MATLAB语音信号分析和处理

MATLAB作为一款具备强大科学计算能力和图形显示功能的软件在科学研究以及实际应用的各个领域得到了广泛的应用。文章介绍了FFT频谱分析原理及其显示,MATLAB中相关函数的功能,滤波器的设计和使用。在此基础上对实际采集的一段含噪声语音信号进行了相关分析处理,试验证明MATLAB对语音信号的处理十分简单方便,易于实现。

农村小学语文微视频教学的实践与思考

当前,微视频教学已经成为中小学校创新教学模式、提高教学效率的一个新亮点。从微视频教学的发展历程来看,微视频教学是按照课程标准的要求,教师将知识内容按照学科逻辑与学生的学习特点划分为若干较小的知识模块,运用现代信息技术手段,将图形、文字、声音、图像等要素进行整合,制作成的便于学生学习的视频资源。作为教师,我们应该参与到微视频教学的制作、使用当中去,

落叶松伐区的清理方式

哈密落叶松伐区清理,多年来一直采用堆积法,即将采伐迹地上的枝桠、稍头木、枯死的下木、风倒木等进行堆积,让其腐朽.

水利工程施工管理的优化措施

水利工程的施工管理是对水利施工建设顺利进行的重要支持,对水利设施质量安全的有力保障。然而,由于各种原因, 在我国当今的众多水利工程施工建设过程中仍然存在着各种各样的施工管理问题。本文就当前我国各种水利施工建设中的管 理问题进行了综合概述,并依据自己多年的水利施工管理经验,提出了一些优化措施。

班主任应如何讲好批评语

古语说:"好话一句暖三九,恶语半句寒三伏。"作为班主任,我们在批评一个学生时,无论当时的情形令你多么气愤,无论你当时的心情多么糟糕,万万不可口出恶语,给学生造成这样或那样的伤害。因为恶劣的语言是一种软暴力工具,刺伤的是人的内心与灵魂,危及的是学生的内在心理健康,造成的伤害有时会远远超过对肉体的伤害,甚至是终生的。因此,班主任在批评学生时,要正确选择、巧妙利用批评语,让学生充分认识和理解自己错误的根源。

新标准下17种新型冠状病毒核酸检测试剂性能比对研究

目的参照新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第九版)中解除集中隔离和出院核酸检测标准比较17种新型冠状病毒核酸检测试剂的检测性能,为实验室核酸检测选择试剂提供参考。方法选取2021-08/2022-03新型冠状病毒肺炎疑似病例呼吸道样本50份,经数字聚合酶链式反应(dPCR)检测确定样本阴阳性并对病毒核酸载量定量,再分别对17种检测试剂(编号为A~Q)进行评价。以Ct值35为限值判定检出数和检出率,利用各试剂的检测值做试剂间两两比对分析,对各试剂检检测值和dPCR检测值比对分析Ct值与核酸量的关系,以P<0.05为差异有统计学意义。结果17种核酸检测试剂中15种试剂检测正常,阴性样本检出率在0%~35%之间,阳性样本检出率在39%~96%之间,各试剂间检出率和检测值均有一定差异且与检测靶标数、试剂检测最低限以及检测模板加入量没有相关性;核酸量在57360 copies/ml以上各试剂均能检出,且检出能力随核酸量减少出现差异。结论若检测结果不按照试剂盒说明书中Cut-off值而是按照Ct值35为限值判定,则15种试剂对较高病毒载量的样本均能有效检出,但各试剂的检测性能有一定差异,因此在核酸检测工作中应配备多种品牌检测试剂以相互验证提高检测准确率。

