活化的大鼠肝星状细胞赖氨酸乙酰化蛋白质组学分析

目的对活化的大鼠肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)进行赖氨酸乙酰化(lysine acetylation,Kac)蛋白质组学分析。方法于清洁级雄性SD大鼠中提取并培养原代HSCs,分为对照组(培养<2天)和活化组(培养≥10天)。对两组细胞进行裂解,iTRAQ/TMT标记后的成对肽段样品采用乙酰化抗体进行亲和富集,应用高分辨率LC-MS/MS技术进行质谱鉴定。最后对质谱鉴定的乙酰化蛋白质进行生物信息学分析。结果应用LC-MS/MS技术、GO注释和KEGG通路等生物信息学分析方法,共确定309种蛋白质中的470个Kac位点。对其中150个蛋白质的231个Kac位点进行肽段定量研究,与静息的HSCs相比,在活化的HSCs中有109个蛋白质的乙酰化肽段数目增加,18个蛋白质的乙酰化肽段数目减少,并涉及多种GO分类和KEGG通路。乙酰化蛋白质广泛定位于胞质(38.1%)和线粒体(30.2%)。基于GO富集的聚类分析显示Kac位点主要与能量代谢相关;基于KEGG通路的聚类分析显示这些蛋白质广泛参与三羧酸循环,与线粒体关系密切。结论首次对HSCs的Kac蛋白质进行质谱分析,并对发生乙酰化的蛋白质位点进行量化鉴定,为揭示蛋白质乙酰化在HSCs活化过程中的作用提供了一定的基础,并为抑制肝纤维化提供了潜在的分子靶标。

同位素标记相对与绝对定量技术筛选出Vinculin蛋白在进展期胃癌组织中低表达及其预后意义

目的应用同位素标记相对与绝对定量蛋白组学(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术鉴定和筛选进展期胃癌复发转移相关的差异蛋白;检测筛选出的目标蛋白Vinculin表达水平及其预后意义。方法应用iTRAQ技术在正常胃黏膜组织组、胃癌复发组和胃癌未复发组,检测差异表达的蛋白。然后选取差异性表达显著的Vinculin蛋白,采用免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)技术在110例人胃癌组织标本中检测其表达情况,并统计分析Vinculin蛋白表达量与临床病理学指标的关系;采用Kaplan-Meier生存曲线分析,探究Vinculin蛋白表达与胃癌患者生存期的关系。结果Vinculin蛋白主要表达于细胞质中近胞膜处;在110例人胃癌组织标本中,Vinculin蛋白阳性表达46例(41.8%),缺失表达64例(58.2%)。统计结果显示,Vinculin蛋白缺失表达与淋巴结转移(P=0.018)、肿瘤TNM分期(P=0.022)、血管侵袭(P=0.002)显著正相关。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示,Vinculin缺失表达与胃癌患者不良预后正相关(P=0.011)。结论Vinculin蛋白缺失表达与肿瘤转移和预后不良相关,提示其表达可以作为预测胃癌侵袭转移的潜在指标。