基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根真菌分子鉴定方法比较

【目的】比较基于rDNA序列分析的3种丛枝菌根(AM)真菌分子鉴定方法,为提高AM真菌在种水平分子鉴定的准确性提供参考。【方法】对从柑橘和甘蔗等广西地区主要作物的根际土壤中分离出的AM真菌菌株(编号为A6、B3和GY3-1)进行形态学鉴定,再通过巢式PCR分别扩增AM真菌的18S rDNA、28S rDNA及含ITS1、5.8S rDNA和ITS2的序列(简写为ITS1+5.8S+ITS2),分别将其测序结果与GenBank数据库进行比对,并构建系统发育进化树,再结合形态学鉴定结果比较基于3个rDNA序列分析分子鉴定方法的准确性。【结果】菌株A6、B3和GY3-1的形态特征分别与幼套近明球囊霉(Claroideoglomus etunicatum)、黏质隔球囊霉(Septoglomus viscosum)和摩西斗管囊霉(Funnelifor-mis mosseae)一致。基于18S rDNA序列,将菌株A6鉴定为近明球囊霉属(Claroideoglomus),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum)。基于28S rDNA序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.viscosum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。基于ITS1+5.8S+ITS2序列,将菌株A6鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum),菌株B3鉴定为黏质隔球囊霉(S.visco-sum),菌株GY3-1鉴定为摩西斗管囊霉(F.moessae)。而综合3种分子鉴定结果,菌株A6、B3和GY3-1分别鉴定为幼套近明球囊霉(C.etunicatum)、黏质隔球囊霉(S.viscosum)和摩西斗管囊霉(F.mosseae)。【结论】3种方式均可用于AM真菌的在种水平上的分子鉴定,以18S rDNA与28S rDNA为主的鉴定方法相对简单且快速,更适用于对AM真菌在属水平的鉴定;以ITS1+5.8S+ITS2为主的鉴定方法步骤较繁琐,但鉴定至种水平的准确性较高。3种方法的分析结果在一定程度上可互相补充,加强对AM真菌分子鉴定结果的准确性。