目的应用生物信息学构建与铁死亡基因相关的UVM预测模型,用于评估葡萄膜黑色素瘤患者预后生存及转移情况。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)获取UVM转录组数据和与之匹配的临床信息,结合铁死亡数据库确定铁死亡相关基因。Kaplan-Meier方法分...目的应用生物信息学构建与铁死亡基因相关的UVM预测模型,用于评估葡萄膜黑色素瘤患者预后生存及转移情况。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)获取UVM转录组数据和与之匹配的临床信息,结合铁死亡数据库确定铁死亡相关基因。Kaplan-Meier方法分析铁死亡相关基因在高、低表达状态下患者的总体生存率,利用LASSO、单因素和多因素回归分析筛选并构建免疫相关风险预测模型。根据风险评分将患者分为高、低风险组,利用ROC曲线评估模型准确度,并采用基因表达综合数据库(GEO)中的GSE84976和GSE22138作为验证集。结果通过多种算法构建了含有4个核心基因的预测模型(AIFM2、ITGA6、CD44、ALOX12),基于模型标志物计算的风险评分可以准确识别UVM高、低风险患者,并具有预测患者总体生存的能力(P<0.01,1 a AUC=0.84、3 a AUC=0.89、5 a AUC=0.91),验证集GSE84976外部验证结果:P<0.01,1 a AUC=NA,3 a AUC=0.78,5 a AUC=0.91;验证集GSE22138外部验证结果:P<0.01,1 a AUC=0.75,3 a AUC=0.79,5 a AUC=0.82,结果显示,该预测模型可作为UVM独立预后因素,预测生存及转移情况。结论构建的新型铁死亡相关的UVM预测模型(AIFM2、ITGA6、CD44、ALOX12),能够准确预测UVM患者预后及转移情况,可为UVM患者的个性化诊疗提供新的靶点。展开更多
目的分析吉林地区一典型开角型青光眼大家系的遗传学特性。方法收集该家系成员的病史资料,进行眼科常规检查,采集外周血并绘制家系图,提取全基因组DNA,PCR扩增目的基因视神经病变诱导反应蛋白基因、T细胞激动WD重复蛋白基因、细胞色素P...目的分析吉林地区一典型开角型青光眼大家系的遗传学特性。方法收集该家系成员的病史资料,进行眼科常规检查,采集外周血并绘制家系图,提取全基因组DNA,PCR扩增目的基因视神经病变诱导反应蛋白基因、T细胞激动WD重复蛋白基因、细胞色素P450超家族1亚家族基因的外显子并鉴定,与数据库中的参考序列进行比较分析。结果该家系遗传方式符合常染色体显性遗传;现存患者6例,其中男4例,女2例,年龄均在57岁左右,房角开放,眼压高达43~49 mm Hg,病情快速恶化,视网膜神经萎缩、损害明显,药物治疗效果不理想,视功能严重丧失。暂未发现与该病发病相关的突变位点,仅在细胞色素P450超家族1亚家族基因发现4个SNP。结论该家系开角型青光眼患者均由常染色体中共同存在的某种基因异常所致,对4个可疑位点的研究对进一步解释老年开角型青光眼的发病机制具有一定意义。展开更多
文摘目的应用生物信息学构建与铁死亡基因相关的UVM预测模型,用于评估葡萄膜黑色素瘤患者预后生存及转移情况。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)获取UVM转录组数据和与之匹配的临床信息,结合铁死亡数据库确定铁死亡相关基因。Kaplan-Meier方法分析铁死亡相关基因在高、低表达状态下患者的总体生存率,利用LASSO、单因素和多因素回归分析筛选并构建免疫相关风险预测模型。根据风险评分将患者分为高、低风险组,利用ROC曲线评估模型准确度,并采用基因表达综合数据库(GEO)中的GSE84976和GSE22138作为验证集。结果通过多种算法构建了含有4个核心基因的预测模型(AIFM2、ITGA6、CD44、ALOX12),基于模型标志物计算的风险评分可以准确识别UVM高、低风险患者,并具有预测患者总体生存的能力(P<0.01,1 a AUC=0.84、3 a AUC=0.89、5 a AUC=0.91),验证集GSE84976外部验证结果:P<0.01,1 a AUC=NA,3 a AUC=0.78,5 a AUC=0.91;验证集GSE22138外部验证结果:P<0.01,1 a AUC=0.75,3 a AUC=0.79,5 a AUC=0.82,结果显示,该预测模型可作为UVM独立预后因素,预测生存及转移情况。结论构建的新型铁死亡相关的UVM预测模型(AIFM2、ITGA6、CD44、ALOX12),能够准确预测UVM患者预后及转移情况,可为UVM患者的个性化诊疗提供新的靶点。
文摘目的分析吉林地区一典型开角型青光眼大家系的遗传学特性。方法收集该家系成员的病史资料,进行眼科常规检查,采集外周血并绘制家系图,提取全基因组DNA,PCR扩增目的基因视神经病变诱导反应蛋白基因、T细胞激动WD重复蛋白基因、细胞色素P450超家族1亚家族基因的外显子并鉴定,与数据库中的参考序列进行比较分析。结果该家系遗传方式符合常染色体显性遗传;现存患者6例,其中男4例,女2例,年龄均在57岁左右,房角开放,眼压高达43~49 mm Hg,病情快速恶化,视网膜神经萎缩、损害明显,药物治疗效果不理想,视功能严重丧失。暂未发现与该病发病相关的突变位点,仅在细胞色素P450超家族1亚家族基因发现4个SNP。结论该家系开角型青光眼患者均由常染色体中共同存在的某种基因异常所致,对4个可疑位点的研究对进一步解释老年开角型青光眼的发病机制具有一定意义。
