYS392,DYS393,DYS437,DYS448,DYS456,DYS458,DYS635,YGATAH4,DYS438,DYS439,DYS460,DYS447,DYS527a/b,DYS444,DYS522,DYS617)。结果24个Y-STR基因座的遗传差异度GD(geneticdiversity)值在0.395(DYS391)~0.960(DYS385a/b)之间,在350个健康无关男性个体中检出了343种单倍型,其中7种基因型分别检出两次,单倍型差异度(haplotypediversity,HD)值达到0.9995。结论所调查的24个Y-STR基因座对吉林长春地区汉族人群具有较好识别能力,可为相关研究提供基础数据。

基于二代测序技术的多源遗传标记检测体系的构建与验证

近年来,法医实践中对复杂亲缘关系的鉴定需求越来越多,需要联合多种遗传标记进行判断,如STR、X/Y遗传标记、SNP、线粒体DNA等。二代测序技术可以将多种遗传标记纳入一个检测体系中。本文报道了开发出的一套包含29个常染色体STR、36个Y-STR、32个X-STR、71个Y-SNP以及mtDNA全基因组的检测体系DNATyperTMNGSPanel v1.0。根据DNA分析方法科学工作组(SWGDAM)的验证指南,对该体系的重复性、准确性、一致性、灵敏度、混合样本、物种特异性等指标进行了评估。结果表明,该体系分型结果与毛细管电泳的一致性为99.72%,与ForenSeq™DNA Signature Prep Kit试剂盒相重合的基因座结果均完全一致。在0.5~10 ng DNA模板量范围内无等位基因丢失,而在0.25、0.125 ng时分别出现2、9个基因座的丢失。在男女混合比例为2:1时女性成分开始出现等位基因丢失,混合比例为9:1、4:1、2:1、1:1时,检出率分别为54.72%、81.13%、98.11%、100%,若男女混合比例为1:4则男性成分开始出现等位基因丢失,当混合比例为1:1、1:2、1:4、1:9时检出率分别为100%、100%、90.24%、82.93%。该体系对猪、牛、鼠、食蟹猴、恒河猴的DNA几乎没有扩增发生。因此,本体系的检测通量高,灵敏度和稳定性高,分型准确性和重复性好,对混合样本的检出能力较强。通过单次检测就可同时获得父系、母系相关的遗传信息,能有效提高个体识别能力和亲权鉴定效能。

“二元法”在混合基因型数据库比对应用中的效能估计

目的以随机模拟法进行"二元法"混合基因型数据库比对应用效能分析。方法利用随机模拟法产生1000万个无关个体样本,从中随机选取个体分别组合成10000个两人、三人和四人样本混合基因型。分别在13,15,17,19,20,21,22,23个常染色体STR检测系统上进行"二元法"混合基因型数据库比对应用效能比较分析。结果利用随机模拟算法构建的模拟随机个体数据库接近真实无关个体数据库。在最大23个STR基因座检测体系下,二、三和四样本混合DNA分型的数据库比中个体中位数分别为2、3和68,最大值为2、100和11323;在15个STR基因座时,中位数分别为2、336和12826,最大值为136、40100和517283。结论"二元法"在混合基因型的数据库搜索应用中具有一定的实践价值。

18个X-STR基因座在中国广东汉族的遗传多态性研究

为评估18个X-STR(chromosome X short tandem repeat, X-STR)基因座在法医物证学中的应用价值,收集中国广东汉族共398例无关个体(男性及女性样本各199例)血样,利用DNATyper?X19试剂盒对该人群进行遗传多态性调查。18个X-STR位点共检出148个等位基因,其基因频率在0.0013~0.7839之间,其中多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)最为丰富的基因座是DXS8377(PIC=0.9018)。个体识别能力(discrimination power, DP)在男、女群体中分别为0.5514~0.9845、0.3570~0.9090,累计个体识别能力(total discrimination power, TDP)在男女群体中均大于0.9999999999;平均排除概率(mean exclusion chance, MEC)在三联体及二联体中分别为0.3218~0.9018、0.2001~0.8276,在二联体案件中的累计平均排除概率为0.99999935325,在三联体案件中的累计平均排除概率为0.99999999897。结果表明DNATyper?X19试剂盒中所包含的18个X-STR累计平均排除概率可以满足案件检验需求,18个X-STR的基因频率数据可为X-STR检验提供数据支撑。

