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MCM-22型分子筛中苯分子吸附行为的分子动力学模拟 被引量:16
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作者 侯廷军 朱丽荔 +2 位作者 徐筱杰 计明娟 叶学其 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第8期701-707,共7页
用分子动力学方法研究了纯硅 MCM-22型分子筛(ITQ-1)中苯分子的吸附行为.计算结果 表明,模拟采用刚性骨架或柔性骨架对苯分子的扩散系数并没有大的差别,这表明在较低吸附值 的情况下,分子筛骨架的柔性对苯分子吸附和... 用分子动力学方法研究了纯硅 MCM-22型分子筛(ITQ-1)中苯分子的吸附行为.计算结果 表明,模拟采用刚性骨架或柔性骨架对苯分子的扩散系数并没有大的差别,这表明在较低吸附值 的情况下,分子筛骨架的柔性对苯分子吸附和扩散并没有产生大的影响.从吸附质的分子运动轨 迹上看,苯分子的扩散和吸附主要发生在12元环超笼内,而通过10元环窗口从一个超笼扩散到 附近的超笼时则需要较高的激发能量.在吸附质的运动过程中,S1位点和S2位点附近成对苯分 子之间会产生较强的π-π堆积力,为了使体系在能量上处于最佳,吸附质之间在运动上会保持很 强的协同效应. 展开更多
关键词 ITQ-1 分子动力学 扩散 TCM-22分子筛 吸附
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EGFR和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间相互作用模式的研究 被引量:10
2
作者 侯廷军 朱丽荔 +1 位作者 陈丽蓉 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期1023-1028,共6页
采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自... 采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能 .在MM PBSA计算中 ,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion Boltzmanne (PB)方程的方法得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算 (SA)的方法得到 .计算表明 ,在四种结合模式下 ,表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别 .在最佳的相互作用模式中 ,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部 ,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用 .抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met 76 9上的NH形成稳定的氢键 ,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键 .同时 ,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用 . 展开更多
关键词 EGFR 4-苯胺喹唑啉类抑制剂 相互作用模式 MM/PBSA 分子动力学 结合自由能 表皮生长因子受体 药物设计 抗癌药物
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中药有效成分三维结构数据库的开发和研究 被引量:18
3
作者 侯廷军 乔学斌 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第10期1788-1792,共5页
介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可... 介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可以交互式地实现多种分子特征的查询以及二维子结构的查询查询得到的分子可以直接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析.该数据库系统和我们科研组开发的北京大学药物设计系统以及中草药信息、系统构成了完整的基于中药的药物设计系统该系统已经用于NS3-NS4A蛋白酶抑制剂以及其它本系的研究并取得了很好的结果. 展开更多
关键词 中药 有效成分 数据库 三维结构 子结构匹配 北京大学 药物设计系统
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MCM—22型分子筛中苯分子吸附行为的蒙特卡罗模拟研究 被引量:12
4
作者 侯廷军 朱丽荔 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第10期1216-1220,共5页
用巨正则统计系综蒙特卡罗模拟方法研究了纯硅MCM-22型分子筛(ITQ-1)中苯分子的吸附行为.结果表明苯分子在ITQ-1型分子筛中主要存在4个吸附位点.从苯分子粒子分布云图上可以看到苯分子的扩散和吸附主要在12元环超笼内发生.在苯分子的扩... 用巨正则统计系综蒙特卡罗模拟方法研究了纯硅MCM-22型分子筛(ITQ-1)中苯分子的吸附行为.结果表明苯分子在ITQ-1型分子筛中主要存在4个吸附位点.从苯分子粒子分布云图上可以看到苯分子的扩散和吸附主要在12元环超笼内发生.在苯分子的扩散过程中,S2位置附近的苯分子分布较为集中,而S3和S4附近的苯分子分布则较为离散.苯分子通过10元环窗口的运动路径势能面的计算结果表明,苯分子在12元环超笼内可以较为自由迁移,而通过10元环窗日从一个超笼扩散到附近的超笼时则需要较高的激发能量,这个能量大约为100kJ/mol. 展开更多
