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基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析
被引量:
13
1
作者
李大命
张彤晴
+4 位作者
关浩勇
唐晟凯
刘燕山
刘小维
潘建林
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017年第6期3-8,共6页
本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26...
本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
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关键词
湖鲚(Coilia
nasus)
遗传多样性
线粒体DNA
细胞色素B基因
控制区序列
下载PDF
职称材料
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析
被引量:
10
2
作者
李大命
张彤晴
+5 位作者
唐晟凯
关浩勇
刘燕山
穆欢
黄越峰
潘建林
《江苏农业科学》
2018年第20期36-39,共4页
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位...
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P <0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
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关键词
湖鲚
遗传多样性
线粒体DNA
CYTB基因
控制区序列
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职称材料
题名
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析
被引量:
13
1
作者
李大命
张彤晴
关浩勇
唐晟凯
刘燕山
刘小维
潘建林
机构
江苏省淡水水产研究所
出处
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017年第6期3-8,共6页
基金
江苏省海洋与渔业资源环保项目“江苏省水生生物资源重大专项(ZYHB16-3)”
文摘
本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
关键词
湖鲚(Coilia
nasus)
遗传多样性
线粒体DNA
细胞色素B基因
控制区序列
Keywords
Coilia nasus & geneitc diversity
mitochondrial DNA
Cytb g en e
D-loco
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析
被引量:
10
2
作者
李大命
张彤晴
唐晟凯
关浩勇
刘燕山
穆欢
黄越峰
潘建林
机构
江苏省淡水水产研究所/江苏省内陆水域渔业资源重点实验室
南京师范大学生命科学学院
江苏省洪泽湖渔业管理委员会办公室
出处
《江苏农业科学》
2018年第20期36-39,共4页
基金
江苏省海洋与渔业资源环保项目(编号:ZYHB16-3)
文摘
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P <0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。
关键词
湖鲚
遗传多样性
线粒体DNA
CYTB基因
控制区序列
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析
李大命
张彤晴
关浩勇
唐晟凯
刘燕山
刘小维
潘建林
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2017
13
下载PDF
职称材料
2
基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的洪泽湖湖鲚遗传多样性分析
李大命
张彤晴
唐晟凯
关浩勇
刘燕山
穆欢
黄越峰
潘建林
《江苏农业科学》
2018
10
下载PDF
职称材料
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