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部分力偏倚蒙特卡罗方法和它在计算相对自由能中的应用
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作者 倪向善 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1993年第2期309-313,共5页
提出了一种部分力偏倚蒙特卡罗模拟方法,其中力偏倚仅用于体系中每个分子质心的平动而不用于分子的转动.此方法的总体效益较之先前几种方案为佳,同时报导了该方法在自由能微扰计算中的具体应用.
关键词 蒙特卡罗模拟 部分力偏倚 自由能
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用神经网络法预测膜蛋白RH和BR的二级结构 被引量:5
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作者 陈润生 王化军 +1 位作者 倪向善 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期267-270,共4页
膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟... 膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟进一步发展此方法. 展开更多
关键词 膜蛋白 RH BR 二级结构 神经网络法
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细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型 被引量:3
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作者 凌伦奖 倪向善 +1 位作者 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第3期293-297,共5页
本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空... 本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子. 展开更多
关键词 视紫红质 构象 异构模型 视黄醛
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预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法 被引量:4
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作者 王化军 陈润生 +2 位作者 倪向善 石秀凡 凌伦奖 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第4期422-427,共6页
本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础... 本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高. 展开更多
关键词 蛋白质结构 神经元网络法
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水对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响 被引量:1
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作者 陈润生 倪向善 +1 位作者 石秀凡 凌伦奖 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第1期35-38,共4页
本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α... 本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α-门冬酰胺的禁带宽度约0.5电子伏.这一结果与水对多聚α-甘氨酸和多聚α-丙氨酸的影响是有差别的. 展开更多
关键词 门冬酰胺 能带结构
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基于从头算的缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
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作者 凌伦奖 倪向善 +2 位作者 王化军 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期202-206,共5页
本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工... 本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工作,做法是舍弃12个相互作用能大于5Kcal/mole或原子间距离小于1.68(?)的布点,对其余148个布点进行拟合.拟合结果的标准偏差为SD=0.48Kcal/mole. 展开更多
关键词 缬氨酸 两性离子 水分子 相互作用
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胰凝乳蛋白酶原激活过程的分子动力学研究
7
作者 王化军 凌伦奖 +2 位作者 倪向善 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期217-220,共4页
本文报道了我们使用分子动力学方法模拟胰凝乳蛋白酶原激活过程的研究.使用我们所提出的虚拟势法,通过对不加虚拟势和加大小不等的虚拟势的几种情形的模拟和比较,对于激活过程可能具有的时间尺度以及过程中势垒的位置及性质都给出了一... 本文报道了我们使用分子动力学方法模拟胰凝乳蛋白酶原激活过程的研究.使用我们所提出的虚拟势法,通过对不加虚拟势和加大小不等的虚拟势的几种情形的模拟和比较,对于激活过程可能具有的时间尺度以及过程中势垒的位置及性质都给出了一定的信息,这是只用普通(?)分子动力学方法不易达到的. 展开更多
关键词 胰凝乳蛋白 酶原激活 分子动力学
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无限Li链中非对称局域杂质的Hartree-Fock green matrix SCF研究
8
作者 陈润生 李晓春 倪向善 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1990年第8期621-624,共4页
多聚体、生物分子,如DNA,蛋白质等都具有周期性结构。由于局域微扰(如化学吸附、痛突变等)会使得它们的平移周期性被破坏。自从Koster-Slater模型提出以来,经Callaway、Kertesz、Biczo、Ladik、Seel等人的发展,格林函数方法用于处理这... 多聚体、生物分子,如DNA,蛋白质等都具有周期性结构。由于局域微扰(如化学吸附、痛突变等)会使得它们的平移周期性被破坏。自从Koster-Slater模型提出以来,经Callaway、Kertesz、Biczo、Ladik、Seel等人的发展,格林函数方法用于处理这类问题正逐步完善起来。但迄今,收敛仍然十分困难。在以前的工作中,本文作者之一(陈润生)曾首次在对称局域微扰条件下,得到自洽的数值解。本文的目的是将模型研究推广到非对称微扰的情况。通过计算我们得到了满意的结果。 展开更多
关键词 能带 多聚体 生物分子 局域微扰
原文传递
基于从头计算的丙氨酸、缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
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作者 凌伦奖 倪向善 +2 位作者 石秀凡 王化军 陈润生 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1991年第1期57-60,共4页
用理论方法研究生物分子的水溶液时,常要用到水和生物分子的相互作用势。在水和氨基酸的相互作用势方面,关于中性氨基酸的研究目前已有很多,而关于氨基酸两性离子的研究却相对很少。事实上,在水溶液中氨基酸主要以两性离子的形式存在。... 用理论方法研究生物分子的水溶液时,常要用到水和生物分子的相互作用势。在水和氨基酸的相互作用势方面,关于中性氨基酸的研究目前已有很多,而关于氨基酸两性离子的研究却相对很少。事实上,在水溶液中氨基酸主要以两性离子的形式存在。因此,构造更多的水和氨基酸两性离子的相互作用势是很有意义的。近年来,我们已在这方面做了些工作,先后构造了水和丙氨酸两性离子及缬氨酸两性离子的相互作用势。本文的目的是构造一个同时适合这两种情况的相互作用势,以期提高势函数的普适性。 展开更多
关键词 从头算 相互作用势 氨基酸
全文增补中
ISO-ENERGY CONTOUR MAPS OF HYDRATION FOR INSULIN
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作者 倪向善 陈润生 石秀凡 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1987年第12期841-846,共6页
The richest component in living cells is water which plays an important part of maintaining the natural conformation and a series of characteristics of proteins. So studies of water structures in proteins are meaningf... The richest component in living cells is water which plays an important part of maintaining the natural conformation and a series of characteristics of proteins. So studies of water structures in proteins are meaningful for understanding the relationship between 展开更多
关键词 meaningful maintaining CONTOUR rotation CONFORMATION interpolation COORDINATES false successive STEPS
原文传递
STUDIES ON EVOLUTION OF DYNAMIC STRUCTURE OF PROTEIN SYNTHESIS
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作者 倪向善 陈润生 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1983年第2期244-246,共3页