关键词 ITQ-1分子筛 蒙特卡罗模拟 吸附 扩散
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金属硫蛋白溶液聚合状态的研究 被引量:6
5
作者 侯廷军 安钰 +2 位作者 毕汝昌 茹炳根 徐筱杰 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2000年第1期82-84,共3页
In this paper, the naturally occurred polymerization for rabbit metallothionein monomers has been studied in different milieu, while leaves out the aggregation caused by the oxidation of cysteine, since the latter cir... In this paper, the naturally occurred polymerization for rabbit metallothionein monomers has been studied in different milieu, while leaves out the aggregation caused by the oxidation of cysteine, since the latter circumstance was the result of purification lapsus. After the purification of metallothionein monomers, dynamic light scattering technique is used to detect the polymerized states of rabbit liver metallothionein Ⅰ and Ⅱ in different buffers, which is the first systematical detection of polymerized states of MTs in solutions. The effects of different factors contributing to methothionein aggregations have been investigated by computational simulations. The calculation results showed that the metallothionein polymerization would be regulated by many factors including electrostatic interactions, hydrophobic interactions and different ions in buffers. A molecular recognition mechanism of MTs polymerization in solutions is proposed on the bases of experimental results and theoretical calculations. 展开更多
关键词 金属硫蛋白 分子识别 聚合状态 蛋白质溶液
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大鼠金属硫蛋白晶体堆积形式的理论研究 被引量:5
6
作者 侯廷军 安钰 +1 位作者 茹炳根 徐筱杰 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第2期271-274,共4页
考虑到蛋白质在结晶过程中溶液和晶体之间的动态平衡 ,蛋白质在溶液中的聚合状态决定了晶体堆积的最小单元 .通过动态光散射实验以及计算机模拟 ,对大鼠金属硫蛋白亚型 和兔肝金属硫蛋白亚型 和 的聚合物形式进行了比较 ,可以确定大... 考虑到蛋白质在结晶过程中溶液和晶体之间的动态平衡 ,蛋白质在溶液中的聚合状态决定了晶体堆积的最小单元 .通过动态光散射实验以及计算机模拟 ,对大鼠金属硫蛋白亚型 和兔肝金属硫蛋白亚型 和 的聚合物形式进行了比较 ,可以确定大鼠金属硫蛋白亚型 在结晶条件下的缓冲液中应该以四聚体而不是二聚体形式存在 .通过考察晶体的模型也可以发现 ,晶体的确可以通过四聚体的形式堆积得到 。 展开更多
关键词 金属硫蛋白晶体 二聚体 三聚体 四聚体 X射线晶体学 大鼠 堆积形式 结构测定
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胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂结合自由能的预测 被引量:4
7
作者 侯廷军 朱丽荔 +2 位作者 章威 乔学斌 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期1116-1121,共6页