遂宁市8例本土新型冠状病毒肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析

目的对引起遂宁市本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19,简称新冠肺炎)疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)进行全基因组测序溯源、分子特征和变异情况分析。方法对2022年3月31日—4月9日采集的遂宁市新冠肺炎本土疫情8例确诊病例的呼吸道样本提取病毒RNA,采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,运用CLC Genomics Workbench(Version 20.0)软件进行序列拼接。从NCBI数据库中下载新冠病毒参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。应用Nextclade和Pangolin在线病毒分析平台,判定病毒家系及型别,分析病毒的变异位点。应用进化分析软件构建病毒进化树分析病毒的来源和相关性。结果病例1~8的SARS-CoV-2全基因组序列同武汉参考株(NC_045512)序列相比,分别有69、68、68、69、70、70、70和70个变异位点,8条SARS-CoV-2全基因组序列均属于BA.2(Omicron)支系,是VOC/Omicron变异株(B.1.1.529进化分支)。病例1与外省部分本土病例SARS-CoV-2序列共享全部68个变异位点,新增加1个变异位点(A27898T)。本起疫情的全部8例病例均出现A27898T变异位点。病例1出现了C14724T变异位点,属于杂合突变,比例仅为19.75%;随后在病例2~8中均出现C14724T变异位点,杂合突变比例逐渐增高,病例7和病例8的C14724T变异位点,突变比例达到100.00%。病例3和病例4出现了A15002G变异位点,但突变比例仅为7.90%和50.00%,但在病例8中,A15002G变异位点的突变比例为100.00%。病例8出现C16915T变异位点,突变比例为73.30%,这个变异位点是首次在本起疫情中出现。进化分析结果显示:遂宁市本起疫情的全部8例病例均属于同一传播链,位于同一进化分支。结论遂宁市本起疫情的全部8例病例SARS-CoV-2基因序列溯源结果提示来源于外省新冠肺炎病例持续传播地区。常态化疫情防控期间应持续加强四川省本土和境外输入型新冠肺炎病例的病毒分子动态实时监测。

新型冠状病毒无症状感染者不同时间呼吸道样本中核酸及抗原检测结果分析

目的分析新型冠状病毒无症状感染者咽拭子样本中新冠病毒载量随时间的变化趋势,为新型冠状病毒防控提供科学依据。方法使用数字聚合酶链反应(Digital PCR,dPCR)和实时荧光定量聚合酶链反应(Quantitative realtime PCR,qPCR)技术对2例新型冠状病毒无症状感染者不同时间采集的咽拭子样本进行新冠核酸检测,同时使用胶体金法对采集的咽拭子样本进行新冠抗原检测。使用SPSS 20.0软件进行统计分析,配对卡方检验比较dPCR法与qPCR法、dPCR法与胶体金法以及10种胶体金试剂检测的阳性率差异,以P<0.05为差异有统计学意义。用Kappa系数判断结果一致性。结果新型冠状病毒无症状感染者A连续采集21份咽拭子样本,dPCR法检测ORF1ab基因的检测值为0~46080000 copies/ml,N基因检测值为0~45810000 copies/ml;新型冠状病毒无症状感染者B连续采集18份咽拭子样本,dPCR法检测ORF1ab基因检测值为0~138500000 copies/ml,N基因检测值为0~121600000 copies/ml。新型冠状病毒无症状感染者A21份咽拭子样本经dPCR法检出13份双靶基因阳性,1份单靶基因(ORF1ab)阳性,经qPCR法检出10份双靶基因阳性,胶体金法检出6份阳性。新型冠状病毒无症状感染者B18份咽拭子样本经dPCR法及qPCR法均检出15份双靶基因阳性,胶体金法检出5份阳性。dPCR法与qPCR法检测39份咽拭子样本中的ORF1ab基因及N基因,检测结果一致性为高度一致,且2种方法阳性率差异无统计学意义;胶体金法阳性率低于dPCR法,不同品牌的胶体金试剂检测的阳性率差异有统计学意义。结论2例新型冠状病毒无症状感染者咽拭子样本中核酸拷贝数随着采样时间延伸总体呈下降趋势,第15 d左右咽拭子样本中新冠核酸拷贝数趋于0;核酸检测法灵敏度高于胶体金法;需慎重选择胶体金试剂的品牌,以避免出现假阳性结果。

