基于自噬和铁死亡基因的肾透明细胞癌预后模型的建立和验证

目的:建立基于自噬和铁死亡相关基因的预后模型,并基于肾透明细胞癌(ccrCC)的自噬基因(autophagy related genes,ARGs)和铁死亡基因(ferroptosis related genes,FRGs)模型评估预后。方法:通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的ccRCC数据集识别与风险相关的ARGs和FRGs,进行功能富集和肿瘤分型分析,通过单变量和多变量Cox回归建立537例患者的预后风险模型。多指标ROC用于评估模型的准确性。最后使用GSE29609数据集验证。结果:共发现37个差异表达的基因。单变量和多变量Cox回归确定了8个与OS相关的风险相关基因:CASP4、PRKCQ、BNIP3、BAG1、BIRC5、CHAC1、ATG16L2、EIF4EBP1。Kaplan-Meier生存分析显示,高危组患者生存率较低,多指标ROC曲线下面积>0.75,说明模型预测准确率较高。然后基于CIBERSORT算法进行免疫细胞浸润评估。结论:基于8个ARGs和FRGs的肾透明细胞癌相关基因预后模型具有一定的准确性,可更准确地指导临床治疗。

基于文献计量学2000-2021年外周T细胞淋巴瘤基因治疗的可视化分析

目的 旨在对基因治疗外周T细胞淋巴瘤的相关文献进行分析,寻找该领域的研究热点和趋势,为后续研究提供帮助。方法 本研究对Web of Science(WOS)核心数据集里检索2000年1月1日-2021年12月31日基因治疗外周T细胞淋巴瘤的相关文献并下载,使用Microsoft Excel对下载文献进行统计分析,用VOSviewer、CiteSpace对下载文献进行计量学分析并构建可视化图谱。结果 筛选选用614篇文献。年发文量分析得到2019年年发文量最高为46篇,从2010年开始年发文量明显上升。作者共现分析得到美国的Rooney CM教授发文最多为18篇。国家共现分析得到发文量前三的国家分别为美国295篇、日本84篇、中国69篇,中国和其它国家间合作仅10次。机构共现分析得到发文量前三分别是贝勒医学院32篇、美国国家癌症研究所31篇、德克萨斯儿童医院28篇。关键词共现分析得到现在的研究主要集中临床治疗方法、改善患者生存预后等方面。结论 中国、日本等亚洲国家和作者应该加强与美国等西方国家间的合作。不同研究机构间应注重学科交叉,注重创新,早日取得重大突破。使用造血干细胞移植、药物靶向治疗对外周T细胞淋巴瘤患者进行治疗是目前的研究重点,改善患者的生存预后情况并减少并发症仍是未来的研究方向,争取早日取得巨大突破。

基于生信分析ANKRD26在肝细胞癌中的表达、预后及与化学物质的相互作用

目的通过数据挖掘剖析锚蛋白重复结构域蛋白26(Ankyrin repeat domain-containing protein 26,ANKRD26)在肝细胞癌组织中表达情况,分析其表达差异与患者生存预后之间的关系;同时探索与其有相互作用的蛋白及化学物质。方法从TCGA数据库下载33种肿瘤的转录组数据和肝癌的临床资料。利用Perl语言整理数据和提取ANKRD26 mRNA在33种肿瘤的表达量;利用比例风险回归模型(Cox模型)进行单因素与多因素分析,并结合临床指标N值计算风险分数,且依据风险分数中值将肝癌病例分为低风险组与高风险组作生存曲线和ROC曲线;利用HumanProteinAtlas(HPA)数据库分析ANKRD26蛋白在肝细胞癌组织中的表达情况;同时,使用蛋白互作网络数据库(String数据库)构建与ANKRD26蛋白相互作用的蛋白网络;CTD数据库分析与ANKRD26相互作用的化学物质。结果ANKRD26在肝癌等多种肿瘤中均有表达,与正常组织相比较,ANKRD26在肝癌组织中呈高表达(P<0.05);单因素与多因素独立预后分析均表明ANKRD26是独立的预后因子;根据Cox模型构建的风险公式,生存分析显示高风险组与低风险组的生存时间差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线显示1、3、5年的AUC值分别为0.732、0.736、0.727;与ANKRD26相互作用的蛋白有UBAP1、MASTL、GAS7、ETV6、SRP72、SBDS、SMC等,可能参与人体造血、蛋白降解及信号传导等细胞功能。免疫组织化学检测结果显示,ANKRD26蛋白主要定位于细胞质,且在肝细胞癌组织中的表达量高于正常肝组织中的表达。有明确文献支持的与ANKRD26有相互作用的化学物质共有26种,其中7种起到促进ANKRD26的表达,另19种化学物质抑制ANKRD26的表达。结论ANKRD26在肝细胞癌组织中呈高表达,ANKRD26是独立的预后因子,多种化学物质可能会影响其表达水平。