用基于线性响应近似的自由能预测方法计算胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合自由能 .计算结果表明 ,单参数 ,双参数和三参数模型具有相似的线性回归系数 ,但三参数和双参数模型的交互验证回归系数要明显优于单参数模型 .从预测能力来看 ,... 用基于线性响应近似的自由能预测方法计算胰蛋白酶和苯酰氨类抑制剂的结合自由能 .计算结果表明 ,单参数 ,双参数和三参数模型具有相似的线性回归系数 ,但三参数和双参数模型的交互验证回归系数要明显优于单参数模型 .从预测能力来看 ,双参数模型和三参数模型都能够很好地预测测试集中抑制剂的结合自由能 ,其中双参数模型预测的结果要略优于三参数模型的预测结果 .对测试集中的抑制剂 ,双参数模型预测得到的预测自由能和实际自由能之间平均绝对误差仅为 1.15kJ mol.自由能计算模型以及分子动力学轨迹能很好地解释抑制剂结构和活性的关系 。 展开更多
关键词 结合自由能 预测 线性响应近似 胰蛋白酶 苯酰氨类抑制剂 分子动力学 药物设计
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比较分子场分析方法研究的最新进展 被引量:26
8
作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2001年第6期436-440,共5页
比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分... 比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分子场变量的选取等等。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年Co MFA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对 Co 展开更多
关键词 比较分子场分析 药物设计 三维定量构效关系 遗传算法 药物活性 结构
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遗传算法在计算机辅助药物分子设计中的应用 被引量:11
9
作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第1期35-41,共7页
作为一种重要的启发式优化算法 ,遗传算法在计算机辅助药物分子设计中得到了广泛的应用。本文介绍了遗传算法的基本概念以及工作原理 ,同时结合作者科研组的工作 ,就遗传算法在定量构效关系、构象分析、药效团模拟。
关键词 遗传算法 计算机辅助药物分子设计 工作原理 定量构效关系 构象分析 药效团模拟 分子对接 虚拟组合化学 启发式优化算法
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基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法 被引量:8
10
作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第2期153-158,共6页
近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Bol... 近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 连续介质模型 自由能 计算方法 MM/PBSA 药物分子设计 计算机辅助设计 去溶剂化能 熵效应
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三种金属硫蛋白动力学稳定性的理论研究 被引量:3
11
作者 侯廷军 安钰 +1 位作者 茹炳根 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第3期221-225,共5页
对三类金属硫蛋白 (大鼠金属硫蛋白亚型II,兔肝金属硫蛋白亚型I和兔肝金属硫蛋白亚型II)的单体和二聚体进行了水溶液条件下的分子动力学模拟.其中大鼠金属硫蛋白亚型II的结构直接来自于晶体数据 ,兔肝金属硫蛋白亚型I和II的结构则通过... 对三类金属硫蛋白 (大鼠金属硫蛋白亚型II,兔肝金属硫蛋白亚型I和兔肝金属硫蛋白亚型II)的单体和二聚体进行了水溶液条件下的分子动力学模拟.其中大鼠金属硫蛋白亚型II的结构直接来自于晶体数据 ,兔肝金属硫蛋白亚型I和II的结构则通过同源蛋白模型搭建.动力学模拟的结果显示,这三种单体在水溶液中都具有相当大的柔性 ,柔性主要来源于柔性区的氨基酸残基.三类金属硫蛋白单体的动力学模拟均表明α结构域的动力学稳定性都要优于 β结构域.从主链的坐标均方根偏差可以看到,二聚体的动力学稳定性要明显优于单体 ,这主要因为在形成二聚体后柔性区域残基的构象空间受到了一定的限制. 展开更多
关键词 分子动力学 金属硫蛋白 动力学稳定性 结构
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芳香类化合物在ITQ-1分子筛中吸附特性的蒙特卡罗模拟 被引量:2
12
作者 侯廷军 朱丽荔 +2 位作者 徐筱杰 计明娟 叶学其 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2001年第2期230-233,共4页
用巨正则统计系综蒙特卡罗模拟研究了苯、甲苯以及间二甲苯分子在ITQ 1分子筛中的吸附特性 .从这 3种分子的粒子分布云图上 ,可发现分子的扩散和吸附主要在十二元环超笼内发生 ,在十元环通道内的吸附和扩散则相对较难 .从一系列不同压... 用巨正则统计系综蒙特卡罗模拟研究了苯、甲苯以及间二甲苯分子在ITQ 1分子筛中的吸附特性 .从这 3种分子的粒子分布云图上 ,可发现分子的扩散和吸附主要在十二元环超笼内发生 ,在十元环通道内的吸附和扩散则相对较难 .从一系列不同压力下的蒙特卡罗模拟还预测了 3种分子的吸附等温线 ,预测结果与实验结果相符 .这 3种分子在一定压力下 ,都可通过十元环通道或连接十二元环超笼的十元环窗口到达分子筛孔道内部 ,达到较好的吸附平衡状态 . 展开更多