碳水化合物结合组件的点突变研究

碳水化合物结合组件(carbohydrate-binding module,CBM)是某些碳水化合物活性酶(carbohydrate-active enzymes)上的非催化部分,主要负责与底物特异性结合以提高与之相邻的催化结构域对不可溶底物的催化效率。CBM中的保守芳香族氨基酸通常是这些蛋白的底物结合位点,利用氨基酸定点突变技术可用来寻找和验证CBM中的结合位点的关键氨基酸。本研究的前期工作发现CBM46200与其同家族的其它成员相比对底物结合的能力要弱很多,多重序列比对发现家族中某些保守的芳香族氨基酸在CBM46200被非芳香族氨基酸替代,这可能是CBM46200与底物结合能力弱的原因,探究这些原因对研究前期工作中所鉴定的新家族CBM的广泛特异性具有重要意义。在本研究中利用氨基酸定点突变技术、亲和凝胶电泳技术以及蛋白对不可溶多糖的吸附技术等对前面的推论予以验证。结果表明,CBM46200的定点突变体对多糖底物的结合能力并没有增强,有些甚至还减弱了,这说明这些非芳香族氨基酸在CBM46200中的替代不是造成CBM46200对多糖的结合能力弱于其它家族成员的原因,可能还存在其它的因素影响CBM46200对底物的结合能力,本文对这些可能的因素也做了推测。

15种新型冠状病毒核酸检测试剂的检测性能比较

目的 比较15种新型冠状病毒(COVID-2019)核酸检测试剂的阳性率,为新冠核酸检测实验室选择检测试剂提供参考。方法 挑选2021—2022年四川新型冠状病毒阳性样本50份,选取15种新型冠状病毒核酸检测试剂(编号A~O),严格按照试剂说明书进行核酸检测,运用SPSS 22.0软件对实验结果进行卡方检验。评价15种试剂检测新型冠状病毒核酸阳性率和阴性率的差异是否具有统计学意义,检验水准α=0.05。结果 15种试剂的阳性检出率分别为试剂A 18.00%、试剂B 30.00%、试剂C 60.00%、试剂D 62.00%、试剂E 56.00%、试剂F 46.00%、试剂G 62.00%、试剂H 56.00%、试剂I50.00%、试剂J 30.00%、试剂K 54.00%、试剂L 60.00%、试剂M 32.00%、试剂N 68.00%和试剂O 40.00%,其中试剂N检出率最高(68.00%),差异具有统计学意义(χ^(2)=62.464,P<0.001);试剂检测限试剂阳性率比较差异无统计学意义(χ^(2)=7.808,P=0.099);模板占体系比例20.00%~62.50%对试剂阳性率的影响具有统计学意义(χ^(2)=19.043,P=0.002),其中模板占体系比例为33.33%阳性率最高(68.00%)。结论 15种试剂对低病毒载量样本的检测,N试剂阳性率检测性能最优,也有待提升。试剂H、K需改进对内参的检测。优化试剂模板占体系比例,改进对内参的检测,提升对低病毒载量样本阳性检出率,对新冠防控有重大意义。

2019年四川省首例登革热本地病例调查与疫区处置情况分析

目的总结四川省首例登革热本地病例的调查和处置经验,为今后登革热防控工作提供科学依据和参考。方法 2019-09采用现场流行病学方法,对2019-09-15在浙江省金华市就诊并报告的四川籍登革热患者的临床和诊疗经过、流行病学史、居住与活动环境、密切接触者进行调查,采集相关标本进行实验室检测,探索可能的感染来源并对疫区进行防疫处置。数据分析利用Excel 2013软件进行描述性分析。结果患者,18岁,女性,2019-09-13发病,发病前14 d未离开泸州市,血清标本PCR检测结果为登革热Ⅰ型核酸阳性。病家小区媒介伊蚊应急监测结果显示,布雷图指数为87.93,帐诱指数为2只/人·时,为登革热暴发高风险级别。经过对社区、医院的病例搜索,没有发现其他登革热病例。结论该病例的感染发病可能是由输入病例或隐性感染者引起的首例本地感染病例,感染地为病例居住地的可能性大。建议加强医务人员对登革热的诊断水平,强化疫情处置措施,防止疫情扩散。

2019年四川省登革热流行病学特征分析

目的 了解四川省2019年登革热流行特征,为当地登革热的防控提供科学依据。方法 收集四川省2019年登革热监测资料,采用描述性流行病学方法分析流行特征。结果 共报告登革热病例350例,其中本地病例19例(5.43%)。全年均有病例发生,6~10月为发病高峰(73.71%),其中本地病例发病时间是8~10月。病例主要分布在成都、广安、眉山、南充等市(58.57%);发病年龄均值为36.35岁,主要集中在25~49岁(67.71%);男女性别比为2.43∶1;职业以农民、民工和工人人群的发病数最多(44.57%)。境外输入地主要集中在东南亚(柬埔寨60.12%),境内输入地为云南、重庆、广东三省(9.06%)。本地病例地区分布为泸州市18例(均为登革Ⅰ型病毒)、广安市1例。结论 在夏秋季应加强对重点地区重点人群的监测和健康教育,应提高临床医生对登革热本地病例的诊断水平,从而提高监测系统的敏感性。