26个STR基因座在广东佛山汉族人群的遗传多态性

目的调查23个常染色体STR基因座及3个Y染色体STR基因座在广东佛山汉族中的等位基因分布,并探讨其法医学应用价值。方法对广东佛山汉族279例无关个体,分别采用EX20和VersaPlex 27PY试剂盒进行检测,以Genemapper ID-X软件进行分析,获取相关的统计数据资料。结果23个常染色体STR基因座的杂合度为0.5806~0.9247,匹配概率为0.0265~0.2228,个人识别率为0.7772~0.9735,多态信息含量为0.5385~0.8890,非父排除率为0.2683~0.8462。3个Y-STR基因座的遗传差异度在0.4957~0.8068之间。在150个无关男性个体中检出了92种单倍型,单倍型多样性为0.9914。结论23个常染色体STR基因座在广东佛山汉族人群中呈高度多态性,对法医学物证鉴定与研究有应用价值。3个Y-STR基因座在广东佛山人群具有一定的识别能力,可为相关研究提供基础数据。

DYS460核心重复序列异常探究

目的探究DYS460基因座因引物不同导致分型异常的原因。方法对DYS460基因座分型异常的样本,测序其DYS460所在区域,比较序列,查找分型异常原因。结果经比对分析,发现DYS460基因座序列中有相邻的两段[CTAT]重复序列,因引物选择扩增此两段重复序列的不同,分型结果就不一样。结论对于复杂重复序列的基因座分型,除应按照STR基因座通用命名标准外,还需考虑已有商品试剂盒的命名方式,若基因座包含两段完全相同的重复序列,尤须仔细甄别,确定通用的核心重复序列位置,并相应调整引物结合部位,使其目的片段及其等位基因标准品中只包含唯一的核心重复序列,从而避免因核心重复序列选择差异导致分型异常。

PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因在溺死鉴定中的应用

目的采用PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因,评估其在溺死鉴定中的应用价值。方法 60只实验兔随机分为生前溺死(水中溺毙)、死后入水(空气栓塞致死后入水)、对照组(空气栓塞致死后不做处理);溺死人体脏器组织;取各组织检材提取硅藻DNA,PCR扩增硅藻特异的核糖体小亚基(SSU)片段,用琼脂糖凝胶电泳检测、DHPLC检测分析。结果 6份硝酸消化法检测阴性的溺死人体器官组织检材经PCR及琼脂糖凝胶电泳检出5例阳性。生前溺死组肺、肝、肾硅藻检出率分别为100%、90%、85%,死后入水组仅肺检出硅藻(15%),对照组各组织均为阴性;生前溺死组检出率明显高于死后入水组(P<0.05)。10份溺死人体器官组织检材采用DHPLC法检出硅藻种类明显多于微波消解-扫描电镜法(P<0.05)。脏器检出硅藻种类与溺死点水样一致。结论采用PCR-DHPLC法检测硅藻SSU基因,有助于溺死鉴定和溺死地点的推断,具有法医学应用价值。

多系统联合分析在复杂亲缘关系鉴定中的应用评估

目的对公安部物证鉴定中心自主研发的4种DNA扩增试剂盒在复杂亲缘关系鉴定中的联合应用评估。方法使用公安部物证鉴定中心自主研发的DNATyper TM19C试剂盒、DNATyper TMY29试剂盒、DNATyper TMX19试剂盒和DNATyper TM25试剂盒检测收集的302份复杂亲缘关系样本,并将结果与使用市面上已推广使用的PowerPlex?21 System试剂盒的检测结果进行对比分析,以此评估此次4种研发试剂盒的实用性和可靠性。结果DNATyper TM19C试剂盒、DNATyper TMY29试剂盒、DNATyper TMX19试剂盒和DNATyper TM25试剂盒的检出率分别为95.7%(289/302)、57.4%(70/122)、61.1%(110/180)、94.4%(285/302);对于不同DNA浓度样品的检测,这4种试剂盒的检出情况有一定区别,且以DNATyper TM19C试剂盒效果最好;与只有20个常染色体基因座的PowerPlex?21 System试剂盒相比,DNATyper TM19C和DNATyper TM25这两种试剂盒包含40个常染色体基因座,累积二联体排除率(CPE)大于(1-2.44×10-14),且在样品基因座出现差异时,DNATyper TM19C试剂盒的检测结果为正确分型。此外,DNATyper TM19C试剂盒具有最好的性价比。结论 DNATyper TM19C和DNATyper TM25常染色体检验试剂盒在复杂亲缘关系的鉴定中具有良好的系统效能和经济效应,且与DNATyper TMY29及DNATyper TMX19性染色体检验试剂盒参数兼容,可联合使用,对检验结果进行验证和补充,值得推广应用。