关键词 巨正则统计系综蒙特卡罗模拟 ITQ-1分子筛 吸附 芳香类化合物
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三种金属硫蛋白聚合物静电效应的研究 被引量:2
13
作者 侯廷军 李有勇 +3 位作者 徐筱杰 安钰 茹炳根 毕汝昌 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第3期313-318,共6页
考察了三种金属硫蛋白(大鼠金属硫蛋白亚型Ⅱ,兔肝金属硫蛋白亚型Ⅰ和兔肝金属硫蛋白亚型Ⅱ)的单体、二聚体和三聚体在pH为5.6~8.5和10.6两种缓冲条件下的静电势分布.其中大鼠金属硫蛋白亚型Ⅱ的结构直接来自于晶体数据,兔肝金属硫蛋... 考察了三种金属硫蛋白(大鼠金属硫蛋白亚型Ⅱ,兔肝金属硫蛋白亚型Ⅰ和兔肝金属硫蛋白亚型Ⅱ)的单体、二聚体和三聚体在pH为5.6~8.5和10.6两种缓冲条件下的静电势分布.其中大鼠金属硫蛋白亚型Ⅱ的结构直接来自于晶体数据,兔肝金属硫蛋白亚型Ⅰ和Ⅱ的结构则通过同源蛋白模型搭建.三种金属硫蛋白的静电势通过有限差分方法求解Poisson-Boltzmann方程得到.对于三种金属硫蛋白的二聚体,pH为5.6~8.5时,单体和单体之间的静电势分布具有明显的互补性;但pH≥10.6时,这种互补性会大大削弱.对于三种金属硫蛋白的三聚体,单体和二聚体之间主要表现为静电排斥,而且pH在10.6下的静电排斥力明显强于pH为5.6~8.5时的静电排斥. 展开更多
关键词 金属硫蛋白 静电势 同源蛋白模型搭建 聚合形式
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取代基对苯腈类低聚物几何及电子特征的影响(英文) 被引量:2
14
作者 侯廷军 李有勇 +2 位作者 何元康 陈慧英 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第10期886-891,共6页
用半经验量化计算研究了一系列苯腈类低聚合物的几何结构及其电子特征 .苯腈类低聚合物几何结构的计算采用半经验量子化学计算和分子力学构象分析相结合的方法,而电子特征则的计算采用 ZINDO/S-CI方法 .取代基包括甲氧基、甲基、羟基... 用半经验量化计算研究了一系列苯腈类低聚合物的几何结构及其电子特征 .苯腈类低聚合物几何结构的计算采用半经验量子化学计算和分子力学构象分析相结合的方法,而电子特征则的计算采用 ZINDO/S-CI方法 .取代基包括甲氧基、甲基、羟基、氨基、氟和硝基 .它们在苯环上可以采用邻位、间位和对位三个取代位置 .计算结果表明,不同的基团在苯环上采用不同的取代位置时,低聚物的构象会存在一定的差别,而且电性会随着基团的得失电子能力和取代位置呈现出有规律的变化 . 展开更多
关键词 苯腈类低聚物 半经验量子化学计算 几何结构
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MMP-2和Hydroxamate类抑制剂绝对自由能的计算 被引量:2
15
作者 侯廷军 章威 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期221-227,共7页
采用基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类hydroxamate抑制剂和MMP 2的绝对结合自由能 .计算中 ,催化锌离子和MMP 2以及配体之间采用了非键模型 .分子动力学模拟结果显示 ,采用非键模型时 ,催化Zn离子采用五配位的形式 ,但配位... 采用基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类hydroxamate抑制剂和MMP 2的绝对结合自由能 .计算中 ,催化锌离子和MMP 2以及配体之间采用了非键模型 .分子动力学模拟结果显示 ,采用非键模型时 ,催化Zn离子采用五配位的形式 ,但配位键的形式和初始结构比较有很大的差别 .通过拟合 ,分别得到了单参数、双参数以及三参数的自由能预测模型 ,其中 ,含有常数校正项的三参数模型具有最佳的预测能力 ,预测自由能和实际自由能之间平均绝对误差仅为 2 .38kJ/mol. 展开更多
关键词 线性响应近似 结合自由能 hydroxamate抑制剂 MMP-2 分子动力学 抗癌药物 药物设计
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Y型分子筛中苯分子定域和流动性的蒙特卡罗模拟研究 被引量:1
16
作者 侯廷军 刘辉 +4 位作者 黄晓葳 刘兴云 徐筱杰 计明娟 叶学其 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第9期1004-1008,共5页
用巨正则蒙特卡罗模拟方法研究了NaY分子筛中苯的扩散性质.结果表明,在苯分子的扩散过程中,钠Y分子筛中存在两个不同的吸附位点.并且,通过高吸附值下这两个吸附位点附近苯分子粒子分布云图的分析,可以发现这两个吸附位点附近的苯分子具... 用巨正则蒙特卡罗模拟方法研究了NaY分子筛中苯的扩散性质.结果表明,在苯分子的扩散过程中,钠Y分子筛中存在两个不同的吸附位点.并且,通过高吸附值下这两个吸附位点附近苯分子粒子分布云图的分析,可以发现这两个吸附位点附近的苯分子具有不同的迁移特性,位点C附近的苯分子基本上是定域的,但位点W附近的苯分子则分散在一个相对较广的区域内,可以在超笼内从一个位点迁移到另一个位点. 展开更多
关键词 Y分子筛 催化剂 NAY分子筛 GCMC 吸附
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丙型肝炎病毒抑制剂的三维药效团和构效关系 被引量:1
17