四川省首起登革热本地传播疫情登革病毒全基因组特征及溯源分析

目的对2019年四川省发生的首起本地传播登革热疫情中检出的登革病毒进行全基因组测序,分析病毒分子生物学特征并探讨其可能的来源。方法对实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测为阳性的本地病例标本提取核酸并扩增全基因组序列和测序,测序后进行同源性、系统进化分析和变异分析。结果通过基因扩增和序列测定获得1株病毒全基因组序列和2株包括E基因的全基因组部分序列,全基因组序列全长10706 bp,编码3393个氨基酸;同源性和系统进化分析显示,本次疫情流行株与2019年我国广州市分离株、2019年广州市分离的柬埔寨输入株、2019年云南省分离株、2017年越南分离株以及2016年新加坡分离株的同源性较高,系统进化属于同一分支;与登革1型原型株相比本次流行株散在分布有589个核苷酸变异和64个氨基酸突变,但影响毒力的主要氨基酸位点没有改变。结论2019年四川省首起登革热本地暴发疫情可能由柬埔寨输入病例引起,其病原体为登革1型病毒基因Ⅰ型;本次四川省流行株的毒力相关基因没有明显改变,但其在某些相关区域发生点突变的生物学意义有待进一步研究。

四川省Nam Dinh病毒的首次分离鉴定

目的对2015年从四川省西部的甘孜藏族自治州蚊虫中分离到的病毒株SC1502、SC1510进行鉴定并分析其基因特征。方法通过细胞培养的方法对蚊虫标本进行病毒分离,利用Nam Dinh病毒(Nam Dinh virus,NDiV)特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(reverse transcription PCR,RT-PCR)鉴定,同时扩增分离株的开放阅读框、RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA-polymerase,RdRp)、解旋酶超家族1(superfamily 1 helicase,HEL1)、刺突蛋白(spike protein,S蛋白)基因序列并测序,然后利用Mega Align软件对核苷酸序列和推测的氨基酸序列进行比对分析,利用Mega 7软件绘制系统进化树。结果SC1502、SC1510病毒株能够引起C6/36细胞发生病变,但不能引起BHK-21细胞的病变。同源性分析结果显示,2株四川新分离株与NDiV的RdRp、HEL1、S蛋白的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别超过99.4%和97.5%。系统进化分析结果表明,2株四川新分离株与NDiV亲缘关系最近,处于同一进化分支。结论SC1502与SC1510为NDiV,该研究结果丰富了四川省的虫媒病毒病原谱数据库,对相关地区的不明原因疫情分析和调查提供了参考依据。

四川省40例境外输入新冠肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析

目的了解四川省2022年1—3月境外输入的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)分子特征。方法选取2022年1—3月经由成都双流国际机场入境的182例境外输入新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)确诊病例的样本进行变异株核酸检测和病毒全基因组测序及其序列分析。对病例的呼吸道样本提取病毒RNA,用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测;采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序,采用Nextclade和Pangolin平台判定病毒谱系及型别,分析病毒的变异位点。与NCBI数据库中SARS-CoV-2参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析并构建系统进化树。结合病例的流行病学资料,分析病毒的来源和相关性。结果在182例确诊病例的样本中,检测出3例B.1.617.2突变和57例B.1.1.529突变。其余122例未检出上述两种变异突变。本研究共获得40条覆盖度>95%的SARS-CoV-2全基因组序列,Nextclade分型结果显示:3条属于21J型(Delta)、5条属于21K型(Omicron)、32条均属于21L型(Omicron);Pangolin分型结果显示:3条21J型(Delta)分别属于AY.4、AY.109和B.1.617.2,5条21K型(Omicron)均属于BA.1.1,32条21L型(Omicron)属于BA.2。这一结果与截至2022年3月GISAID SARS-CoV-2数据库中Omicron变异株的序列占比达到99.7%、具有绝对优势的结果一致。与参考株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,3条21J型(Delta)的核苷酸变异位点分别为45、47和42个,氨基酸变异位点分别为36、25和36个;5条21K型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为59个(26~64个),氨基酸变异位点中位数为48个(10~53个);32条21L型(Omicron)的核苷酸变异位点中位数为71个(66~76个),氨基酸变异位点中位数为53个(40~56个)。进化分析结果显示:40条SARS-CoV-2序列均与目前流行的需要关注的新冠病毒变异株相关。结论四川省持续对境外输入确诊病例的SARS-CoV-2基因组进行全序列测定,使之逐渐形成一套系统化的SARS-CoV-2分子实时监测机制,对防控四川省由境外输入SARS-CoV-2引起的本土疫情暴发与流行具有重要意义。

