甘肃马鹿(Cervus elaphus kansuensis)转录组SSR和SNP特征分析

甘肃马鹿(Cervus elaphus kansuensis)是中国特有马鹿亚种之一,目前其种群退化比较严重。本研究应用现代分子生物学技术对其SSR和SNP标记特征进行分析,旨在为甘肃马鹿的遗传保护、种群改良、分子辅助育种等奠定基础。本研究采集3只甘肃马鹿快速生长期的鹿茸,对其生长中心进行转录组测序,数据经过滤后分别利用MISA软件和GATK软件对甘肃马鹿SSR和SNP位点进行检索,并分析其特征。结果显示,甘肃马鹿转录组19696条Unigenes中分别检索到4245个SSR位点和298690个SNP位点。SSR包括6种重复类型,主要集中在单碱基、二碱基和三核苷酸重复类型,占总SSR的98.85%,六核苷酸重复数目最少,只有4个,仅占总SSR的0.09%。甘肃马鹿SNP中转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的65.77%和34.23%。转换类型中A/G发生频率略高于C/T;颠换类型中A/C发生频率最高,G/T发生频率最低。本研究鉴定了大量甘肃马鹿的SSR和SNP位点,丰富了甘肃马鹿分子标记,对甘肃马鹿种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。