作者 侯廷军 吴增茹 +4 位作者 廖宁 李正 骆宏鹏 汪家权 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第3期196-201,共6页
通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模... 通过CATALYST软件包得到了两类HCVNS3丝氨酸蛋白酶抑制剂的三维药效团模型.尽管这两类抑制剂具有完全不同的骨架结构,但得到的药效团却具有共同的特性.这表明当这两类抑制剂和受体发生相互作用时,可能采用了相似的结合模式.根据药效团模型,进行了三维构效关系的研究.结果表明 ,得到的药效团模型具有很好的预测能力 (线性回归系数R=0.89). 展开更多
关键词 丙肝病毒抑制剂 药效团模型 三维构效关系
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Hydroxamate类抑制剂与MMP—2的分子对接研究 被引量:1
18
作者 侯廷军 章威 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第8期1184-1189,共6页
通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基... 通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基能形成很好的几何匹配,从而可以产生很强的范德华和疏水相互作用.模拟结果也表明,两个抑制剂和MMP-2之间分别能形成5个和8个氢键,抑制剂B比A活性更高的原因就是能够形成更加有利的氢键作用模式.在整个模拟过程中,催化锌都能保持好的五配位形式,配位键的长度也处于稳定的状态.预测得到的MMP-2和其抑制剂的相互作用模式对于全新抑制剂的设计提供了非常重要的结构信息. 展开更多
关键词 GELATINASE-A MMP-2 分子动力学 分子对接 hydroxamate抑制剂 金属蛋白酶 药物设计 抗癌药物
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基于原子表面的蛋白质水合自由能预测模型
19
作者 侯廷军 章威 +2 位作者 黄钦 乔学斌 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第8期723-726,共4页
提出了一种计算蛋白质水合自由能的简化模型(SAWSA2).模型把蛋白质分子中的原子分为20种不同的原子类型,通过每类原子的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数,就可以得到分子的水合自由能.不同原子类型的溶剂化参数通过110个蛋白质分子... 提出了一种计算蛋白质水合自由能的简化模型(SAWSA2).模型把蛋白质分子中的原子分为20种不同的原子类型,通过每类原子的溶剂可及化表面以及相应的溶剂化参数,就可以得到分子的水合自由能.不同原子类型的溶剂化参数通过110个蛋白质分子水合自由能拟合得到,水合自由能的标准值采用了基于求解Possion-Boltzmann方程(PB)以及分子表面计算(SA)相结合的方法.采用得到的模型,预测了20个蛋白质分子的水合自由能,预测值的相对值和绝对值都能和PB/SA的计算值很好地吻合,大大优于两种已报导的水合自由能模型. 展开更多
关键词 原子表面 蛋白质 水合自由能 预测模型 分子表面模型 溶剂效应 蛋白质
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金属硫蛋白聚合中阳离子作用机制的研究
20
作者 侯廷军 安钰 +2 位作者 廖宁 茹炳根 徐筱杰 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第4期356-361,共6页
It has been proven by experiments that cations play a very important role in metallothioneins polymerization. In this paper, three kinds of metallothioneines including MT-Ⅱfrom rat liver, MT-Ⅰand MT-Ⅱfrom rabbit ha... It has been proven by experiments that cations play a very important role in metallothioneins polymerization. In this paper, three kinds of metallothioneines including MT-Ⅱfrom rat liver, MT-Ⅰand MT-Ⅱfrom rabbit have been investigated.From the analyses of electrostatic potential, two binding sites of cations can be determined:The first one is located between the dimer interface; the other one is located in the negative electrostatic potential hole.The binding capacity between two monomers in a dimer can be regulated by these cations to some extent. 展开更多
关键词 金属硫蛋白 静电势 负电势孔值 阳离子 二聚体
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