基于WGCNA分析筛选c-MYC/Bcl-2重排弥漫大B细胞淋巴瘤的关键基因

目的:筛选c-MYC/Bcl-2重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164及GSE43677数据集,选择c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL数据为实验组、生发中心B细胞为对照组。采用R程序语言的limma包、WGCNA包及clusterProfiler包对获得的mRNA转录组数据进行差异表达分析、基因共表达变化分析、GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析。使用STRING数据库对差异表达基因(DEGs)进行蛋白互相作用网络分析,并使用Cytoscape软件内置的插件(包括CytoHubba及CytoNca插件)筛选核心基因。采用第二代高通量测序技术对IM-9细胞系及DOHH-2细胞系进行mRNA转录组测序,使用Read count值将核心基因进行配对样本t检验,筛选P值具有统计学意义的基因为疾病的核心基因。挑选部分关键基因使用Western Blot技术在蛋白层面进行验证。结果:差异分析共得到835个DEGs,WGCNA获得一个与c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL高度相关的模块(turquoise模块,cor=0.86,P值<0.05)。GO富集分析结果显示生物学进程BP共富集到1 437条,细胞组分CC富集到123条,分子功能相关MF富集到147条;KEGG富集到72条相关通路,主要与ECM受体相互作用、B细胞受体信号通路及PI3K-Akt信号通路等相关。STRING数据库中PPI网络共得到284个相互关联作用的蛋白质,通过Cytoscape软件进一步筛选,再通过二代高通量测序及蛋白验证得出COL1A1、COL3A1、COL1A2、MMP2、COL5A1、COL5A2、COL4A2、TIMP1、MMP9、POSTN、BGN、DCN、LUM为此类淋巴瘤的核心基因,影响此类淋巴瘤细胞生存、侵袭和迁移等。结论:使用生物信息学及基础实验相结合的方法探究与c-MYC/Bcl-2重排的DLBCL淋巴瘤细胞致病或侵袭迁移等相关的关键基因,为更深入地探索此类淋巴瘤发生发展机制及寻找相关靶向药物提供理论依据。

免疫衰老影响老年人重型新型冠状病毒肺炎发病机制的研究进展

免疫衰老是免疫系统随年龄增长而发生最为显著的改变。免疫衰老与感染性疾病、自身免疫性疾病和恶性肿瘤等存在密切关系,且导致老年人在感染SARS-CoV-2后,容易进展成为重型新型冠状病毒肺炎(COVID-19)。免疫衰老通过先天性免疫系统和适应性免疫系统,改变免疫细胞数量、表型及功能,造成免疫系统功能障碍和炎症反应失衡,增加老年患者的死亡风险和预后不良事件。通过分析免疫衰老与重型COVID-19之间的关系,有助于发现老年重型COVID-19的有效治疗方法,改善老年患者的生存及预后。

导向钻进非开挖铺管技术在铺设光缆工程中的应用

结合工程实例 ,对导向钻进非开挖铺管技术有关导向孔的设计、施工技术方法进行了阐述 ,并对利用此技术长距离穿越河流铺设光缆施工中遇到的技术难点及采取的措施进行了总结。

螺杆钻定向钻进技术在处理事故孔中的应用

结合工程实例,对螺杆钻定向钻进技术应用于处理事故孔时的设计、施工进行了详细阐述。特别对螺杆钻在造斜钻进时的钻进工艺、形成分支孔时采取的技术措施进行了总结。

大口径非开挖铺管技术的施工工艺

介绍了采用非开挖技术铺设大口径钢管的施工环节。通过在鞍钢施工的实例 ,详细阐述了这种人工挖土、管内运土。

尾矿坝水平排渗井工程施工技术

结合工程实例 ,对尾矿坝水平自流排渗井工程的施工设备、施工方法进行了阐述。

间充质细胞源性骨肉瘤中关键分子标志物鉴定及药物敏感性分析

背景:骨肉瘤发病机制复杂,预后较差,随着医疗技术的发展,其5年生存率有所改善,但仍未取得实质性进展。目的:筛选骨肉瘤中关键分子标志物,分析其与骨肉瘤治疗药物之间的关系,并从分子水平探讨骨肉瘤可能的疾病机制。方法:从基因表达谱数据库中获取GSE99671和GSE28425(miRNA),对GSE99671进行差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)。利用基因本体学(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分别对差异表达基因和与疾病正相关性最高的模块基因进行功能富集分析。将上述模块基因与差异表达基因取交集作为关键基因,构建蛋白质相互作用网络,使用CytoScape软件对关键基因进行相关性分析,筛选枢纽基因(Hub基因)。使用GSE28425数据集对Hub基因进行外部验证,同时对Hub基因进行文本验证。使用CellMiner数据库对Hub基因进行药物敏感性分析,依据关联系数的绝对值|R|>0.3,P<0.05作为阈值进行筛选。结果与结论:(1)差异表达分析获得529个差异表达基因,其中177个表达上调,352个表达下调;WGCNA分析共得到592个与骨肉瘤相关性最高的基因;(2)GO富集结果显示骨肉瘤的发生发展可能与细胞外基质、骨细胞的分化与发育、人体的免疫调控、胶原蛋白的合成与分解相关;KEGG富集结果显示PI3K-Akt信号通路、焦点黏附信号通路、免疫应答等参与骨肉瘤疾病的发生;(3)交集结果显示,共获得59个关键基因,经蛋白质相互作用网络分析,筛选得到8个Hub基因,分别为LUM、PLOD1、PLOD2、MMP14、COL11A1、THBS2、LEPRE1、TGFB1,且均为表达上调;(4)外部验证发现调控Hub基因的miRNA明显下调,其中hsa-miR-144-3p和hsa-miR-150-5p的下调最为显著;文本验证结果显示Hub基因的表达与既往研究基本一致;(5)药物敏感性分析发现甲氨蝶呤、异环磷酰胺、帕博西尼的活性与PLOD1、PLOD2、MMP14的mRNA表达呈负相关关系;而唑来膦酸、雷帕霉素的活性与PLOD1、LUM、MMP14、PLOD2、TGFB1的mRNA表达呈正相关关系,提示唑来膦酸和雷帕霉素有望成为骨肉瘤的潜在治疗药物,但仍需进一步基础实验和临床研究加以验证。