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拟南芥GT47基因家族鉴定及不同胁迫下的表达特征
1
作者
全汝青
吴慧敏
+1 位作者
时羽杰
曾为
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期332-344,共13页
【目的】筛选拟南芥糖基转移酶GT47基因家族,进一步了解GT47基因家族的生物信息学特征,为其功能及抗逆性研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法在拟南芥GT47基因家族中挖掘并鉴定出39个基因,并对这些基因进行系列分析。【结果】家...
【目的】筛选拟南芥糖基转移酶GT47基因家族,进一步了解GT47基因家族的生物信息学特征,为其功能及抗逆性研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法在拟南芥GT47基因家族中挖掘并鉴定出39个基因,并对这些基因进行系列分析。【结果】家族蛋白为亲水性蛋白质,大部分蛋白稳定性较差,亚细胞定位预测显示,大部分基因定位于高尔基体。蛋白质结构预测表明,α-螺旋和无规则卷曲是二级结构的主要组成部分,三级结构具有相似性。基因结构和保守基序分析发现,各亚族成员间具有相似的保守基序和进化的保守性。系统发育树分析显示,该基因家族可分为6个亚家族,基因在不同物种间具有一定保守性。启动子顺式作用元件分析表明,拟南芥GT47家族基因具有多种激素响应元件及非生物胁迫响应元件。表达模式分析表明,拟南芥GT47基因家族在不同组织中广泛表达,对6 h的热胁迫表现明显的响应,尤其是AT1G63450在冷、干旱、盐及2 h热胁迫下发生了下调,但是在6 h热胁迫下发生了上调。【结论】糖基转移酶基因在不同组织中的表达具有显著差异,能响应ABA激素信号传导并参与植物调控胁迫应激过程,对植物生长发育有重要意义。
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关键词
拟南芥
GT47基因家族
生物信息学
表达分析
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职称材料
题名
拟南芥GT47基因家族鉴定及不同胁迫下的表达特征
1
作者
全汝青
吴慧敏
时羽杰
曾为
机构
浙江农林大学林业与生物技术学院/亚热带森林培育国家重点实验室
台州学院生命科学学院
出处
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期332-344,共13页
基金
国家自然科学基金项目(31971619)。
文摘
【目的】筛选拟南芥糖基转移酶GT47基因家族,进一步了解GT47基因家族的生物信息学特征,为其功能及抗逆性研究提供参考。【方法】利用生物信息学方法在拟南芥GT47基因家族中挖掘并鉴定出39个基因,并对这些基因进行系列分析。【结果】家族蛋白为亲水性蛋白质,大部分蛋白稳定性较差,亚细胞定位预测显示,大部分基因定位于高尔基体。蛋白质结构预测表明,α-螺旋和无规则卷曲是二级结构的主要组成部分,三级结构具有相似性。基因结构和保守基序分析发现,各亚族成员间具有相似的保守基序和进化的保守性。系统发育树分析显示,该基因家族可分为6个亚家族,基因在不同物种间具有一定保守性。启动子顺式作用元件分析表明,拟南芥GT47家族基因具有多种激素响应元件及非生物胁迫响应元件。表达模式分析表明,拟南芥GT47基因家族在不同组织中广泛表达,对6 h的热胁迫表现明显的响应,尤其是AT1G63450在冷、干旱、盐及2 h热胁迫下发生了下调,但是在6 h热胁迫下发生了上调。【结论】糖基转移酶基因在不同组织中的表达具有显著差异,能响应ABA激素信号传导并参与植物调控胁迫应激过程,对植物生长发育有重要意义。
关键词
拟南芥
GT47基因家族
生物信息学
表达分析
Keywords
Arabidopsis thaliana
GT47 gene family
bioinformatics
expression analysis
分类号
Q946.5 [生物学—植物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
拟南芥GT47基因家族鉴定及不同胁迫下的表达特征
全汝青
吴慧敏
时羽杰
曾为
《福建农林大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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