2019—2022年宁夏回族自治区炭疽时空聚集性及炭疽芽孢杆菌分子分型分析

目的对2019—2022年宁夏回族自治区炭疽病例进行时空聚集性分析和同时期分离的14株炭疽芽孢杆菌进行分子分型分析。方法收集宁夏回族自治区2019—2022年发生的炭疽病例资料,以区县为单位应用SaTScan软件进行时空聚类分析;对2019—2021年分离的全部14株炭疽芽孢杆菌采用CanSNPs、MLVA-25、SNR-4方法进行分子分型分析。结果2019—2022年宁夏回族自治区共报告炭疽病80例,均为皮肤炭疽病例。SaTScan时空聚类分析显示,2021年1月1日—2022年12月31日在宁夏中北部存在时空聚集区,其中永宁县存在一类聚集区(P<0.01,RR=13.83),同期在灵武市和吴忠市利通区存在二类聚集区(P=0.022,RR=3.47)。同时期分离的14株炭疽芽孢杆菌的遗传关系被定义为:A.Br 001/002亚群、A3.b基因簇内6种不同的MLVA基因型,其中存在3个共享基因型,并分别被SNR-4分析定义为2、3、5种PHRANA基因型;SNR-4分析显示有12种SNR基因型。结论2019—2022年宁夏回族自治区炭疽病发病率呈上升趋势。2021—2022年形成炭疽病的时空聚集区的原因之一可能是自然疫源地形成和发展。通过分子分型发现,2019—2022年宁夏回族自治区分离出的菌株遗传关系较为单一,同一遗传关系下遗传多样性丰富。

2019-2022年宁夏回族自治区人间布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析

目的 对2019-2022年宁夏回族自治区(宁夏)人间布鲁氏菌分离株进行种型和分子分型研究,掌握其分子遗传特征,为宁夏人间布鲁氏菌病(布病)的精准防控提供科学依据。方法 采用AMOS聚合酶链式反应(AMOS-PCR)对布鲁氏菌分离株进行种的鉴定,运用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对分离菌株进行分子分型,利用BioNumerics 7.6软件对MLVA结果进行聚类分析。结果 72株布鲁氏菌分离株经AMOS-PCR鉴定显示均为羊种布鲁氏菌。经MLVA分型,Panel1显示具有42、45、63共3个MLVA-8型。Panel2A显示均为41型(4-20-8),Panel2B显示具有高度多变性;72株菌被分为51个MLVA-16基因型,12个为共享基因型,其余39个为单一基因型。宁夏原州区的布鲁氏菌型别较为丰富,包含3种MLVA-8型别。本研究中的72株布鲁氏菌与多个省份的菌株存在18种完全相同的MLVA-16基因型,表明菌株不仅在宁夏广泛传播,在全国范围内也呈跨地区传播的特点。结论 宁夏人间布病疫情极为严重,通过MLVA-16确定了宁夏布鲁氏菌分离株存在多种基因型,可为后续人间布病精准防控及流行病学溯源提供科学依据。

宁夏地区5株GI型诺如病毒的全基因组序列分析

为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列,了解其基因结构特点及进化特征。对2019⁃2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛,GI型阳性样本扩增其聚合酶(RdRp)⁃衣壳蛋白(Capsid)区基因,利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后,选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序,使用MEGA⁃7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4249份,检出GI型诺如病毒阳性样本57份,获得RdRp⁃Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中,SZS21⁃047和HY21⁃029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组,3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样,重组和变异频繁,故应加强本地区诺如病毒监测,为疫情防控提供理论依据。