基于Notch通路相关基因结肠癌预后模型的构建及验证

目的构建一个基于Notch通路相关基因的结肠腺癌预后模型并通过列线图绘制进行验证。方法下载TCGA结肠腺癌患者的mRNA表达量和临床病理资料。GSEA(gene set enrichment analysis)分析Notch信号通路相关基因集,筛选癌与癌旁组织中差异表达的基因。单因素与多因素Cox比例回归模型进行预后相关mRNAs的筛选,并构建基于mRNAs表达谱的预后模型和列线图,通过生存分析C-index、ROC曲线和校准曲线评估其预测价值。从GEO数据库中下载验证队列GSE29621,对预后模型预测患者预后的有效性进行验证。使用在线网站人类蛋白图谱(HPA)对预后模型内基因进行蛋白表达情况验证。结果从TCGA中下载444例结肠腺癌患者mRNA表达数据和临床病理资料,排除临床资料不全的患者信息,最终纳入385例患者的信息作为研究对象。从GSEA中3个Notch信号通路基因集中获取Notch相关基因,并与TCGA表达数据结合,得到Notch相关基因的表达量,最后进行Notch相关基因的差异基因的筛选。使用GSEA在结肠腺癌mRNAs表达谱中筛选出391个Notch信号通路相关差异表达基因(P<0.05)。利用单变量Cox回归分析筛选出14个结肠腺癌预后相关Notch通路基因,进一步多变量Cox回归分析构建出5种mRNAs(CDHR2,KRT8P12,NEURL1B,SELE,FSTL3)组成的预后模型。ROC曲线和生存分析显示,高Notch通路相关基因风险评分与较差的生存结果显著相关(AUC=0.748,P<0.05)。Notch通路相关的基因评分被证明是一个独立的预后因素。构建了具有临床病理特征和Notch通路相关基因评分的列线图,进一步预测结肠腺癌患者的预后,在C-index、ROC曲线和校准曲线上也表现良好(C-index=0.794,AUC=0.969)。结论构建的包含5个Notch信号通路相关基因的结肠腺癌预后模型具有良好的预后预测效果,有望作为评估结肠腺癌患者预后的指标。

头颈部鳞状细胞癌焦亡相关lncRNA对预后风险模型的构建与评估

目的基于生物信息学方法构建头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)焦亡相关lncRNA对预后风险模型并进行评估。方法从TCGA数据库中获取HNSCC的转录组数据,与焦亡相关基因进行共表达和差异分析,并以焦亡相关lncRNA对展示。将HNSCC患者随机分为训练集(246例)和验证集(245例),采用Cox回归分析和改良Lasso惩罚回归进行预后模型构建。根据训练集风险评分的中位数将HNSCC患者分为高、低风险组,并计算所有样本的风险得分,采用Kaplan-Meier法对两组患者进行生存分析并绘制生存曲线。通过绘制ROC曲线评估模型的准确性。单因素和多因素Cox回归分析患者临床病理资料和风险评分与总生存率的关系,探索HNSCC预后危险因素。结果在HNSCC中共提取到53个差异焦亡相关的lncRNA(FDR<0.05,logFC>2),并以lncRNA对形式进行展示。通过Cox回归分析和改良Lasso惩罚回归筛选出18个预后相关lncRNA对用于预后风险模型构建。训练集和验证集结果表明,低风险组患者生存时间高于高风险组患者(P<0.05);预后风险模型1年总生存ROC曲线下面积>0.7;单因素和多因素Cox回归分析显示风险评分是HNSCC的独立预后因素。结论基于18个焦亡相关lncRNA对建立的预后模型可以有效预测HNSCC患者的预后情况,且风险评分是HNSCC的独立预后因素。

基于生物信息学分析ADNP在原发性肝癌中的表达及预后

目的利用生物信息学方法分析ADNP的表达与原发性肝癌患者生存预后的关系,挖掘其对肝癌发生发展可能存在的潜在机制并探讨临床意义。方法首先分析ADNP mRNA在泛癌中的表达差异,然后对ADNP在原发性肝癌中的表达进行配对差异分析和Meta分析,同时使用HPA数据库分析ADNP蛋白在癌旁和肝癌组织之间的表达差异;结合TCGA肝癌各项临床数据资料进行单因素与多因素分析肝癌预后的影响因素,根据生存时间和生存状态数据评估肝癌患者的生存率,初步分析ADNP在肝癌预后的价值;利用GSEA软件对ADNP基因进行KEGG和GO富集分析,通过高富集的通路和生物过程探究ADNP在肿瘤发生发展中可能的作用机制,此外,基于TIMER数据库分析免疫浸润细胞和ADNP表达之间的相关性,接着对TCGA肝癌ADNP表达与肿瘤微环境相关性分析,最后通过CellMiner数据库分析ADNP的表达对不同药物的相关性和敏感性,分析ADNP表达在原发性肝癌治疗中的功能。结果ADNP mRNA在多种肿瘤中呈高表达;并且ADNP mRNA和蛋白在原发性肝癌组织和癌旁组织之间的表达具有差异性(P<0.05);生存分析结果表明ADNP低表达组的肝癌患者预后更佳(P<0.05);单因素和多因素分析均提示ADNP mRNA是原发性肝癌独立预后因子;ANDP mRNA的表达在不同性别,恶性度,分期和肿瘤大小的表达也具有不同程度的差异性(P<0.05);GSEA提示高表达ADNP在多种肿瘤和免疫通路以及细胞周期等生物过程均得到高富集;ADNP表达与6种免疫浸润细胞均为正相关;与ADNP具有较高敏感性和相关性的药物有白屈菜赤碱、寄端霉素、p-xylene316等。结论ADNP在原发性肝癌中的表达高于癌旁组织,ADNP mRNA表达量是独立预后因子,ADNP可能是肝癌的显著生物标志物,检测ADNP的表达水平有助于原发性肝癌患者预后的评估分析。