基于GEO数据库构建APP、APBA和APBB家族的胃癌预后评估模型

目的基于淀粉样β前体蛋白(amyloid beta precursor protein,APP)家族、淀粉样β前体蛋白结合蛋白A(amyloid beta precursor protein binding family A,APBA)家族和淀粉样β前体蛋白结合蛋白B(amyloid beta precursor protein binding family B,APBB)家族构建胃癌预后评估模型。方法从基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库下载GSE62254胃癌数据集作为训练集,GSE15459作为验证集。利用Cox回归分析筛选APP家族、APBA家族和APBB家族中胃癌预后的独立危险因素;分别建立基于三家族独立预后因素的风险评分1(risk score 1,RS1)、RS1联合病理学参数的RS2、传统TNM分期的RS3;卡方检验分析RS1与胃癌患者临床病理特征的关系;利用单细胞在线分析网站,分析纳入RS1模型的基因在不同细胞亚群中的表达情况;利用CIBERSORT分析RS1对不同免疫细胞浸润的影响;利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)进行通路富集分析。结果APLP2、APBB1、APBB2是胃癌患者预后的独立危险因素(P<0.05),基于三者的风险评分RS1高组患者生存期明显短于RS1低组患者。联合临床病理学参数的Cox回归分析显示,N分期、M分期、Lauren分型和RS1是胃癌患者预后的独立危险因素(P<0.05)。基于此构建的RS2(AUC=0.767)比仅基于T分期、N分期、M分期构建的RS3(AUC=0.719)预测准确率提高了4.8%。RS1和肿瘤T分期呈正相关(P<0.05),RS1高组CD4静息细胞浸润较高,激活细胞浸润较低,M2巨噬细胞浸润较高。GSEA通路分析显示,高RS1组患者富集于MAPK、MTOR和WNT等通路。结论本研究成功构建了基于APP、APBA和APBB家族的胃癌预后评估模型,该模型能够较准确地判断胃癌患者预后。

STARD5对胃癌的预后影响及机制研究

目的采用人类肿瘤基因表达汇编(GEO)及癌症基因组图谱(TCGA)数据分析类固醇敏感性调节蛋白相关脂类转运结构域蛋白5(STARD5)对胃癌预后的影响,通过细胞实验和分子实验验证并探索其相关机制。方法采用GEO胃癌数据集GSE62254及TCGA胃癌数据集进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选STARD家族中的胃癌独立预后因素,并建立基于STARD家族的列线图模型;分析STARD5表达与临床病理特征的关系;使用基因集富集分析(GSEA)预测STARD5影响胃癌预后的相关通路;瞬时沉默STARD5后检测胃癌细胞的迁移、侵袭及黏附能力和胃癌细胞中相关蛋白表达的变化;采用加州大学圣克鲁兹分校(UCSC)gnome browser预测转录因子与靶基因结合位点。生存分析使用Kaplan-Meier和log-rank检验,STARD5与临床病理特征的关系使用χ^(2)检验,组间比较使用Dunnett’s t检验。结果GSE62254及TCGA胃癌数据集均显示STARD5为胃癌的独立保护因素,均P<0.05;纳入STARD5表达与TNM分期所绘制的列线图预测胃癌患者1、3、5年生存率的性能良好,一致性指数及其95%CI为0.701(0.659~0.744);STARD5表达与胃癌肝转移呈负相关,P=0.020。GSEA提示STARD5低表达与Focal adhesion、PI3K/AKT等通路密切相关,均P<0.05。敲减STARD5后,胃癌细胞迁移、侵袭及黏附能力增加,且AKT磷酸化水平升高,Integrinβ1、XBP-1s、ATF4和ATF6α表达上调;经预测XBP-1与ITGB1(Integrinβ1)启动子区域存在6个结合位点。结论STARD5是胃癌的预后保护因素。STARD5在发生肝转移的胃癌患者中表达降低。STARD5下调可通过上调XBP-1来促进Integrinβ1的转录表达并激活PI3K/AKT信号通路,促进胃癌细胞转移。