基于高通量测序技术分析家兔感染猪瘟兔化弱毒株后脾脏的转录组学变化

本研究基于高通量测序技术对感染猪瘟兔化弱毒株(C株)后0h,12h,24h,30h,36h,48h的家兔脾脏组织进行测序,以家兔基因组作为参考,筛选感染后各时间点和对照组(0h)之间的差异基因。利用Uniprot和NCBI数据库查找各组中变化水平显著的前10个差异基因的生物学功能。结果发现,感染后12h,24h,30h的前10个差异基因只有少数与炎症、免疫、凋亡等相关;感染后36h,48h的前10个差异基因完全相同,其中B2M、RLA-DR-ALPHA、CD74和IGJ参与抗病毒过程。GO功能注释结果显示:感染后各时间点的差异基因都和免疫、代谢、调控途径紧密相关。KEGG通路富集分析发现,感染后24h的差异基因富集到RIG-I样受体信号通路,感染后30h的差异基因富集到黏着斑和细胞外基质-受体相互作用通路,感染后36h和48h的差异基因共同富集到的通路有20个,其中蛋白酶体,溶酶体,核糖体,趋化因子信号通路,B细胞受体信号通路,抗原加工提呈通路和FcγR介导的吞噬通路与抗病毒相关。本研究建立的家兔感染C株后脾脏组织的差异表达基因数据库,将为进一步阐述家兔适应C株的分子机制奠定基础。

猪瘟病毒核心蛋白研究进展

核心蛋白是猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)的结构蛋白之一,除了构成病毒核衣壳保护内部的基因组RNA外,还参与转录调节,并可和多种宿主蛋白相互作用,在病毒感染过程中发挥重要作用。本文结合当前对CSFV核心蛋白的无序性,结构特点,功能特点,以及和病毒的非结构蛋白NS3、NS5B,宿主蛋白SUBMO-1、UBC9、OS9、IQGAP1相互作用的研究,综述了CSFV核心蛋白在猪瘟病毒致病力、毒力和基因组RNA复制中发挥的重要作用,以期为CSFV核心蛋白的进一步研究提供参考。