A model of protein synthesis in an oosperm was put forward by Chen Runsheng, where all the molecules of aminoacid and protein were considered as spherical ones. In this paper, the case where they are all ellipsoids of... A model of protein synthesis in an oosperm was put forward by Chen Runsheng, where all the molecules of aminoacid and protein were considered as spherical ones. In this paper, the case where they are all ellipsoids of revolution is considered, but the rotation of the molecules during diffusion is not taken into account. Also the hypothesis of dilute solution is used. Since the cleavage of the first time may take place at any stage of evolution and uncertainly do at the time when the steady state is reached, solving directly the dynamic partial differential equations will contribute to the acquirement of some fundamental ideas of the whole process of protein synthesis in an oosperm. 展开更多
关键词 REVOLUTION spherical rotation DILUTE DYNAMIC RELAXATION HYPOTHESIS CLEAVAGE REMOVE latter
原文传递
DISTINCTION BETWEEN TWO POSSIBLE CONFORMATIONS OF INSULIN B4 (Gln) BY CALCULATIONS
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作者 石秀凡 凌伦奖 +1 位作者 倪向善 陈润生 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1986年第21期1493-1497,共5页
At present, the most reliable method for determining the structures of macro-biomolecules should be the X-ray diffraction one, but it cannot make the structures clear in every detail. For example, reported from abroad... At present, the most reliable method for determining the structures of macro-biomolecules should be the X-ray diffraction one, but it cannot make the structures clear in every detail. For example, reported from abroad there all exist two possible conformations for the 4th residue glutamine and the 22nd residue arginine of the insulin B chain. According to the results of the Insulin Group in Beijing, for B22, this possibility is really true, while for B4, the electron densities possibly representing the second confor- 展开更多
关键词 representing INSULIN ARGININE residue possibly possibility really determining GLUTAMINE thank
原文传递
THE RELAXATION DYNAMICS FOR HEMOGLOBIN (OR ALLOTERIC ENZYME)
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作者 王宝翰 倪向善 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1983年第2期258-262,共5页
Recently, the experimental technique of fast reaction, mainly measuring chemical relaxation, has been widely applied in biochemistry. Eigen had contributed a phenomenological dynamics theory to this technique. However... Recently, the experimental technique of fast reaction, mainly measuring chemical relaxation, has been widely applied in biochemistry. Eigen had contributed a phenomenological dynamics theory to this technique. However, the relaxation dynamics, produced by virtue of a sudden change of some external condition, for hemoglobin (or allosteric enzyme) is completely short of such a study of statistical mechanics foundation. At present it is still a very difficult problem to study completely 展开更多
关键词 relaxation HEMOGLOBIN BIOCHEMISTRY SUDDEN distr STOPPING VIRTUE finally requirement WIDESPREAD
原文传递
MOLECULAR CONFIGURATION AND MACROSCOPIC DYNAMIC STRUCTURE OF PROTEIN
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作者 陈润生 倪向善 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1983年第1期96-100,共5页
In this paper, it is studied that how the variation of the translational diffusion arising from the molecular configuration influences the dynamic structure of the synthesized proteins, and a definite result is obtained.
关键词 TRANSLATIONAL DYNAMIC definite STATIONARY ALONE diffu APPARENT RELAXATION Proteins positional
原文传递
AN INTERACTION POTENTIAL BETWEEN WATER AND ZWITTERIONS OF ALANINE AND VALINE BASED ON ab initio CALCULATIONS
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作者 凌伦奖 倪向善 +2 位作者 石秀凡 王化军 陈润生 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1991年第14期1202-1205,共4页
I. INTRODUCTIONThe interaction potentials between water molecule (WM) and biological molecules are very useful for studying the aqueous solutions of biological molecules by means of theoretical methods. At present, th... I. INTRODUCTIONThe interaction potentials between water molecule (WM) and biological molecules are very useful for studying the aqueous solutions of biological molecules by means of theoretical methods. At present, there have been many potentials available for WM with neutral amino acids, but those with amino acid zwitterions are much less relatively. In fact, 展开更多
关键词 ab INITIO calculations interaction potential nonlinear fitting.
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HARTREE-FOCK GREEN MATRIX SCF METHOD FOR THE STUDY OF ASYMMETRIC LOCAL PERTURBATION IN INFINITE LITHIUM CHAIN
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作者 陈润生 李晓春 倪向善 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 1991年第3期224-229,共6页
It is very important to analyse in theory the effect of local impurity on the electronic structure and energy spectrum of periodic polymers. Since the Koster-Slater model was generalized and further developed by Calla... It is very important to analyse in theory the effect of local impurity on the electronic structure and energy spectrum of periodic polymers. Since the Koster-Slater model was generalized and further developed by Callaway, Kertesz, Biczo, Ladik and Seel, the Green matrix SCF method has been perfected step by step. But up to now it is very 展开更多
关键词 energy band LOCAL PERTURBATION Green matrix.
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