基于加权基因共表达网络对胎儿生长受限发病机制的分析诊断标记物筛选

目的宫内生长受限(IUGR)发病原因复杂,其发生机制也受多因素影响。文中利用加权基因共表达网络(WGCNA)分析IUGR机制,并寻找可能的诊断标志物。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE100415和GSE12216数据集,利用WGCNA分析与IUGR相关的模块,对模块内的基因进行生物学功能(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和疾病本体论(DO)富集分析,并且联合蛋白相互作用(PPI)得出诊断标志物的候选基因。用ROC曲线对候选基因的预测能力进行探索。为进一步验证生物信息学结果,用PT-qPCR检测17例胎儿生长受限胎盘组织和16例正常胎盘组织中的候选基因的表达水平。结果WGCNA共表达网络表明,blue模块与IUGR密切相关,通过筛选blue模块基因得到PKM、LDHA、HK2、PIK3CB、OCRL共5个候选基因。RT-qPCR结果提示胎儿生长受限胎盘组织中HK2、PIK3CB和OCRL的表达水平均显著低于正常胎盘组织(P<0.05)。结论通过WGCNA分析方法,筛选出与IUGR相关的枢纽模块,其中HK2、PIK3CB和OCRL可能作为潜在的诊断标记物。