2011—2017年四川省狂犬病病毒N、G基因序列测定与分析

目的了解四川省2011—2017年间狂犬病病毒(rabies virus,RABV)株的分子特征以及流行株与疫苗株在核酸、氨基酸和蛋白修饰水平上的差异.方法对采集于2011—2017年间的23份RABV抗原阳性犬脑组织标本,通过RT-PCR以特异性引物扩增病毒核蛋白(nucleoprotein,N)基因和糖蛋白(glycoprotein,G)基因并测序,通过生物信息学软件分别对N基因和G基因进行基因特征分析.结果对23株RABV(简称四川株)N、G基因测序获得的全序列遗传进化关系分析表明,四川株均为rabies virus种,可分为3个进化分支且具有明显的地域特征,部分四川株与我国东部和北方流行毒株共循环.四川株间N基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.4%~100%和99.6%~100%,与参考株N基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为72.1%~99.8%和81.6%~100%.四川株与疫苗株相比在抗原位点、细胞表位以及信号肽序列上有一定差异,但主要抗原性、组织嗜性和毒力没有改变.结论四川株间无明显差异,均为rabies virus种.四川株与疫苗株病毒糖蛋白的氨基酸序列存在不同程度的差异,但毒力未发生改变.

新型冠状病毒抗原自测应用于隔离人员筛查的初步评价

目的对新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)抗原检测试剂盒(胶体金免疫层析法)进行临床评价,初步评价其应用于隔离人员筛查的效果。方法采集172位隔离人员的临床平行样本(分别用于核酸和抗原检测)共516份,由研究人员和隔离人员分别采用胶体金免疫层析法进行SARS-CoV-2抗原的快速检测,同时在实验室进行核酸检测,计算阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值。结果两种方法的总符合率为91.86%(95%CI:86.80%~95.09%),一致性分析Kappa系数为0.527(95%CI:0.318~0.736),0.4≤Kappa<0.8。研究人员和隔离人员自测结果的总符合率为99.42%(95%CI:96.78%~99.90%),一致性分析Kappa系数为0.944(95%CI:0.836~1.000),Kappa>0.8。结论胶体金免疫层析法检测SARS-CoV-2抗原在发病初期及病毒载量较高时有较好的检测效果,可应用于对隔离人员的现场筛查。但鉴于其方法的局限性,结果只能作为初步参考,最终的确认结果应以实时荧光PCR法结果为准。

四川省2012—2021年输入性登革病毒E基因分子特征分析

目的通过对2012—2021年四川省输入性登革病毒(dengue virus,DENV)E基因序列的分析,掌握四川省输入性DENV的血清型、基因型等分子特征,为溯源提供依据。方法对2012—2021年四川省经Real time RT-qPCR检测DENV阳性的28份血清标本采用RT-PCR方法进行DENV E基因扩增及测序。利用Mega Align5.0软件对核苷酸序列和推导氨基酸序列进行比对分析,利用Mega 7.0软件绘制系统发育树。结果经RT-PCR和序列测定获得了28株DENV的E基因序列,系统进化和同源性分析表明,20株属于DENV血清型1型(DENV-1),其中16株为基因I型(Genotype-I,G-I),4株为基因V型(Genotype-V,G-V);7株属于DENV血清型2型(DENV-2),其中4株为G-I,3株为基因II型(Genotype-II,G-II);1株属于DENV血清型3型(DENV-3),为G-I。四川株与东南亚国家以及我国广东等地的DENV病毒株同源性最高,与病例的流行病学调查资料完全吻合。结论从分子水平证明了2012—2021年四川省输入性DENV存在3种血清型及其多种基因型,输入病例主要来源于东南亚国家。