中国德尔卑沙门菌耐药及群体遗传特征初步分析

目的分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性,初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征,发现可能的传播规律或潜在传播途径,为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法对201株德尔卑沙门菌进行16种抗生素的药物敏感性试验,并对所有菌株进行全基因组测序。最后结合公开数据库中的134株德尔卑沙门菌基因组序列,对335株德尔卑沙门菌进行耐药基因型别和多位点序列分型(MLST)分析,并构建基于核心基因组单核苷酸多态性的系统发育树进行遗传进化分析。结果201株德尔卑沙门菌对16种抗生素呈现不同程度的耐药,总耐药率为97.51%。不同来源(人、动物、食品)的德尔卑沙门菌对不同种类抗生素耐药率差异有统计学意义(均P<0.05)。335株德尔卑沙门菌携带耐药基因38种,磷霉素类耐药基因fosA7携带率为100.00%,氨基糖苷类耐药基因aac(6')-Iaa携带率为99.70%。不同种类抗生素耐药基因和耐药表型一致性存在差异,除氨基糖苷类和氯霉素类,其他种类抗生素一致性较好。MLST显示,334株德尔卑沙门菌为ST40型。系统发育树显示存在动物和人、食品和人之间交叉感染的风险以及动物带菌远距离跨省播散的可能,但还需要进一步的流行病学研究。结论我国德尔卑沙门菌耐药形势严峻,并且存在交叉传播的风险,提示应加强综合监测及风险评估,防止耐药菌株及耐药元件在动物、食品、人链条中的播散。

基于基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术的快速沙门菌血清型分型

目的应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对常见沙门菌血清型进行鉴定,为临床早期精确治疗提供病原学依据。方法收集不同地区来源的500株菌株,采用血清凝集及基因组测序方法确定5种临床常见的沙门菌(包括伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、印第安纳沙门菌)血清型,提取菌株的蛋白复合物,进行图谱采集,构建肽指纹图谱数据库,利用不同模块算法建立沙门菌血清分型方法,然后用155株测试菌株评价该分型方法的准确性。结果建立了5种沙门菌血清型MALDI-TOF MS数据库,在此基础上建立基于匹配算法和基于神经元卷积网络机器学习方法的2种沙门菌血清型分型方法,通过测试菌株分别评价2种分型方法的鉴定效果,发现基于匹配算法的MALDI-TOF MS能够快速识别、鉴定5种临床常见的沙门菌血清型,对沙门菌血清型鉴定的准确率可达100.00%,分型的敏感性及特异性均达100.00%。而且,该分型方法用时短(15~20 min)、重复性好。而基于机器学习的方法不能准确区分不同的血清型,分型的敏感性及特异性分别为82.23%和95.81%。结论本研究建立的基于MALDI-TOF MS技术的沙门菌血清分型方法能够简便、快速、准确地进行临床常见沙门菌血清分型。

沙门菌主要血清型标准菌株的筛选鉴定

目的依据《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022),获得8种沙门菌主要血清型标准株,并建立标准株筛选主要流程。方法分别对原代及传代沙门菌菌株进行形态学观察、生化试验及基因组测序分析,获得形态及生化典型、基因组稳定的标准菌株。结果从24株沙门菌中筛选获得8株分属8种血清型(伤寒沙门菌、甲型副伤寒沙门菌、乙型副伤寒沙门菌、丙型副伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、单相鼠伤寒沙门菌、猪霍乱沙门菌)的菌株,这8株菌在沙门菌推荐用选择性培养基上形态典型,生化反应典型,传代后基因组变异较小,血清凝集结果稳定,可以作为沙门菌检验的参比菌株。结论本研究通过筛选获得具有相应血清型病原特征的8种沙门菌主要血清型标准株,可作为沙门菌检测、血清分型质控、基因组进化分析的参比菌株,并为后续核酸标准品的研制提供基础。

广西壮族自治区玉林市健康人携带单相鼠伤寒沙门菌耐药及分子遗传特征研究

目的了解广西壮族自治区玉林市健康人携带的单相鼠伤寒沙门菌的耐药情况及菌株间的同源性。方法对2021—2022年分离自健康饮食从业人群的147株单相鼠伤寒沙门菌进行血清学鉴定,采用微量肉汤稀释法进行16种药物的敏感性试验,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型及聚类分析,同时进行全基因组测序及多位点序列分型分析。结果单相鼠伤寒沙门菌普遍耐药,耐药菌株占98.64%,对链霉素的耐药率最高(96.60%),其次为氨苄西林和四环素(均为91.16%)。多重耐药率高达85.71%,主要耐药谱为氨苄西林–链霉素–四环素三重耐药。147株菌分为132种PFGE带型,研究发现成簇菌株存在,但菌株基因组遗传差异较大。核心基因组进化树分析提示存在3起聚集。多位点序列分型显示,序列型ST34占绝对优势(96.60%)。结论玉林市健康人携带单相鼠伤寒沙门菌耐药严重,菌株具有明显的遗传多样性,存在潜在暴发风险,提示应加强重点人群健康监测及暴露危险因素的调查,降低该耐药新血清型沙门菌扩散风险。